Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol...

54
Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol pvalue (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide binding protein 2 Gbp2 8.87E05 37.467 1420549_at guanylate nucleotide binding protein 1 Gbp1 0.000215122 28.9474 1423691_x_at keratin 8 Krt8 0.000168999 28.6982 1418240_at guanylate nucleotide binding protein 2 Gbp2 0.000136543 26.4131 1448169_at keratin 18 Krt18 0.000364252 26.3897 1420647_a_at keratin 8 /// similar to Keratin 8 /// similar to Keratin, type II cytoskeletal Krt8 /// LOC434261 /// LOC675884 0.000217655 23.3725 1419304_at brachyury T 0.00169315 22.9681 1423062_at insulinlike growth factor binding protein 3 Igfbp3 0.00040949 21.3714 1454838_s_at expressed sequence AW548124 /// similar to Expressed sequence AW548124 AW548124 /// LOC100048505 5.09E05 20.9323 1458268_s_at insulinlike growth factor binding protein 3 Igfbp3 9.38E05 20.5465 1435989_x_at keratin 8 /// similar to Keratin 8 /// similar to Keratin, type II cytoskeletal Krt8 /// LOC434261 /// LOC675884 0.000355998 20.4137 1460330_at annexin A3 Anxa3 0.00104342 19.4842 1416832_at solute carrier family 39 (metal ion transporter), member 8 Slc39a8 0.000287957 19.0239 1448949_at carbonic anhydrase 4 Car4 0.00385215 18.2195 1438133_a_at cysteine rich protein 61 Cyr61 0.00101908 16.7039 1454862_at pleckstrin homologylike domain, family B, member 2 Phldb2 0.00266972 16.6326 1423505_at transgelin Tagln 0.000801588 16.1877 1431057_a_at protease, serine, 23 Prss23 0.0222742 14.9472 1427183_at epidermal growth factorcontaining fibulinlike extracellular matrix protein 1 Efemp1 0.00178273 14.8221 1424594_at lectin, galactose binding, soluble 7 Lgals7 0.000191354 14.193 1452717_at solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, phosphate carrier), member 24 Slc25a24 0.00127419 14.0925 1456326_at gene model 784, (NCBI) /// similar to Fibronectin typeIII domaincontaining pro Gm784 /// LOC676436 0.000399688 13.4069 1421811_at thrombospondin 1 /// similar to thrombospondin 1 LOC640441 /// Thbs1 0.0352871 12.7914 1452163_at E26 avian leukemia oncogene 1, 5' domain Ets1 0.000935092 12.7818 1437671_x_at protease, serine, 23 Prss23 0.0292724 11.5783 1438169_a_at FERM domain containing 4B Frmd4b 0.00539012 10.8336 1418392_a_at guanylate nucleotide binding protein 3 Gbp3 0.001968 10.7682 1460302_at thrombospondin 1 /// similar to thrombospondin 1 LOC640441 /// Thbs1 0.0349849 10.5139 1419693_at collectin subfamily member 12 Colec12 0.00887522 10.1984 1424797_a_at pairedlike homeodomain transcription factor 2 Pitx2 0.000334947 10.1459 1418094_s_at carbonic anhydrase 4 Car4 0.00837325 10.0421 1423824_at G proteincoupled receptor 177 Gpr177 0.000615879 10.0394 1417156_at keratin 19 Krt19 0.000481798 10.0084 1416039_x_at cysteine rich protein 61 Cyr61 0.00235653 9.95269 1435554_at transmembrane and coiled coil domains 3 Tmcc3 0.000139162 9.89038 1423721_at tropomyosin 1, alpha Tpm1 0.000421456 9.64604 1423049_a_at tropomyosin 1, alpha Tpm1 0.00075008 9.46568 1437434_a_at G proteincoupled receptor 177 Gpr177 0.00200206 9.35523 1419249_at PFTAIRE protein kinase 1 Pftk1 0.000280084 9.19215 1427483_at solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, phosphate carrier), member 24 Slc25a24 0.00257734 9.17077 1422914_at transacting transcription factor 5 Sp5 0.00204179 8.90976 1430596_s_at vestigial like 3 (Drosophila) Vgll3 0.0034941 8.84082 1453593_at vestigial like 3 (Drosophila) Vgll3 0.00294235 8.74036 1434252_at transmembrane and coiled coil domains 3 Tmcc3 0.0004032 8.62021 1423323_at tumorassociated calcium signal transducer 2 Tacstd2 0.00693798 8.52553 1454890_at angiomotin Amot 0.000701318 8.46682 1426911_at desmocollin 2 Dsc2 0.00518726 8.46647 1417962_s_at growth hormone receptor Ghr 0.000622129 8.27653

Transcript of Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol...

Page 1: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 1 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1435906_x_at guanylate nucleotide binding protein 2 Gbp2 8.87E‐05 ‐37.4671420549_at guanylate nucleotide binding protein 1 Gbp1 0.000215122 ‐28.94741423691_x_at keratin 8 Krt8 0.000168999 ‐28.69821418240_at guanylate nucleotide binding protein 2 Gbp2 0.000136543 ‐26.41311448169_at keratin 18 Krt18 0.000364252 ‐26.38971420647_a_at keratin 8 /// similar to Keratin 8 /// similar to Keratin, type II cytoskeletal  Krt8 /// LOC434261 /// LOC675884 0.000217655 ‐23.37251419304_at brachyury T 0.00169315 ‐22.96811423062_at insulin‐like growth factor binding protein 3 Igfbp3 0.00040949 ‐21.37141454838_s_at expressed sequence AW548124 /// similar to Expressed sequence AW548124 AW548124 /// LOC100048505 5.09E‐05 ‐20.93231458268_s_at insulin‐like growth factor binding protein 3 Igfbp3 9.38E‐05 ‐20.54651435989_x_at keratin 8 /// similar to Keratin 8 /// similar to Keratin, type II cytoskeletal  Krt8 /// LOC434261 /// LOC675884 0.000355998 ‐20.41371460330_at annexin A3 Anxa3 0.00104342 ‐19.48421416832_at solute carrier family 39 (metal ion transporter), member 8 Slc39a8 0.000287957 ‐19.02391448949_at carbonic anhydrase 4 Car4 0.00385215 ‐18.21951438133_a_at cysteine rich protein 61 Cyr61 0.00101908 ‐16.70391454862_at pleckstrin homology‐like domain, family B, member 2 Phldb2 0.00266972 ‐16.63261423505_at transgelin Tagln 0.000801588 ‐16.18771431057_a_at protease, serine, 23 Prss23 0.0222742 ‐14.94721427183_at epidermal growth factor‐containing fibulin‐like extracellular matrix protein 1 Efemp1 0.00178273 ‐14.82211424594_at lectin, galactose binding, soluble 7 Lgals7 0.000191354 ‐14.1931452717_at solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, phosphate carrier), member 24 Slc25a24 0.00127419 ‐14.09251456326_at gene model 784, (NCBI) /// similar to Fibronectin type‐III domain‐containing pro Gm784 /// LOC676436 0.000399688 ‐13.40691421811_at thrombospondin 1 /// similar to thrombospondin 1 LOC640441 /// Thbs1 0.0352871 ‐12.79141452163_at E26 avian leukemia oncogene 1, 5' domain Ets1 0.000935092 ‐12.78181437671_x_at protease, serine, 23 Prss23 0.0292724 ‐11.57831438169_a_at FERM domain containing 4B Frmd4b 0.00539012 ‐10.83361418392_a_at guanylate nucleotide binding protein 3 Gbp3 0.001968 ‐10.76821460302_at thrombospondin 1 /// similar to thrombospondin 1 LOC640441 /// Thbs1 0.0349849 ‐10.51391419693_at collectin sub‐family member 12 Colec12 0.00887522 ‐10.19841424797_a_at paired‐like homeodomain transcription factor 2 Pitx2 0.000334947 ‐10.14591418094_s_at carbonic anhydrase 4 Car4 0.00837325 ‐10.04211423824_at G protein‐coupled receptor 177 Gpr177 0.000615879 ‐10.03941417156_at keratin 19 Krt19 0.000481798 ‐10.00841416039_x_at cysteine rich protein 61 Cyr61 0.00235653 ‐9.952691435554_at transmembrane and coiled coil domains 3 Tmcc3 0.000139162 ‐9.890381423721_at tropomyosin 1, alpha Tpm1 0.000421456 ‐9.646041423049_a_at tropomyosin 1, alpha Tpm1 0.00075008 ‐9.465681437434_a_at G protein‐coupled receptor 177 Gpr177 0.00200206 ‐9.355231419249_at PFTAIRE protein kinase 1 Pftk1 0.000280084 ‐9.192151427483_at solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, phosphate carrier), member 24 Slc25a24 0.00257734 ‐9.170771422914_at trans‐acting transcription factor 5 Sp5 0.00204179 ‐8.909761430596_s_at vestigial like 3 (Drosophila) Vgll3 0.0034941 ‐8.840821453593_at vestigial like 3 (Drosophila) Vgll3 0.00294235 ‐8.740361434252_at transmembrane and coiled coil domains 3 Tmcc3 0.0004032 ‐8.620211423323_at tumor‐associated calcium signal transducer 2 Tacstd2 0.00693798 ‐8.525531454890_at angiomotin Amot 0.000701318 ‐8.466821426911_at desmocollin 2 Dsc2 0.00518726 ‐8.466471417962_s_at growth hormone receptor Ghr 0.000622129 ‐8.27653

Page 2: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 2 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1431375_s_at parvin, alpha Parva 0.00294951 ‐8.259651455422_x_at septin 4 Sept4 0.0345455 ‐8.257981437171_x_at gelsolin Gsn 0.016725 ‐8.106711454788_at ADP‐ribosylation factor‐like 4C /// similar to ADP‐ribosylation factor‐like prot Arl4c /// LOC632433 0.00252951 ‐8.058121452123_s_at FERM domain containing 4B Frmd4b 0.00675635 ‐8.024071450922_a_at transforming growth factor, beta 2 Tgfb2 0.000646931 ‐7.953171456312_x_at gelsolin Gsn 0.0068094 ‐7.934691449314_at zinc finger protein, multitype 2 Zfpm2 0.000126914 ‐7.835051422659_at calcium/calmodulin‐dependent protein kinase II, delta Camk2d 0.00343708 ‐7.745061428107_at SH3‐binding domain glutamic acid‐rich protein like Sh3bgrl 6.29E‐05 ‐7.699011417133_at peripheral myelin protein Pmp22 0.0269991 ‐7.519731438883_at fibroblast growth factor 5 Fgf5 0.000194946 ‐7.483221427735_a_at actin, alpha 1, skeletal muscle Acta1 0.00189238 ‐7.352981434369_a_at crystallin, alpha B Cryab 0.0163155 ‐7.347921434112_at latrophilin 2 /// similar to calcium‐independent alpha‐latrotoxin receptor homol LOC100048050 /// Lphn2 0.00013434 ‐7.343631438333_at protogenin homolog (Gallus gallus) Prtg 0.0120364 ‐7.318511452428_a_at beta‐2 microglobulin B2m 0.000465689 ‐7.257691449289_a_at beta‐2 microglobulin B2m 0.00157954 ‐7.215491434458_at follistatin Fst 0.0354481 ‐7.197321416455_a_at crystallin, alpha B Cryab 0.0104518 ‐7.188691436997_x_at SH3‐binding domain glutamic acid‐rich protein like Sh3bgrl 0.000316769 ‐7.084211448752_at carbonic anhydrase 2 Car2 0.000263904 ‐7.080091450377_at similar to thrombospondin 1 LOC640441 0.0427084 ‐7.026081451882_a_at fibroblast growth factor 8 Fgf8 0.00157266 ‐6.971541428547_at 5' nucleotidase, ecto Nt5e 0.0039876 ‐6.939031424768_at caldesmon 1 Cald1 0.0069255 ‐6.938081448152_at insulin‐like growth factor 2 Igf2 0.00732927 ‐6.800681436991_x_at gelsolin Gsn 0.0293152 ‐6.791941455374_at potassium inwardly‐rectifying channel, subfamily J, member 3 Kcnj3 5.26E‐05 ‐6.755251421375_a_at S100 calcium binding protein A6 (calcyclin) S100a6 0.0271319 ‐6.721411435493_at desmoplakin Dsp 0.00584725 ‐6.641831423679_at RIKEN cDNA 2810432L12 gene 2810432L12Rik 1.81E‐05 ‐6.622031424769_s_at caldesmon 1 Cald1 0.00636594 ‐6.555261437689_x_at clusterin /// similar to clusterin Clu /// LOC100046120 0.00345998 ‐6.546881435494_s_at desmoplakin Dsp 0.00632442 ‐6.503711436512_at ADP‐ribosylation factor‐like 4C /// similar to ADP‐ribosylation factor‐like prot Arl4c /// LOC632433 9.85E‐05 ‐6.455741460038_at POU domain, class 3, transcription factor 1 /// similar to long overlapping ORF; LOC100045707 /// Pou3f1 0.000515498 ‐6.452731419639_at ephrin B2 Efnb2 0.000682548 ‐6.440711448729_a_at septin 4 Sept4 0.028406 ‐6.43031417409_at Jun oncogene Jun 0.00134202 ‐6.331561417917_at calponin 1 Cnn1 0.00112441 ‐6.32371426968_a_at retinol dehydrogenase 10 (all‐trans) Rdh10 0.000575211 ‐6.260841434111_at latrophilin 2 /// similar to calcium‐independent alpha‐latrotoxin receptor homol LOC100048050 /// Lphn2 0.000774267 ‐6.238031421871_at SH3‐binding domain glutamic acid‐rich protein like Sh3bgrl 0.000485754 ‐6.18311416638_at sal‐like 2 (Drosophila) Sall2 0.000412457 ‐6.176821416200_at interleukin 33 Il33 0.00110051 ‐6.137541419086_at fibroblast growth factor binding protein 1 Fgfbp1 0.000914753 ‐6.136111418835_at pleckstrin homology‐like domain, family A, member 1 Phlda1 0.00877537 ‐6.07201

Page 3: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 3 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1448612_at stratifin /// similar to LOC298795 protein /// similar to 14‐3‐3 protein sigma ( LOC665928 /// LOC675255 /// Sfn 0.00216952 ‐6.05171426725_s_at E26 avian leukemia oncogene 1, 5' domain Ets1 0.00199233 ‐6.009761429348_at sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphor Sema3c 0.00226771 ‐5.986241450843_a_at serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade H, member 1 Serpinh1 0.00326982 ‐5.961191450188_s_at lipase, endothelial Lipg 0.00213156 ‐5.948871419638_at ephrin B2 Efnb2 8.34E‐05 ‐5.930741423506_a_at neuronatin Nnat 0.154671 ‐5.922171418533_s_at frizzled homolog 2 (Drosophila) Fzd2 0.00496387 ‐5.910751417216_at proviral integration site 2 Pim2 0.0231126 ‐5.892941415812_at gelsolin Gsn 0.00372428 ‐5.888431442340_x_at cysteine rich protein 61 Cyr61 0.0764419 ‐5.878961418815_at cadherin 2 Cdh2 0.0382356 ‐5.8521437247_at fos‐like antigen 2 /// similar to fos‐like antigen 2 Fosl2 /// LOC634417 0.000970668 ‐5.834981452670_at myosin, light polypeptide 9, regulatory Myl9 0.0109588 ‐5.818951450047_at heparan sulfate 6‐O‐sulfotransferase 2 Hs6st2 0.000373432 ‐5.763391435176_a_at inhibitor of DNA binding 2 Id2 0.0356816 ‐5.752931451794_at transmembrane and coiled coil domains 3 Tmcc3 0.000105769 ‐5.718991435437_at SET domain containing (lysine methyltransferase) 7 Setd7 0.000192219 ‐5.689571453196_a_at 2'‐5' oligoadenylate synthetase‐like 2 Oasl2 0.00293832 ‐5.651521436600_at TOX high mobility group box family member 3 Tox3 0.0124974 ‐5.639711416818_at parvin, alpha Parva 0.00132978 ‐5.624051438410_at protogenin homolog (Gallus gallus) Prtg 0.00734581 ‐5.578951452249_at prickle like 1 (Drosophila) Prickle1 0.0017661 ‐5.532111428834_at dual specificity phosphatase 4 Dusp4 0.0180132 ‐5.531151422962_a_at proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type 8 (large multifunctional pept Psmb8 0.000405776 ‐5.522771436866_at ephrin A5 Efna5 0.000617054 ‐5.521291435951_at glutamate receptor interacting protein 1 Grip1 0.00191379 ‐5.519981454889_x_at transmembrane and coiled coil domains 3 Tmcc3 0.000121529 ‐5.498281416257_at calpain 2 Capn2 0.00445974 ‐5.481971455238_at melanoma associated antigen (mutated) 1‐like 1 Mum1l1 0.00437375 ‐5.464151418984_at InaD‐like (Drosophila) Inadl 0.001157 ‐5.393771419700_a_at prominin 1 Prom1 0.000609524 ‐5.377081418983_at InaD‐like (Drosophila) Inadl 0.000185396 ‐5.376321431777_a_at high mobility group nucleosomal binding domain 3 Hmgn3 4.45E‐05 ‐5.367041448482_at solute carrier family 39 (metal ion transporter), member 8 Slc39a8 0.000494518 ‐5.351911453511_at RIKEN cDNA 2310007B03 gene 2310007B03Rik 0.00293092 ‐5.326151450482_a_at paired‐like homeodomain transcription factor 2 Pitx2 0.00122687 ‐5.316441434253_s_at transmembrane and coiled coil domains 3 Tmcc3 0.00100967 ‐5.315971417240_at zyxin Zyx 0.0002837 ‐5.29031422520_at neurofilament, medium polypeptide Nefm 0.00143491 ‐5.28031425476_at collagen, type IV, alpha 5 Col4a5 0.0209378 ‐5.275861453351_at T‐box 20 Tbx20 0.0119572 ‐5.272991455299_at vestigial like 3 (Drosophila) Vgll3 0.00632421 ‐5.239471449169_at hyaluronan synthase 2 Has2 0.000199844 ‐5.21541434875_a_at high mobility group nucleosomal binding domain 3 Hmgn3 0.000139927 ‐5.201931449031_at Cbp/p300‐interacting transactivator with Glu/Asp‐rich carboxy‐terminal domain 1 Cited1 0.00965143 ‐5.170631448434_at ring finger protein 103 Rnf103 0.00108171 ‐5.163621449036_at ring finger protein 128 Rnf128 0.00504671 ‐5.12258

Page 4: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 4 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1417408_at coagulation factor III F3 0.0188594 ‐5.096631419135_at lymphotoxin B Ltb 0.000690957 ‐5.065991456329_at protogenin homolog (Gallus gallus) Prtg 0.0177264 ‐5.064251427442_a_at amyloid beta (A4) precursor protein App 0.00360176 ‐5.05531449875_s_at histocompatibility 2, T region locus 10 /// histocompatibility 2, T region locus H2‐T10 /// H2‐T22 /// H2‐T9 /// LOC10 0.00617543 ‐5.005231417061_at solute carrier family 40 (iron‐regulated transporter), member 1 Slc40a1 0.000282058 ‐4.980581425906_a_at sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphor LOC100044162 /// Sema3e 0.00127203 ‐4.953961451127_at expressed sequence AW146242 AW146242 0.00720075 ‐4.95021455970_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.00595171 ‐4.948231450981_at calponin 2 Cnn2 0.00106729 ‐4.92081425811_a_at cysteine and glycine‐rich protein 1 Csrp1 0.00211874 ‐4.907951427550_at paternally expressed 10 Peg10 0.00514012 ‐4.80221425810_a_at cysteine and glycine‐rich protein 1 Csrp1 0.00234038 ‐4.796491454795_at Cobl‐like 1 Cobll1 0.00035705 ‐4.77841422601_at serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade B, member 9 Serpinb9 0.00728001 ‐4.77371458440_at sperm antigen with calponin homology and coiled‐coil domains 1 Specc1 3.87E‐05 ‐4.753461442368_at potassium channel tetramerisation domain containing 12b Kctd12b 0.00939157 ‐4.749491423812_s_at expressed sequence AW146242 AW146242 0.00905392 ‐4.748651418532_at frizzled homolog 2 (Drosophila) Fzd2 0.00446513 ‐4.745421418318_at ring finger protein 128 Rnf128 0.00533169 ‐4.745141423250_a_at transforming growth factor, beta 2 Tgfb2 0.00715153 ‐4.730691419833_s_at centaurin, delta 3 Centd3 0.00382608 ‐4.706311418626_a_at clusterin /// similar to clusterin Clu /// LOC100046120 0.000107337 ‐4.673511455247_at angiomotin‐like 1 Amotl1 0.000375558 ‐4.667781418678_at hyaluronan synthase 2 Has2 0.000232731 ‐4.656731420859_at protein kinase inhibitor, alpha Pkia 0.000260868 ‐4.63091421262_at lipase, endothelial Lipg 0.0014331 ‐4.626331439441_x_at large tumor suppressor 2 Lats2 0.0394591 ‐4.624581449773_s_at growth arrest and DNA‐damage‐inducible 45 beta Gadd45b 0.0196242 ‐4.591571431422_a_at dual specificity phosphatase 14 Dusp14 0.00437851 ‐4.580561424507_at Ras and Rab interactor 1 Rin1 0.000164026 ‐4.566031448393_at claudin 7 Cldn7 0.00401734 ‐4.555821436939_at unc‐45 homolog B (C. elegans) Unc45b 0.00172135 ‐4.542491450618_a_at small proline‐rich protein 2A Sprr2a 0.0585637 ‐4.522541434442_at starch binding domain 1 Stbd1 0.00149438 ‐4.500421426914_at MARVEL (membrane‐associating) domain containing 2 Marveld2 0.000343176 ‐4.495611419922_s_at attractin like 1 Atrnl1 5.05E‐05 ‐4.471841423310_at trophoblast glycoprotein Tpbg 0.00302715 ‐4.466891439068_at endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 Erap1 0.000101019 ‐4.457381456733_x_at serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade H, member 1 Serpinh1 0.00428939 ‐4.453451456226_x_at discoidin domain receptor family, member 1 Ddr1 0.000682647 ‐4.413631421053_at kinesin family member 1A Kif1a 0.00235796 ‐4.40691428804_at microfibrillar‐associated protein 3‐like Mfap3l 0.000136711 ‐4.397531447657_s_at synaptopodin 2‐like Synpo2l 0.00426889 ‐4.38881426208_x_at pleiomorphic adenoma gene‐like 1 Plagl1 0.00864304 ‐4.387071419401_at ankyrin repeat and SOCS box‐containing protein 13 Asb13 0.00253259 ‐4.385431457823_at cysteine rich protein 61 Cyr61 0.0855082 ‐4.373891452387_a_at angiomotin like 2 Amotl2 0.0044015 ‐4.36479

Page 5: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 5 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1419573_a_at lectin, galactose binding, soluble 1 Lgals1 0.003448 ‐4.35531427610_at desmoplakin Dsp 0.00821957 ‐4.34591416942_at endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 Erap1 1.81E‐05 ‐4.340721419717_at sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphor LOC100044162 /// Sema3e 0.00624061 ‐4.309631423569_at glycine amidinotransferase (L‐arginine:glycine amidinotransferase) Gatm 0.000293912 ‐4.309361423104_at insulin receptor substrate 1 Irs1 0.00682166 ‐4.305541433647_s_at Rho‐related BTB domain containing 3 Rhobtb3 0.000292498 ‐4.286091425028_a_at tropomyosin 2, beta Tpm2 0.00823133 ‐4.261521454966_at integrin alpha 8 Itga8 0.000508334 ‐4.24921416271_at PERP, TP53 apoptosis effector Perp 0.0106006 ‐4.246631416953_at connective tissue growth factor Ctgf 0.00945889 ‐4.239051436829_at Adult male adrenal gland cDNA, RIKEN full‐length enriched library, clone:7330443 ‐‐‐ 0.0028236 ‐4.231471448213_at annexin A1 Anxa1 0.0368287 ‐4.227451450782_at wingless‐related MMTV integration site 4 Wnt4 0.00360272 ‐4.225651435820_x_at discoidin domain receptor family, member 1 Ddr1 0.000324875 ‐4.207161418825_at immunity‐related GTPase family, M Irgm 0.00190239 ‐4.206921448664_a_at SPEG complex locus Speg 0.00229162 ‐4.201261418446_at solute carrier family 16 (monocarboxylic acid transporters), member 2 /// simila LOC100045628 /// Slc16a2 0.000715441 ‐4.191521449269_at coagulation factor V F5 0.01799 ‐4.185081421812_at TAP binding protein Tapbp 0.000324854 ‐4.184861437101_at large tumor suppressor 2 Lats2 0.024286 ‐4.162851421156_a_at desmocollin 2 Dsc2 0.0103019 ‐4.154861449244_at cadherin 2 /// similar to N‐cadherin Cdh2 /// LOC100044363 0.0268591 ‐4.152191454877_at SERTA domain containing 4 Sertad4 0.00134048 ‐4.132451439665_at G protein‐coupled receptor 23 Gpr23 0.0114319 ‐4.125691455439_a_at lectin, galactose binding, soluble 1 Lgals1 0.00369512 ‐4.107991416892_s_at RIKEN cDNA 3110001A13 gene 3110001A13Rik 0.0015879 ‐4.093971448566_at solute carrier family 40 (iron‐regulated transporter), member 1 Slc40a1 0.000496049 ‐4.090111448594_at WNT1 inducible signaling pathway protein 1 Wisp1 0.0269857 ‐4.087221456623_at tropomyosin 1, alpha Tpm1 0.0172149 ‐4.080691420621_a_at amyloid beta (A4) precursor protein App 0.00208346 ‐4.065291443969_at insulin receptor substrate 2 Irs2 0.00440389 ‐4.045841415798_at discoidin domain receptor family, member 1 Ddr1 0.00107687 ‐4.041571454866_s_at chloride intracellular channel 6 Clic6 0.022197 ‐4.038351418907_at coagulation factor V F5 0.0187815 ‐4.012891452092_at RIKEN cDNA 4631426J05 gene 4631426J05Rik 0.000792714 ‐4.004721425567_a_at annexin A5 Anxa5 0.0224756 ‐3.997221436729_at actin filament associated protein 1 Afap1 0.00432123 ‐3.996461424932_at epidermal growth factor receptor Egfr 0.00253262 ‐3.983041424051_at collagen, type IV, alpha 2 Col4a2 0.00305533 ‐3.974061417845_at claudin 6 Cldn6 3.29E‐05 ‐3.972281423586_at AXL receptor tyrosine kinase Axl 0.0136943 ‐3.967081418990_at membrane‐spanning 4‐domains, subfamily A, member 4D Ms4a4d 0.00174588 ‐3.966671422134_at FBJ osteosarcoma oncogene B Fosb 0.112016 ‐3.962281427489_at integrin alpha 8 Itga8 0.000357523 ‐3.956971439341_at cDNA sequence AK220484 AK220484 0.00576461 ‐3.936661424770_at caldesmon 1 Cald1 0.00868878 ‐3.936471455871_s_at Tax1 (human T‐cell leukemia virus type I) binding protein 3 /// ribosomal protei LOC100039683 /// LOC100045937 ///  0.00800605 ‐3.93049

Page 6: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 6 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1429909_at RIKEN cDNA 2600010E01 gene 2600010E01Rik 0.0242253 ‐3.922871438081_at mutated in colorectal cancers /// hypothetical protein LOC100044194 LOC100044194 /// Mcc 0.0121887 ‐3.913851453125_at SRY‐box containing gene 11 Sox11 0.00305832 ‐3.910361433877_at RIKEN cDNA 4732473B16 gene 4732473B16Rik 0.000857731 ‐3.907131426255_at neurofilament, light polypeptide Nefl 0.0461346 ‐3.898181448318_at adipose differentiation related protein Adfp 0.00298567 ‐3.88511419300_at FMS‐like tyrosine kinase 1 Flt1 0.00364103 ‐3.879031452217_at AHNAK nucleoprotein (desmoyokin) Ahnak 0.00614171 ‐3.862341451827_a_at NADPH oxidase 4 Nox4 0.016406 ‐3.856251421365_at follistatin Fst 0.0456314 ‐3.850431416593_at glutaredoxin Glrx 0.000888716 ‐3.846151422537_a_at inhibitor of DNA binding 2 Id2 0.0150979 ‐3.839331449491_at caspase recruitment domain family, member 10 Card10 8.04E‐05 ‐3.830951455154_at GLI‐Kruppel family member GLI3 Gli3 0.00136662 ‐3.82151449195_s_at chemokine (C‐X‐C motif) ligand 16 Cxcl16 0.00113286 ‐3.819311449459_s_at ankyrin repeat and SOCS box‐containing protein 13 Asb13 0.00212653 ‐3.819181448688_at podocalyxin‐like Podxl 0.00197675 ‐3.817531426887_at nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)‐type motif 11 Nudt11 7.49E‐06 ‐3.814991418944_at cysteinyl leukotriene receptor 1 Cysltr1 0.00355632 ‐3.811571416592_at glutaredoxin Glrx 0.000516156 ‐3.806191422917_at Eph receptor A1 Epha1 0.0019398 ‐3.805871433776_at lipoma HMGIC fusion partner Lhfp 0.015786 ‐3.805231428785_at angiomotin‐like 1 Amotl1 0.000108379 ‐3.783571426221_at loss of heterozygosity, 11, chromosomal region 2, gene A homolog (human) Loh11cr2a 0.000177654 ‐3.781911416431_at tubulin, beta 6 Tubb6 0.00428823 ‐3.781431454799_at RIKEN cDNA A230097K15 gene A230097K15Rik 0.00971917 ‐3.754641444025_at potassium inwardly‐rectifying channel, subfamily J, member 3 Kcnj3 0.0021113 ‐3.741161424246_a_at testis derived transcript Tes 0.00191608 ‐3.72621436790_a_at SRY‐box containing gene 11 Sox11 0.000815257 ‐3.720581460411_s_at expressed sequence AW548124 /// similar to Expressed sequence AW548124 AW548124 /// LOC100048505 0.000472782 ‐3.715241423946_at PDZ and LIM domain 2 Pdlim2 0.00803715 ‐3.715081436917_s_at G‐protein signalling modulator 1 (AGS3‐like, C. elegans) Gpsm1 0.00282058 ‐3.695721447869_x_at Rho‐related BTB domain containing 3 Rhobtb3 0.000515451 ‐3.692691449434_at carbonic anhydrase 3 Car3 0.0552079 ‐3.68991453004_at RIKEN cDNA 3110004L20 gene 3110004L20Rik 0.0220564 ‐3.683311426541_a_at endonuclease domain containing 1 Endod1 0.0139071 ‐3.680661460632_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.00382672 ‐3.680141424099_at RIKEN cDNA 2310016C16 gene 2310016C16Rik 0.000928147 ‐3.672781416389_a_at regulator of chromosome condensation (RCC1) and BTB (POZ) domain containing prot Rcbtb2 0.000993288 ‐3.670761416700_at Rho family GTPase 3 Rnd3 0.000299205 ‐3.66881436356_at lectin, galactose binding, soluble 7 /// sterile alpha motif domain containing 4 Lgals7 /// Samd4 3.78E‐05 ‐3.668691423952_a_at keratin 7 Krt7 0.0491626 ‐3.664611450763_x_at wingless‐related MMTV integration site 3 Wnt3 0.0039878 ‐3.664451421267_a_at Cbp/p300‐interacting transactivator, with Glu/Asp‐rich carboxy‐terminal domain,  Cited2 0.00616083 ‐3.65851440355_at potassium channel tetramerisation domain containing 12b Kctd12b 0.00942541 ‐3.644111427763_a_at calcium/calmodulin‐dependent protein kinase II, delta Camk2d 0.0011528 ‐3.641671451501_a_at growth hormone receptor Ghr 0.000798346 ‐3.637181418201_at pleckstrin homology domain containing, family G (with RhoGef domain) member 2 Plekhg2 0.00145826 ‐3.62547

Page 7: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 7 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1417588_at UDP‐N‐acetyl‐alpha‐D‐galactosamine:polypeptide N‐acetylgalactosaminyltransferase Galnt3 0.000693344 ‐3.624211426614_at protein kinase C binding protein 1 Prkcbp1 0.000611396 ‐3.62381450923_at transforming growth factor, beta 2 Tgfb2 0.0262379 ‐3.622151442226_at sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphor Sema3e 0.0151992 ‐3.603421433883_at tropomyosin 4 Tpm4 0.00213795 ‐3.599261422836_at muscleblind‐like 3 (Drosophila) Mbnl3 0.00262164 ‐3.59581433453_a_at ankyrin repeat and BTB (POZ) domain containing 2 Abtb2 0.0223428 ‐3.595231415797_at discoidin domain receptor family, member 1 Ddr1 0.00029283 ‐3.591431423614_at leucine rich repeat containing 8 family, member C Lrrc8c 6.19E‐05 ‐3.590411443858_at Predicted gene, EG667823 EG667823 0.00680729 ‐3.583571449027_at ras homolog gene family, member U Rhou 0.0146846 ‐3.577221433770_at dihydropyrimidinase‐like 2 Dpysl2 0.00249536 ‐3.566081420991_at ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) Ankrd1 0.0686557 ‐3.55481435285_at metallophosphoesterase domain containing 2 Mpped2 0.000100776 ‐3.550561424130_a_at polymerase I and transcript release factor Ptrf 0.0108999 ‐3.543611417612_at immediate early response 5 Ier5 0.00860985 ‐3.533641439016_x_at small proline‐rich protein 2A Sprr2a 0.0878419 ‐3.521331449885_at transmembrane protein 47 Tmem47 0.0012651 ‐3.518171429839_a_at YY1 associated factor 2 Yaf2 0.000436147 ‐3.516691426716_at tudor domain containing 7 Tdrd7 0.0291115 ‐3.516471416407_at phosphoprotein enriched in astrocytes 15A Pea15a 0.000748161 ‐3.516381448737_at tetraspanin 7 Tspan7 0.000580437 ‐3.513751418497_at fibroblast growth factor 13 Fgf13 0.00340729 ‐3.512811427095_at CUB domain containing protein 1 Cdcp1 0.00722151 ‐3.500091435228_at cDNA sequence BC023829 /// similar to family with sequence similarity 11, member BC023829 /// LOC100045774 0.00355486 ‐3.488981416740_at collagen, type V, alpha 1 Col5a1 0.00504837 ‐3.488271438684_at NUAK family, SNF1‐like kinase, 1 Nuak1 0.0154545 ‐3.486291450693_at regulator of G‐protein signaling 17 Rgs17 0.044953 ‐3.485691436223_at 0 day neonate kidney cDNA, RIKEN full‐length enriched library, clone:D630049N15  ‐‐‐ 0.000486918 ‐3.483531434005_at RNA binding motif, single stranded interacting protein 1 Rbms1 0.00847469 ‐3.478991460378_a_at testis derived transcript Tes 0.00223878 ‐3.477881424567_at tetraspanin 2 Tspan2 0.00657062 ‐3.454371450108_at kinesin family member 1A Kif1a 0.000145452 ‐3.452771428295_at synaptopodin 2‐like Synpo2l 0.0349337 ‐3.445561425913_a_at RIKEN cDNA 2810022L02 gene 2810022L02Rik 0.00600601 ‐3.441631442115_at RIKEN cDNA 9430028L06 gene 9430028L06Rik 0.00392468 ‐3.435811418756_at thyrotropin releasing hormone Trh 0.0226745 ‐3.431631423311_s_at trophoblast glycoprotein Tpbg 0.000329509 ‐3.429771437132_x_at neural precursor cell expressed, developmentally down‐regulated gene 9 Nedd9 0.0244079 ‐3.427231452656_at zinc finger, DHHC domain containing 2 Zdhhc2 0.0163133 ‐3.422321455158_at integrin alpha 3 Itga3 0.000127853 ‐3.410991456377_x_at LIM domain containing 2 /// similar to epithelial protein lost in neoplasm Limd2 /// LOC632329 0.00026241 ‐3.409991420565_at homeo box A1 Hoxa1 0.0262262 ‐3.409671418664_at multiple PDZ domain protein Mpdz 0.000645586 ‐3.406991422851_at high mobility group AT‐hook 2 Hmga2 0.0270508 ‐3.404181423756_s_at insulin‐like growth factor binding protein 4 Igfbp4 0.0560818 ‐3.398391417959_at PDZ and LIM domain 7 Pdlim7 0.000911803 ‐3.391661430221_at RIKEN cDNA 9130008F23 gene 9130008F23Rik 0.00647479 ‐3.39063

Page 8: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 8 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1418012_at SH3‐domain GRB2‐like B1 (endophilin) Sh3glb1 0.00765771 ‐3.388861418280_at Kruppel‐like factor 6 Klf6 0.000436883 ‐3.379811454672_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.0116101 ‐3.379021447930_at bromodomain adjacent to zinc finger domain 1A Baz1a 0.00399866 ‐3.378251437308_s_at coagulation factor II (thrombin) receptor F2r 0.00447097 ‐3.378071436185_at expressed sequence AI314180 AI314180 0.00833902 ‐3.377181457843_at LY6/PLAUR domain containing 6 Lypd6 0.000716114 ‐3.374971434380_at guanylate binding protein 6 /// similar to Lysophospholipase I Gbp6 /// LOC100047881 0.0635091 ‐3.350411436515_at BTB and CNC homology 2 Bach2 0.00301368 ‐3.345121426594_at FERM domain containing 4B Frmd4b 0.00726422 ‐3.344991416333_at docking protein 2 Dok2 0.000262114 ‐3.34041428259_at peroxidasin homolog (Drosophila) Pxdn 3.53E‐05 ‐3.33831452207_at Cbp/p300‐interacting transactivator, with Glu/Asp‐rich carboxy‐terminal domain,  Cited2 0.00933066 ‐3.326871419738_a_at tropomyosin 2, beta Tpm2 0.00938439 ‐3.325991448233_at prion protein Prnp 0.0201362 ‐3.324441434186_at G protein‐coupled receptor 23 Gpr23 0.0134595 ‐3.323811454849_x_at clusterin /// similar to clusterin Clu /// LOC100046120 0.000272674 ‐3.319781460444_at arrestin, beta 1 Arrb1 0.000178161 ‐3.309111429688_at aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator‐like 2 Arntl2 0.000746337 ‐3.298141429400_at chloride channel 5 Clcn5 0.000694128 ‐3.295521450781_at high mobility group AT‐hook 2 Hmga2 0.0170273 ‐3.275751450079_at Nik related kinase Nrk 0.00424236 ‐3.275121448194_a_at H19 fetal liver mRNA H19 0.186072 ‐3.274351429372_at SRY‐box containing gene 11 Sox11 0.00678903 ‐3.268361442434_at DNA segment, Chr 8, ERATO Doi 82, expressed D8Ertd82e 0.00468083 ‐3.26831450780_s_at high mobility group AT‐hook 2 Hmga2 0.0212708 ‐3.259661450378_at TAP binding protein Tapbp 0.0100535 ‐3.258571434423_at GULP, engulfment adaptor PTB domain containing 1 Gulp1 0.00153451 ‐3.257591428414_at cyclin Y /// similar to cyclin fold protein 1 Ccny /// LOC100044842 0.0686673 ‐3.252851429599_a_at RIKEN cDNA 1110019K23 gene 1110019K23Rik 0.00293718 ‐3.247131439485_at zinc finger protein 608 Zfp608 0.000704371 ‐3.241621452280_at FERM, RhoGEF (Arhgef) and pleckstrin domain protein 1 (chondrocyte‐derived) ///  Farp1 /// LOC100045542 0.00063739 ‐3.241141422643_at monooxygenase, DBH‐like 1 Moxd1 0.000803677 ‐3.236551427673_a_at sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphor LOC100044162 /// Sema3e 0.00563142 ‐3.218221427133_s_at low density lipoprotein receptor‐related protein 2 Lrp2 0.0259273 ‐3.217861428319_at PDZ and LIM domain 7 Pdlim7 0.000790838 ‐3.194431422818_at neural precursor cell expressed, developmentally down‐regulated gene 9 Nedd9 0.0696386 ‐3.193781449028_at ras homolog gene family, member U Rhou 0.0274142 ‐3.191361435648_at RIKEN cDNA B430119L13 gene B430119L13Rik 0.000342808 ‐3.191071416382_at cathepsin C Ctsc 0.00260026 ‐3.188561418486_at vanin 1 Vnn1 0.0671359 ‐3.185331418534_at frizzled homolog 2 (Drosophila) Fzd2 0.0215286 ‐3.182481426514_at RIKEN cDNA 4631426J05 gene 4631426J05Rik 0.00270633 ‐3.177911439127_at expressed sequence AI314180 AI314180 0.000460257 ‐3.17151450342_at bone morphogenetic protein 8b Bmp8b 0.00558839 ‐3.163541416156_at vinculin Vcl 0.00266961 ‐3.16171415949_at carboxypeptidase E /// similar to carboxypeptidase E Cpe /// LOC100046434 0.00487929 ‐3.159981424443_at hepatoma‐derived growth factor, related protein 3 /// transmembrane 6 superfamil Hdgfrp3 /// Tm6sf1 0.0316624 ‐3.14985

Page 9: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 9 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1454882_at l(3)mbt‐like 3 (Drosophila) L3mbtl3 3.94E‐05 ‐3.144541415801_at gap junction protein, alpha 1 Gja1 0.0011087 ‐3.137841439078_at kelch‐like 4 (Drosophila) Klhl4 0.00348219 ‐3.134711452106_at nephronectin Npnt 0.0573804 ‐3.13181429313_at receptor tyrosine kinase‐like orphan receptor 1 Ror1 0.00909946 ‐3.131771429415_at protein kinase C binding protein 1 Prkcbp1 1.43E‐05 ‐3.131561427457_a_at bone morphogenetic protein 1 Bmp1 0.0180251 ‐3.129341418445_at solute carrier family 16 (monocarboxylic acid transporters), member 2 /// simila LOC100045628 /// Slc16a2 0.00124309 ‐3.128381426934_at NHS‐like 1 Nhsl1 0.000127438 ‐3.118331417327_at caveolin 2 Cav2 0.0143872 ‐3.117961429028_at dedicator of cytokinesis 11 Dock11 0.000615646 ‐3.113631434353_at Scm‐like with four mbt domains 2 Sfmbt2 0.0168442 ‐3.104851436714_at LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma Lpp 0.00764702 ‐3.102731423399_a_at YY1 associated factor 2 Yaf2 0.0017441 ‐3.100381438651_a_at angiotensin receptor‐like 1 Agtrl1 0.113248 ‐3.096511416454_s_at actin, alpha 2, smooth muscle, aorta Acta2 0.0702031 ‐3.091041448316_at CKLF‐like MARVEL transmembrane domain containing 3 /// similar to CKLF‐like MARV Cmtm3 /// LOC100046883 0.0147824 ‐3.086851428850_x_at CD99 antigen Cd99 0.000489639 ‐3.085011418536_at histocompatibility 2, Q region locus 5 /// histocompatibility 2, Q region locus  H2‐Q5 /// H2‐Q6 /// H2‐Q7 /// H2‐Q8  0.0349993 ‐3.082681421923_at SH3‐domain binding protein 5 (BTK‐associated) Sh3bp5 0.0118642 ‐3.081471418136_at transforming growth factor beta 1 induced transcript 1 Tgfb1i1 0.00605584 ‐3.07871449264_at synaptotagmin XI /// similar to synaptotagmin XI LOC100045981 /// Syt11 0.0773994 ‐3.074791421223_a_at annexin A4 Anxa4 0.000954328 ‐3.069611426680_at selenoprotein N, 1 Sepn1 0.000463468 ‐3.065111437458_x_at clusterin /// similar to clusterin Clu /// LOC100046120 0.00980981 ‐3.057041453264_at MARVEL (membrane‐associating) domain containing 3 Marveld3 0.00205422 ‐3.055081418688_at calcitonin receptor Calcr 0.00325946 ‐3.049641452294_at protocadherin 1 Pcdh1 0.00124349 ‐3.046451423429_at reproductive homeobox 5 Rhox5 0.0870871 ‐3.043871450716_at a disintegrin‐like and metallopeptidase (reprolysin type) with thrombospondin ty Adamts1 0.000765442 ‐3.039671458341_x_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.00181482 ‐3.039591455314_at LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma Lpp 0.00776869 ‐3.036521435110_at unc‐5 homolog B (C. elegans) Unc5b 0.000158763 ‐3.035551425458_a_at growth factor receptor bound protein 10 Grb10 0.0659464 ‐3.031691438271_at LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma Lpp 0.00894443 ‐3.027021434376_at CD44 antigen Cd44 0.230353 ‐3.015481450924_at hepatoma‐derived growth factor, related protein 3 Hdgfrp3 0.000248093 ‐3.010951433571_at serine incorporator 5 Serinc5 0.0367627 ‐3.010011435021_at gamma‐aminobutyric acid (GABA‐A) receptor, subunit beta 3 Gabrb3 0.00552326 ‐3.003841447623_s_at protein kinase C, mu Prkcm 0.000962892 ‐3.003581415927_at actin, alpha, cardiac /// similar to alpha‐actin (AA 27‐375) Actc1 /// LOC100048431 0.024995 ‐3.000281434325_x_at protein kinase, cAMP dependent regulatory, type I beta Prkar1b 0.0124834 ‐2.999991429661_at Rho‐related BTB domain containing 3 Rhobtb3 0.00317813 ‐2.997331426910_at PRKC, apoptosis, WT1, regulator Pawr 0.0080951 ‐2.996471429281_at RIKEN cDNA 2610008E11 gene 2610008E11Rik 0.00397243 ‐2.994491452178_at plectin 1 /// similar to Plec1 protein LOC100046469 /// LOC671535 /// Plec 0.0070965 ‐2.98971456798_at RIKEN cDNA 9330118A15 gene 9330118A15Rik 0.001761 ‐2.985961452320_at low density lipoprotein receptor‐related protein 2 Lrp2 0.046932 ‐2.98347

Page 10: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 10 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1458591_at RAS and EF hand domain containing Rasef 0.00622176 ‐2.981881416034_at CD24a antigen Cd24a 0.0017223 ‐2.981781416022_at fatty acid binding protein 5, epidermal Fabp5 0.0126498 ‐2.97971450852_s_at coagulation factor II (thrombin) receptor F2r 0.0205766 ‐2.971521430162_at RIKEN cDNA 3830417A13 gene 3830417A13Rik 0.0014781 ‐2.970061426024_a_at drebrin 1 Dbn1 0.00010649 ‐2.964811427742_a_at Kruppel‐like factor 6 Klf6 0.000658461 ‐2.963581418572_x_at tumor necrosis factor receptor superfamily, member 12a Tnfrsf12a 0.000643953 ‐2.960011416701_at Rho family GTPase 3 Rnd3 0.000108911 ‐2.955851416846_a_at PDZ domain containing RING finger 3 Pdzrn3 0.0109782 ‐2.952161448201_at secreted frizzled‐related protein 2 Sfrp2 0.00112893 ‐2.950971428492_at GLI pathogenesis‐related 2 Glipr2 0.00232511 ‐2.948091422068_at POU domain, class 3, transcription factor 1 /// similar to long overlapping ORF; LOC100045707 /// Pou3f1 0.00283742 ‐2.945791436999_at RIKEN cDNA 5033414K04 gene 5033414K04Rik 0.0162482 ‐2.944611434301_at RIKEN cDNA D330050I23 gene D330050I23Rik 0.00534391 ‐2.942941415800_at gap junction protein, alpha 1 Gja1 0.0031128 ‐2.933051448147_at tumor necrosis factor receptor superfamily, member 19 Tnfrsf19 0.00516849 ‐2.923591418152_at nucleosome binding protein 1 Nsbp1 0.00286532 ‐2.923051420514_at Transmembrane protein 47 Tmem47 0.000137311 ‐2.921771456067_at GLI‐Kruppel family member GLI3 Gli3 0.000629319 ‐2.9211425940_a_at single‐stranded DNA binding protein 3 Ssbp3 0.00207465 ‐2.916571426708_at anthrax toxin receptor 2 Antxr2 0.00182916 ‐2.915281452834_at RIKEN cDNA 2600010E01 gene 2600010E01Rik 0.0396103 ‐2.914611427405_s_at RAB11 family interacting protein 5 (class I) Rab11fip5 0.0694225 ‐2.913031424176_a_at annexin A4 Anxa4 0.00251146 ‐2.912371417398_at related RAS viral (r‐ras) oncogene homolog 2 Rras2 0.00889286 ‐2.909291460305_at integrin alpha 3 Itga3 6.82E‐05 ‐2.908391437842_at phosphatidylinositol‐specific phospholipase C, X domain containing 1 Plcxd1 0.00799971 ‐2.904831433610_at expressed sequence AA986860 AA986860 0.0231024 ‐2.904681451037_at protein tyrosine phosphatase, non‐receptor type 9 Ptpn9 0.000300312 ‐2.904061424552_at caspase 8 Casp8 0.000567862 ‐2.894831449110_at ras homolog gene family, member B Rhob 7.62E‐05 ‐2.890881455266_at kinesin family member 5C Kif5c 0.00155873 ‐2.890341451446_at anthrax toxin receptor 1 Antxr1 0.0115327 ‐2.884921434314_s_at RAB11 family interacting protein 5 (class I) Rab11fip5 0.08811 ‐2.884021428851_at RIKEN cDNA 1300014I06 gene 1300014I06Rik 0.00414288 ‐2.884011416021_a_at fatty acid binding protein 5, epidermal /// similar to Fatty acid‐binding protei Fabp5 /// LOC547041 /// LOC620603 0.00348408 ‐2.883121416432_at 6‐phosphofructo‐2‐kinase/fructose‐2,6‐biphosphatase 3 Pfkfb3 0.0127908 ‐2.880721416741_at collagen, type V, alpha 1 Col5a1 0.00314668 ‐2.879081425895_a_at inhibitor of DNA binding 1 Id1 0.0127327 ‐2.87891426648_at MAP kinase‐activated protein kinase 2 Mapkapk2 0.00090908 ‐2.872081417895_a_at transmembrane protein 54 Tmem54 0.00918654 ‐2.868771423825_at G protein‐coupled receptor 177 Gpr177 0.0178233 ‐2.867331450414_at platelet derived growth factor, B polypeptide Pdgfb 0.000865991 ‐2.866511447448_s_at Kruppel‐like factor 6 Klf6 0.00393521 ‐2.861581427005_at polo‐like kinase 2 (Drosophila) Plk2 0.0193701 ‐2.861451426750_at filamin, beta Flnb 0.00713573 ‐2.860631455843_at fucosyltransferase 4 Fut4 0.00134851 ‐2.85988

Page 11: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 11 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1434822_at periphilin 1 Pphln1 0.00114651 ‐2.855591428615_at purinergic receptor P2Y, G‐protein coupled, 5 P2ry5 0.000312635 ‐2.854951437405_a_at insulin‐like growth factor binding protein 4 Igfbp4 0.0582705 ‐2.850131427917_s_at single‐stranded DNA binding protein 3 Ssbp3 0.000436718 ‐2.847341417502_at tetraspanin 7 Tspan7 0.00199432 ‐2.844961425903_at sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6A Sema6a 0.0247255 ‐2.843791436320_at CDNA clone IMAGE:1328649 ‐‐‐ 0.00265776 ‐2.843121450355_a_at capping protein (actin filament), gelsolin‐like Capg 0.00144134 ‐2.841431435888_at epidermal growth factor receptor Egfr 0.000103391 ‐2.83971452424_at G protein‐coupled receptor 23 Gpr23 0.0135343 ‐2.835881436959_x_at nasal embryonic LHRH factor Nelf 0.0352411 ‐2.829331434479_at collagen, type V, alpha 1 Col5a1 0.00558582 ‐2.828241456195_x_at integrin beta 5 Itgb5 0.00130187 ‐2.826611436514_at glypican 4 Gpc4 0.019097 ‐2.816421423635_at bone morphogenetic protein 2 Bmp2 0.00649208 ‐2.816231448593_at WNT1 inducible signaling pathway protein 1 Wisp1 0.0250429 ‐2.816171418320_at protease, serine, 8 (prostasin) Prss8 0.0236868 ‐2.814941448509_at RIKEN cDNA 3110001A13 gene 3110001A13Rik 0.00399104 ‐2.813571417122_at vav 3 oncogene Vav3 0.00443699 ‐2.811261452127_a_at protein tyrosine phosphatase, non‐receptor type 13 Ptpn13 0.00126614 ‐2.810871418703_at RNA binding motif, single stranded interacting protein 1 Rbms1 0.0103711 ‐2.810291447766_x_at LIM domain containing 2 /// similar to epithelial protein lost in neoplasm Limd2 /// LOC632329 0.000406909 ‐2.809431444402_at zinc finger CCCH type containing 12C Zc3h12c 0.000406928 ‐2.805751449641_at adenosine kinase Adk 0.00500767 ‐2.804891460351_at S100 calcium binding protein A11 (calgizzarin) S100a11 0.0105606 ‐2.795941418734_at expressed sequence BE136769 BE136769 0.155304 ‐2.793341423537_at growth associated protein 43 Gap43 0.0307308 ‐2.790431419186_a_at ST8 alpha‐N‐acetyl‐neuraminide alpha‐2,8‐sialyltransferase 4 St8sia4 0.00521985 ‐2.781581428826_at nuclear receptor subfamily 6, group A, member 1 Nr6a1 0.00152668 ‐2.776681424358_at ubiquitin‐conjugating enzyme E2E 2 (UBC4/5 homolog, yeast) Ube2e2 0.000702313 ‐2.77541452107_s_at Nephronectin Npnt 0.122287 ‐2.768491420624_a_at vesicle‐associated membrane protein 8 Vamp8 0.000425042 ‐2.767551434557_at huntingtin interacting protein 1 Hip1 0.000152994 ‐2.76711450787_at chloride channel 5 /// similar to chloride channel 5 Clcn5 /// LOC100045272 0.000818929 ‐2.764831454995_at dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 Ddah1 0.000183709 ‐2.763331448689_at related RAS viral (r‐ras) oncogene homolog 2 Rras2 0.00793651 ‐2.762331436719_at solute carrier family 35, member F1 Slc35f1 0.00423496 ‐2.758621429449_at sterile alpha motif domain containing 4 Samd4 0.00366564 ‐2.756321429051_s_at SRY‐box containing gene 11 Sox11 0.00450659 ‐2.756121448182_a_at CD24a antigen Cd24a 0.000854941 ‐2.748471429104_at LIM domain containing 2 Limd2 0.00175568 ‐2.74731436094_at VGF nerve growth factor inducible Vgf 0.0180716 ‐2.73561425092_at cadherin 10 Cdh10 0.0166859 ‐2.731811443620_at Glypican 4 Gpc4 0.0527128 ‐2.731411442542_at eyes absent 4 homolog (Drosophila) Eya4 0.0648454 ‐2.730191460220_a_at colony stimulating factor 1 (macrophage) Csf1 0.0477108 ‐2.72991437868_at cDNA sequence BC023892 BC023892 0.00015032 ‐2.727151449577_x_at tropomyosin 2, beta Tpm2 0.0348845 ‐2.72689

Page 12: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 12 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1447272_s_at ATPase, class V, type 10A Atp10a 0.01504 ‐2.724531435902_at nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)‐type motif 18 Nudt18 0.0155409 ‐2.723951426238_at bone morphogenetic protein 1 Bmp1 0.00992232 ‐2.723921429005_at malignant fibrous histiocytoma amplified sequence 1 Mfhas1 0.0015053 ‐2.723221421088_at glypican 4 Gpc4 0.00313412 ‐2.721291417533_a_at integrin beta 5 Itgb5 0.000310965 ‐2.720071420498_a_at disabled homolog 2 (Drosophila) Dab2 0.0068725 ‐2.718351424450_at G protein‐coupled receptor, family C, group 5, member C /// similar to G protein Gprc5c /// LOC100044349 0.000320007 ‐2.71361426951_at cysteine rich transmembrane BMP regulator 1 (chordin like) Crim1 0.00975936 ‐2.704631424169_at Tax1 (human T‐cell leukemia virus type I) binding protein 3 /// similar to Tax1  LOC100039683 /// LOC100045937 ///  0.0055468 ‐2.703371416157_at vinculin Vcl 0.00199915 ‐2.700511455359_at protein tyrosine phosphatase, non‐receptor type 14 Ptpn14 0.00298764 ‐2.697831437992_x_at gap junction protein, alpha 1 Gja1 0.00162246 ‐2.696091422489_at glucosidase 1 Gcs1 0.000315138 ‐2.694081420992_at ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) Ankrd1 0.107715 ‐2.692111452059_at solute carrier family 35, member F5 Slc35f5 0.00571937 ‐2.690761422018_at human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 2 Hivep2 0.00338628 ‐2.690671457883_at Adult male aorta and vein cDNA, RIKEN full‐length enriched library, clone:A53009 ‐‐‐ 0.000812587 ‐2.68671424221_at sushi domain containing 4 Susd4 0.0123463 ‐2.684431451287_s_at RIKEN cDNA 2810003C17 gene 2810003C17Rik 0.0145395 ‐2.683671448429_at glycogenin Gyg 0.00640832 ‐2.683621452035_at collagen, type IV, alpha 1 Col4a1 0.0107864 ‐2.68191438428_at junctophilin 1 Jph1 0.00385495 ‐2.679981455400_at dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 Ddah1 0.00683614 ‐2.674271423760_at CD44 antigen Cd44 0.247168 ‐2.668131438855_x_at tumor necrosis factor, alpha‐induced protein 2 Tnfaip2 0.00303238 ‐2.666931417960_at cytoplasmic polyadenylation element binding protein 1 Cpeb1 0.0182045 ‐2.664631423174_a_at par‐6 (partitioning defective 6) homolog beta (C. elegans) Pard6b 0.0155149 ‐2.662031418571_at tumor necrosis factor receptor superfamily, member 12a Tnfrsf12a 0.000476934 ‐2.654931434272_at cytoplasmic polyadenylation element binding protein 2 Cpeb2 0.0159668 ‐2.652691435766_at periphilin 1 Pphln1 0.0189648 ‐2.648951443256_at 2 days pregnant adult female oviduct cDNA, RIKEN full‐length enriched library, c ‐‐‐ 0.0195879 ‐2.648091423694_at potassium channel tetramerisation domain containing 10 Kctd10 0.00030661 ‐2.647681440874_at solute carrier organic anion transporter family, member 5A1 Slco5a1 0.000237586 ‐2.64721420858_at protein kinase inhibitor, alpha Pkia 0.00137821 ‐2.646581418351_a_at DNA methyltransferase 3B Dnmt3b 0.0408592 ‐2.646291448557_at RIKEN cDNA 1200015N20 gene 1200015N20Rik 0.0239379 ‐2.645351459522_s_at glycogenin Gyg 0.00852871 ‐2.642351429690_at RIKEN cDNA 1300003B13 gene /// hypothetical protein LOC100044281 1300003B13Rik /// LOC100044281 0.00694542 ‐2.638681428825_at nuclear receptor subfamily 6, group A, member 1 Nr6a1 0.00336175 ‐2.636711424376_at CDC42 effector protein (Rho GTPase binding) 1 Cdc42ep1 0.00293335 ‐2.635331450102_a_at autocrine motility factor receptor /// similar to Autocrine motility factor rece Amfr /// LOC100046262 0.000342949 ‐2.633531423175_s_at par‐6 (partitioning defective 6) homolog beta (C. elegans) Pard6b 0.0231823 ‐2.626451425336_x_at histocompatibility 2, K1, K region H2‐K1 0.0013882 ‐2.618111433508_at Kruppel‐like factor 6 Klf6 0.000129092 ‐2.609251428535_at RIKEN cDNA 9430020K01 gene 9430020K01Rik 0.00757779 ‐2.609061416776_at crystallin, mu Crym 0.0159748 ‐2.608191416842_at glutathione S‐transferase, mu 5 Gstm5 0.00492678 ‐2.60743

Page 13: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 13 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1424791_a_at basal cell adhesion molecule Bcam 0.0236945 ‐2.603991455735_at adaptor‐related protein complex AP‐1, sigma 3 Ap1s3 0.000417531 ‐2.601491438945_x_at gap junction protein, alpha 1 Gja1 0.0181754 ‐2.601241460495_s_at HtrA serine peptidase 2 Htra2 0.00129789 ‐2.60121433602_at gamma‐aminobutyric acid (GABA‐A) receptor, subunit alpha 5 Gabra5 0.00697352 ‐2.598771451871_a_at growth hormone receptor Ghr 0.00364469 ‐2.595381419033_at RIKEN cDNA 2610018G03 gene 2610018G03Rik 0.00156477 ‐2.592841434436_at microrchidia 4 Morc4 0.0286876 ‐2.592121453269_at unc‐5 homolog B (C. elegans) Unc5b 0.00207718 ‐2.589691428796_at RIKEN cDNA 5530401J07 gene 5530401J07Rik 0.00415024 ‐2.588381416390_at regulator of chromosome condensation (RCC1) and BTB (POZ) domain containing prot Rcbtb2 0.00587192 ‐2.587121449152_at cyclin‐dependent kinase inhibitor 2B (p15, inhibits CDK4) Cdkn2b 0.0191695 ‐2.583251418694_at potassium channel modulatory factor 1 /// similar to Kcmf1 protein Kcmf1 /// LOC100047784 0.00104072 ‐2.582611421964_at Notch gene homolog 3 (Drosophila) Notch3 0.0346948 ‐2.581341436736_x_at DNA segment, human D4S114 D0H4S114 0.0127444 ‐2.580211428429_at RGM domain family, member B Rgmb 0.000272919 ‐2.579461453227_at Rho‐related BTB domain containing 3 Rhobtb3 0.00154216 ‐2.577661450971_at growth arrest and DNA‐damage‐inducible 45 beta Gadd45b 0.0551892 ‐2.577581448754_at retinol binding protein 1, cellular /// similar to cellular retinol binding prot LOC100045055 /// Rbp1 0.00129369 ‐2.574521447713_at tropomyosin 1, alpha Tpm1 0.106546 ‐2.568381423100_at FBJ osteosarcoma oncogene Fos 0.0745281 ‐2.566041417574_at chemokine (C‐X‐C motif) ligand 12 Cxcl12 0.0381171 ‐2.565891449145_a_at caveolin, caveolae protein 1 Cav1 0.0643723 ‐2.563761449073_at filamin C, gamma (actin binding protein 280) Flnc 0.000297251 ‐2.563251434264_at ankyrin 2, brain Ank2 0.0483478 ‐2.558171426397_at transforming growth factor, beta receptor II Tgfbr2 0.0073029 ‐2.556321436399_s_at Nik related kinase Nrk 0.00495443 ‐2.554681428738_a_at DNA segment, Chr 14, ERATO Doi 449, expressed /// similar to D14Ertd449e protein D14Ertd449e /// LOC100039192 /// LO 0.00669516 ‐2.554451417189_at proteasome (prosome, macropain) 28 subunit, beta Psme2 0.000199358 ‐2.552131436761_s_at RIKEN cDNA 1200015N20 gene 1200015N20Rik 0.0157189 ‐2.546151427042_at mal, T‐cell differentiation protein 2 Mal2 0.0190721 ‐2.541971452655_at zinc finger, DHHC domain containing 2 Zdhhc2 0.0085314 ‐2.539881436004_at ubiquitin specific peptidase 27, X chromosome Usp27x 0.000350028 ‐2.535251449022_at nestin Nes 0.00285306 ‐2.534461417162_at transmembrane BAX inhibitor motif containing 1 Tmbim1 0.00387675 ‐2.530581454969_at LY6/PLAUR domain containing 6 Lypd6 0.00484508 ‐2.528671424948_x_at histocompatibility 2, D region locus 1 /// histocompatibility 2, K1, K region // H2‐D1 /// H2‐K1 /// LOC100044874 0.00311131 ‐2.528131426543_x_at endonuclease domain containing 1 Endod1 0.0125557 ‐2.528021448254_at pleiotrophin Ptn 0.0224849 ‐2.525791438650_x_at gap junction protein, alpha 1 Gja1 0.0110025 ‐2.525441418011_a_at SH3‐domain GRB2‐like B1 (endophilin) Sh3glb1 0.0024313 ‐2.524941437502_x_at CD24a antigen Cd24a 0.00967849 ‐2.524631448392_at similar to Secreted acidic cysteine rich glycoprotein LOC100046740 0.00860476 ‐2.523051443851_at RIKEN cDNA 8430415E04 gene 8430415E04Rik 0.0157214 ‐2.522161422541_at protein tyrosine phosphatase, receptor type, M Ptprm 0.0119687 ‐2.520781430820_a_at bobby sox homolog (Drosophila) Bbx 0.00394367 ‐2.51981429019_s_at paraoxonase 2 Pon2 0.0221306 ‐2.518671452388_at heat shock protein 1A Hspa1a 0.0645617 ‐2.50943

Page 14: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 14 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1460241_a_at ST3 beta‐galactoside alpha‐2,3‐sialyltransferase 5 St3gal5 0.0196866 ‐2.508491424741_s_at cAMP responsive element binding protein 3 Creb3 0.00156739 ‐2.505681426918_at integrin beta 1 (fibronectin receptor beta) Itgb1 0.00687575 ‐2.503131418476_at cytokine receptor‐like factor 1 Crlf1 0.0157639 ‐2.5031440737_at InaD‐like (Drosophila) Inadl 0.0225569 ‐2.500381419309_at podoplanin Pdpn 0.018185 ‐2.499891434129_s_at lipoma HMGIC fusion partner‐like 2 Lhfpl2 0.0121381 ‐2.49931434153_at src homology 2 domain‐containing transforming protein B Shb 0.00119162 ‐2.497981416474_at neighbor of Punc E11 Nope 0.0164337 ‐2.493371416893_at RIKEN cDNA 3110001A13 gene 3110001A13Rik 0.00894268 ‐2.489481419697_at chemokine (C‐X‐C motif) ligand 11 Cxcl11 0.0638751 ‐2.487971434333_a_at protein kinase D2 Prkd2 0.00720987 ‐2.487441436305_at ring finger protein 217 Rnf217 0.000760859 ‐2.485851428794_at sperm antigen with calponin homology and coiled‐coil domains 1 Specc1 0.00286864 ‐2.48521456700_x_at myristoylated alanine rich protein kinase C substrate Marcks 0.00141238 ‐2.481411422449_s_at reticulocalbin 2 Rcn2 0.00304832 ‐2.481131439019_at Fraser syndrome 1 homolog (human) Fras1 0.0120698 ‐2.475331417965_at pleckstrin homology domain containing, family A (phosphoinositide binding specif Plekha1 0.000113254 ‐2.472961438200_at sulfatase 1 Sulf1 0.00585069 ‐2.472941448415_a_at sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphor Sema3b 0.0109763 ‐2.464281452122_at expressed sequence AI314180 AI314180 0.0019627 ‐2.462281420467_at psoriasis susceptibility 1 candidate 2 (human) Psors1c2 0.0591085 ‐2.461921427746_x_at similar to H‐2K(d) antigen LOC100044874 0.00343006 ‐2.460471449942_a_at integrin linked kinase Ilk 0.0010232 ‐2.460181420981_a_at LIM domain only 4 Lmo4 0.00141573 ‐2.458971428623_at plexin A1 Plxna1 0.00118344 ‐2.451831452864_at mediator of RNA polymerase II transcription, subunit 12 homolog (yeast)‐like Med12l 0.00498902 ‐2.449061439568_at gene regulated by estrogen in breast cancer protein /// similar to Greb1 protein Greb1 /// LOC100045413 1.60E‐05 ‐2.448361423816_at CAAX box 1 homolog A (human) /// CAAX box 1 homolog B (human) Cxx1a /// Cxx1b 0.00204936 ‐2.447521423306_at RIKEN cDNA 2010002N04 gene 2010002N04Rik 0.00417196 ‐2.445261448383_at matrix metallopeptidase 14 (membrane‐inserted) Mmp14 0.00146215 ‐2.443531418518_at furin (paired basic amino acid cleaving enzyme) Furin 0.0129058 ‐2.442451455812_x_at vasorin Vasn 0.0201552 ‐2.441351453006_at fibroblast growth factor binding protein 3 Fgfbp3 0.0489982 ‐2.440251449363_at activating transcription factor 3 Atf3 0.0118094 ‐2.440141436589_x_at protein kinase D2 Prkd2 0.00786887 ‐2.438191427049_s_at smoothened homolog (Drosophila) Smo 0.00138365 ‐2.436361425532_a_at bridging integrator 1 Bin1 0.000835372 ‐2.436111437199_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.00017059 ‐2.432641451734_a_at drebrin 1 Dbn1 0.00057929 ‐2.432451455817_x_at zinc finger, X‐linked, duplicated B Zxdb 0.0412724 ‐2.430051436287_at predicted gene, ENSMUSG00000074303 ENSMUSG00000074303 0.00460253 ‐2.4281450078_at Nik related kinase Nrk 0.0115576 ‐2.427921421190_at gamma‐aminobutyric acid (GABA‐A) receptor, subunit beta 3 Gabrb3 0.00766963 ‐2.426941439382_x_at discoidin domain receptor family, member 1 Ddr1 0.0211942 ‐2.419591421947_at guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 12 Gng12 0.0133094 ‐2.419071433699_at tumor necrosis factor, alpha‐induced protein 3 Tnfaip3 0.00313009 ‐2.418211454037_a_at FMS‐like tyrosine kinase 1 Flt1 0.00124751 ‐2.41761

Page 15: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 15 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1419157_at SRY‐box containing gene 4 Sox4 0.0490343 ‐2.416751452654_at zinc finger, DHHC domain containing 2 Zdhhc2 0.032384 ‐2.415911434828_at RIKEN cDNA B430201A12 gene B430201A12Rik 0.00782322 ‐2.415651418695_a_at potassium channel modulatory factor 1 /// similar to Kcmf1 protein Kcmf1 /// LOC100047784 0.000274909 ‐2.412341448136_at ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 2 Enpp2 0.00837207 ‐2.410971416473_a_at neighbor of Punc E11 Nope 0.0121258 ‐2.410631424306_at elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)‐like 4 Elovl4 0.00145105 ‐2.409431416812_at cytotoxic granule‐associated RNA binding protein 1 Tia1 0.00217454 ‐2.408121417275_at myelin and lymphocyte protein, T‐cell differentiation protein Mal 0.0262962 ‐2.407031427084_a_at mitogen‐activated protein kinase kinase kinase kinase 5 Map4k5 0.00340239 ‐2.405561416572_at matrix metallopeptidase 14 (membrane‐inserted) Mmp14 0.00110686 ‐2.404641416589_at secreted acidic cysteine rich glycoprotein /// similar to Secreted acidic cystei LOC100046740 /// Sparc 0.0233895 ‐2.402831425676_a_at elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)‐like 1 Elovl1 0.00196467 ‐2.4021449439_at Kruppel‐like factor 7 (ubiquitous) Klf7 1.86E‐05 ‐2.401711429185_at RIKEN cDNA 4631416L12 gene 4631416L12Rik 0.000168528 ‐2.399271434362_at expressed sequence AW550831 AW550831 0.0251193 ‐2.39781419161_a_at NADPH oxidase 4 Nox4 0.00147768 ‐2.396911436239_at solute carrier family 5 (sodium iodide symporter), member 5 Slc5a5 0.000879684 ‐2.39631455009_at carboxypeptidase D /// similar to carboxypeptidase D Cpd /// LOC100046781 0.0372917 ‐2.393661421965_s_at Notch gene homolog 3 (Drosophila) Notch3 0.0328801 ‐2.393421426186_a_at fibroblast growth factor 5 Fgf5 0.00132502 ‐2.392411425391_a_at oxysterol binding protein‐like 5 Osbpl5 0.00836695 ‐2.392151445271_at RIKEN cDNA 9230105E10 gene 9230105E10Rik 0.00543084 ‐2.389211434935_at AP2 associated kinase 1 /// similar to Aak1 protein Aak1 /// LOC100043555 6.97E‐05 ‐2.387291434451_at predicted gene, ENSMUSG00000074917 ENSMUSG00000074917 0.0111722 ‐2.386951415975_at calcium regulated heat stable protein 1 Carhsp1 0.00311038 ‐2.386031415971_at myristoylated alanine rich protein kinase C substrate Marcks 0.00853823 ‐2.38481418580_at receptor transporter protein 4 Rtp4 0.0764713 ‐2.383541449630_s_at MAP/microtubule affinity‐regulating kinase 1 Mark1 0.00999132 ‐2.382481423725_at plastin 3 (T‐isoform) Pls3 0.000549106 ‐2.382431434709_at neuron‐glia‐CAM‐related cell adhesion molecule Nrcam 0.00947451 ‐2.381741429427_s_at transcription factor 7‐like 2, T‐cell specific, HMG‐box Tcf7l2 0.0086035 ‐2.380211417472_at myosin, heavy polypeptide 9, non‐muscle Myh9 0.030756 ‐2.380051448501_at tetraspanin 6 Tspan6 0.00638251 ‐2.380021418379_s_at G protein‐coupled receptor 124 Gpr124 0.00438501 ‐2.37691433796_at endonuclease domain containing 1 Endod1 0.000660613 ‐2.374661434447_at met proto‐oncogene Met 0.00255411 ‐2.373241453002_at SRY‐box containing gene 11 Sox11 0.015936 ‐2.367321421997_s_at integrin alpha 3 Itga3 5.85E‐05 ‐2.364721452253_at cysteine rich transmembrane BMP regulator 1 (chordin like) Crim1 0.0391338 ‐2.364541454997_at methionine sulfoxide reductase B3 Msrb3 0.0203909 ‐2.363871420170_at myosin, heavy polypeptide 9, non‐muscle Myh9 0.0504418 ‐2.363321416656_at chloride intracellular channel 1 Clic1 0.0139769 ‐2.362881428967_at insulin‐like growth factor I receptor Igf1r 0.016175 ‐2.361111436870_s_at actin filament associated protein 1‐like 2 Afap1l2 0.126543 ‐2.361011457434_s_at protein tyrosine phosphatase‐like (proline instead of catalytic arginine), membe Ptpla 0.0214744 ‐2.360311455994_x_at elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)‐like 1 Elovl1 0.00101514 ‐2.360271453771_at GULP, engulfment adaptor PTB domain containing 1 Gulp1 0.00039311 ‐2.35953

Page 16: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 16 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1416016_at transporter 1, ATP‐binding cassette, sub‐family B (MDR/TAP) Tap1 0.0270144 ‐2.358271437542_at IKAROS family zinc finger 2 Ikzf2 0.0430283 ‐2.357721454978_at tweety homolog 3 (Drosophila) Ttyh3 0.00109124 ‐2.357431451986_s_at leucine‐rich repeat kinase 1 Lrrk1 0.00716233 ‐2.355121416303_at LPS‐induced TN factor Litaf 0.0214957 ‐2.354691421350_a_at glutamate receptor interacting protein 1 Grip1 0.0014034 ‐2.353661452803_at GLI pathogenesis‐related 2 Glipr2 0.00164775 ‐2.3521422228_at wingless‐related MMTV integration site 8A Wnt8a 0.00134849 ‐2.350591435155_at cingulin Cgn 0.00312431 ‐2.349941426434_at transmembrane protein 43 Tmem43 0.0102465 ‐2.346021436902_x_at thymosin, beta 10 /// similar to thymosin, beta 10 LOC100043712 /// LOC100047613 ///  6.36E‐08 ‐2.345891426306_a_at melanoma antigen, family D, 2 /// similar to melanoma antigen family D, 2 LOC100046560 /// Maged2 0.0220563 ‐2.345691448690_at potassium channel, subfamily K, member 1 Kcnk1 0.000484672 ‐2.344141437417_s_at glypican 6 /// similar to Glypican 6 Gpc6 /// LOC100045283 0.00179393 ‐2.342251417697_at sterol O‐acyltransferase 1 Soat1 0.000520741 ‐2.339931428347_at cytoplasmic FMR1 interacting protein 2 Cyfip2 0.0269323 ‐2.339431453851_a_at growth arrest and DNA‐damage‐inducible 45 gamma Gadd45g 0.0792425 ‐2.337531452968_at collagen triple helix repeat containing 1 Cthrc1 0.00253964 ‐2.33681452589_at PTK7 protein tyrosine kinase 7 Ptk7 0.0149127 ‐2.33651448956_at START domain containing 10 Stard10 0.000747324 ‐2.336221420938_at heparan sulfate 6‐O‐sulfotransferase 2 Hs6st2 0.002944 ‐2.334971436403_at cDNA sequence BC025575 BC025575 0.00496552 ‐2.333831426599_a_at solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 1 Slc2a1 0.00146064 ‐2.333241417695_a_at sterol O‐acyltransferase 1 Soat1 0.00702077 ‐2.331371437239_x_at polyhomeotic‐like 2 (Drosophila) Phc2 0.0016397 ‐2.330171455149_at SH3 domain containing ring finger 1 Sh3rf1 0.0232409 ‐2.329211417109_at tubulointerstitial nephritis antigen‐like Tinagl 0.00471957 ‐2.329041437724_x_at phosphatidylinositol membrane‐associated 1 Pitpnm1 0.00349881 ‐2.327291456530_x_at elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)‐like 1 Elovl1 0.00160417 ‐2.327041416405_at biglycan Bgn 0.317062 ‐2.32651456379_x_at delta/notch‐like EGF‐related receptor Dner 0.238811 ‐2.324951416521_at selenoprotein W, muscle 1 Sepw1 0.00349536 ‐2.321861434470_at synaptotagmin XIII Syt13 0.000834297 ‐2.321681417566_at abhydrolase domain containing 5 Abhd5 0.0226263 ‐2.320491455033_at RIKEN cDNA B430201A12 gene B430201A12Rik 0.00175921 ‐2.320211425995_s_at Wilms tumor homolog /// similar to Wilms tumor homolog LOC100048295 /// Wt1 0.0514787 ‐2.316941452227_at RIKEN cDNA 2310045A20 gene 2310045A20Rik 0.0135034 ‐2.315361419429_at ciliary neurotrophic factor receptor Cntfr 0.00107151 ‐2.314521448870_at latent transforming growth factor beta binding protein 1 Ltbp1 0.00286483 ‐2.313571417534_at integrin beta 5 Itgb5 0.000535438 ‐2.313431439498_at putative neuronal cell adhesion molecule Punc 0.0125959 ‐2.31191434797_at RIKEN cDNA 6720469N11 gene 6720469N11Rik 0.0151502 ‐2.311451440542_at RIKEN cDNA 7420416P09 gene 7420416P09Rik 0.0325777 ‐2.311391436050_x_at hairy and enhancer of split 6 (Drosophila) Hes6 0.00701243 ‐2.310951421992_a_at insulin‐like growth factor binding protein 4 Igfbp4 0.0501066 ‐2.310531419032_at RIKEN cDNA 2610018G03 gene 2610018G03Rik 0.00753161 ‐2.309391448694_at Jun oncogene Jun 0.0003656 ‐2.307281427121_at F‐box protein 4 Fbxo4 0.000294752 ‐2.30515

Page 17: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 17 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1448824_at ubiquitin‐conjugating enzyme E2, J1 Ube2j1 0.0144475 ‐2.304481458347_s_at transmembrane protease, serine 2 Tmprss2 0.0691364 ‐2.304391429298_at dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 Ddah1 0.0226674 ‐2.301721454899_at LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma Lpp 0.00184523 ‐2.30121416406_at phosphoprotein enriched in astrocytes 15A Pea15a 0.0087541 ‐2.301091452740_at myosin, heavy polypeptide 10, non‐muscle Myh10 0.00514491 ‐2.300421426598_at ubiquitously transcribed tetratricopeptide repeat gene, Y chromosome Uty 0.162142 ‐2.299971437667_a_at BTB and CNC homology 2 Bach2 0.00899517 ‐2.298441437445_at transient receptor potential cation channel, subfamily M, member 1 Trpm1 0.0806542 ‐2.297241415972_at myristoylated alanine rich protein kinase C substrate Marcks 0.0146726 ‐2.296871425457_a_at growth factor receptor bound protein 10 Grb10 0.144904 ‐2.29281431394_a_at leucine‐rich repeat kinase 2 Lrrk2 0.00619989 ‐2.290511434928_at growth arrest‐specific 2 like 1 Gas2l1 0.00856736 ‐2.288311418260_at hormonally upregulated Neu‐associated kinase /// similar to hormonally upregulat Hunk /// LOC630567 0.000554767 ‐2.287341443437_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.000982649 ‐2.287011434492_at RIKEN cDNA A130022J15 gene A130022J15Rik 0.00422957 ‐2.286931420505_a_at syntaxin binding protein 1 Stxbp1 0.0322684 ‐2.286251426600_at solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 1 Slc2a1 0.00232275 ‐2.285171421515_at nuclear receptor subfamily 6, group A, member 1 Nr6a1 0.000894878 ‐2.281241431591_s_at ISG15 ubiquitin‐like modifier /// similar to ISG15 ubiquitin‐like modifier /// h Isg15 /// LOC100038882 /// LOC10004 0.00620659 ‐2.280121436269_s_at HtrA serine peptidase 2 Htra2 0.00288628 ‐2.279331424568_at tetraspanin 2 Tspan2 0.00525552 ‐2.276841427233_at teashirt zinc finger family member 1 Tshz1 0.0273176 ‐2.275641425658_at CD109 antigen Cd109 0.005799 ‐2.274721452771_s_at acyl‐CoA synthetase long‐chain family member 3 Acsl3 0.00728289 ‐2.274251456255_at expressed sequence AI314180 AI314180 0.000112935 ‐2.274241433992_at shroom family member 2 Shroom2 0.000106001 ‐2.269191451474_a_at poly (ADP‐ribose) polymerase family, member 8 Parp8 0.0191102 ‐2.267731460431_at glucosaminyl (N‐acetyl) transferase 1, core 2 Gcnt1 0.0317235 ‐2.267521447851_x_at ATPase, class V, type 10A Atp10a 0.00632372 ‐2.267161434227_at keratinocyte differentiation associated protein Krtdap 0.00825041 ‐2.265731417128_at pleckstrin homology domain containing, family O member 1 Plekho1 0.00675333 ‐2.26121434291_a_at small EDRK‐rich factor 1 Serf1 0.0042892 ‐2.260971422490_at BCL2/adenovirus E1B interacting protein 1, NIP2 Bnip2 0.00499521 ‐2.260571422890_at protocadherin 18 Pcdh18 0.041609 ‐2.260491450662_at testis specific protein kinase 1 Tesk1 0.000563918 ‐2.259911456741_s_at glycoprotein m6a Gpm6a 0.0242233 ‐2.256341453282_at coxsackievirus and adenovirus receptor Cxadr 0.000644446 ‐2.254091416130_at prion protein Prnp 0.0268239 ‐2.252141425934_a_at UDP‐Gal:betaGlcNAc beta 1,4‐galactosyltransferase, polypeptide 4 B4galt4 0.0172846 ‐2.252091454711_at triple functional domain (PTPRF interacting) Trio 0.000710869 ‐2.251441415973_at myristoylated alanine rich protein kinase C substrate Marcks 0.000436398 ‐2.251391418448_at Harvey rat sarcoma oncogene, subgroup R Rras 0.049882 ‐2.250611456239_at fibroblast growth factor 17 Fgf17 0.0478861 ‐2.247741433575_at SRY‐box containing gene 4 Sox4 0.00709962 ‐2.246271421074_at cytochrome P450, family 7, subfamily b, polypeptide 1 Cyp7b1 0.00298298 ‐2.244131419091_a_at annexin A2 Anxa2 0.0200067 ‐2.243211460593_at sushi domain containing 4 Susd4 0.0150246 ‐2.24176

Page 18: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 18 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1416304_at LPS‐induced TN factor Litaf 0.0222412 ‐2.239831454785_at dual specificity phosphatase 11 (RNA/RNP complex 1‐interacting) Dusp11 0.00113876 ‐2.236071431146_a_at copine VIII Cpne8 0.00414236 ‐2.233891423783_at torsin family 2, member A Tor2a 0.00322584 ‐2.233041416871_at a disintegrin and metallopeptidase domain 8 Adam8 0.00682488 ‐2.231151434740_at scavenger receptor class F, member 2 Scarf2 0.00688388 ‐2.230341449632_s_at FK506 binding protein 10 Fkbp10 0.00390935 ‐2.229921425719_a_at N‐myc (and STAT) interactor Nmi 0.00214166 ‐2.229761428902_at carbohydrate sulfotransferase 11 Chst11 0.0150656 ‐2.2291434170_at WD repeat domain 40B Wdr40b 0.00224714 ‐2.227681446612_at RIKEN cDNA 9330118A15 gene 9330118A15Rik 0.0093394 ‐2.226971428386_at acyl‐CoA synthetase long‐chain family member 3 Acsl3 0.0252813 ‐2.226521416814_at cytotoxic granule‐associated RNA binding protein 1 Tia1 0.00132673 ‐2.225881447803_x_at Capping protein (actin filament), gelsolin‐like Capg 0.00368471 ‐2.224081422931_at fos‐like antigen 2 Fosl2 0.000901994 ‐2.223561458599_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.00260453 ‐2.22351417696_at sterol O‐acyltransferase 1 Soat1 0.00105852 ‐2.222461416623_at thrombospondin 3 Thbs3 0.0671562 ‐2.221291451644_a_at RIKEN cDNA 0610037M15 gene /// histocompatibility 2, Q region locus 6 /// simila 0610037M15Rik /// H2‐Q6 /// LOC436 0.00400637 ‐2.2181426677_at filamin, alpha Flna 0.000340366 ‐2.217341433857_at FAT tumor suppressor homolog 1 (Drosophila) Fat1 0.0019865 ‐2.215911455345_at PHD finger protein 15 Phf15 0.0106995 ‐2.213621428791_at ubiquitin‐conjugating enzyme E2H Ube2h 0.0773577 ‐2.212251452899_at RNA imprinted and accumulated in nucleus Rian 0.0332476 ‐2.212231454642_a_at COMM domain containing 3 Commd3 0.0112463 ‐2.211911456060_at avian musculoaponeurotic fibrosarcoma (v‐maf) AS42 oncogene homolog /// similar  LOC100047419 /// Maf 0.0908605 ‐2.210751426348_at collagen, type IV, alpha 1 Col4a1 0.0117989 ‐2.209281452545_a_at integrin beta 1 (fibronectin receptor beta) Itgb1 0.00179626 ‐2.207581438547_x_at torsin family 2, member A Tor2a 0.0125996 ‐2.207431423669_at collagen, type I, alpha 1 Col1a1 0.197066 ‐2.206611423523_at aminoadipate‐semialdehyde synthase Aass 0.0298203 ‐2.206291424740_at cAMP responsive element binding protein 3 Creb3 0.00240877 ‐2.205981450117_at transcription factor 3 Tcf3 0.00880589 ‐2.205811416762_at S100 calcium binding protein A10 (calpactin) S100a10 0.0166597 ‐2.205751426940_at SID1 transmembrane family, member 2 Sidt2 0.00172412 ‐2.20531420682_at cholinergic receptor, nicotinic, beta polypeptide 1 (muscle) Chrnb1 0.00680695 ‐2.204741423237_at UDP‐N‐acetyl‐alpha‐D‐galactosamine:polypeptide N‐acetylgalactosaminyltransferase Galnt1 0.00013887 ‐2.204221419356_at Kruppel‐like factor 7 (ubiquitous) Klf7 0.00161391 ‐2.203361416561_at glutamic acid decarboxylase 1 Gad1 0.0855394 ‐2.202781416872_at tetraspanin 6 Tspan6 0.00955968 ‐2.200971455089_at guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 12 Gng12 0.0101093 ‐2.200571426376_at receptor accessory protein 5 Reep5 0.00145484 ‐2.20011415961_at integral membrane protein 2C Itm2c 0.00132123 ‐2.194221418912_at plexin domain containing 2 Plxdc2 0.00167399 ‐2.192671436458_at sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6A Sema6a 0.00418878 ‐2.191981426801_at septin 8 Sept8 0.0232114 ‐2.191021458602_at bobby sox homolog (Drosophila) Bbx 0.00745824 ‐2.190031435327_at expressed sequence AW112037 AW112037 0.000456078 ‐2.18887

Page 19: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 19 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1420696_at sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphor Sema3c 0.00995253 ‐2.188661455150_at 13 days embryo forelimb cDNA, RIKEN full‐length enriched library, clone:5930438H ‐‐‐ 0.0186727 ‐2.188051419647_a_at immediate early response 3 Ier3 0.00899169 ‐2.187751417847_at Unc‐51 like kinase 2 (C. elegans) Ulk2 0.0277865 ‐2.187471449551_at myosin IC Myo1c 0.00664892 ‐2.186831437707_at slowmo homolog 1 (Drosophila) Slmo1 0.0173898 ‐2.186511455297_at spindlin family, member 2 Spin2 0.00211101 ‐2.186391424138_at rhomboid family 1 (Drosophila) Rhbdf1 0.000617233 ‐2.185861417723_at ubiquitin‐conjugating enzyme E2, J1 Ube2j1 0.000739932 ‐2.183271416630_at inhibitor of DNA binding 3 Id3 0.0473782 ‐2.182051433920_at sema domain, immunoglobulin domain (Ig), transmembrane domain (TM) and short cyt Sema4c 0.00211215 ‐2.181441460561_x_at selenoprotein W, muscle 1 Sepw1 0.00690814 ‐2.17951449147_at carbohydrate (keratan sulfate Gal‐6) sulfotransferase 1 Chst1 0.000280414 ‐2.178881439388_s_at breast cancer anti‐estrogen resistance 1 Bcar1 0.00516227 ‐2.178711426331_a_at FERM domain containing 4B Frmd4b 0.00683975 ‐2.178371428540_at RIKEN cDNA 3321401G04 gene 3321401G04Rik 0.016053 ‐2.177631428489_at zinc finger CCHC‐type and RNA binding motif 1 Zcrb1 0.000358766 ‐2.176661429315_at synaptotagmin XI /// similar to synaptotagmin XI LOC100045981 /// Syt11 0.0834999 ‐2.176491453913_a_at transporter 2, ATP‐binding cassette, sub‐family B (MDR/TAP) Tap2 0.00423991 ‐2.173051448914_a_at colony stimulating factor 1 (macrophage) Csf1 0.0421788 ‐2.172191450069_a_at CUG triplet repeat, RNA binding protein 2 Cugbp2 0.00158809 ‐2.171931417262_at prostaglandin‐endoperoxide synthase 2 Ptgs2 0.38576 ‐2.169311437279_x_at syndecan 1 Sdc1 0.0243974 ‐2.167631439348_at S100 calcium binding protein A10 (calpactin) S100a10 0.0281854 ‐2.167041427048_at smoothened homolog (Drosophila) Smo 0.00182354 ‐2.166191431226_a_at fibronectin type III domain containing 4 Fndc4 0.00105055 ‐2.164841437632_at mediator complex subunit 14 Med14 0.0019445 ‐2.164761440882_at low density lipoprotein receptor‐related protein 8, apolipoprotein e receptor Lrp8 0.0110156 ‐2.163741438971_x_at ubiquitin‐conjugating enzyme E2H Ube2h 0.0757929 ‐2.163641442050_at zinc finger protein 608 Zfp608 0.00760825 ‐2.162981437779_at forkhead box H1 Foxh1 0.018809 ‐2.162721435396_at syntaxin binding protein 6 (amisyn) Stxbp6 0.0135823 ‐2.162711420993_at UDP‐GlcNAc:betaGal beta‐1,3‐N‐acetylglucosaminyltransferase 5 B3gnt5 0.00513141 ‐2.162331456873_at chloride intracellular channel 5 Clic5 0.082223 ‐2.161761417600_at solute carrier family 15 (H+/peptide transporter), member 2 Slc15a2 0.0274105 ‐2.161611449054_a_at poly(rC) binding protein 4 Pcbp4 0.00499145 ‐2.161121425835_a_at bobby sox homolog (Drosophila) Bbx 0.0198437 ‐2.1611433539_at COMM domain containing 3 Commd3 0.00456844 ‐2.160741423948_at Bcl2‐associated athanogene 2 Bag2 0.000692723 ‐2.160521426942_at absent in melanoma 1 Aim1 0.021102 ‐2.158881424356_a_at meteorin, glial cell differentiation regulator‐like Metrnl 0.00403537 ‐2.158531450070_s_at p21 (CDKN1A)‐activated kinase 1 Pak1 0.00444316 ‐2.157761418046_at nucleosome assembly protein 1‐like 2 Nap1l2 0.062864 ‐2.1571436319_at sulfatase 1 Sulf1 0.0100113 ‐2.156371450379_at moesin Msn 0.000484998 ‐2.155241421301_at Zic finger protein of the cerebellum 2 Zic2 0.0483072 ‐2.155011424780_a_at receptor accessory protein 3 Reep3 0.0150818 ‐2.153951418105_at stathmin‐like 4 Stmn4 0.0269785 ‐2.1533

Page 20: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 20 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1419398_a_at receptor accessory protein 5 Reep5 0.0121737 ‐2.152421428896_at platelet‐derived growth factor receptor‐like Pdgfrl 0.0290637 ‐2.150871449283_a_at mitogen‐activated protein kinase 12 Mapk12 0.0301114 ‐2.150561434819_at beta galactoside alpha 2,6 sialyltransferase 2 St6gal2 0.0402588 ‐2.149741422889_at protocadherin 18 Pcdh18 0.0136669 ‐2.147231460006_at zinc finger homeobox 3 Zfhx3 0.0105488 ‐2.147071419156_at SRY‐box containing gene 4 Sox4 0.000292274 ‐2.146431418589_a_at myeloid leukemia factor 1 Mlf1 0.0298386 ‐2.144241447774_x_at RIKEN cDNA 5730469M10 gene 5730469M10Rik 0.0595872 ‐2.143671417872_at four and a half LIM domains 1 Fhl1 0.016172 ‐2.14331429758_at septin 14 Sept14 0.0031965 ‐2.142841451154_a_at CUG triplet repeat, RNA binding protein 2 Cugbp2 0.00155831 ‐2.141911449548_at ephrin B2 Efnb2 4.64E‐05 ‐2.141041436897_at malignant fibrous histiocytoma amplified sequence 1 Mfhas1 0.0044813 ‐2.140331419184_a_at four and a half LIM domains 2 Fhl2 0.0184527 ‐2.139681434384_at nuclear receptor interacting protein 1 Nrip1 0.0184943 ‐2.138951426833_at eukaryotic translation initiation factor 4 gamma, 3 Eif4g3 0.00130426 ‐2.138811420928_at beta galactoside alpha 2,6 sialyltransferase 1 St6gal1 0.00684205 ‐2.138511452469_a_at smoothelin Smtn 8.75E‐05 ‐2.136111418712_at CDC42 effector protein (Rho GTPase binding) 5 Cdc42ep5 0.0230831 ‐2.13591423782_at MOB1, Mps One Binder kinase activator‐like 1B (yeast) Mobkl1b 0.00349258 ‐2.135281434298_at zinc finger E‐box binding homeobox 2 Zeb2 0.0139966 ‐2.134821455398_at leucine rich repeat containing 8 family, member C Lrrc8c 0.0199073 ‐2.133291454677_at tissue inhibitor of metalloproteinase 2 Timp2 0.0762208 ‐2.133231427670_a_at transcription factor 12 Tcf12 0.000576677 ‐2.132621459874_s_at myotubularin related protein 4 Mtmr4 0.0281224 ‐2.132561449271_a_at heme binding protein 2 Hebp2 0.00298059 ‐2.13031416048_at polyhomeotic‐like 2 (Drosophila) Phc2 0.00435706 ‐2.1291420711_a_at peroxisome biogenesis factor 2 Pex2 0.0123305 ‐2.125751450533_a_at pleiomorphic adenoma gene‐like 1 Plagl1 0.0476016 ‐2.125341437556_at zinc finger homeodomain 4 Zfhx4 0.0039422 ‐2.124851417219_s_at thymosin, beta 10 /// hypothetical protein LOC100042319 /// hypothetical protein LOC100042319 /// LOC100045828 ///  0.000171972 ‐2.123141426640_s_at tribbles homolog 2 (Drosophila) Trib2 0.0124828 ‐2.122651436805_at ubiquitin associated and SH3 domain containing, B Ubash3b 0.0288145 ‐2.122471449290_at dihydropyrimidinase‐like 5 Dpysl5 0.000219641 ‐2.122311429053_at RIKEN cDNA 1110012J17 gene 1110012J17Rik 0.0025023 ‐2.118121418620_at paired‐like homeobox 2a Phox2a 0.00645606 ‐2.117991440286_at F‐box and leucine‐rich repeat protein 16 Fbxl16 0.0219642 ‐2.117531437753_at Expressed sequence AW742931 AW742931 7.14E‐07 ‐2.116851426998_at zinc finger, AN1‐type domain 3 /// similar to Zfand3 protein LOC100048107 /// Zfand3 0.00432785 ‐2.115361440179_x_at ring finger protein 217 Rnf217 0.000721781 ‐2.115331415943_at syndecan 1 Sdc1 0.00150183 ‐2.114331434887_at frequenin homolog (Drosophila) Freq 0.00125583 ‐2.114231419154_at transmembrane protease, serine 2 Tmprss2 0.0923737 ‐2.113551450186_s_at GNAS (guanine nucleotide binding protein, alpha stimulating) complex locus Gnas 0.00302195 ‐2.113451431464_a_at phosphomannomutase 2 Pmm2 0.070786 ‐2.109071454787_at zinc finger, DHHC domain containing 9 Zdhhc9 0.00692511 ‐2.108411459823_at EH‐domain containing 2 Ehd2 0.0194514 ‐2.10361

Page 21: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 21 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1420197_at Growth arrest and DNA‐damage‐inducible 45 beta Gadd45b 0.0343899 ‐2.103491426010_a_at erythrocyte protein band 4.1‐like 3 Epb4.1l3 0.00180994 ‐2.103081420688_a_at sarcoglycan, epsilon Sgce 0.0734264 ‐2.102631416129_at ERBB receptor feedback inhibitor 1 Errfi1 0.0388441 ‐2.101651425911_a_at fibroblast growth factor receptor 1 Fgfr1 0.00198258 ‐2.10121435272_at inositol 1,4,5‐trisphosphate 3‐kinase B Itpkb 0.0023508 ‐2.101031449055_x_at poly(rC) binding protein 4 Pcbp4 0.00543621 ‐2.09921450687_at insulin‐like growth factor 2 mRNA binding protein 3 Igf2bp3 0.000386694 ‐2.098721456642_x_at S100 calcium binding protein A10 (calpactin) S100a10 0.0602827 ‐2.097981438408_at ankyrin repeat domain 56 Ankrd56 0.055215 ‐2.097211421814_at moesin Msn 0.00109071 ‐2.096481433976_at Receptor accessory protein 3 Reep3 0.0260256 ‐2.0961453564_a_at vacuolar protein sorting 24 (yeast) Vps24 0.00499027 ‐2.093621435777_at RIKEN cDNA E030018N11 gene E030018N11Rik 0.121603 ‐2.093081418020_s_at carboxypeptidase D /// similar to carboxypeptidase D Cpd /// LOC100046781 0.0292759 ‐2.092831449335_at tissue inhibitor of metalloproteinase 3 Timp3 0.047413 ‐2.09261417389_at glypican 1 Gpc1 0.000457175 ‐2.091731416897_at poly (ADP‐ribose) polymerase family, member 9 Parp9 0.0160262 ‐2.091581455896_a_at potassium channel, subfamily K, member 1 Kcnk1 0.000314398 ‐2.09081427056_at a disintegrin‐like and metallopeptidase (reprolysin type) with thrombospondin ty Adamts15 0.0237855 ‐2.090591425711_a_at thymoma viral proto‐oncogene 1 /// similar to serine/threonine protein kinase Akt1 /// LOC100047666 0.0007914 ‐2.089411433819_s_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.039637 ‐2.088321429428_at transcription factor 7‐like 2, T‐cell specific, HMG‐box Tcf7l2 0.00961556 ‐2.087871460319_at fucosyltransferase 8 Fut8 0.000101355 ‐2.087571429601_x_at RIKEN cDNA 1110019K23 gene 1110019K23Rik 0.047141 ‐2.086171448632_at proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type 10 Psmb10 0.00725293 ‐2.085321418025_at basic helix‐loop‐helix domain containing, class B2 Bhlhb2 0.000855259 ‐2.083371449282_at cysteinyl leukotriene receptor 1 Cysltr1 0.000137599 ‐2.081131427083_a_at mitogen‐activated protein kinase kinase kinase kinase 5 Map4k5 0.0183719 ‐2.081011450863_a_at doublecortin‐like kinase 1 Dclk1 0.0452728 ‐2.079641460718_s_at mitochondrial carrier homolog 1 (C. elegans) Mtch1 0.0041413 ‐2.078971433742_at ankyrin repeat domain 15 Ankrd15 0.0440978 ‐2.078971434481_at RIKEN cDNA 4121402D02 gene 4121402D02Rik 0.000926355 ‐2.078361427376_a_at mitogen‐activated protein kinase kinase kinase kinase 5 Map4k5 0.0123813 ‐2.076791455746_at kinesin family member 13A Kif13a 0.00837997 ‐2.076781448745_s_at loricrin Lor 0.010323 ‐2.076641448436_a_at interferon regulatory factor 1 Irf1 0.00546272 ‐2.075391424040_at microtubule‐associated protein 7 domain containing 1 Mtap7d1 5.19E‐05 ‐2.075241418930_at chemokine (C‐X‐C motif) ligand 10 /// similar to Small inducible cytokine B10 pr Cxcl10 /// LOC100045000 0.0168352 ‐2.074081417196_s_at WW, C2 and coiled‐coil domain containing 2 Wwc2 0.0127474 ‐2.073631447277_s_at prenylcysteine oxidase 1 Pcyox1 0.00917275 ‐2.072641422491_a_at BCL2/adenovirus E1B interacting protein 1, NIP2 Bnip2 0.0206029 ‐2.072431428671_at RIKEN cDNA 2200002D01 gene 2200002D01Rik 0.0127855 ‐2.072231439944_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.000144849 ‐2.070861428861_at RIKEN cDNA 4631422O05 gene 4631422O05Rik 0.142916 ‐2.07081416845_at transmembrane protein 132A Tmem132a 0.0010532 ‐2.07041449178_at PDZ and LIM domain 3 Pdlim3 0.0106499 ‐2.070341420171_s_at myosin, heavy polypeptide 9, non‐muscle Myh9 0.0265547 ‐2.06996

Page 22: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 22 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1447914_x_at RIKEN cDNA 2600010E01 gene 2600010E01Rik 0.0958625 ‐2.069161424050_s_at fibroblast growth factor receptor 1 Fgfr1 0.00197461 ‐2.06721455556_at Notch gene homolog 2 (Drosophila) Notch2 0.00109989 ‐2.067081420979_at p21 (CDKN1A)‐activated kinase 1 Pak1 0.00121392 ‐2.066291426964_at RIKEN cDNA 3110003A17 gene 3110003A17Rik 0.00344424 ‐2.065181438001_x_at receptor accessory protein 5 Reep5 0.0141837 ‐2.065131421869_at tripartite motif‐containing 44 Trim44 0.0601721 ‐2.064951424076_at glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 1 Gdpd1 0.00633234 ‐2.064831427126_at heat shock protein 1B Hspa1b 0.219031 ‐2.063931424875_at spastic paraplegia 20, spartin (Troyer syndrome) homolog (human) Spg20 0.000109692 ‐2.063731435852_at sprouty‐related, EVH1 domain containing 3 Spred3 0.0604331 ‐2.06221437492_at mohawk Mkx 0.001267 ‐2.061761460430_at RAP2C, member of RAS oncogene family /// similar to RAP2C, member of RAS oncogen LOC100047558 /// Rap2c 0.0174935 ‐2.061441441955_s_at polyadenylate binding protein‐interacting protein 1 /// similar to poly(A) bindi LOC676674 /// Paip1 0.0103397 ‐2.061271452519_a_at zinc finger protein 36 Zfp36 0.000596989 ‐2.060691434645_at RIKEN cDNA C530008M17 gene C530008M17Rik 0.000798492 ‐2.059831453481_at zinc finger, DHHC domain containing 2 Zdhhc2 0.00735326 ‐2.055731441481_at microfibrillar‐associated protein 3‐like Mfap3l 0.0261507 ‐2.055571450686_at paraoxonase 2 Pon2 0.0452739 ‐2.055231416813_at cytotoxic granule‐associated RNA binding protein 1 Tia1 0.00314389 ‐2.053581427127_x_at heat shock protein 1B Hspa1b 0.219015 ‐2.052061427382_a_at suppressor of variegation 3‐9 homolog 1 (Drosophila) Suv39h1 0.000687619 ‐2.050611434246_at l(3)mbt‐like 3 (Drosophila) L3mbtl3 0.000243574 ‐2.050391449441_a_at WW domain binding protein 1 Wbp1 0.00881853 ‐2.048851452318_a_at heat shock protein 1B Hspa1b 0.24213 ‐2.048821432399_a_at Eph receptor A1 Epha1 0.00183949 ‐2.048651418718_at chemokine (C‐X‐C motif) ligand 16 Cxcl16 4.16E‐05 ‐2.048541454869_at WD repeat domain 40B Wdr40b 0.0195547 ‐2.048171457038_at Fras1 related extracellular matrix protein 2 Frem2 0.0831322 ‐2.048091423233_at CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), delta Cebpd 0.0143225 ‐2.04781435367_at mitogen‐activated protein kinase 4 Mapk4 0.00731119 ‐2.047491434202_a_at cDNA sequence BC055107 BC055107 0.198051 ‐2.045411455176_a_at synaptotagmin XI /// similar to synaptotagmin XI LOC100045981 /// Syt11 0.0764848 ‐2.044541422741_a_at bobby sox homolog (Drosophila) Bbx 0.0109858 ‐2.044331448656_at calcium channel, voltage‐dependent, beta 3 subunit Cacnb3 0.0153919 ‐2.042631456315_a_at protein tyrosine phosphatase‐like (proline instead of catalytic arginine), membe Ptpla 0.00627779 ‐2.042261425521_at polyadenylate binding protein‐interacting protein 1 Paip1 0.00299199 ‐2.041941434725_at GRAM domain containing 1C Gramd1c 0.00114464 ‐2.041171441971_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.0184315 ‐2.039441418451_at guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 2 subunit Gng2 0.0137627 ‐2.038061435254_at plexin B1 Plxnb1 0.00535002 ‐2.037541423091_a_at glycoprotein m6b Gpm6b 0.00154082 ‐2.034081440706_at bone morphogenetic protein 8b Bmp8b 0.0239113 ‐2.033921453556_x_at CD99 antigen Cd99 8.86E‐05 ‐2.031951457566_at zinc finger protein 677 Zfp677 0.0609474 ‐2.03171417311_at cysteine rich protein 2 Crip2 0.000209061 ‐2.031581419355_at Kruppel‐like factor 7 (ubiquitous) Klf7 0.00215857 ‐2.031151419354_at Kruppel‐like factor 7 (ubiquitous) Klf7 0.00269518 ‐2.03079

Page 23: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 23 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1455303_at regulatory factor X‐associated protein Rfxap 0.00642783 ‐2.030521424186_at coiled‐coil domain containing 80 Ccdc80 0.118022 ‐2.030481425902_a_at nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B‐cells 2, p49/p100 Nfkb2 0.000505798 ‐2.028081433745_at triple functional domain (PTPRF interacting) Trio 0.000236137 ‐2.026211435018_at RIKEN cDNA 5930434B04 gene 5930434B04Rik 0.000440047 ‐2.025541454959_s_at guanine nucleotide binding protein (G protein), alpha inhibiting 1 Gnai1 6.85E‐05 ‐2.025441460000_at RIKEN cDNA D830007B15 gene D830007B15Rik 0.0788445 ‐2.024521449020_at phospholipid scramblase 3 Plscr3 0.000120879 ‐2.024411437540_at mucolipin 3 Mcoln3 0.0137077 ‐2.0241419651_at Na+/K+ transporting ATPase interacting 1 Nkain1 0.0520339 ‐2.022221451683_x_at histocompatibility 2, D region locus 1 H2‐D1 0.000145345 ‐2.021961416657_at thymoma viral proto‐oncogene 1 /// similar to serine/threonine protein kinase Akt1 /// LOC100047666 0.000954451 ‐2.021561427385_s_at actinin, alpha 1 Actn1 0.00300029 ‐2.021151425545_x_at histocompatibility 2, D region locus 1 H2‐D1 0.000244013 ‐2.020521435879_at thymoma viral proto‐oncogene 3 Akt3 0.0794959 ‐2.019751426952_at Rho GTPase activating protein 18 Arhgap18 0.0260058 ‐2.019721438303_at transforming growth factor, beta 2 Tgfb2 0.023014 ‐2.019561423489_at monocyte to macrophage differentiation‐associated /// similar to monocyte to mac LOC100047565 /// Mmd 0.0745145 ‐2.01911454604_s_at tetraspanin 12 Tspan12 0.00143633 ‐2.018341435977_at hepatoma‐derived growth factor, related protein 3 Hdgfrp3 0.0250736 ‐2.01791416527_at RAB32, member RAS oncogene family Rab32 0.0177653 ‐2.016321422518_at calcium/calmodulin‐dependent serine protein kinase (MAGUK family) Cask 0.00173507 ‐2.015781438413_at SUMO1/sentrin specific peptidase 7 Senp7 0.106405 ‐2.015491428774_at glypican 6 /// similar to Glypican 6 Gpc6 /// LOC100045283 0.00902352 ‐2.015461440527_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.00524497 ‐2.013311416250_at B‐cell translocation gene 2, anti‐proliferative Btg2 0.127103 ‐2.013051417565_at abhydrolase domain containing 5 Abhd5 0.0180487 ‐2.011661460276_a_at G protein‐coupled receptor 175 Gpr175 0.00309778 ‐2.011271419648_at myosin IC Myo1c 0.0261136 ‐2.009331436115_at gene model 266, (NCBI) Gm266 0.020274 ‐2.008731452232_at UDP‐N‐acetyl‐alpha‐D‐galactosamine: polypeptide N‐acetylgalactosaminyltransferas Galnt7 0.016007 ‐2.008521437406_x_at insulin‐like growth factor binding protein 4 Igfbp4 0.0541659 ‐2.008511453016_at RIKEN cDNA 2900042B11 gene 2900042B11Rik 0.0343396 ‐2.008381436552_at janus kinase and microtubule interacting protein 2 Jakmip2 0.11276 ‐2.008181417790_at docking protein 1 Dok1 0.00137513 ‐2.00771416189_a_at Sec61 alpha 1 subunit (S. cerevisiae) Sec61a1 0.00319966 ‐2.00621460476_s_at RIKEN cDNA 1200015N20 gene 1200015N20Rik 0.0119702 ‐2.005711441948_x_at zinc finger, AN1‐type domain 3 /// similar to Zfand3 protein LOC100048107 /// Zfand3 0.00258832 ‐2.004811434986_a_at Sec61 alpha 1 subunit (S. cerevisiae) Sec61a1 0.00163001 ‐2.004261434773_a_at solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 1 Slc2a1 0.00764015 ‐2.003611434628_a_at rhophilin, Rho GTPase binding protein 2 Rhpn2 0.00923325 ‐2.003061423321_at myeloid‐associated differentiation marker Myadm 0.00692041 ‐2.001941449052_a_at DNA methyltransferase 3B Dnmt3b 0.04025 ‐2.000371433531_at acyl‐CoA synthetase long‐chain family member 4 Acsl4 0.00148467 ‐1.999361435743_at kelch‐like 23 (Drosophila) Klhl23 0.00641276 ‐1.99871450839_at DNA segment, human D4S114 D0H4S114 0.00678447 ‐1.99851424781_at receptor accessory protein 3 Reep3 0.0290686 ‐1.997521451828_a_at acyl‐CoA synthetase long‐chain family member 4 Acsl4 0.00126377 ‐1.99672

Page 24: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 24 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1419062_at erythrocyte protein band 4.1‐like 3 Epb4.1l3 0.00476509 ‐1.995811428405_at host cell factor C1 regulator 1 (XPO1‐dependent) Hcfc1r1 0.0498254 ‐1.995541433768_at palladin, cytoskeletal associated protein Palld 0.00482944 ‐1.995321427771_x_at integrin beta 1 (fibronectin receptor beta) Itgb1 0.000992623 ‐1.992421418171_at transcription elongation factor A (SII)‐like 8 /// similar to transcription elon LOC100045031 /// Tceal8 0.00343219 ‐1.990231419149_at serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade E, member 1 Serpine1 0.308037 ‐1.989881448558_a_at phospholipase A2, group IVA (cytosolic, calcium‐dependent) Pla2g4a 0.0432127 ‐1.989621421433_at zinc finger homeodomain 4 Zfhx4 0.00491343 ‐1.989361428715_at glutamine fructose‐6‐phosphate transaminase 1 /// RIKEN cDNA 2810423A18 gene 2810423A18Rik /// Gfpt1 0.00259602 ‐1.989351428332_at phosphoinositide‐3‐kinase interacting protein 1 Pik3ip1 0.18675 ‐1.989331423690_s_at G‐protein signalling modulator 1 (AGS3‐like, C. elegans) Gpsm1 0.000119625 ‐1.988831416191_at Sec61 alpha 1 subunit (S. cerevisiae) Sec61a1 0.00515517 ‐1.98861428579_at formin‐like 2 Fmnl2 0.0108092 ‐1.988071451191_at cellular retinoic acid binding protein II Crabp2 0.00879747 ‐1.986111456028_x_at Myristoylated alanine rich protein kinase C substrate Marcks 0.0495182 ‐1.985531448873_at occludin Ocln 0.0130074 ‐1.98521418191_at ubiquitin specific peptidase 18 /// similar to ubiquitin specific protease UBP43 LOC100048346 /// Usp18 0.121929 ‐1.984541429310_at fibronectin leucine rich transmembrane protein 3 /// similar to fibronectin leuc Flrt3 /// LOC100048721 0.0216486 ‐1.98441448129_at actin related protein 2/3 complex, subunit 5 Arpc5 0.0177304 ‐1.983891423228_at UDP‐Gal:betaGlcNAc beta 1,4‐galactosyltransferase, polypeptide 6 /// similar to  B4galt6 /// LOC675709 0.135528 ‐1.983591427157_at coiled‐coil domain containing 85A Ccdc85a 0.0120127 ‐1.983241450965_at testis expressed gene 261 Tex261 0.00143542 ‐1.982791451784_x_at histocompatibility 2, D region locus 1 /// histocompatibility 2, D region /// si H2‐D1 /// H2‐L /// LOC636948 7.48E‐05 ‐1.982681422631_at aryl‐hydrocarbon receptor Ahr 0.0710939 ‐1.981861455870_at A kinase (PRKA) anchor protein 2 Akap2 0.0263162 ‐1.981181422611_s_at insulin‐like growth factor 2 mRNA binding protein 3 Igf2bp3 0.00262317 ‐1.980971448797_at ELK3, member of ETS oncogene family Elk3 0.0604754 ‐1.980311452716_at RIKEN cDNA 5730469M10 gene 5730469M10Rik 0.0542164 ‐1.980081437168_at serine‐arginine repressor protein Srrp 0.0940467 ‐1.978711439087_a_at phosphoinositide‐3‐kinase interacting protein 1 Pik3ip1 0.139971 ‐1.978391448546_at Ras association (RalGDS/AF‐6) domain family 3 Rassf3 0.000326198 ‐1.978171449151_at PCTAIRE‐motif protein kinase 3 Pctk3 0.00348331 ‐1.977821417396_at podocalyxin‐like Podxl 0.0125126 ‐1.976321427844_a_at CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), beta Cebpb 0.130196 ‐1.974621416190_a_at Sec61 alpha 1 subunit (S. cerevisiae) Sec61a1 0.00654284 ‐1.974011455961_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.0195355 ‐1.973821415899_at Jun‐B oncogene Junb 0.00975813 ‐1.973141451530_at epidermal growth factor receptor Egfr 0.00344632 ‐1.973031424263_at RIKEN cDNA 2810003C17 gene 2810003C17Rik 0.00844776 ‐1.971391428223_at major facilitator superfamily domain containing 2 Mfsd2 0.00867796 ‐1.971391417454_at cullin 4B Cul4b 0.00279166 ‐1.97111424756_at huntingtin interacting protein 1 Hip1 0.00210623 ‐1.970511434924_at PHD finger protein 2 Phf2 0.00870261 ‐1.970441423754_at interferon induced transmembrane protein 3 Ifitm3 0.00265453 ‐1.969961415923_at necdin Ndn 0.0242783 ‐1.969361419449_a_at guanine nucleotide binding protein (G protein), alpha inhibiting 2 /// similar t Gnai2 /// LOC100045883 0.0038932 ‐1.96931429579_at RIKEN cDNA 6330407I18 gene 6330407I18Rik 0.00789958 ‐1.968941438567_at von Willebrand factor A domain containing 2 Vwa2 0.0090747 ‐1.96871

Page 25: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 25 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1448931_at coagulation factor II (thrombin) receptor‐like 1 F2rl1 0.0551614 ‐1.968661453993_a_at BCL2/adenovirus E1B interacting protein 1, NIP2 Bnip2 0.00924075 ‐1.967551437087_at RIKEN cDNA 2210408K08 gene 2210408K08Rik 0.0392443 ‐1.967111433509_s_at receptor accessory protein 1 Reep1 0.000185969 ‐1.966391418151_at myotubularin related protein 4 Mtmr4 0.00485506 ‐1.966141451105_at vasohibin 2 Vash2 0.00119037 ‐1.965821427580_a_at RNA imprinted and accumulated in nucleus Rian 0.0127433 ‐1.965421434440_at guanine nucleotide binding protein (G protein), alpha inhibiting 1 Gnai1 0.000214649 ‐1.965161433712_at expressed sequence AW555464 AW555464 0.0103383 ‐1.964321423986_a_at scotin gene Scotin 0.00287351 ‐1.963981451589_at opposite strand transcription unit to Stag3 Gats 0.0418515 ‐1.963681456984_at sex comb on midleg‐like 2 (Drosophila) Scml2 0.0684031 ‐1.96251422733_at four jointed box 1 (Drosophila) Fjx1 0.0615947 ‐1.960841423503_at junction adhesion molecule 3 Jam3 0.0143797 ‐1.960531452021_a_at hairy and enhancer of split 6 (Drosophila) Hes6 0.0259611 ‐1.960421421344_a_at ajuba Jub 0.00792518 ‐1.960061433658_x_at poly(rC) binding protein 4 Pcbp4 0.000176134 ‐1.95971421065_at Janus kinase 2 Jak2 0.0148075 ‐1.959441417104_at epithelial membrane protein 3 Emp3 0.0021702 ‐1.959281420338_at arachidonate 15‐lipoxygenase Alox15 0.00745244 ‐1.958371456085_x_at CD151 antigen Cd151 0.006282 ‐1.958211426565_at insulin‐like growth factor I receptor Igf1r 0.0323002 ‐1.957811459718_x_at Kruppel‐like factor 6 Klf6 0.00194687 ‐1.956681435383_x_at necdin Ndn 0.0253673 ‐1.956011436207_at transcription factor 3 Tcf3 0.000152256 ‐1.954821424468_s_at pleckstrin homology‐like domain, family B, member 1 Phldb1 0.00202002 ‐1.954261442175_at RIKEN cDNA C030027H14 gene C030027H14Rik 0.0199732 ‐1.953021450148_at mucolipin 3 Mcoln3 0.000158459 ‐1.951881431805_a_at rhophilin, Rho GTPase binding protein 2 Rhpn2 0.00833734 ‐1.95161438641_x_at RIKEN cDNA 1500016O10 gene 1500016O10Rik 0.0136207 ‐1.950681417874_at TMEM9 domain family, member B Tmem9b 0.000606944 ‐1.949071448823_at chemokine (C‐X‐C motif) ligand 12 Cxcl12 0.0127569 ‐1.948671420994_at UDP‐GlcNAc:betaGal beta‐1,3‐N‐acetylglucosaminyltransferase 5 B3gnt5 0.00808116 ‐1.947191424093_x_at CD151 antigen Cd151 6.30E‐05 ‐1.946941417599_at CD276 antigen Cd276 0.00120761 ‐1.946541419490_at expressed sequence AW049604 AW049604 0.012859 ‐1.946431417301_at frizzled homolog 6 (Drosophila) Fzd6 0.0161098 ‐1.945721451931_x_at histocompatibility 2, D region H2‐L 4.93E‐05 ‐1.945691434914_at RAB6B, member RAS oncogene family Rab6b 0.11525 ‐1.945651437152_at mex3 homolog B (C. elegans) Mex3b 0.122814 ‐1.945621452304_a_at Rho guanine nucleotide exchange factor (GEF) 5 Arhgef5 0.00786558 ‐1.945131425228_a_at deoxyguanosine kinase Dguok 9.56E‐06 ‐1.944871422945_a_at kinesin family member 5C Kif5c 0.00329106 ‐1.943671425163_at expressed sequence AI661453 AI661453 0.000955212 ‐1.942911422610_s_at insulin‐like growth factor 2 mRNA binding protein 3 Igf2bp3 0.000611701 ‐1.942771415951_at FK506 binding protein 10 Fkbp10 0.00752709 ‐1.942341415806_at plasminogen activator, tissue Plat 0.0446416 ‐1.942251424562_a_at solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, adenine nucleotide translocator Slc25a4 0.000146307 ‐1.93903

Page 26: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 26 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1435972_at calpastatin Cast 0.0236287 ‐1.938711455378_at cDNA sequence BC057371 BC057371 0.00427828 ‐1.938451452327_at IQ motif and Sec7 domain 1 Iqsec1 0.00633214 ‐1.938331420980_at p21 (CDKN1A)‐activated kinase 1 Pak1 0.00321877 ‐1.938131435382_at necdin Ndn 0.0227838 ‐1.937511426819_at similar to homeodomain interacting protein kinase 3 LOC100048439 0.00993868 ‐1.937161429299_at dimethylarginine dimethylaminohydrolase 1 Ddah1 0.0208619 ‐1.937071456778_at 7 days embryo whole body cDNA, RIKEN full‐length enriched library, clone:C430014 ‐‐‐ 0.0372299 ‐1.936991447640_s_at pre B‐cell leukemia transcription factor 3 /// similar to PBX3a LOC100047506 /// Pbx3 0.000998447 ‐1.936961421514_a_at sex comb on midleg‐like 2 (Drosophila) /// similar to sex comb on midleg‐like 2  LOC100047360 /// Scml2 0.039354 ‐1.936311435087_at zinc finger protein 362 Zfp362 0.0657582 ‐1.935471434565_at cell growth regulator with ring finger domain 1 Cgrrf1 0.0993079 ‐1.934851454382_at sterile alpha motif domain containing 4 Samd4 0.00166723 ‐1.934761436030_at similar to Cache domain containing 1 LOC100047857 0.00184251 ‐1.933811417056_at proteasome (prosome, macropain) 28 subunit, alpha Psme1 0.000628629 ‐1.933611417649_at cyclin‐dependent kinase inhibitor 1C (P57) Cdkn1c 0.0287283 ‐1.933281426884_at required for meiotic nuclear division 5 homolog A (S. cerevisiae) /// similar to LOC100047670 /// Rmnd5a 9.72E‐05 ‐1.932681448987_at acyl‐Coenzyme A dehydrogenase, long‐chain Acadl 0.0100301 ‐1.932571430164_a_at growth factor receptor bound protein 10 Grb10 0.147495 ‐1.931851438838_at RIKEN cDNA B230206F22 gene B230206F22Rik 0.0125993 ‐1.930981425510_at MAP/microtubule affinity‐regulating kinase 1 Mark1 6.38E‐05 ‐1.930471418911_s_at acyl‐CoA synthetase long‐chain family member 4 Acsl4 0.00470086 ‐1.929111418908_at peptidylglycine alpha‐amidating monooxygenase Pam 0.00673636 ‐1.927731419649_s_at myosin IC Myo1c 0.0342177 ‐1.92751419089_at tissue inhibitor of metalloproteinase 3 Timp3 0.152133 ‐1.927131442655_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.111402 ‐1.926671448272_at B‐cell translocation gene 2, anti‐proliferative Btg2 0.122919 ‐1.925831421279_at laminin, gamma 2 Lamc2 0.00884294 ‐1.925711425682_a_at Tp53rk binding protein Tprkb 0.000712987 ‐1.924171419031_at fatty acid desaturase 2 Fads2 0.0445332 ‐1.923291421552_at caudal type homeo box 4 Cdx4 0.224062 ‐1.92321418076_at suppression of tumorigenicity 14 (colon carcinoma) St14 0.0414976 ‐1.92311454678_s_at RIKEN cDNA A130022J15 gene A130022J15Rik 0.00341951 ‐1.923021428406_s_at host cell factor C1 regulator 1 (XPO1‐dependent) Hcfc1r1 0.0611411 ‐1.922721434618_at CREB/ATF bZIP transcription factor Crebzf 0.00348711 ‐1.92111449273_at cytoplasmic FMR1 interacting protein 2 Cyfip2 0.094828 ‐1.921061455029_at kinesin family member 21A Kif21a 0.00460325 ‐1.920871451457_at sterol‐C5‐desaturase (fungal ERG3, delta‐5‐desaturase) homolog (S. cerevisae) Sc5d 0.00264439 ‐1.918711456438_x_at ribophorin I Rpn1 0.000753541 ‐1.918171424239_at RIKEN cDNA 2310066E14 gene 2310066E14Rik 0.0392738 ‐1.918061423446_at death‐associated kinase 3 Dapk3 0.0116997 ‐1.917641418010_a_at SH3‐domain GRB2‐like B1 (endophilin) Sh3glb1 0.00679979 ‐1.917511449154_at collagen, type XI, alpha 1 Col11a1 0.00515734 ‐1.917311439548_at RAP2B, member of RAS oncogene family Rap2b 0.0113975 ‐1.917111460208_at fibrillin 1 Fbn1 0.0655829 ‐1.916821428383_a_at RIKEN cDNA 2310021P13 gene 2310021P13Rik 0.00180989 ‐1.916561452281_at Son of sevenless homolog 2 (Drosophila) Sos2 0.032679 ‐1.916381417164_at dual specificity phosphatase 10 Dusp10 0.00248469 ‐1.91535

Page 27: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 27 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1422673_at protein kinase C, mu Prkcm 0.00257541 ‐1.91491437635_at discoidin, CUB and LCCL domain containing 2 Dcbld2 0.00917062 ‐1.914451424746_at kinesin family member 1C Kif1c 0.051052 ‐1.913361425155_x_at colony stimulating factor 1 (macrophage) Csf1 0.105071 ‐1.913121439257_x_at ribophorin I Rpn1 0.00192671 ‐1.910521454933_at RIKEN cDNA 2610027C15 gene 2610027C15Rik 0.0260716 ‐1.909811422668_at serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade B, member 9b Serpinb9b 0.0276078 ‐1.909311416470_a_at ribophorin I Rpn1 0.00734492 ‐1.909291419456_at dicarbonyl L‐xylulose reductase Dcxr 0.106993 ‐1.908711450013_at RIKEN cDNA 2900073G15 gene 2900073G15Rik 0.00161275 ‐1.908541435703_at similar to RIKEN cDNA 2810457I06 LOC677224 0.0304814 ‐1.908171418587_at Tnf receptor‐associated factor 3 Traf3 0.00113481 ‐1.907961431225_at SRY‐box containing gene 11 Sox11 0.00146745 ‐1.907151426436_at transmembrane protein 159 Tmem159 0.0247889 ‐1.906971425400_a_at Cbp/p300‐interacting transactivator, with Glu/Asp‐rich carboxy‐terminal domain,  Cited4 0.135081 ‐1.906781425716_s_at BCL2‐antagonist/killer 1 Bak1 0.0586496 ‐1.90551448242_at Sec61 alpha 1 subunit (S. cerevisiae) Sec61a1 0.00313136 ‐1.905231454965_at similar to KIAA1946 LOC634842 0.0644064 ‐1.90511448353_x_at ribophorin I Rpn1 0.0012875 ‐1.9051427441_a_at succinate‐Coenzyme A ligase, GDP‐forming, beta subunit Suclg2 0.000730047 ‐1.90431423955_a_at longevity assurance homolog 2 (S. cerevisiae) Lass2 0.00692251 ‐1.904071418859_at regulatory factor X‐associated protein Rfxap 0.000421391 ‐1.903351415734_at RAB7, member RAS oncogene family Rab7 0.000311984 ‐1.903341452291_at centaurin, delta 1 Centd1 0.0194983 ‐1.902981452604_at serologically defined colon cancer antigen 13 Stard13 0.00149297 ‐1.902791455434_a_at kinectin 1 Ktn1 0.00476644 ‐1.90251427356_at RIKEN cDNA 2310031A18 gene /// hypothetical protein LOC100047808 2310031A18Rik /// LOC100047808 0.0126047 ‐1.901741421924_at solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 3 Slc2a3 0.0472457 ‐1.899961415857_at embigin Emb 0.0198202 ‐1.899171433587_at RGM domain family, member B Rgmb 0.0172481 ‐1.898211453021_at syntaxin binding protein 5 (tomosyn) Stxbp5 0.00207724 ‐1.897731460366_at echinoderm microtubule associated protein like 3 Eml3 0.00543615 ‐1.895941435326_at expressed sequence AW112037 AW112037 0.0305452 ‐1.895211437670_x_at CD151 antigen Cd151 0.00390996 ‐1.893951428119_a_at RAP2C, member of RAS oncogene family /// similar to RAP2C, member of RAS oncogen LOC100047558 /// Rap2c 0.00283712 ‐1.893511453078_at RIKEN cDNA 8430408J07 gene 8430408J07Rik 0.063792 ‐1.893351451232_at CD151 antigen Cd151 0.000173276 ‐1.893071428417_at RIKEN cDNA 3110050N22 gene 3110050N22Rik 0.0139436 ‐1.892721433795_at transforming growth factor, beta receptor III Tgfbr3 0.00160938 ‐1.89261418285_at ephrin B1 Efnb1 0.039089 ‐1.892041437016_x_at RAP2C, member of RAS oncogene family /// similar to RAP2C, member of RAS oncogen LOC100047558 /// Rap2c 0.0189551 ‐1.890751453957_a_at insulin‐like growth factor 2 mRNA binding protein 3 Igf2bp3 4.04E‐05 ‐1.890641419690_at RIKEN cDNA 2610002M06 gene 2610002M06Rik 0.00298161 ‐1.890111424463_at RIKEN cDNA 2210010L05 gene 2210010L05Rik 0.0881822 ‐1.890011453366_at tudor and KH domain containing protein Tdrkh 0.00415854 ‐1.889951417111_at mannosidase 1, alpha Man1a 0.0165509 ‐1.889471435172_at eomesodermin homolog (Xenopus laevis) Eomes 0.156121 ‐1.889171419593_at gene regulated by estrogen in breast cancer protein /// similar to Greb1 protein Greb1 /// LOC100045413 0.0097208 ‐1.88881

Page 28: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 28 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1456036_x_at glutathione S‐transferase omega 1 Gsto1 0.0935552 ‐1.888661427883_a_at collagen, type III, alpha 1 Col3a1 0.186282 ‐1.888141424529_s_at cell growth regulator with EF hand domain 1 Cgref1 0.0110266 ‐1.888131416136_at matrix metallopeptidase 2 Mmp2 0.0608752 ‐1.888051425266_a_at RAP1, GTP‐GDP dissociation stimulator 1 /// similar to RAP1, GTP‐GDP dissociatio LOC100047800 /// Rap1gds1 2.77E‐05 ‐1.887611416418_at gamma‐aminobutyric acid (GABA(A)) receptor‐associated protein‐like 1 Gabarapl1 0.0504125 ‐1.88711424876_s_at spastic paraplegia 20, spartin (Troyer syndrome) homolog (human) Spg20 0.00253411 ‐1.887061450881_s_at G protein‐coupled receptor 137B Gpr137b 0.0114037 ‐1.886961429764_at RIKEN cDNA 1500005K14 gene 1500005K14Rik 0.007532 ‐1.886861452273_at expressed sequence AA409316 AA409316 0.00117077 ‐1.886521449319_at R‐spondin homolog (Xenopus laevis) Rspo1 0.0101972 ‐1.886511435484_at solute carrier family 5 (inositol transporters), member 3 Slc5a3 0.198878 ‐1.886331417673_at growth factor receptor bound protein 14 Grb14 0.033249 ‐1.885761449402_at carbohydrate (N‐acetylglucosamino) sulfotransferase 7 Chst7 0.0115209 ‐1.885531436978_at wingless‐type MMTV integration site 9A Wnt9a 0.0154286 ‐1.884231457670_s_at lamin A Lmna 0.0566333 ‐1.883851417951_at enolase 3, beta muscle Eno3 0.0169904 ‐1.883191451332_at zinc finger protein 521 Zfp521 0.00295574 ‐1.881871423003_at SET domain containing (lysine methyltransferase) 7 Setd7 0.0713511 ‐1.881321448642_at poly(rC) binding protein 1 Pcbp1 8.18E‐05 ‐1.880961423005_a_at espin Espn 0.0342229 ‐1.880831419816_s_at ERBB receptor feedback inhibitor 1 Errfi1 0.065095 ‐1.880611417075_at RIKEN cDNA 2010309E21 gene 2010309E21Rik 0.0684755 ‐1.880561429536_at RIKEN cDNA 2310040C09 gene 2310040C09Rik 0.000717472 ‐1.880541435292_at TBC1 domain family, member 4 Tbc1d4 0.0622844 ‐1.879691424880_at tribbles homolog 1 (Drosophila) Trib1 0.0184101 ‐1.879231426462_at gephyrin Gphn 0.000942221 ‐1.879011451447_at CUE domain containing 1 Cuedc1 0.0227971 ‐1.878731449670_x_at G protein‐coupled receptor 137B /// similar to Gpr137b protein Gpr137b /// LOC100044979 0.00915999 ‐1.877791422167_at sema domain, seven thrombospondin repeats (type 1 and type 1‐like), transmembran Sema5a 0.0161613 ‐1.877331422213_s_at forkhead box H1 Foxh1 0.0157499 ‐1.876631415856_at embigin Emb 0.0472531 ‐1.876271423394_at prenylcysteine oxidase 1 Pcyox1 0.00262219 ‐1.876031438407_at dermatan sulfate epimerase‐like Dsel 6.29E‐05 ‐1.875881450065_at adenylate cyclase 7 Adcy7 0.00747228 ‐1.874881460466_at RIKEN cDNA 1700047I17 gene 1 /// RIKEN cDNA 1700047I17 gene 2 1700047I17Rik1 /// 1700047I17Rik2 0.001412 ‐1.874781416716_at embryonal Fyn‐associated substrate Efs 0.0218424 ‐1.874441453102_at fibronectin leucine rich transmembrane protein 3 /// similar to fibronectin leuc Flrt3 /// LOC100048721 0.0998464 ‐1.874061424484_at MOB1, Mps One Binder kinase activator‐like 1B (yeast) Mobkl1b 0.00212918 ‐1.8741427770_a_at solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 3 Slc2a3 0.0583403 ‐1.873671451701_x_at claudin 3 Cldn3 0.168419 ‐1.873411432494_a_at RIKEN cDNA 1700019E19 gene 1700019E19Rik 0.0448645 ‐1.873161448925_at twist homolog 2 (Drosophila) Twist2 0.00991918 ‐1.873071453304_s_at lymphocyte antigen 6 complex, locus E Ly6e 0.00770069 ‐1.872241456210_at RIKEN cDNA 5430407P10 gene 5430407P10Rik 0.109352 ‐1.871931417110_at mannosidase 1, alpha Man1a 0.00228491 ‐1.870331434032_at Centaurin, gamma 3 Centg3 0.0230453 ‐1.869851418901_at CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), beta Cebpb 0.0764462 ‐1.8698

Page 29: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 29 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1453285_at transmembrane protein 88 Tmem88 0.0158491 ‐1.868821434909_at Ras‐related GTP binding D Rragd 0.0272867 ‐1.865411449370_at SRY‐box containing gene 4 Sox4 0.000213957 ‐1.8651452298_a_at myosin Vb Myo5b 0.026978 ‐1.864151451308_at elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)‐like 4 Elovl4 0.00928737 ‐1.861161438943_x_at ribophorin I Rpn1 0.000105145 ‐1.860681427584_at angiomotin Amot 0.065893 ‐1.860481435538_at RIKEN cDNA 0610030E20 gene 0610030E20Rik 0.0117827 ‐1.860171451431_a_at dysbindin (dystrobrevin binding protein 1) domain containing 2 Dbndd2 0.0106332 ‐1.858711433586_at RGM domain family, member B Rgmb 0.0324347 ‐1.858461420821_at sphingosine‐1‐phosphate phosphatase 1 Sgpp1 0.0235515 ‐1.858411421523_at fibroblast growth factor 17 Fgf17 0.101863 ‐1.857551442046_at shroom family member 2 Shroom2 0.000618975 ‐1.856781427321_s_at coxsackievirus and adenovirus receptor Cxadr 0.00179148 ‐1.855071418488_s_at receptor‐interacting serine‐threonine kinase 4 Ripk4 0.020733 ‐1.854781451867_x_at Rho GTPase activating protein 6 Arhgap6 0.0171463 ‐1.853661423236_at UDP‐N‐acetyl‐alpha‐D‐galactosamine:polypeptide N‐acetylgalactosaminyltransferase Galnt1 0.00754337 ‐1.853451438370_x_at downstream of Stk11 Dos 0.0313272 ‐1.852961439888_at Mammary gland RCB‐0527 Jyg‐MC(B) cDNA, RIKEN full‐length enriched library, clone ‐‐‐ 0.007662 ‐1.852841418884_x_at tubulin, alpha 1A /// similar to hCG1992406 /// similar to tubulin, alpha 1 LOC100045728 /// LOC636070 /// LOC 0.000911193 ‐1.852451452594_at dual specificity phosphatase 11 (RNA/RNP complex 1‐interacting) Dusp11 0.0298393 ‐1.852441434096_at solute carrier family 4 (anion exchanger), member 4 Slc4a4 0.014014 ‐1.852081422512_a_at opioid growth factor receptor Ogfr 0.00554746 ‐1.851021460642_at Tnf receptor associated factor 4 Traf4 0.00451091 ‐1.850711449556_at histocompatibility 2, T region locus 23 /// RIKEN cDNA C920025E04 gene /// simil C920025E04Rik /// H2‐T23 /// LOC100 0.00351147 ‐1.848381437503_a_at scotin gene Scotin 0.00760637 ‐1.847481428165_at vacuolar protein sorting 24 (yeast) Vps24 0.000211811 ‐1.847021452982_at insulin‐like growth factor I receptor Igf1r 0.040819 ‐1.846241425784_a_at olfactomedin 1 Olfm1 0.0666981 ‐1.845991450767_at neural precursor cell expressed, developmentally down‐regulated gene 9 Nedd9 0.0290691 ‐1.845751455796_x_at olfactomedin 1 Olfm1 0.0153032 ‐1.845391433662_s_at tissue inhibitor of metalloproteinase 2 Timp2 0.144153 ‐1.845291424921_at bromodomain containing 4 /// bone marrow stromal cell antigen 2 Brd4 /// Bst2 0.0450615 ‐1.845171450622_at breast cancer anti‐estrogen resistance 1 Bcar1 0.00324723 ‐1.845121429084_at vascular endothelial zinc finger 1 Vezf1 0.0459304 ‐1.844241448390_a_at dehydrogenase/reductase (SDR family) member 3 Dhrs3 0.0476491 ‐1.843771435649_at nexilin Nexn 0.0111127 ‐1.84361425479_at SET and MYND domain containing 5 Smyd5 0.0137489 ‐1.843381443017_at cytoplasmic polyadenylation element binding protein 2 Cpeb2 0.0547999 ‐1.84331420664_s_at protein C receptor, endothelial Procr 0.0133254 ‐1.842981437345_a_at Bernardinelli‐Seip congenital lipodystrophy 2 homolog (human) Bscl2 0.0502333 ‐1.842831424133_at transmembrane protein 98 Tmem98 0.0341956 ‐1.842351435208_at deltex 3‐like (Drosophila) Dtx3l 0.0842915 ‐1.842291452823_at glutathione S‐transferase kappa 1 Gstk1 0.00786158 ‐1.841741419688_at glypican 6 /// similar to Glypican 6 Gpc6 /// LOC100045283 0.0105361 ‐1.841441422300_at noggin Nog 0.0805735 ‐1.841371447264_at RAB11 family interacting protein 1 (class I) Rab11fip1 0.00848532 ‐1.839841448323_a_at biglycan Bgn 0.34424 ‐1.83864

Page 30: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 30 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1460204_at cytoplasmic tyrosine kinase, Dscr28C related (Drosophila) Tec 0.00215835 ‐1.838071458299_s_at nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B‐cells inhibitor, ep Nfkbie 0.0228293 ‐1.837951449947_s_at zinc finger homeobox 3 Zfhx3 0.0303061 ‐1.837581433599_at bromodomain adjacent to zinc finger domain 1A Baz1a 0.0595206 ‐1.836471421045_at mannose receptor, C type 2 Mrc2 0.0102267 ‐1.836451453228_at syntaxin 11 Stx11 0.00193553 ‐1.836131422592_at catenin (cadherin associated protein), delta 2 /// similar to arm‐repeat protein Ctnnd2 /// LOC100045979 0.00822644 ‐1.836041455069_x_at solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, adenine nucleotide translocator Slc25a4 0.00030929 ‐1.834521435740_at predicted gene, ENSMUSG00000072684 ENSMUSG00000072684 0.00329317 ‐1.833891454962_at spire homolog 1 (Drosophila) Spire1 0.00186562 ‐1.833581422510_at CTD (carboxy‐terminal domain, RNA polymerase II, polypeptide A) small phosphatas Ctdspl 0.0106792 ‐1.833581430521_s_at copine VIII Cpne8 0.00441267 ‐1.832881418449_at ladinin Lad1 0.0124723 ‐1.832371415670_at coatomer protein complex, subunit gamma Copg 0.00220377 ‐1.832171433454_at ankyrin repeat and BTB (POZ) domain containing 2 Abtb2 0.0147397 ‐1.831631437111_at zinc finger CCCH type containing 12C Zc3h12c 0.0111199 ‐1.831021417203_at ethylmalonic encephalopathy 1 Ethe1 0.00409951 ‐1.829651420653_at transforming growth factor, beta 1 Tgfb1 0.0125614 ‐1.829611437744_at SLIT and NTRK‐like family, member 4 Slitrk4 0.0014699 ‐1.829441435964_a_at TAO kinase 3 Taok3 0.0170541 ‐1.829041424483_at MOB1, Mps One Binder kinase activator‐like 1B (yeast) Mobkl1b 0.000914902 ‐1.828921439768_x_at sema domain, immunoglobulin domain (Ig), TM domain, and short cytoplasmic domain Sema4f 0.0516411 ‐1.828441448886_at GATA binding protein 3 Gata3 0.0336612 ‐1.828251439364_a_at matrix metallopeptidase 2 Mmp2 0.0524616 ‐1.828141435596_at RIKEN cDNA A530088I07 gene A530088I07Rik 0.0124357 ‐1.827971421346_a_at solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, taurine), member 6 Slc6a6 0.00722557 ‐1.827311451989_a_at microtubule‐associated protein, RP/EB family, member 2 Mapre2 0.044619 ‐1.827121448647_at mannosidase 2, alpha 1 Man2a1 0.133322 ‐1.826831449079_s_at ST3 beta‐galactoside alpha‐2,3‐sialyltransferase 6 St3gal6 0.00996978 ‐1.826411438079_at cDNA sequence BC050078 BC050078 0.0280257 ‐1.826241432282_a_at RIKEN cDNA 2010305C02 gene 2010305C02Rik 0.0449086 ‐1.824991460578_at FYVE, RhoGEF and PH domain containing 5 Fgd5 0.00987628 ‐1.824921435349_at neuropilin 2 Nrp2 0.0988498 ‐1.824871434804_at exocyst complex component 6B Exoc6b 0.00233627 ‐1.824841433842_at leucine rich repeat (in FLII) interacting protein 1 Lrrfip1 0.0681901 ‐1.824591447947_at zinc finger, FYVE domain containing 16 Zfyve16 0.00481274 ‐1.824451450413_at platelet derived growth factor, B polypeptide Pdgfb 0.00928765 ‐1.824251430543_at CAP‐GLY domain containing linker protein 3 Clip3 0.00539978 ‐1.82421417818_at WW domain containing transcription regulator 1 Wwtr1 0.0559596 ‐1.823521421943_at transforming growth factor alpha Tgfa 0.0105422 ‐1.822731436545_at deltex 4 homolog (Drosophila) Dtx4 0.0246357 ‐1.822641416531_at glutathione S‐transferase omega 1 Gsto1 0.0154951 ‐1.822481440206_at RIKEN cDNA A930024E05 gene A930024E05Rik 0.0207896 ‐1.822251455288_at RIKEN cDNA 1110036O03 gene 1110036O03Rik 0.0137085 ‐1.822171427918_a_at ras homolog gene family, member Q Rhoq 0.0179961 ‐1.821851451731_at ATP‐binding cassette, sub‐family A (ABC1), member 3 Abca3 0.0217326 ‐1.821551428585_at actinin, alpha 1 Actn1 0.0080116 ‐1.819241453065_at aldhehyde dehydrogenase family 5, subfamily A1 Aldh5a1 0.0871943 ‐1.81916

Page 31: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 31 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1433428_x_at transglutaminase 2, C polypeptide Tgm2 0.172816 ‐1.817241427975_at RAS‐like, family 10, member A Rasl10a 0.00939021 ‐1.816751418150_at myotubularin related protein 4 Mtmr4 0.0153642 ‐1.816361426332_a_at claudin 3 Cldn3 0.184008 ‐1.815271423488_at monocyte to macrophage differentiation‐associated Mmd 0.0835283 ‐1.814431423367_at wingless‐related MMTV integration site 7A Wnt7a 0.0360191 ‐1.813581436031_at cache domain containing 1 /// similar to Cache domain containing 1 Cachd1 /// LOC100047857 0.0194147 ‐1.813421452151_at cDNA sequence BC021523 BC021523 0.0846008 ‐1.813161435050_at DNA segment, Chr 10, Brigham & Women's Genetics 1379 expressed D10Bwg1379e 0.114941 ‐1.813051460209_at ubiquitin specific peptidase 39 Usp39 0.0104214 ‐1.81241430514_a_at CD99 antigen Cd99 0.000866282 ‐1.812141419430_at cytochrome P450, family 26, subfamily a, polypeptide 1 Cyp26a1 0.264773 ‐1.811261418655_at beta‐1,4‐N‐acetyl‐galactosaminyl transferase 1 B4galnt1 0.00494937 ‐1.8111416319_at adenosine kinase Adk 0.00413632 ‐1.809821434913_at 3‐hydroxymethyl‐3‐methylglutaryl‐Coenzyme A lyase‐like 1 Hmgcll1 0.0461692 ‐1.80871425340_a_at protein tyrosine phosphatase, receptor type, A Ptpra 0.0280638 ‐1.808591451520_at spastic paraplegia 20, spartin (Troyer syndrome) homolog (human) Spg20 0.0210436 ‐1.808481454753_at arginyl aminopeptidase (aminopeptidase B)‐like 1 Rnpepl1 0.00235092 ‐1.807891418286_a_at ephrin B1 Efnb1 0.00969689 ‐1.807641434777_at v‐myc myelocytomatosis viral oncogene homolog 1, lung carcinoma derived (avian) Mycl1 0.0127521 ‐1.805891448159_at RAB7, member RAS oncogene family Rab7 0.00283923 ‐1.80581417914_at RAP2B, member of RAS oncogene family Rap2b 0.0196731 ‐1.805611449106_at glutathione peroxidase 3 Gpx3 0.0602944 ‐1.805141423671_at delta/notch‐like EGF‐related receptor Dner 0.222655 ‐1.805121415834_at dual specificity phosphatase 6 Dusp6 0.0547326 ‐1.805091418301_at interferon regulatory factor 6 Irf6 0.131921 ‐1.804921426334_a_at BCL2‐like 11 (apoptosis facilitator) Bcl2l11 0.000306843 ‐1.80441431008_at RIKEN cDNA 0610037M15 gene /// histocompatibility 2, Q region locus 6 0610037M15Rik /// H2‐Q6 0.0041114 ‐1.804321434807_s_at metaxin 3 Mtx3 0.0109969 ‐1.803921448265_x_at myelin protein zero‐like 2 Mpzl2 0.0315184 ‐1.803331448547_at Ras association (RalGDS/AF‐6) domain family 3 Rassf3 0.000304628 ‐1.802971424113_at laminin B1 subunit 1 Lamb1‐1 0.000296608 ‐1.802381419357_at ISY1 splicing factor homolog (S. cerevisiae) Isy1 0.0194164 ‐1.802121422075_at caudal type homeo box 2 Cdx2 0.164565 ‐1.80211424349_a_at lysophosphatidylglycerol acyltransferase 1 Lpgat1 0.00407682 ‐1.802031449078_at ST3 beta‐galactoside alpha‐2,3‐sialyltransferase 6 St3gal6 0.016919 ‐1.801551457658_x_at annexin A4 Anxa4 0.00260952 ‐1.801361450567_a_at collagen, type II, alpha 1 Col2a1 0.0201503 ‐1.800891426641_at tribbles homolog 2 (Drosophila) Trib2 0.0101165 ‐1.80081423309_at trans‐golgi network protein /// trans‐golgi network protein 2 Tgoln1 /// Tgoln2 0.00235714 ‐1.799841423152_at vesicle‐associated membrane protein, associated protein B and C Vapb 0.035534 ‐1.799711437277_x_at transglutaminase 2, C polypeptide Tgm2 0.156602 ‐1.799611417428_at guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 3 subunit Gng3 0.0877838 ‐1.799591420820_at RIKEN cDNA 2900073G15 gene 2900073G15Rik 0.0260994 ‐1.799551434308_at solute carrier family 43, member 2 Slc43a2 0.0911077 ‐1.799091456795_at RIKEN cDNA D330027G24 gene D330027G24Rik 0.0352568 ‐1.798991435029_at Adult male bone cDNA, RIKEN full‐length enriched library, clone:9830126I01 produ ‐‐‐ 0.0700388 ‐1.798861417158_at ZXD family zinc finger C Zxdc 0.00631147 ‐1.79864

Page 32: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 32 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1449010_at heat shock protein 4 like Hspa4l 0.0117996 ‐1.798491443830_x_at ring finger protein 103 Rnf103 0.0167092 ‐1.797231449194_at mitochondrial ribosomal protein S25 Mrps25 0.0204355 ‐1.79571424824_at SLAIN motif family, member 1 Slain1 0.0256801 ‐1.795471415911_at imprinted and ancient Impact 0.0180675 ‐1.794561434694_at leucine rich repeat containing 8A Lrrc8a 0.00182491 ‐1.79411417018_at epidermal growth factor‐containing fibulin‐like extracellular matrix protein 2 Efemp2 7.52E‐05 ‐1.793921439389_s_at myeloid‐associated differentiation marker Myadm 0.0353034 ‐1.793531452521_a_at plasminogen activator, urokinase receptor Plaur 0.0565608 ‐1.791611436304_at RIKEN cDNA C030003D03 gene C030003D03Rik 0.00624229 ‐1.791561417793_at interferon inducible GTPase 2 Iigp2 0.0287309 ‐1.791341451413_at calpastatin Cast 0.0999985 ‐1.790761429274_at RIKEN cDNA 2310010M24 gene 2310010M24Rik 0.0081688 ‐1.790421417195_at WW, C2 and coiled‐coil domain containing 2 Wwc2 0.0135546 ‐1.790271421189_at gamma‐aminobutyric acid (GABA‐A) receptor, subunit beta 3 Gabrb3 0.000799085 ‐1.789981448026_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.0194461 ‐1.789261449005_at solute carrier family 16 (monocarboxylic acid transporters), member 3 Slc16a3 0.0692355 ‐1.789011415894_at ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 2 Enpp2 0.0555632 ‐1.788891416914_s_at mammary tumor virus receptor 2 Mtvr2 0.00134903 ‐1.788791451045_at synaptotagmin XIII Syt13 0.00216907 ‐1.788561434360_s_at protein tyrosine phosphatase, receptor type, G /// similar to protein tyrosine p LOC632664 /// Ptprg 0.156871 ‐1.788311415976_a_at calcium regulated heat stable protein 1 Carhsp1 0.000383159 ‐1.788251451985_at leucine‐rich repeat kinase 1 Lrrk1 0.00176428 ‐1.786421419054_a_at protein tyrosine phosphatase, non‐receptor type 21 Ptpn21 0.00363761 ‐1.786081419155_a_at SRY‐box containing gene 4 Sox4 0.0010573 ‐1.785821440999_at zinc finger protein 697 Zfp697 0.0392908 ‐1.785751455482_at adaptor protein complex AP‐2, alpha 2 subunit Ap2a2 0.0343123 ‐1.785671437451_at RIKEN cDNA 1110006O17 gene 1110006O17Rik 0.00205794 ‐1.785531424528_at cell growth regulator with EF hand domain 1 Cgref1 0.00208741 ‐1.785361449460_at ankyrin repeat and SOCS box‐containing protein 13 Asb13 0.00143396 ‐1.78431448747_at F‐box protein 32 Fbxo32 0.0218728 ‐1.784181415824_at stearoyl‐Coenzyme A desaturase 2 Scd2 0.0100261 ‐1.784071418253_a_at heat shock protein 4 like Hspa4l 0.0156057 ‐1.783891452292_at adaptor‐related protein complex 2, beta 1 subunit Ap2b1 0.0091401 ‐1.783531427386_at Rho guanine nucleotide exchange factor (GEF) 16 Arhgef16 0.0610003 ‐1.78291437290_at inositol monophosphatase domain containing 1 Impad1 0.0204529 ‐1.782731435841_s_at succinate‐Coenzyme A ligase, GDP‐forming, beta subunit Suclg2 0.00153216 ‐1.782621439523_at RIKEN cDNA D330027G24 gene D330027G24Rik 0.0518068 ‐1.781861460617_s_at RAB6B, member RAS oncogene family Rab6b 0.0130458 ‐1.781111448487_at leucine rich repeat (in FLII) interacting protein 1 Lrrfip1 0.0156337 ‐1.781031429621_at cullin‐associated and neddylation‐dissociated 2 (putative) Cand2 0.00148575 ‐1.780851421296_at tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10b Tnfrsf10b 0.000449781 ‐1.780741420172_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.0314869 ‐1.78041460586_at multiple EGF‐like‐domains 8 Megf8 0.0223393 ‐1.780251418516_at metal response element binding transcription factor 2 Mtf2 0.00024969 ‐1.77971456640_at SH3 domain containing ring finger 2 Sh3rf2 0.026784 ‐1.778421454748_at nicotinate phosphoribosyltransferase domain containing 1 Naprt1 0.033668 ‐1.778411424726_at transmembrane protein 150 Tmem150 0.000207485 ‐1.77815

Page 33: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 33 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1418515_at metal response element binding transcription factor 2 Mtf2 0.000105078 ‐1.777771440926_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.0211807 ‐1.777731421908_a_at transcription factor 12 Tcf12 0.000154078 ‐1.776891424077_at glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 1 Gdpd1 0.00573465 ‐1.776491418716_at mitochondrial ribosomal protein S25 Mrps25 0.00520752 ‐1.775951455409_at spire homolog 1 (Drosophila) Spire1 0.0556493 ‐1.774881422552_at reprimo, TP53 dependent G2 arrest mediator candidate Rprm 0.000985401 ‐1.774321416598_at GLIS family zinc finger 2 Glis2 0.000651671 ‐1.773661456133_x_at integrin beta 5 Itgb5 0.00383436 ‐1.773481460569_x_at claudin 3 Cldn3 0.13952 ‐1.773361436918_at dual‐specificity tyrosine‐(Y)‐phosphorylation regulated kinase 2 /// similar to  Dyrk2 /// LOC100044376 0.00297064 ‐1.771911438114_x_at Embryonal Fyn‐associated substrate Efs 0.0262722 ‐1.771761437252_at opposite strand transcription unit to Stag3 Gats 0.0534147 ‐1.771091418283_at claudin 4 Cldn4 0.0610132 ‐1.770411422644_at SH3‐binding domain glutamic acid‐rich protein /// similar to putative SH3BGR pro LOC100045042 /// Sh3bgr 0.0164815 ‐1.769981426734_at cDNA sequence BC022623 BC022623 0.00998748 ‐1.769971418979_at aldo‐keto reductase family 1, member C14 Akr1c14 0.249011 ‐1.769931451214_at kelch repeat and BTB (POZ) domain containing 2 Kbtbd2 0.00398067 ‐1.769081426442_at glycoprotein m6a Gpm6a 0.0221964 ‐1.768461426409_at leucine zipper, putative tumor suppressor 2 /// similar to Leucine zipper, putat LOC100048460 /// Lzts2 0.0194659 ‐1.768411434130_at lipoma HMGIC fusion partner‐like 2 Lhfpl2 0.0273206 ‐1.767381435789_x_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.171543 ‐1.766341417012_at syndecan 2 Sdc2 0.0219323 ‐1.765821416354_at RNA binding motif protein, X chromosome Rbmx 0.0187925 ‐1.76551415823_at stearoyl‐Coenzyme A desaturase 2 Scd2 0.017619 ‐1.765321428433_at homeodomain interacting protein kinase 2 Hipk2 0.0759285 ‐1.765161449029_at MAP kinase‐interacting serine/threonine kinase 2 Mknk2 0.00758671 ‐1.764261425199_a_at erythrocyte protein band 4.1‐like 5 Epb4.1l5 0.0348219 ‐1.762351428636_at six transmembrane epithelial antigen of prostate 2 Steap2 0.0309931 ‐1.762331420150_at splA/ryanodine receptor domain and SOCS box containing 1 Spsb1 0.0731904 ‐1.761991434334_at protein kinase D2 Prkd2 0.00594166 ‐1.761651451722_s_at SET and MYND domain containing 5 Smyd5 0.0143459 ‐1.761181455792_x_at necdin Ndn 0.034986 ‐1.75971435069_at cDNA sequence BC064078 BC064078 0.0233792 ‐1.759451452367_at coronin, actin binding protein 2A Coro2a 0.087948 ‐1.759011456790_at zinc finger protein 800 Zfp800 0.00505759 ‐1.758721420851_at par‐6 partitioning defective 6 homolog gamma (C. elegans) Pard6g 0.0129468 ‐1.75871432848_a_at RIKEN cDNA 1200004M23 gene 1200004M23Rik 0.0117396 ‐1.758141428418_s_at RIKEN cDNA 3110050N22 gene 3110050N22Rik 0.0301272 ‐1.758111417780_at longevity assurance homolog 4 (S. cerevisiae) Lass4 0.0437245 ‐1.758091424755_at huntingtin interacting protein 1 Hip1 0.00175048 ‐1.758071449949_a_at coxsackievirus and adenovirus receptor Cxadr 0.00111486 ‐1.757921433670_at epithelial membrane protein 2 Emp2 0.0380751 ‐1.757691424990_at ORAI calcium release‐activated calcium modulator 1 Orai1 0.00149941 ‐1.757581421066_at Janus kinase 2 Jak2 0.0207051 ‐1.757341428253_at chromatin modifying protein 2B Chmp2b 0.00322605 ‐1.756591454741_s_at transmembrane protein 164 Tmem164 0.00165997 ‐1.756371428637_at dual‐specificity tyrosine‐(Y)‐phosphorylation regulated kinase 2 /// similar to  Dyrk2 /// LOC100044376 0.00302065 ‐1.75619

Page 34: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 34 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1438402_at RIKEN cDNA 9630050M13 gene 9630050M13Rik 0.000517723 ‐1.755971451178_at mitochondrial ribosomal protein L53 Mrpl53 0.029833 ‐1.755871455919_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.0339046 ‐1.755671433983_at Cnksr family member 3 Cnksr3 0.01016 ‐1.754051418628_at KH domain containing, RNA binding, signal transduction associated 1 Khdrbs1 0.0102707 ‐1.754031450916_at staufen (RNA binding protein) homolog 2 (Drosophila) Stau2 0.00612318 ‐1.753871417915_at RAP2B, member of RAS oncogene family Rap2b 0.0126155 ‐1.753871418255_s_at serum response factor Srf 0.0109424 ‐1.753711418128_at adenylate cyclase 6 Adcy6 0.0239519 ‐1.753651429106_at RIKEN cDNA 4921509J17 gene 4921509J17Rik 0.0116355 ‐1.753541415817_s_at chaperonin subunit 7 (eta) Cct7 0.000120153 ‐1.752241442873_at 10 days neonate cerebellum cDNA, RIKEN full‐length enriched library, clone:B9300 ‐‐‐ 0.0453095 ‐1.752151419403_at cDNA sequence BC017612 BC017612 0.0176862 ‐1.751751451038_at apelin Apln 0.175424 ‐1.751691457687_at B‐cell leukemia/lymphoma 2 /// similar to Bcl2‐like protein Bcl2 /// LOC100046608 0.00593976 ‐1.751591420502_at spermidine/spermine N1‐acetyl transferase 1 Sat1 0.00259846 ‐1.74881428420_a_at RIKEN cDNA 1200009I06 gene 1200009I06Rik 0.0119856 ‐1.747651456307_s_at adenylate cyclase 7 Adcy7 0.00636035 ‐1.7471450804_at kinesin family member 5C Kif5c 0.0167493 ‐1.746761448600_s_at vav 3 oncogene Vav3 0.00218946 ‐1.745891449041_a_at thyroid hormone receptor interactor 6 Trip6 0.0108811 ‐1.743811421640_a_at TRAF family member‐associated Nf‐kappa B activator Tank 0.0384652 ‐1.743561428252_at chromatin modifying protein 2B Chmp2b 0.0164248 ‐1.743461456138_at LY6/PLAUR domain containing 6 Lypd6 0.020676 ‐1.743221451243_at arginyl aminopeptidase (aminopeptidase B) Rnpep 0.00826372 ‐1.74321428413_at cyclin Y /// similar to cyclin fold protein 1 Ccny /// LOC100044842 0.0332753 ‐1.74281421431_at polymerase I and transcript release factor Ptrf 0.0646619 ‐1.742591420944_at zinc finger protein 185 Zfp185 0.0597677 ‐1.74241451230_a_at WW domain binding protein 5 Wbp5 0.0160878 ‐1.742391417250_at ring finger protein 12 Rnf12 0.00619904 ‐1.742231435106_at LIM and calponin homology domains 1 Limch1 0.136189 ‐1.742121451225_at protein tyrosine phosphatase, non‐receptor type 11 Ptpn11 0.00076983 ‐1.741911425581_s_at UDP‐N‐acetyl‐alpha‐D‐galactosamine: polypeptide N‐acetylgalactosaminyltransferas Galnt7 0.00589617 ‐1.741871422572_at ras homolog gene family, member G Rhog 0.0021556 ‐1.741281452731_x_at predicted gene, ENSMUSG00000068790 /// predicted gene, ENSMUSG00000063277 /// pr EG666684 /// EG666772 /// EG666890 0.0131436 ‐1.741061422629_s_at shroom family member 3 Shroom3 0.00380325 ‐1.740851449115_at metal response element binding transcription factor 2 Mtf2 0.00146344 ‐1.740781424312_at adiponectin receptor 1 Adipor1 0.0308797 ‐1.74041450024_at suppressor of fused homolog (Drosophila) Sufu 0.0156564 ‐1.740231433817_at 1‐acylglycerol‐3‐phosphate O‐acyltransferase 3 Agpat3 0.00648252 ‐1.740091449002_at pleckstrin homology‐like domain, family A, member 3 Phlda3 0.0334231 ‐1.738771449325_at fatty acid desaturase 2 Fads2 0.0536551 ‐1.738651455507_s_at ataxin 1‐like Atxn1l 0.00350966 ‐1.738551417500_a_at transglutaminase 2, C polypeptide Tgm2 0.0728015 ‐1.738541436602_x_at calcium channel, voltage‐dependent, N type, alpha 1B subunit Cacna1b 0.0125293 ‐1.73831422562_at Ras‐related associated with diabetes Rrad 0.00240755 ‐1.738111431932_s_at tripartite motif‐containing 44 Trim44 0.104461 ‐1.737991419486_at forkhead box C1 Foxc1 0.0423043 ‐1.73742

Page 35: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 35 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1452988_at RIKEN cDNA 2610306M01 gene 2610306M01Rik 0.00814944 ‐1.737231455854_a_at slingshot homolog 1 (Drosophila) Ssh1 0.00290031 ‐1.737021424778_at receptor accessory protein 3 Reep3 0.0115261 ‐1.7371436026_at zinc finger protein 703 Zfp703 0.0565633 ‐1.736751433943_at cDNA sequence BC063749 BC063749 0.000198396 ‐1.736411421654_a_at lamin A Lmna 0.0173408 ‐1.735821417225_at ADP‐ribosylation factor‐like 6 interacting protein 5 Arl6ip5 0.0090395 ‐1.735611427228_at palladin, cytoskeletal associated protein Palld 0.00147655 ‐1.734561417185_at lymphocyte antigen 6 complex, locus A Ly6a 0.313762 ‐1.734361441909_s_at RIKEN cDNA 9530066K23 gene 9530066K23Rik 0.00834556 ‐1.733651418967_a_at Suppression of tumorigenicity 7 St7 0.000513042 ‐1.733111423717_at adenylate kinase 3 Ak3 0.00922109 ‐1.732031424114_s_at laminin B1 subunit 1 Lamb1‐1 0.001824 ‐1.731641421823_a_at protein phosphatase 2 (formerly 2A), catalytic subunit, beta isoform /// similar LOC100044385 /// Ppp2cb 0.000223143 ‐1.731431449299_at low density lipoprotein receptor‐related protein 5 Lrp5 0.103874 ‐1.730691428301_at hypothetical protein LOC544988 /// predicted gene, ENSMUSG00000068790 /// predic EG666684 /// EG666772 /// ENSMUSG 0.0244879 ‐1.730141427357_at cytidine deaminase Cda 0.0652085 ‐1.729881451756_at FMS‐like tyrosine kinase 1 Flt1 0.00331815 ‐1.729221434350_at AXIN1 up‐regulated 1 Axud1 0.00886706 ‐1.729211449420_at phosphodiesterase 1B, Ca2+‐calmodulin dependent Pde1b 0.0557837 ‐1.729041434139_at poly (ADP‐ribose) polymerase family, member 11 Parp11 0.0854704 ‐1.728951422465_a_at nucleoredoxin /// similar to red‐1 LOC100046741 /// Nxn 0.00670137 ‐1.728521433523_at RIKEN cDNA D930005D10 gene D930005D10Rik 0.254385 ‐1.728371438227_at src homology 2 domain‐containing transforming protein E She 0.0152627 ‐1.728261416155_at high mobility group box 3 Hmgb3 0.00119987 ‐1.728161460361_at RIKEN cDNA 5033414D02 gene 5033414D02Rik 0.0129512 ‐1.728081416863_at abhydrolase domain containing 8 Abhd8 0.0397556 ‐1.728041437234_x_at protein arginine N‐methyltransferase 2 Prmt2 0.0148715 ‐1.727441429564_at polycomb group ring finger 5 /// similar to polycomb group ring finger 5 LOC100048247 /// Pcgf5 0.0267782 ‐1.727121433668_at proline‐rich nuclear receptor coactivator 1 Pnrc1 0.00597539 ‐1.7271431751_a_at metallophosphoesterase domain containing 2 Mpped2 0.00119047 ‐1.726721428696_at raftlin lipid raft linker 1 Rftn1 0.0334844 ‐1.726241456574_at zinc finger protein 800 Zfp800 0.0919612 ‐1.72621422854_at src homology 2 domain‐containing transforming protein C1 Shc1 0.000799441 ‐1.725441427539_a_at ZW10 interactor Zwint 0.116968 ‐1.725191423222_at CAP, adenylate cyclase‐associated protein, 2 (yeast) Cap2 0.0150672 ‐1.725141418300_a_at MAP kinase‐interacting serine/threonine kinase 2 Mknk2 0.00308419 ‐1.724881433605_at inositol polyphosphate‐5‐phosphatase A Inpp5a 0.00560077 ‐1.724291418520_at trans‐golgi network protein /// trans‐golgi network protein 2 /// hypothetical p LOC100038890 /// Tgoln1 /// Tgoln2 0.0114211 ‐1.7241420841_at protein tyrosine phosphatase, receptor type, F Ptprf 0.0109259 ‐1.723811431299_a_at RIKEN cDNA 2310014H01 gene 2310014H01Rik 0.0212588 ‐1.722461435420_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.0806677 ‐1.721861421139_a_at zinc finger protein 386 (Kruppel‐like) Zfp386 0.128035 ‐1.721851423861_at pleckstrin homology domain containing, family F (with FYVE domain) member 2 Plekhf2 0.0135699 ‐1.721691420822_s_at sphingosine‐1‐phosphate phosphatase 1 Sgpp1 0.00725655 ‐1.721611450696_at proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type 9 (large multifunctional pept Psmb9 0.0463605 ‐1.720651460608_at calcium channel, voltage‐dependent, N type, alpha 1B subunit Cacna1b 0.00914987 ‐1.719021447812_x_at filamin C, gamma (actin binding protein 280) Flnc 0.0031409 ‐1.71873

Page 36: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 36 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1436442_at protein tyrosine phosphatase, non‐receptor type 14 Ptpn14 0.219997 ‐1.71831436345_at RIKEN cDNA 5730559C18 gene 5730559C18Rik 0.00126146 ‐1.717981426463_at gephyrin Gphn 0.000378498 ‐1.717671426403_at ARP1 actin‐related protein 1 homolog B (yeast) Actr1b 0.00221482 ‐1.717491416236_a_at myelin protein zero‐like 2 Mpzl2 0.0612632 ‐1.717391436354_at DAZ interacting protein 1‐like Dzip1l 0.0272063 ‐1.716621426001_at eomesodermin homolog (Xenopus laevis) Eomes 0.146196 ‐1.716161429269_at cDNA sequence BC068157 BC068157 0.0931969 ‐1.715471426037_a_at regulator of G‐protein signaling 16 Rgs16 0.00666547 ‐1.714571424123_at feline leukemia virus subgroup C cellular receptor family, member 2 Flvcr2 0.136787 ‐1.714031439255_s_at G protein‐coupled receptor 137B /// G protein‐coupled receptor 137B, pseudogene  Gpr137b /// Gpr137b‐ps /// LOC10004 0.0182467 ‐1.713951454857_at ring finger protein 122 Rnf122 0.0102147 ‐1.713281417039_a_at cullin 7 Cul7 0.0268061 ‐1.713171422437_at collagen, type V, alpha 2 Col5a2 0.274954 ‐1.71311435256_at CAP‐GLY domain containing linker protein 3 Clip3 0.0364703 ‐1.712821428630_x_at hydroxyacylglutathione hydrolase‐like Haghl 0.193207 ‐1.711971435456_at tetratricopeptide repeat domain 28 Ttc28 0.00307701 ‐1.711811455793_at cDNA sequence BC035537 BC035537 0.0183371 ‐1.709951460394_a_at inositol polyphosphate phosphatase‐like 1 Inppl1 0.0203958 ‐1.709291433643_at calcium channel, voltage‐dependent, alpha2/delta subunit 1 Cacna2d1 0.00385802 ‐1.709231450649_at guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 10 Gng10 0.0285876 ‐1.709051438292_x_at adenosine kinase Adk 0.0597667 ‐1.708541452483_a_at CD44 antigen Cd44 0.215267 ‐1.708531440167_s_at LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma Lpp 0.0109332 ‐1.70851451339_at sulfite oxidase Suox 0.0300102 ‐1.708311421505_at Mix1 homeobox‐like 1 (Xenopus laevis) Mixl1 0.206869 ‐1.708011428157_at guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 2 subunit Gng2 0.192733 ‐1.707321436845_at axin2 Axin2 0.00256084 ‐1.707111418872_at ATP‐binding cassette, sub‐family B (MDR/TAP), member 1B Abcb1b 0.0799386 ‐1.707021449089_at nuclear receptor interacting protein 1 Nrip1 0.0371656 ‐1.706751451255_at lipolysis stimulated lipoprotein receptor Lsr 0.0313138 ‐1.706721423496_a_at putative neuronal cell adhesion molecule Punc 0.0129751 ‐1.70651418067_at cofilin 2, muscle Cfl2 0.000193544 ‐1.706471455900_x_at transglutaminase 2, C polypeptide Tgm2 0.176226 ‐1.706251418436_at syntaxin 7 Stx7 0.0676427 ‐1.70591421075_s_at cytochrome P450, family 7, subfamily b, polypeptide 1 Cyp7b1 0.00222298 ‐1.705881417222_a_at transmembrane protein 123 Tmem123 0.0428308 ‐1.704731428873_a_at RIKEN cDNA 4121402D02 gene /// similar to RIKEN cDNA 4121402D02 gene 4121402D02Rik /// LOC100047441 2.17E‐05 ‐1.704281422088_at v‐myc myelocytomatosis viral oncogene homolog 1, lung carcinoma derived (avian) Mycl1 0.00230446 ‐1.704151441972_at RIKEN cDNA 6230424C14 gene 6230424C14Rik 0.000692988 ‐1.703921423757_x_at insulin‐like growth factor binding protein 4 Igfbp4 0.0647473 ‐1.703781448536_at LSM3 homolog, U6 small nuclear RNA associated (S. cerevisiae) Lsm3 0.0273752 ‐1.703621452415_at actinin, alpha 1 Actn1 0.0311142 ‐1.703231421096_at transient receptor potential cation channel, subfamily C, member 1 Trpc1 0.130652 ‐1.702871454696_at guanine nucleotide binding protein (G protein), beta 1 Gnb1 0.00252564 ‐1.702161425533_a_at staufen (RNA binding protein) homolog 2 (Drosophila) Stau2 0.00240256 ‐1.701981420643_at LFNG O‐fucosylpeptide 3‐beta‐N‐acetylglucosaminyltransferase Lfng 0.0500198 ‐1.701681418985_at CTTNBP2 N‐terminal like Cttnbp2nl 0.0302912 ‐1.70167

Page 37: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 37 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1456140_at similar to OPR LOC100045988 0.0114417 ‐1.701441452893_s_at RIKEN cDNA 1110065P19 gene /// RIKEN cDNA 2310040A07 gene /// similar to 2310040 1110065P19Rik /// 2310040A07Rik /// 0.0135243 ‐1.700911452296_at slit homolog 3 (Drosophila) Slit3 0.00291088 ‐1.700171448611_at WW, C2 and coiled‐coil domain containing 2 Wwc2 0.00889544 ‐1.699981425681_a_at prion protein dublet Prnd 0.003684 ‐1.699621422103_a_at signal transducer and activator of transcription 5B Stat5b 0.0977112 ‐1.699471427510_at guanine nucleotide binding protein (G protein), alpha inhibiting 1 Gnai1 0.00105631 ‐1.698951432436_a_at adenylate kinase 3 Ak3 0.000555138 ‐1.698811423608_at integral membrane protein 2A Itm2a 0.069421 ‐1.698781426324_at histocompatibility 2, D region locus 1 H2‐D1 0.00360298 ‐1.698751424938_at six transmembrane epithelial antigen of the prostate 1 Steap1 0.0213987 ‐1.698651451533_at cDNA sequence BC022687 BC022687 0.0336575 ‐1.698271449012_s_at fibronectin type III domain containing 4 Fndc4 0.0694012 ‐1.697921436368_at solute carrier family 16 (monocarboxylic acid transporters), member 10 Slc16a10 0.0407872 ‐1.69791427038_at preproenkephalin 1 Penk1 0.0374451 ‐1.696571426222_s_at loss of heterozygosity, 11, chromosomal region 2, gene A homolog (human) Loh11cr2a 0.033618 ‐1.696561420518_a_at immunoglobulin superfamily, member 9 Igsf9 0.00133179 ‐1.6951432750_at zinc finger protein 711 Zfp711 0.0526708 ‐1.694871448786_at RIKEN cDNA 1100001H23 gene /// similar to RIKEN cDNA 1100001H23 gene 1100001H23Rik /// LOC100045163 0.000207673 ‐1.69481435175_at cDNA sequence BC034090 BC034090 0.0585138 ‐1.694751424367_a_at homer homolog 2 (Drosophila) Homer2 0.0343799 ‐1.694431436205_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.0112292 ‐1.694251455130_at SPT2, Suppressor of Ty, domain containing 1 (S. cerevisiae) Spty2d1 0.0197426 ‐1.694231460541_at solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 6 Slc7a6 0.00294899 ‐1.694071435880_at ankrin repeat domain 50 Ankrd50 0.00496138 ‐1.694071455099_at monoacylglycerol O‐acyltransferase 2 Mogat2 0.0222634 ‐1.693941418080_at UDP‐Gal:betaGlcNAc beta 1,4‐ galactosyltransferase, polypeptide 2 B4galt2 0.00637217 ‐1.693751419414_at guanine nucleotide binding protein 13, gamma Gng13 0.151071 ‐1.692611451789_a_at receptor‐like tyrosine kinase Ryk 0.00513056 ‐1.692541422344_s_at tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10b Tnfrsf10b 0.00126969 ‐1.692471428484_at oxysterol binding protein‐like 3 Osbpl3 0.0345159 ‐1.692271427692_a_at calcium/calmodulin‐dependent serine protein kinase (MAGUK family) Cask 0.00658919 ‐1.692131436853_a_at synuclein, alpha Snca 0.00528622 ‐1.691761458518_at cytoplasmic polyadenylation element binding protein 2 Cpeb2 0.022225 ‐1.691351423895_a_at CUG triplet repeat, RNA binding protein 2 Cugbp2 0.00860063 ‐1.691061422776_at serine (or cysteine) peptdiase inhibitor, clade B, member 8 Serpinb8 0.0612464 ‐1.691021420650_at zinc finger homeobox 3 Zfhx3 0.0455402 ‐1.690991437760_at UDP‐N‐acetyl‐alpha‐D‐galactosamine:polypeptide N‐acetylgalactosaminyltransferase Galnt12 0.0308601 ‐1.690771416046_a_at fucosidase, alpha‐L‐ 2, plasma Fuca2 0.0232604 ‐1.690711446516_at B‐cell CLL/lymphoma 7C Bcl7c 0.0456876 ‐1.690491422860_at neurotensin Nts 0.0619171 ‐1.690351437424_at synapse defective 1, Rho GTPase, homolog 2 (C. elegans) Syde2 0.00245092 ‐1.689971455711_at deltex 4 homolog (Drosophila) Dtx4 0.00151841 ‐1.689711415816_at chaperonin subunit 7 (eta) Cct7 2.04E‐05 ‐1.689431449056_at RIKEN cDNA E330009J07 gene E330009J07Rik 0.0417733 ‐1.689321460342_s_at expressed sequence AA536749 AA536749 0.0023597 ‐1.689271452784_at integrin alpha V Itgav 0.0173781 ‐1.688781419208_at mitogen activated protein kinase kinase kinase 8 Map3k8 0.149548 ‐1.68735

Page 38: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 38 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1450025_at par‐6 partitioning defective 6 homolog gamma (C. elegans) Pard6g 0.00652988 ‐1.687231418487_at receptor‐interacting serine‐threonine kinase 4 Ripk4 0.0239896 ‐1.687141440138_at AT hook, DNA binding motif, containing 1 Ahdc1 0.133249 ‐1.686791416836_at low‐density lipoprotein receptor‐related protein 10 Lrp10 0.000495554 ‐1.686641415822_at stearoyl‐Coenzyme A desaturase 2 Scd2 0.0147555 ‐1.686621426481_at kelch‐like 22 (Drosophila) Klhl22 0.000311524 ‐1.686041428186_at potassium channel tetramerisation domain containing 6 Kctd6 0.0404498 ‐1.68591417011_at syndecan 2 Sdc2 0.0133065 ‐1.685781437007_x_at ubiquitin specific peptidase 39 Usp39 0.0245304 ‐1.685571437284_at frizzled homolog 1 (Drosophila) Fzd1 0.0455818 ‐1.685571451341_s_at transmembrane protein 189 Tmem189 0.0180183 ‐1.685461417613_at immediate early response 5 Ier5 0.0112545 ‐1.684131454745_at Rho GTPase activating protein 29 Arhgap29 0.0549198 ‐1.684051451264_at FERM domain containing 6 Frmd6 0.0142409 ‐1.68321452958_at aspartate beta‐hydroxylase domain containing 2 Asphd2 7.66E‐05 ‐1.682891417263_at prostaglandin‐endoperoxide synthase 2 Ptgs2 0.376696 ‐1.682761420506_a_at syntaxin binding protein 1 Stxbp1 0.026888 ‐1.682531420296_at Chloride channel 5 Clcn5 0.0658588 ‐1.681841434158_at GDP‐mannose 4, 6‐dehydratase Gmds 0.00183097 ‐1.681721427167_at armadillo repeat containing, X‐linked 4 Armcx4 0.0790935 ‐1.681451449018_at profilin 1 Pfn1 0.02489 ‐1.681051448659_at caspase 7 Casp7 0.0873113 ‐1.680791430849_a_at cell growth regulator with ring finger domain 1 Cgrrf1 0.0365491 ‐1.680061420843_at protein tyrosine phosphatase, receptor type, F Ptprf 0.00217783 ‐1.680051438164_x_at flotillin 2 Flot2 0.0478939 ‐1.680051437745_at chromodomain helicase DNA binding protein 7 Chd7 0.0430464 ‐1.679721448985_at dual specificity phosphatase 22 Dusp22 0.0124409 ‐1.679531434070_at jagged 1 Jag1 0.00238345 ‐1.679461452013_at ATPase, class V, type 10A Atp10a 0.00741489 ‐1.679011448835_at E2F transcription factor 6 E2f6 0.00783541 ‐1.67841448276_at tetraspanin 4 Tspan4 0.0144263 ‐1.677381438552_x_at zyxin Zyx 0.0403317 ‐1.677241451309_at Rho GTPase activating protein 1 Arhgap1 0.0156263 ‐1.677181428416_at RIKEN cDNA 3110050N22 gene 3110050N22Rik 0.0843691 ‐1.676831422078_at thymoma viral proto‐oncogene 3 Akt3 0.0167485 ‐1.67681449236_at delta‐like 3 (Drosophila) Dll3 0.0174433 ‐1.676491424877_a_at aminolevulinate, delta‐, dehydratase /// similar to aminolevulinate, delta‐, deh Alad /// LOC100046072 0.000340897 ‐1.676241422521_at dynactin 1 Dctn1 0.00886665 ‐1.675631437292_at retinaldehyde binding protein 1‐like 2 Rlbp1l2 0.0298358 ‐1.675341422804_at serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade B, member 6b Serpinb6b 0.0201013 ‐1.67521422669_at estrogen receptor‐binding fragment‐associated gene 9 Ebag9 0.0263175 ‐1.675011434094_at transmembrane protein 125 Tmem125 0.0412553 ‐1.674551428135_a_at eukaryotic translation elongation factor 1 delta (guanine nucleotide exchange pr Eef1d 0.0942591 ‐1.673131425212_a_at tumor necrosis factor receptor superfamily, member 19 Tnfrsf19 0.00083987 ‐1.67211422975_at membrane metallo endopeptidase Mme 0.00204632 ‐1.671691419946_s_at RAB2, member RAS oncogene family Rab2 0.0851901 ‐1.67141424373_at armadillo repeat containing, X‐linked 3 Armcx3 0.0250182 ‐1.671031418471_at placental growth factor Pgf 0.0107951 ‐1.67067

Page 39: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 39 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1416419_s_at gamma‐aminobutyric acid (GABA(A)) receptor‐associated protein‐like 1 Gabarapl1 0.0625868 ‐1.670471458364_s_at interferon alpha responsive gene Ifrg15 0.00172019 ‐1.670211434115_at cadherin 13 Cdh13 0.0355381 ‐1.67021451282_at centaurin, delta 3 Centd3 0.00238743 ‐1.670121450131_a_at B‐box and SPRY domain containing Bspry 0.00209633 ‐1.669291437155_a_at WW domain containing transcription regulator 1 Wwtr1 0.0458214 ‐1.668811455862_at ubiquitin domain containing 2 Ubtd2 0.000383534 ‐1.668731422924_at tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 9 Tnfsf9 0.131192 ‐1.668641439015_at glial cell line derived neurotrophic factor family receptor alpha 1 Gfra1 0.132693 ‐1.668571423332_at syndecan binding protein Sdcbp 0.00489668 ‐1.668521435338_at cyclin‐dependent kinase 6 Cdk6 0.210934 ‐1.668381417704_a_at Rho GTPase activating protein 6 Arhgap6 0.0135636 ‐1.668221455481_at iduronate 2‐sulfatase Ids 0.0148042 ‐1.667871451895_a_at 24‐dehydrocholesterol reductase Dhcr24 0.00263923 ‐1.667821421106_at jagged 1 Jag1 0.000427519 ‐1.666931422683_at interleukin‐1 receptor‐associated kinase 1 binding protein 1 Irak1bp1 0.0557406 ‐1.666651427879_at RIKEN cDNA 1810031K17 gene 1810031K17Rik 0.000950766 ‐1.66661435947_at RIKEN cDNA 2810455D13 gene 2810455D13Rik 0.0953033 ‐1.666291448684_at protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 2 Ppp1r2 0.026909 ‐1.665611460626_at septin 11 Sept11 0.000217325 ‐1.665531455421_x_at RIKEN cDNA 6330503C03 gene 6330503C03Rik 0.00918831 ‐1.665441448402_at talin 1 Tln1 0.0421346 ‐1.664991417749_a_at tight junction protein 1 Tjp1 0.0378745 ‐1.66491422087_at v‐myc myelocytomatosis viral oncogene homolog 1, lung carcinoma derived (avian) Mycl1 0.0151847 ‐1.664731419329_at sorbin and SH3 domain containing 3 Sorbs3 0.0105247 ‐1.664621418704_at S100 calcium binding protein A13 S100a13 0.216149 ‐1.664541438673_at solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 7 Slc4a7 0.0650437 ‐1.664361448860_at rad and gem related GTP binding protein 2 Rem2 0.0470796 ‐1.662861428562_at hypothetical protein LOC100042498 /// hypothetical protein LOC100046671 LOC100042498 /// LOC100046671 0.107538 ‐1.662711451991_at Eph receptor A7 Epha7 0.00942059 ‐1.661871433908_a_at cortactin Cttn 0.0218199 ‐1.661631424919_at v‐erb‐b2 erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2, neuro/glioblastoma de Erbb2 0.00372181 ‐1.661571435205_at transcription factor AP‐2, epsilon Tcfap2e 0.00912689 ‐1.66151437302_at adrenergic receptor, beta 2 Adrb2 0.053163 ‐1.661481427964_at CKLF‐like MARVEL transmembrane domain containing 8 Cmtm8 0.00756841 ‐1.661351425686_at CASP8 and FADD‐like apoptosis regulator Cflar 0.00880562 ‐1.661321426765_at COMM domain containing 7 /// similar to COMM domain containing protein 7 /// sim Commd7 /// LOC631742 /// LOC67416 0.00754564 ‐1.66131428011_a_at Erbb2 interacting protein Erbb2ip 0.00798078 ‐1.661071419254_at methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+ dependent), methenyltetrahydrofola Mthfd2 0.191554 ‐1.660451424208_at prostaglandin E receptor 4 (subtype EP4) Ptger4 0.0259549 ‐1.659861441107_at doublesex and mab‐3 related transcription factor like family A2 Dmrta2 0.0560194 ‐1.659381417252_at 5',3'‐nucleotidase, cytosolic Nt5c 0.00242748 ‐1.659021429085_at vascular endothelial zinc finger 1 Vezf1 0.0309512 ‐1.658631434265_s_at ankyrin 2, brain Ank2 0.0299146 ‐1.658281448623_at transmembrane protein 123 Tmem123 0.0432907 ‐1.658061435750_at GTP cyclohydrolase I feedback regulator Gchfr 0.00838564 ‐1.657671433500_at DENN/MADD domain containing 2A Dennd2a 0.00108809 ‐1.657541416237_at myelin protein zero‐like 2 Mpzl2 0.0100669 ‐1.65754

Page 40: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 40 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1426976_at ubiquitin specific peptidase 47 Usp47 0.000272303 ‐1.657431423862_at pleckstrin homology domain containing, family F (with FYVE domain) member 2 Plekhf2 0.00116476 ‐1.657341451046_at zinc finger protein, multitype 1 /// similar to FOG LOC100047651 /// Zfpm1 0.131672 ‐1.656751449300_at CTTNBP2 N‐terminal like Cttnbp2nl 0.0300465 ‐1.656311456634_at RIKEN cDNA 9830001H06 gene 9830001H06Rik 0.0104304 ‐1.655731434270_at neuronal pentraxin receptor /// neuronal pentraxin with chromo domain Npcd /// Nptxr 0.0166938 ‐1.655681438973_x_at gap junction protein, alpha 1 Gja1 0.0381207 ‐1.654951426093_at tripartite motif protein 34 Trim34 0.0366281 ‐1.654851428187_at CD47 antigen (Rh‐related antigen, integrin‐associated signal transducer) Cd47 0.0733697 ‐1.654831421193_a_at pre B‐cell leukemia transcription factor 3 /// similar to PBX3a LOC100047506 /// Pbx3 0.000346305 ‐1.653921428827_at Wolf‐Hirschhorn syndrome candidate 1 (human) Whsc1 0.000387469 ‐1.653761433504_at brain glycogen phosphorylase Pygb 0.129602 ‐1.653391429556_at RIKEN cDNA 2610024B07 gene 2610024B07Rik 0.0725594 ‐1.653281416943_at ubiquitin‐conjugating enzyme E2E 1, UBC4/5 homolog (yeast) Ube2e1 0.0110806 ‐1.652861418622_at RAB2, member RAS oncogene family Rab2 0.0153382 ‐1.652791417305_at SPEG complex locus Speg 0.00562358 ‐1.652311418761_at insulin‐like growth factor 2 mRNA binding protein 1 Igf2bp1 0.0727219 ‐1.651681450943_at RIKEN cDNA 2010012C16 gene 2010012C16Rik 0.0347593 ‐1.651571428387_at acyl‐CoA synthetase long‐chain family member 3 Acsl3 0.147425 ‐1.6511419586_at retinitis pigmentosa 2 homolog (human) Rp2h 0.070533 ‐1.650971420713_a_at MyoD family inhibitor Mdfi 0.0744773 ‐1.65061429312_s_at receptor tyrosine kinase‐like orphan receptor 1 Ror1 0.00199622 ‐1.650131451890_at kinesin family member 13A Kif13a 0.00163469 ‐1.649821433895_at transmembrane protein 127 Tmem127 0.0153415 ‐1.649571424293_s_at transmembrane protein 55A Tmem55a 0.000141317 ‐1.648931451241_at laminin B1 subunit 1 Lamb1‐1 0.000816863 ‐1.648831418265_s_at interferon regulatory factor 2 Irf2 0.0645058 ‐1.64821426977_at ubiquitin specific peptidase 47 Usp47 2.02E‐05 ‐1.64781440920_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.000193909 ‐1.647561456879_at RIKEN cDNA C130022K22 gene C130022K22Rik 0.0181401 ‐1.647511450961_a_at transcription elongation factor A (SII)‐like 6 /// transcription elongation fact Tceal3 /// Tceal5 /// Tceal6 0.00582168 ‐1.647341428154_s_at phosphatidic acid phosphatase type 2 domain containing 1 Ppapdc1 0.0422102 ‐1.646741435542_s_at CTTNBP2 N‐terminal like Cttnbp2nl 0.0293374 ‐1.646481448158_at syndecan 1 Sdc1 0.0124557 ‐1.646221424496_at RIKEN cDNA 5133401N09 gene 5133401N09Rik 0.0031518 ‐1.646151428699_at spermine synthase Sms 0.0124501 ‐1.645861420842_at protein tyrosine phosphatase, receptor type, F Ptprf 0.00663226 ‐1.645771455301_at WAS/WASL interacting protein family, member 3 Wipf3 0.00889512 ‐1.645531452632_at AP2 associated kinase 1 /// similar to Aak1 protein Aak1 /// LOC100043555 0.0209779 ‐1.644911455399_at connector enhancer of kinase suppressor of Ras 1 Cnksr1 0.02846 ‐1.644881455963_at RIKEN cDNA 6332401O19 gene 6332401O19Rik 0.11885 ‐1.644361439403_x_at ring finger protein 12 Rnf12 0.00447837 ‐1.644321451146_at zinc finger protein 386 (Kruppel‐like) Zfp386 0.181796 ‐1.643651448902_at tetratricopeptide repeat domain 23 Ttc23 0.00256148 ‐1.642951426388_s_at receptor‐like tyrosine kinase Ryk 0.0110139 ‐1.642331439618_at phosphodiesterase 10A Pde10a 0.0535094 ‐1.641931438294_at ataxin 1 Atxn1 0.0452509 ‐1.641151423892_at amyloid beta (A4) precursor protein‐binding, family B, member 1 Apbb1 0.0356662 ‐1.64091

Page 41: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 41 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1417865_at tumor necrosis factor, alpha‐induced protein 1 (endothelial) Tnfaip1 0.00573443 ‐1.640821420891_at wingless‐related MMTV integration site 7B Wnt7b 0.0539527 ‐1.63991422852_at calcium and integrin binding family member 2 Cib2 0.0745881 ‐1.639551442003_at Mus musculus, clone IMAGE:4219318, mRNA ‐‐‐ 0.0338099 ‐1.639121435086_s_at kelch domain containing 2 Klhdc2 0.00653605 ‐1.638771431110_at plexin domain containing 2 Plxdc2 0.0426039 ‐1.638251416316_at solute carrier family 27 (fatty acid transporter), member 2 Slc27a2 0.269443 ‐1.638181449435_at UDP‐Gal:betaGlcNAc beta 1,4‐galactosyltransferase, polypeptide 3 B4galt3 0.00163552 ‐1.638051417483_at nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B‐cells inhibitor, ze Nfkbiz 0.037608 ‐1.637921460550_at myotubularin related protein 11 Mtmr11 0.0139393 ‐1.637571429888_a_at heat shock protein 2 Hspb2 0.180717 ‐1.637361435921_at ataxin 1‐like Atxn1l 0.000507238 ‐1.637291448892_at dedicator of cytokinesis 7 Dock7 0.00178854 ‐1.637291451924_a_at endothelin 1 Edn1 0.0201863 ‐1.636941435244_at vav 2 oncogene Vav2 0.00618279 ‐1.636791434570_at cDNA sequence AK122525 AK122525 0.120348 ‐1.636521435449_at BCL2‐like 11 (apoptosis facilitator) Bcl2l11 0.0157776 ‐1.63651416244_a_at cellular nucleic acid binding protein Cnbp 0.00232701 ‐1.635991437235_x_at LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma Lpp 0.0265922 ‐1.635481416503_at latexin Lxn 0.129467 ‐1.635471426016_a_at trophinin Tro 0.0126086 ‐1.635391457716_at OTU domain containing 7B Otud7b 0.00607083 ‐1.63531420888_at Bcl2‐like 1 Bcl2l1 0.0153482 ‐1.635151430352_at a disintegrin‐like and metallopeptidase (reprolysin type) with thrombospondin ty Adamts9 0.0100117 ‐1.634511453009_at carboxypeptidase M Cpm 0.0507559 ‐1.634251448939_at ubiquitin specific peptidase 25 Usp25 0.0215786 ‐1.633631416094_at a disintegrin and metallopeptidase domain 9 (meltrin gamma) Adam9 0.0630925 ‐1.633411426908_at UDP‐N‐acetyl‐alpha‐D‐galactosamine: polypeptide N‐acetylgalactosaminyltransferas Galnt7 0.00432673 ‐1.632731423909_at transmembrane protein 176A Tmem176a 0.0139153 ‐1.631971417366_s_at calmodulin 1 Calm1 0.0931645 ‐1.631841424409_at claudin 23 Cldn23 0.0590133 ‐1.631571417217_at melanoma antigen, family L, 2 Magel2 0.135477 ‐1.631571454960_at MAD homolog 3 (Drosophila) Smad3 0.0105315 ‐1.63151451229_at histone deacetylase 11 Hdac11 0.128706 ‐1.631431427956_at polycomb group ring finger 1 Pcgf1 0.0462251 ‐1.631421426794_at protein tyrosine phosphatase, receptor type, S Ptprs 0.00415376 ‐1.631351422203_at solute carrier family 18 (vesicular monoamine), member 3 Slc18a3 0.0456151 ‐1.631291428842_a_at nerve growth factor receptor (TNFRSF16) associated protein 1 Ngfrap1 0.00269231 ‐1.631161460697_s_at RIKEN cDNA 2610209M04 gene 2610209M04Rik 0.0118076 ‐1.631161428368_at Rho GTPase activating protein 21 Arhgap21 0.0273037 ‐1.630921418498_at fibroblast growth factor 13 Fgf13 0.0734047 ‐1.630451422853_at src homology 2 domain‐containing transforming protein C1 Shc1 0.00571294 ‐1.630211437107_at RAB6B, member RAS oncogene family Rab6b 0.0178335 ‐1.629841421414_a_at sema domain, transmembrane domain (TM), and cytoplasmic domain, (semaphorin) 6A Sema6a 0.035184 ‐1.629531421468_at potassium inwardly‐rectifying channel, subfamily J, member 3 Kcnj3 0.0018976 ‐1.629351426831_at S‐adenosylhomocysteine hydrolase‐like 1 Ahcyl1 0.0371063 ‐1.629081449550_at myosin IC Myo1c 0.102794 ‐1.628731437300_at myocyte enhancer factor 2D Mef2d 0.00127104 ‐1.62868

Page 42: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 42 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1433732_x_at insulin‐like growth factor 2 mRNA binding protein 3 Igf2bp3 0.00572846 ‐1.6281424345_s_at ubiquitin‐conjugating enzyme E2M (UBC12 homolog, yeast) Ube2m 0.0325175 ‐1.627521417985_at Notch‐regulated ankyrin repeat protein Nrarp 0.0397539 ‐1.627511425496_at ATP‐binding cassette, sub‐family A (ABC1), member 3 Abca3 0.0399254 ‐1.626941422168_a_at brain derived neurotrophic factor Bdnf 0.0760275 ‐1.626791451622_at LMBR1 domain containing 1 Lmbrd1 5.62E‐05 ‐1.626741452908_at DIP2 disco‐interacting protein 2 homolog A (Drosophila) /// similar to mKIAA0184 Dip2a /// LOC100044059 0.10161 ‐1.626641434606_at v‐erb‐b2 erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 3 (avian) Erbb3 0.0627066 ‐1.626311455223_at insulin‐like growth factor 2 mRNA binding protein 1 Igf2bp1 0.0647066 ‐1.625591435552_at OTU domain containing 7B Otud7b 0.00888185 ‐1.62551437708_x_at vesicle‐associated membrane protein 3 Vamp3 0.00950719 ‐1.625461416491_at numb‐like Numbl 0.0224413 ‐1.625011434537_at solute carrier organic anion transporter family, member 3a1 Slco3a1 0.00676676 ‐1.624661433676_at WNK lysine deficient protein kinase 1 Wnk1 0.0403857 ‐1.623871431644_a_at islet cell autoantigen 1 Ica1 0.0123899 ‐1.623771417015_at Ras association (RalGDS/AF‐6) domain family 3 Rassf3 0.0203586 ‐1.623411446560_at protease, serine, 23 Prss23 0.115319 ‐1.622581437073_x_at expressed sequence AV025504 AV025504 0.302575 ‐1.622111421052_a_at spermine synthase /// similar to spermine synthase LOC671878 /// Sms 0.0120268 ‐1.621771426027_a_at Rho GTPase activating protein 10 Arhgap10 0.0988982 ‐1.621391425018_at malignant T cell amplified sequence 1 Mcts1 0.00017845 ‐1.621351417928_at PDZ and LIM domain 4 Pdlim4 0.138366 ‐1.621251422990_at met proto‐oncogene Met 0.0226095 ‐1.621221421499_a_at protein tyrosine phosphatase, non‐receptor type 14 Ptpn14 0.0293408 ‐1.620781421201_a_at trophinin Tro 0.036427 ‐1.620691437613_s_at protein tyrosine phosphatase domain containing 1 Ptpdc1 0.0317122 ‐1.620161417701_at protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 14c Ppp1r14c 0.0106885 ‐1.620071441687_at wingless‐related MMTV integration site 4 Wnt4 0.0884785 ‐1.61981422942_at galanin receptor 2 Galr2 0.000269604 ‐1.619711425229_a_at transcription factor 7‐like 2, T‐cell specific, HMG‐box Tcf7l2 0.015517 ‐1.619611433970_at bolA‐like 3 (E. coli) Bola3 0.0171678 ‐1.619561448357_at small nuclear ribonucleoprotein polypeptide G Snrpg 0.0257226 ‐1.619561416213_x_at surfeit gene 4 Surf4 0.00151407 ‐1.619381452707_at kelch‐like 30 (Drosophila) Klhl30 0.0371846 ‐1.61931436715_s_at CDP‐diacylglycerol‐‐inositol 3‐phosphatidyltransferase (phosphatidylinositol syn Cdipt 0.0101478 ‐1.619041452759_s_at PTPRF interacting protein, binding protein 1 (liprin beta 1) Ppfibp1 0.0109063 ‐1.619021415891_at succinate‐CoA ligase, GDP‐forming, alpha subunit Suclg1 0.00186134 ‐1.618881418581_a_at LIM motif‐containing protein kinase 2 Limk2 0.0851381 ‐1.618271433884_at synaptotagmin I Syt1 0.0710009 ‐1.618231416950_at tumor necrosis factor, alpha‐induced protein 8 Tnfaip8 0.0479176 ‐1.618221448211_at ATPase, H+ transporting, lysosomal V0 subunit E2 Atp6v0e2 0.0142851 ‐1.618011417540_at E74‐like factor 1 Elf1 0.0269999 ‐1.617621448681_at interleukin 15 receptor, alpha chain Il15ra 0.0758971 ‐1.617611451310_a_at cathepsin L Ctsl 0.00608739 ‐1.617541424456_at poliovirus receptor‐related 2 Pvrl2 0.000488358 ‐1.617441422865_at runt related transcription factor 1 Runx1 0.0245995 ‐1.616851450021_at ubiquilin 2 Ubqln2 0.0256535 ‐1.616831455403_at mannosidase, endo‐alpha Manea 0.0434566 ‐1.61624

Page 43: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 43 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1456130_at hypothetical LOC553091 LOC553091 0.0227773 ‐1.615571429718_at SLIT and NTRK‐like family, member 5 Slitrk5 0.00621575 ‐1.61551429958_x_at hydroxyacylglutathione hydrolase‐like Haghl 0.160812 ‐1.615361424779_at receptor accessory protein 3 Reep3 0.0250549 ‐1.614561431798_a_at synapse defective 1, Rho GTPase, homolog 1 (C. elegans) Syde1 0.0298414 ‐1.614411428910_at RIKEN cDNA 2310022B05 gene 2310022B05Rik 0.00157011 ‐1.614221434678_at muscleblind‐like 3 (Drosophila) Mbnl3 0.0151556 ‐1.614221434067_at expressed sequence AI662270 AI662270 0.0359937 ‐1.614031460359_at armadillo repeat containing, X‐linked 3 /// hypothetical protein LOC100044266 Armcx3 /// LOC100044266 0.224197 ‐1.613831457342_at IKAROS family zinc finger 4 Ikzf4 0.150682 ‐1.613641436042_at talin 1 Tln1 0.117838 ‐1.61361432417_a_at tetraspanin 2 Tspan2 0.0237242 ‐1.612861435448_at BCL2‐like 11 (apoptosis facilitator) Bcl2l11 0.00294878 ‐1.612841453997_a_at nestin Nes 0.0231597 ‐1.612541416637_at solute carrier family 4 (anion exchanger), member 2 Slc4a2 0.0971432 ‐1.612161454681_at RNA binding motif protein 35A Rbm35a 0.00359599 ‐1.611931458636_at RIKEN cDNA 2610206B13 gene 2610206B13Rik 0.0253006 ‐1.611791450995_at folate receptor 1 (adult) Folr1 0.0794886 ‐1.611641436713_s_at maternally expressed 3 Meg3 0.312109 ‐1.611591425749_at syntaxin binding protein 6 (amisyn) Stxbp6 0.00438784 ‐1.611571460441_at zinc finger, X‐linked, duplicated B Zxdb 0.00373192 ‐1.611261425760_a_at phosphatidylinositol membrane‐associated 1 Pitpnm1 0.0107735 ‐1.610511460287_at tissue inhibitor of metalloproteinase 2 Timp2 0.15383 ‐1.609621426431_at jagged 2 Jag2 0.022943 ‐1.609331418164_at syntaxin 2 Stx2 0.0699154 ‐1.609111435455_at expressed sequence C79267 C79267 0.00376079 ‐1.608231453607_at microfibrillar‐associated protein 3‐like Mfap3l 0.00416069 ‐1.608161425161_a_at TraB domain containing Trabd 0.016559 ‐1.60741439284_at RIKEN cDNA E230025E14 gene E230025E14Rik 0.0137523 ‐1.607361423646_at zinc finger, DHHC domain containing 3 Zdhhc3 0.135949 ‐1.607191421891_at ST3 beta‐galactoside alpha‐2,3‐sialyltransferase 2 St3gal2 0.00477968 ‐1.60711423384_s_at testis expressed gene 261 Tex261 0.00123317 ‐1.606671455771_at benzodiazapine receptor associated protein 1 Bzrap1 0.034715 ‐1.606321433488_x_at glucosamine (N‐acetyl)‐6‐sulfatase Gns 0.00388125 ‐1.606281435321_at LIM and calponin homology domains 1 Limch1 0.0504908 ‐1.605461434061_at retinitis pigmentosa 2 homolog (human) Rp2h 0.0941017 ‐1.605271452825_at transmembrane protein 59‐like Tmem59l 0.0111856 ‐1.603981433854_at transmembrane protein 164 Tmem164 0.018044 ‐1.603871421315_s_at cortactin Cttn 0.0176472 ‐1.603031428369_s_at Rho GTPase activating protein 21 Arhgap21 0.0321791 ‐1.602991433682_at Rho guanine nucleotide exchange factor (GEF) 17 Arhgef17 0.0204835 ‐1.60281419363_a_at mitochondrial ribosomal protein L35 Mrpl35 0.014231 ‐1.602731455948_x_at matrilin 3 Matn3 0.380779 ‐1.602491456005_a_at BCL2‐like 11 (apoptosis facilitator) Bcl2l11 0.0106029 ‐1.602441447845_s_at vanin 1 Vnn1 0.0749547 ‐1.60241450851_at WD repeat domain 1 Wdr1 0.0880219 ‐1.60141426982_at FLYWCH‐type zinc finger 1 Flywch1 0.0820041 ‐1.601071417829_a_at RAB15, member RAS oncogene family Rab15 0.0244661 ‐1.60089

Page 44: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 44 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1436522_at mitogen activated protein kinase kinase kinase 3 Map3k3 0.0154841 ‐1.600671460556_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.029023 ‐1.600431424062_at ubiquitin‐conjugating enzyme E2D 1, UBC4/5 homolog (yeast) Ube2d1 0.000873905 ‐1.600371460650_at ATPase, H+ transporting, lysosomal V0 subunit A1 Atp6v0a1 0.127331 ‐1.600351422731_at LIM domains containing 1 Limd1 0.00254528 ‐1.600261418893_at pre B‐cell leukemia transcription factor 2 Pbx2 0.00291869 ‐1.600231452404_at phosphatase and actin regulator 2 Phactr2 0.0902374 ‐1.599781449334_at tissue inhibitor of metalloproteinase 3 Timp3 0.184325 ‐1.599641419396_at AT rich interactive domain 3A (Bright like) Arid3a 0.00540139 ‐1.598861454727_at actin filament associated protein 1‐like 1 Afap1l1 0.0673686 ‐1.598811436297_a_at glutamate receptor, ionotropic, N‐methyl D‐asparate‐associated protein 1 (glutam Grina 0.0786475 ‐1.598521430022_at SUMO1 activating enzyme subunit 1 Sae1 0.00105111 ‐1.598481454863_at ankyrin repeat domain 11 Ankrd11 0.122719 ‐1.597881417040_a_at Bcl‐2‐related ovarian killer protein Bok 0.00345454 ‐1.597241423006_at proviral integration site 1 Pim1 0.0361272 ‐1.59721418003_at RIKEN cDNA 1190002H23 gene 1190002H23Rik 0.110336 ‐1.597021454250_at exocyst complex component 6B Exoc6b 0.0271076 ‐1.596971431962_a_at Stam binding protein Stambp 0.00491583 ‐1.596631435323_a_at membrane bound O‐acyltransferase domain containing 1 Mboat1 0.00377427 ‐1.596031438253_at slingshot homolog 1 (Drosophila) Ssh1 0.0248394 ‐1.595931451912_a_at fibroblast growth factor receptor‐like 1 /// similar to fibroblast growth factor Fgfrl1 /// LOC100046239 0.0267518 ‐1.595241420872_at guanylate cyclase 1, soluble, beta 3 Gucy1b3 0.0275029 ‐1.595141418629_a_at KH domain containing, RNA binding, signal transduction associated 1 Khdrbs1 0.0102079 ‐1.594611451335_at placenta‐specific 8 Plac8 0.076429 ‐1.594591452267_at FLYWCH‐type zinc finger 1 Flywch1 0.066462 ‐1.594551426276_at interferon induced with helicase C domain 1 Ifih1 0.0235739 ‐1.594481417365_a_at calmodulin 1 Calm1 0.0613279 ‐1.594421439059_at CDNA sequence BC031748 BC031748 0.00161213 ‐1.59411420110_s_at zinc finger protein 334 Zfp334 0.000220004 ‐1.593951449939_s_at delta‐like 1 homolog (Drosophila) Dlk1 0.0524553 ‐1.593591452666_a_at transmembrane and coiled‐coil domains 2 Tmcc2 0.139644 ‐1.593591460173_at LIM and SH3 protein 1 Lasp1 0.0277825 ‐1.593581434310_at bone morphogenic protein receptor, type II (serine/threonine kinase) Bmpr2 0.02074 ‐1.593031421410_a_at proline‐serine‐threonine phosphatase‐interacting protein 2 Pstpip2 0.0953084 ‐1.592881452055_at CTD (carboxy‐terminal domain, RNA polymerase II, polypeptide A) small phosphatas Ctdsp1 /// LOC100047249 0.0143007 ‐1.59261423729_a_at ring finger protein 181 Rnf181 0.000576764 ‐1.592581424094_at NIMA (never in mitosis gene a)‐related expressed kinase 9 Nek9 0.0589488 ‐1.592581448057_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.0263285 ‐1.591781419613_at collagen, type VII, alpha 1 Col7a1 0.00562947 ‐1.591251418731_at ring finger protein 12 Rnf12 0.066283 ‐1.59091427185_at similar to Myocyte enhancer factor 2A LOC100047837 0.00057323 ‐1.590031443820_x_at elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)‐like 1 Elovl1 0.00138527 ‐1.589511422676_at SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subf Smarce1 0.0122209 ‐1.589311436346_at CD109 antigen Cd109 0.00485398 ‐1.589121455265_a_at regulator of G‐protein signaling 16 Rgs16 0.00987909 ‐1.589031437289_at inositol monophosphatase domain containing 1 Impad1 0.0382249 ‐1.588881460346_at arylsulfatase A Arsa 0.0466303 ‐1.588791419743_s_at coactivator‐associated arginine methyltransferase 1 Carm1 0.00653044 ‐1.58876

Page 45: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 45 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1415886_at SH2 domain containing 3C Sh2d3c 0.00240789 ‐1.588661426812_a_at RIKEN cDNA 9130404D14 gene 9130404D14Rik 0.0310547 ‐1.58811455249_at 10 days neonate skin cDNA, RIKEN full‐length enriched library, clone:4732480G12  ‐‐‐ 0.030987 ‐1.5881417585_at nucleoporin 210 Nup210 0.0466762 ‐1.587581434044_at replication initiator 1 Repin1 0.0105719 ‐1.587181427983_at zinc finger protein 280c Zfp280c 0.00779859 ‐1.586911451321_a_at RNA binding motif protein 43 Rbm43 0.0582691 ‐1.586861424634_at transcription elongation factor A (SII)‐like 1 Tceal1 0.0427548 ‐1.586621421095_a_at transient receptor potential cation channel, subfamily C, member 1 Trpc1 0.193975 ‐1.586511419945_s_at RAB2, member RAS oncogene family Rab2 0.0241771 ‐1.585931448863_a_at tumor necrosis factor, alpha‐induced protein 1 (endothelial) Tnfaip1 0.00383124 ‐1.585491422450_at catenin (cadherin associated protein), delta 1 Ctnnd1 0.0597425 ‐1.585461417551_at ceroid lipofuscinosis, neuronal 3, juvenile (Batten, Spielmeyer‐Vogt disease) Cln3 0.00639927 ‐1.58541455251_at integrin alpha 1 Itga1 0.0236045 ‐1.585361416803_at FK506 binding protein 7 Fkbp7 0.0802224 ‐1.585221449815_a_at single‐stranded DNA binding protein 2 Ssbp2 0.00274785 ‐1.585021448477_at carbohydrate sulfotransferase 12 Chst12 0.0155993 ‐1.584881443196_at 13 days embryo heart cDNA, RIKEN full‐length enriched library, clone:D330001J12  ‐‐‐ 0.0367381 ‐1.58451423835_at zinc finger protein 503 Zfp503 0.0187591 ‐1.584231421341_at axin2 Axin2 0.0362216 ‐1.583921454990_at AT rich interactive domain 2 (Arid‐rfx like) Arid2 0.0026985 ‐1.583851436520_at AHNAK nucleoprotein 2 Ahnak2 0.0196034 ‐1.58381428336_at 1‐acylglycerol‐3‐phosphate O‐acyltransferase 4 (lysophosphatidic acid acyltransf Agpat4 0.0764331 ‐1.583551416452_at ornithine aminotransferase Oat 0.00978963 ‐1.582861418188_a_at Metastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1 (non‐coding RNA) Malat1 0.242949 ‐1.582751427131_s_at leucine rich repeat containing 58 /// similar to ENSANGP00000016398 LOC100047966 /// Lrrc58 0.0208219 ‐1.582461425359_at mal, T‐cell differentiation protein‐like Mall 0.0473887 ‐1.582231456068_at neurofascin Nfasc 0.0192108 ‐1.582151454843_at phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 2 Prps2 0.0183407 ‐1.581951438116_x_at solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), isoform 3 regulator 1 Slc9a3r1 0.0119572 ‐1.581471435260_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.0662722 ‐1.581341428156_at guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 2 subunit Gng2 0.273286 ‐1.58121424411_at transmembrane protein 189 Tmem189 0.00743249 ‐1.581121435458_at proviral integration site 1 Pim1 0.0405604 ‐1.580781421870_at tripartite motif‐containing 44 Trim44 0.0229696 ‐1.580741427344_s_at RASD family, member 2 Rasd2 0.000315323 ‐1.580511421991_a_at insulin‐like growth factor binding protein 4 Igfbp4 0.0188594 ‐1.580131452219_at transmembrane protein 63b /// similar to transmembrane protein 63b LOC100047592 /// Tmem63b 0.00909314 ‐1.579941444084_at proline rich Gla (G‐carboxyglutamic acid) 4 (transmembrane) /// similar to Trans LOC676960 /// Prrg4 0.000871307 ‐1.579561423657_at CDP‐diacylglycerol‐‐inositol 3‐phosphatidyltransferase (phosphatidylinositol syn Cdipt 0.0148169 ‐1.579541450997_at serine/threonine kinase 17b (apoptosis‐inducing) Stk17b 0.110858 ‐1.57921449198_a_at ST3 beta‐galactoside alpha‐2,3‐sialyltransferase 5 St3gal5 0.00111834 ‐1.578681425814_a_at calcitonin receptor‐like Calcrl 0.0365189 ‐1.578631434547_at carboxypeptidase D /// similar to carboxypeptidase D Cpd /// LOC100046781 0.0358512 ‐1.57861428953_at OTU domain containing 7B Otud7b 0.0335587 ‐1.578361420632_a_at Bernardinelli‐Seip congenital lipodystrophy 2 homolog (human) Bscl2 0.0637239 ‐1.578251437104_at ADP‐ribosylation factor guanine nucleotide‐exchange factor 1(brefeldin A‐inhibit Arfgef1 0.100483 ‐1.577821429139_at OTU domain containing 7B Otud7b 0.0160898 ‐1.57781

Page 46: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 46 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1456219_at similar to OPR LOC100045988 0.0449384 ‐1.577631452844_at POU domain, class 6, transcription factor 1 Pou6f1 0.0014885 ‐1.57761421516_at nuclear receptor subfamily 6, group A, member 1 Nr6a1 0.00834291 ‐1.577421429384_at casein kinase 1, gamma 3 /// similar to casein kinase 1, gamma 3 Csnk1g3 /// LOC100047516 0.0160271 ‐1.577221455494_at collagen, type I, alpha 1 Col1a1 0.247921 ‐1.576941454816_at retinitis pigmentosa 2 homolog (human) Rp2h 0.178483 ‐1.576551429265_a_at ring finger protein 130 /// similar to Ring finger protein 130 LOC100046096 /// Rnf130 0.0309384 ‐1.576481429787_x_at ZW10 interactor Zwint 0.104489 ‐1.576441422466_at nucleoredoxin Nxn 0.0579864 ‐1.576221420847_a_at fibroblast growth factor receptor 2 Fgfr2 0.000710067 ‐1.575971448259_at follistatin‐like 1 Fstl1 0.0565025 ‐1.575931429413_at carboxypeptidase M Cpm 0.249159 ‐1.575811435115_at fibronectin type III domain containing 5 Fndc5 0.00950557 ‐1.575591456721_at thrombospondin, type I, domain containing 7A Thsd7a 0.0217172 ‐1.575491423805_at disabled homolog 2 (Drosophila) Dab2 0.00857216 ‐1.575191425511_at MAP/microtubule affinity‐regulating kinase 1 Mark1 0.00138906 ‐1.574991423554_at gamma‐glutamyl carboxylase Ggcx 0.0833027 ‐1.57491457465_at shroom family member 4 Shroom4 0.00852862 ‐1.574891451277_at zinc binding alcohol dehydrogenase, domain containing 2 Zadh2 0.0321608 ‐1.574821418452_at guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 2 subunit Gng2 0.223561 ‐1.57481415986_at chloride channel 4‐2 Clcn4‐2 0.0372628 ‐1.57451434510_at 3'‐phosphoadenosine 5'‐phosphosulfate synthase 2 Papss2 0.143426 ‐1.574451423349_at suppressor of cytokine signaling 5 Socs5 0.0248569 ‐1.573911417288_at pleckstrin homology domain‐containing, family A (phosphoinositide binding specif Plekha2 0.0177429 ‐1.573841420836_at solute carrier family 25, member 30 Slc25a30 0.340312 ‐1.573521422748_at zinc finger E‐box binding homeobox 2 Zeb2 0.0169669 ‐1.573081460678_at kelch domain containing 2 Klhdc2 0.0145464 ‐1.572541424394_at selenoprotein M Selm 0.000266561 ‐1.57221437149_at solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, taurine), member 6 Slc6a6 0.00942171 ‐1.571781448420_a_at F‐box and leucine‐rich repeat protein 12 Fbxl12 0.0246768 ‐1.571771454837_at ceroid‐lipofuscinosis, neuronal 6 Cln6 0.11118 ‐1.571751425475_at collagen, type IV, alpha 5 Col4a5 0.0100332 ‐1.57171443838_x_at fatty acid desaturase 2 Fads2 0.0363967 ‐1.571661450504_a_at 1‐acylglycerol‐3‐phosphate O‐acyltransferase 3 Agpat3 0.00441832 ‐1.57151436153_a_at zinc finger, MYND domain containing 11 Zmynd11 0.0445038 ‐1.571491420925_at tubby candidate gene Tub 0.0643246 ‐1.571461416573_at protein O‐fucosyltransferase 2 Pofut2 0.0003685 ‐1.571341416796_at non‐catalytic region of tyrosine kinase adaptor protein 2 /// similar to SH2/SH3 LOC100044475 /// Nck2 0.0237604 ‐1.571011423272_at polymerase (DNA directed), gamma Polg 0.0408442 ‐1.570951436957_at gamma‐aminobutyric acid (GABA‐A) receptor, subunit alpha 3 Gabra3 0.00251251 ‐1.570871433898_at Expressed sequence AV025504 AV025504 0.374072 ‐1.570681434897_a_at solute carrier family 25 (mitochondrial carrier, adenine nucleotide translocator Slc25a4 0.00602897 ‐1.570651418599_at collagen, type XI, alpha 1 Col11a1 0.0657661 ‐1.570621423917_a_at cortactin Cttn 0.00487837 ‐1.569971424992_at Tp53rk binding protein Tprkb 0.00322321 ‐1.569771418337_at ribose 5‐phosphate isomerase A Rpia 0.00043222 ‐1.569271448858_at Unc‐51 like kinase 2 (C. elegans) Ulk2 0.0731573 ‐1.569171424297_at zinc finger protein 282 Zfp282 0.00129762 ‐1.56909

Page 47: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 47 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1417706_at alpha‐N‐acetylglucosaminidase (Sanfilippo disease IIIB) Naglu 0.0825256 ‐1.568831448742_at snail homolog 1 (Drosophila) Snai1 0.00487933 ‐1.568621435486_at p21 (CDKN1A)‐activated kinase 3 Pak3 0.0386222 ‐1.568561452331_s_at glutamine and serine rich 1 Qser1 0.147705 ‐1.568351416242_at kelch‐like 13 (Drosophila) Klhl13 0.063696 ‐1.568261418018_at carboxypeptidase D /// similar to carboxypeptidase D Cpd /// LOC100046781 0.128543 ‐1.567531451591_a_at ephrin B1 Efnb1 0.0205465 ‐1.567331436414_at obscurin‐like 1 Obsl1 0.00306517 ‐1.567231431081_a_at phospholipid scramblase 3 Plscr3 0.00338889 ‐1.567031417775_at RNA polymerase 1‐4 Rpo1‐4 0.0915183 ‐1.566911451302_at RIKEN cDNA 1110012L19 gene 1110012L19Rik 0.0788281 ‐1.566631453572_a_at proteolipid protein 2 Plp2 0.00201502 ‐1.56661443896_at TBC1 domain family, member 5 Tbc1d5 0.000749558 ‐1.566551418397_at zinc finger protein 275 Zfp275 0.000221214 ‐1.566091429893_at interleukin 17 receptor D Il17rd 0.0303128 ‐1.565981419140_at activin receptor IIB Acvr2b 0.0577397 ‐1.565791434743_x_at RUN and SH3 domain containing 1 Rusc1 0.0121565 ‐1.565691426830_a_at S‐adenosylhomocysteine hydrolase‐like 1 Ahcyl1 0.0258648 ‐1.565581456769_at dual specificity phosphatase 3 (vaccinia virus phosphatase VH1‐related) Dusp3 0.0867754 ‐1.565381435060_at tropomodulin 2 Tmod2 0.0053862 ‐1.564241439256_x_at G protein‐coupled receptor 137B, pseudogene Gpr137b‐ps 0.00781316 ‐1.564211435767_at sodium channel, voltage‐gated, type III, beta Scn3b 0.0561234 ‐1.56391454268_a_at cytochrome b‐245, alpha polypeptide Cyba 0.201805 ‐1.563781435358_at CUE domain containing 1 Cuedc1 0.103474 ‐1.563561429006_s_at RIKEN cDNA 2610110G12 gene 2610110G12Rik 0.291881 ‐1.56321444606_at ephrin A2 Efna2 0.00268937 ‐1.562991425536_at syntaxin 3 Stx3 0.0332381 ‐1.562981427125_s_at leucine rich repeat containing 41 Lrrc41 0.023916 ‐1.562771427232_at teashirt zinc finger family member 1 Tshz1 0.0193577 ‐1.562641420879_a_at tyrosine 3‐monooxygenase/tryptophan 5‐monooxygenase activation protein, beta pol Ywhab 0.0165117 ‐1.562621428872_at RIKEN cDNA 4121402D02 gene /// similar to RIKEN cDNA 4121402D02 gene 4121402D02Rik /// LOC100047441 0.00825628 ‐1.562571435414_s_at dynactin 1 Dctn1 0.000177987 ‐1.562481455455_at glycosyltransferase 28 domain containing 2 Glt28d2 0.0498332 ‐1.562331426102_at cytochrome P450, family 2, subfamily j, polypeptide 13 Cyp2j13 0.00129606 ‐1.562321420593_a_at TEA domain family member 3 Tead3 0.0232778 ‐1.562271455428_at RIKEN cDNA A930008G19 gene A930008G19Rik 0.0017474 ‐1.562181434043_a_at replication initiator 1 Repin1 0.00126026 ‐1.56211448019_at RIKEN cDNA 2900006A08 gene 2900006A08Rik 0.0606401 ‐1.561811457044_at RIKEN cDNA 4732474O15 gene 4732474O15Rik 0.156008 ‐1.561551422625_at lymphocyte antigen 6 complex, locus H /// similar to Lymphocyte antigen 6H precu LOC100046207 /// Ly6h 0.0208051 ‐1.561491419536_a_at v‐rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A (avian) Rela 0.00411122 ‐1.561091415937_s_at programmed cell death 6 interacting protein Pdcd6ip 0.277099 ‐1.561021452359_at RELT‐like 1 Rell1 0.132625 ‐1.560841450623_at guanine nucleotide binding protein (G protein), beta 2 Gnb2 0.0635849 ‐1.560831437185_s_at thymosin, beta 10 /// hypothetical protein LOC100042319 /// similar to thymosin, LOC100042319 /// LOC100043712 ///  3.82E‐05 ‐1.560671423054_at WD repeat domain 1 Wdr1 0.186301 ‐1.560531447748_x_at solute carrier family 29 (nucleoside transporters), member 2 Slc29a2 0.00674025 ‐1.560051425666_at zinc finger protein of the cerebellum 5 /// similar to OPR LOC100045988 /// Zic5 0.0196925 ‐1.56004

Page 48: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 48 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1456464_x_at Synaptotagmin XI Syt11 0.10859 ‐1.559641434361_at SH3 and PX domain containing 3 Sh3px3 0.000793132 ‐1.559581416411_at glutathione S‐transferase, mu 2 Gstm2 0.0335314 ‐1.55931437448_s_at catenin (cadherin associated protein), delta 1 Ctnnd1 0.0207003 ‐1.558831431098_at CAP‐GLY domain containing linker protein 1 Clip1 0.0110991 ‐1.558591428325_at canopy 4 homolog (zebrafish) Cnpy4 0.0319679 ‐1.558361431293_a_at claudin domain containing 1 Cldnd1 0.0314745 ‐1.558121455607_at R‐spondin 3 homolog (Xenopus laevis) Rspo3 0.102476 ‐1.55781457676_at toll‐interleukin 1 receptor (TIR) domain‐containing adaptor protein Tirap 0.0102608 ‐1.557771421198_at integrin alpha V Itgav 0.0527425 ‐1.557581452905_at maternally expressed 3 Meg3 0.312556 ‐1.557311457989_at solute carrier family 4, sodium bicarbonate transporter‐like, member 11 Slc4a11 0.000397985 ‐1.557061426218_at glucocorticoid induced transcript 1 Glcci1 0.0996751 ‐1.556661420554_a_at RAS‐related C3 botulinum substrate 3 Rac3 0.032527 ‐1.556651450910_at CAP, adenylate cyclase‐associated protein, 2 (yeast) Cap2 0.0170847 ‐1.556641437669_x_at Chemokine (C‐C motif) receptor‐like 1 Ccrl1 0.112129 ‐1.556041423055_at neuron specific gene family member 1 Nsg1 0.00396261 ‐1.555871417141_at interferon gamma induced GTPase Igtp 0.0189906 ‐1.555551418386_at N‐6 adenine‐specific DNA methyltransferase 2 (putative) N6amt2 0.183428 ‐1.555531422028_a_at E26 avian leukemia oncogene 1, 5' domain Ets1 0.0006734 ‐1.555191429262_at Ras association (RalGDS/AF‐6) domain family 6 Rassf6 0.133202 ‐1.555121425264_s_at myelin basic protein Mbp 0.0428313 ‐1.554981425678_a_at SNF related kinase Snrk 0.00969186 ‐1.554951439381_x_at MARVEL (membrane‐associating) domain containing 1 Marveld1 0.00279341 ‐1.554781423893_x_at amyloid beta (A4) precursor protein‐binding, family B, member 1 Apbb1 0.0412055 ‐1.554781422247_a_at ubiquitously transcribed tetratricopeptide repeat gene, Y chromosome Uty 0.213786 ‐1.554751450757_at cadherin 11 Cdh11 0.551984 ‐1.554641439151_at methionine sulfoxide reductase B3 Msrb3 0.0190844 ‐1.554531460337_at SH3‐domain kinase binding protein 1 Sh3kbp1 0.123035 ‐1.554521433592_at calmodulin 1 Calm1 0.00445741 ‐1.554491455653_at cyclin J Ccnj 2.97E‐05 ‐1.554461434487_at myocyte enhancer factor 2D Mef2d 0.140306 ‐1.554431434651_a_at claudin 3 Cldn3 0.176905 ‐1.554111433801_at RIKEN cDNA 9930012K11 gene 9930012K11Rik 0.0190798 ‐1.553871425608_at dual specificity phosphatase 3 (vaccinia virus phosphatase VH1‐related) Dusp3 0.10674 ‐1.553411451041_at Rho‐associated coiled‐coil containing protein kinase 2 Rock2 0.00524355 ‐1.553321421849_at stromal antigen 2 Stag2 0.0115516 ‐1.55331435616_at cytochrome P450, family 20, subfamily A, polypeptide 1 Cyp20a1 0.00447701 ‐1.553271434848_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.158513 ‐1.553271422532_at xeroderma pigmentosum, complementation group C Xpc 0.0264206 ‐1.552771418189_s_at Metastasis associated lung adenocarcinoma transcript 1 (non‐coding RNA) Malat1 0.383428 ‐1.552511438974_x_at phosphatidylinositol membrane‐associated 1 Pitpnm1 0.0485717 ‐1.55241418631_at ubiquitin‐conjugating enzyme E2H /// similar to Ubiquitin‐conjugating enzyme Ubc LOC100039133 /// LOC100047093 ///  0.0724121 ‐1.552351450728_at four jointed box 1 (Drosophila) Fjx1 0.0796336 ‐1.552241415742_at ancient ubiquitous protein Aup1 0.00299469 ‐1.552081436797_a_at surfeit gene 4 Surf4 0.000752684 ‐1.55191418936_at v‐maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene family, protein F (avian) Maff 0.0155131 ‐1.551821415921_a_at tumor necrosis factor receptor superfamily, member 19 Tnfrsf19 0.037755 ‐1.55172

Page 49: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 49 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1448830_at dual specificity phosphatase 1 Dusp1 0.000360899 ‐1.551611445642_at LEM domain containing 1 Lemd1 0.0350162 ‐1.55141427889_at spectrin alpha 2 Spna2 0.0332646 ‐1.5511419063_at UDP galactosyltransferase 8A Ugt8a 0.0988629 ‐1.550781447658_x_at synaptopodin 2‐like Synpo2l 0.0664879 ‐1.55071438701_at bicaudal D homolog 1 (Drosophila) Bicd1 0.0752185 ‐1.550421433781_a_at claudin 12 Cldn12 0.0092503 ‐1.550231416591_at RAB34, member of RAS oncogene family Rab34 0.00169381 ‐1.55011418933_at solute carrier family 1 (high affinity aspartate/glutamate transporter), member  Slc1a6 0.024084 ‐1.550081426779_x_at dystroglycan 1 Dag1 0.00263417 ‐1.549751452274_at zinc finger, AN1‐type domain 3 /// similar to Zfand3 protein LOC100048107 /// Zfand3 0.00230561 ‐1.54971418256_at serum response factor Srf 0.0319641 ‐1.549441456569_x_at gelsolin Gsn 0.0153421 ‐1.54941453247_at zinc fingerprotein 618 Zfp618 0.00691163 ‐1.548491422837_at sciellin Scel 0.175537 ‐1.548431426775_s_at secretory carrier membrane protein 1 Scamp1 0.0294484 ‐1.548331421149_a_at atrophin 1 Atn1 0.0306889 ‐1.548311435264_at elastin microfibril interfacer 2 Emilin2 0.00552656 ‐1.548041435869_s_at adaptor protein complex AP‐2, alpha 2 subunit Ap2a2 0.0114104 ‐1.547691437288_at inositol monophosphatase domain containing 1 Impad1 0.0325423 ‐1.547281460335_at LysM, putative peptidoglycan‐binding, domain containing 3 Lysmd3 0.0178235 ‐1.547191455114_at cyclin O Ccno 0.20373 ‐1.547071416342_at tenascin C Tnc 0.594154 ‐1.547011450122_at protein tyrosine phosphatase, receptor type, G Ptprg 0.127989 ‐1.546521420725_at trimethyllysine hydroxylase, epsilon Tmlhe 0.0235928 ‐1.546441418772_at cDNA sequence BC016423 BC016423 0.0723947 ‐1.545811423910_at centaurin, gamma 3 /// similar to centaurin, gamma 3 Centg3 /// LOC100047113 0.0275253 ‐1.545561426191_a_at Bcl2‐like 1 Bcl2l1 0.00617596 ‐1.545061456245_x_at vesicle‐associated membrane protein 3 Vamp3 0.00597362 ‐1.544991418129_at 24‐dehydrocholesterol reductase Dhcr24 0.052474 ‐1.544621435525_at potassium channel tetramerisation domain containing 17 Kctd17 0.00581049 ‐1.544391433916_at vesicle‐associated membrane protein 3 Vamp3 0.00951195 ‐1.544171437331_a_at ADP‐ribosylation factor 3 Arf3 0.0177932 ‐1.544171452357_at glycoprotein Ib, beta polypeptide /// septin 5 /// similar to CDCrel‐1AI Gp1bb /// LOC100044138 /// Sept5 0.0703779 ‐1.5441435076_at RIKEN cDNA 2310047D13 gene 2310047D13Rik 0.00868829 ‐1.543861426441_at solute carrier family 11 (proton‐coupled divalent metal ion transporters), membe Slc11a2 0.181439 ‐1.543831417295_at metastasis associated 1 /// similar to metastasis‐associated protein /// similar LOC100044001 /// LOC100047235 ///  0.0933068 ‐1.543731456415_at zinc finger protein 451 Zfp451 0.0491347 ‐1.543581435797_at DNA segment, Chr 5, Wayne State University 178, expressed D5Wsu178e 0.0682291 ‐1.543411422735_at forkhead box Q1 Foxq1 0.0246418 ‐1.543181460256_at carbonic anhydrase 3 Car3 0.0816415 ‐1.543031455418_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.210692 ‐1.543021434541_x_at KH domain containing, RNA binding, signal transduction associated 1 Khdrbs1 0.0108328 ‐1.542991454786_at RIKEN cDNA 5031439G07 gene 5031439G07Rik 0.0185191 ‐1.542771429396_at autophagy related 16 like 2 (S. cerevisiae) Atg16l2 0.0120043 ‐1.542461448068_at sterol O‐acyltransferase 1 Soat1 0.00460162 ‐1.54241419979_s_at cAMP responsive element binding protein 3 Creb3 0.00754018 ‐1.542321417854_at mitogen activated protein kinase kinase 5 Map2k5 0.0188379 ‐1.54201

Page 50: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 50 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1417233_at coiled‐coil‐helix‐coiled‐coil‐helix domain containing 4 Chchd4 0.0166793 ‐1.541361428605_at coiled‐coil domain containing 124 Ccdc124 0.0045313 ‐1.540751430407_at RIKEN cDNA 3110035C09 gene 3110035C09Rik 0.0247058 ‐1.540271423101_at progestin and adipoQ receptor family member IV Paqr4 0.00075241 ‐1.540231452768_at testis expressed gene 261 Tex261 0.00375207 ‐1.540171425975_a_at mitogen‐activated protein kinase 8 interacting protein 3 Mapk8ip3 0.0546925 ‐1.539961433707_at gamma‐aminobutyric acid (GABA‐A) receptor, subunit alpha 4 Gabra4 0.102481 ‐1.539821434424_at feline leukemia virus subgroup C cellular receptor 1 Flvcr1 0.18289 ‐1.539671417866_at tumor necrosis factor, alpha‐induced protein 1 (endothelial) Tnfaip1 0.000651708 ‐1.539491435153_at BTB (POZ) domain containing 6 Btbd6 0.0156155 ‐1.53931439622_at Ras association (RalGDS/AF‐6) domain family 4 Rassf4 0.00983339 ‐1.538631428816_a_at GATA binding protein 2 Gata2 0.0282408 ‐1.538561422730_at LIM domains containing 1 Limd1 0.000396004 ‐1.538431422511_a_at opioid growth factor receptor Ogfr 0.00983449 ‐1.538231419585_at retinitis pigmentosa 2 homolog (human) Rp2h 0.105359 ‐1.538161455618_x_at tetraspanin 33 Tspan33 0.102069 ‐1.5381434174_at LysM, putative peptidoglycan‐binding, domain containing 3 Lysmd3 0.0301147 ‐1.537351428197_at tetraspanin 9 Tspan9 0.0642947 ‐1.5371455689_at frizzled homolog 10 (Drosophila) Fzd10 0.0358868 ‐1.536361422212_at forkhead box H1 Foxh1 0.031741 ‐1.536261416683_at plexin B2 Plxnb2 0.0994671 ‐1.536211433939_at AF4/FMR2 family, member 3 /// similar to AF4/FMR2 family member 3 (LAF‐4 protein Aff3 /// LOC638024 0.110755 ‐1.536171438606_a_at chloride intracellular channel 4 (mitochondrial) Clic4 0.0598851 ‐1.536061422477_at Cdk5 and Abl enzyme substrate 1 Cables1 0.0387691 ‐1.535681449510_at zinc finger protein 467 Zfp467 0.111913 ‐1.535521426953_at high mobility group box 2‐like 1 /// similar to Hmgb2l1 protein Hmgb2l1 /// LOC100045749 0.00121757 ‐1.535281433671_at RIKEN cDNA A130022J15 gene A130022J15Rik 0.00334905 ‐1.535261436609_a_at low density lipoprotein receptor‐related protein associated protein 1 Lrpap1 0.0192435 ‐1.534781451663_a_at tripartite motif protein 3 Trim3 0.019341 ‐1.534761438511_a_at RIKEN cDNA 1190002H23 gene 1190002H23Rik 0.438259 ‐1.534421451956_a_at opioid receptor, sigma 1 Oprs1 0.0835747 ‐1.534161447883_x_at microtubule‐associated protein 1 light chain 3 alpha Map1lc3a 0.0128301 ‐1.533821422519_at calcium/calmodulin‐dependent serine protein kinase (MAGUK family) Cask 0.00633178 ‐1.53381449579_at Sh3 domain YSC‐like 1 Sh3yl1 0.000714991 ‐1.533441451168_a_at Rho GDP dissociation inhibitor (GDI) alpha Arhgdia 0.0212717 ‐1.533431421425_a_at regulator of calcineurin 2 Rcan2 0.340764 ‐1.533421434190_at spermine synthase Sms 0.0105367 ‐1.533011417226_at F‐box and WD‐40 domain protein 4 Fbxw4 0.0716557 ‐1.532621425558_at kinesin light chain 3 Klc3 0.051298 ‐1.532421429065_at RIKEN cDNA 1200009F10 gene 1200009F10Rik 0.116902 ‐1.532331435056_x_at protein O‐fucosyltransferase 2 Pofut2 0.189385 ‐1.532291453266_at ‐‐‐ ‐‐‐ 0.0541112 ‐1.532251426672_at transmembrane protein 16K Tmem16k 0.00295709 ‐1.53221425702_a_at ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 5 Enpp5 0.122183 ‐1.532041423140_at lysosomal acid lipase A Lipa 0.026864 ‐1.531891451982_at mitogen activated protein kinase kinase 4 Map2k4 0.0019574 ‐1.531821418843_at solute carrier family 30 (zinc transporter), member 4 Slc30a4 0.0137477 ‐1.531771422864_at runt related transcription factor 1 Runx1 0.128094 ‐1.53177

Page 51: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 51 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1429314_at synaptotagmin XI /// similar to synaptotagmin XI LOC100045981 /// Syt11 0.105688 ‐1.531661419088_at tissue inhibitor of metalloproteinase 3 Timp3 0.191779 ‐1.531371431592_a_at SH3‐domain kinase binding protein 1 Sh3kbp1 0.14319 ‐1.531331425599_a_at GATA zinc finger domain containing 1 Gatad1 0.0048815 ‐1.531251434684_at Ras and Rab interactor 3 Rin3 0.0279435 ‐1.531111453956_a_at PFTAIRE protein kinase 1 Pftk1 0.01554 ‐1.530911421023_at phosphatidylinositol 3‐kinase, C2 domain containing, alpha polypeptide Pik3c2a 0.0743069 ‐1.530771434194_at microtubule‐associated protein 2 Mtap2 0.0902828 ‐1.530391448918_at solute carrier organic anion transporter family, member 3a1 Slco3a1 0.00435809 ‐1.53021423967_at paralemmin Palm 0.174586 ‐1.530161448255_a_at surfeit gene 4 Surf4 0.000902675 ‐1.530071454958_at glycogen synthase kinase 3 beta Gsk3b 0.00345041 ‐1.529961426210_x_at poly (ADP‐ribose) polymerase family, member 3 Parp3 0.138068 ‐1.529731428490_at core 1 synthase, glycoprotein‐N‐acetylgalactosamine 3‐beta‐galactosyltransferase C1galt1 0.14501 ‐1.529311439505_at chloride intracellular channel 5 Clic5 0.278388 ‐1.529021428310_at La ribonucleoprotein domain family, member 7 /// similar to La ribonucleoprotein Larp7 /// LOC100047322 0.0171456 ‐1.528921453192_at RIKEN cDNA 3110032G18 gene 3110032G18Rik 0.0760984 ‐1.52891427447_a_at TRIO and F‐actin binding protein Triobp 0.0544922 ‐1.528781431126_a_at RIKEN cDNA 0610011F06 gene 0610011F06Rik 0.120674 ‐1.52861426510_at saccharopine dehydrogenase (putative) /// similar to Saccharopine dehydrogenase  LOC100044896 /// Sccpdh 0.0391912 ‐1.528361417978_at eukaryotic translation initiation factor 4E member 3 Eif4e3 0.0796222 ‐1.528291416184_s_at high mobility group AT‐hook 1 Hmga1 0.0188378 ‐1.528091436640_x_at 1‐acylglycerol‐3‐phosphate O‐acyltransferase 4 (lysophosphatidic acid acyltransf Agpat4 0.0344203 ‐1.528061452947_at G protein‐coupled receptor, family C, group 5, member C Gprc5c 0.0050284 ‐1.527971442865_at diacylglycerol kinase kappa Dgkk 0.114097 ‐1.52781426151_a_at syntaxin 3 Stx3 0.0989143 ‐1.527641423718_at adenylate kinase 3 Ak3 0.0068794 ‐1.52751427606_at ubiquitin specific peptidase 27, X chromosome Usp27x 0.00253307 ‐1.527491457651_x_at rad and gem related GTP binding protein 2 Rem2 0.00200602 ‐1.527131433717_at DNA segment, Chr 19, Wayne State University 162, expressed D19Wsu162e 0.00388504 ‐1.527051436379_at CREB regulated transcription coactivator 3 Crtc3 0.0738641 ‐1.527031428057_a_at AHNAK nucleoprotein (desmoyokin) Ahnak 0.0707491 ‐1.526981449507_a_at CD47 antigen (Rh‐related antigen, integrin‐associated signal transducer) Cd47 0.0254899 ‐1.526971419061_at ras homolog gene family, member D Rhod 0.00166331 ‐1.526941416750_at opioid receptor, sigma 1 Oprs1 0.0580011 ‐1.526651425156_at guanylate binding protein 6 Gbp6 0.0553311 ‐1.526171459843_s_at MAD homolog 1 (Drosophila) Smad1 0.0458478 ‐1.525941448460_at activin A receptor, type 1 Acvr1 0.0590196 ‐1.525791450955_s_at sortilin 1 Sort1 0.0364642 ‐1.525641420637_at phosphoribosyl pyrophosphate synthetase 2 Prps2 0.0246927 ‐1.525381424696_at G protein‐coupled receptor 89 Gpr89 0.000642133 ‐1.525061438417_at PWWP domain containing 2B Pwwp2b 0.00276893 ‐1.524791421313_s_at cortactin Cttn 0.0246378 ‐1.524471435693_at mal, T‐cell differentiation protein‐like Mall 0.0401841 ‐1.524311423312_at trophoblast glycoprotein Tpbg 0.0535006 ‐1.52421424015_at Rab6 interacting protein 1 /// similar to Rab6 interacting protein 1 LOC100046953 /// Rab6ip1 0.0627552 ‐1.524111448565_at protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 11 Ppp1r11 0.0718446 ‐1.524061426715_s_at solute carrier family 46, member 1 Slc46a1 0.00267613 ‐1.52359

Page 52: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 52 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1419253_at methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+ dependent), methenyltetrahydrofola Mthfd2 0.202987 ‐1.523281424350_s_at lysophosphatidylglycerol acyltransferase 1 Lpgat1 0.0140491 ‐1.523221426766_at RIKEN cDNA 6330403K07 gene 6330403K07Rik 0.045344 ‐1.523181455406_at calcium/calmodulin‐dependent serine protein kinase (MAGUK family) Cask 0.0949335 ‐1.522491436309_at neuropilin (NRP) and tolloid (TLL)‐like 2 Neto2 0.0879667 ‐1.522321423307_s_at trans‐golgi network protein /// trans‐golgi network protein 2 /// hypothetical p LOC100038890 /// Tgoln1 /// Tgoln2 0.0364586 ‐1.52231417524_at cornichon homolog 2 (Drosophila) /// similar to cornichon homolog 2 (Drosophila) Cnih2 /// LOC100044812 0.119071 ‐1.522211452330_a_at matrix‐remodelling associated 8 Mxra8 0.0013265 ‐1.522171438022_at RAB11 family interacting protein 3 (class II) Rab11fip3 0.013358 ‐1.521891420887_a_at Bcl2‐like 1 Bcl2l1 0.018402 ‐1.521811452490_a_at adaptor protein complex AP‐2, alpha 2 subunit Ap2a2 0.00328956 ‐1.521691429096_at RIKEN cDNA 2810455D13 gene 2810455D13Rik 0.147323 ‐1.521341423252_at hepatoma‐derived growth factor, related protein 3 Hdgfrp3 0.000823793 ‐1.521331416588_at protein tyrosine phosphatase, receptor type, N Ptprn 0.00868807 ‐1.521331434559_at syntaxin 3 Stx3 0.017524 ‐1.521261450941_at syndecan binding protein Sdcbp 0.00595244 ‐1.520961426542_at endonuclease domain containing 1 Endod1 0.052023 ‐1.520951426724_at calponin 3, acidic /// similar to calponin 3, acidic Cnn3 /// LOC100047856 0.0138322 ‐1.520661417893_at sideroflexin 3 Sfxn3 0.0703522 ‐1.520641435601_at expressed sequence AI481772 AI481772 0.122566 ‐1.520621450428_at LIM homeobox protein 1 Lhx1 0.431376 ‐1.520611453200_at retinoic acid induced 1 Rai1 0.0592756 ‐1.52041418663_at multiple PDZ domain protein Mpdz 0.00112956 ‐1.520321424192_at RIKEN cDNA 1500011H22 gene 1500011H22Rik 0.140158 ‐1.520211415995_at caspase 6 Casp6 0.103654 ‐1.520091440891_at glutamate receptor, ionotropic, AMPA4 (alpha 4) Gria4 0.0425968 ‐1.519831424970_at purine‐rich element binding protein G Purg 0.136067 ‐1.519161429511_at RIKEN cDNA 4933402E13 gene 4933402E13Rik 0.383021 ‐1.518811455244_at dishevelled associated activator of morphogenesis 1 Daam1 0.11628 ‐1.518661455876_at solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 7 Slc4a7 0.090742 ‐1.518641419714_at CD274 antigen Cd274 0.0179274 ‐1.518221434290_at glycosyltransferase‐like domain containing 1 Gtdc1 0.0847895 ‐1.518171453071_s_at KDEL (Lys‐Asp‐Glu‐Leu) containing 2 Kdelc2 0.10513 ‐1.5181437626_at zinc finger protein 36, C3H type‐like 2 Zfp36l2 0.0349602 ‐1.517961427515_at RIKEN cDNA A530088I07 gene A530088I07Rik 0.110227 ‐1.517961426528_at neuropilin 2 Nrp2 0.0661922 ‐1.517791425060_s_at CAP‐GLY domain containing linker protein 1 Clip1 0.00644987 ‐1.517721423267_s_at integrin alpha 5 (fibronectin receptor alpha) Itga5 0.0172285 ‐1.517651424141_at HECT domain containing 1 Hectd1 0.00697455 ‐1.517641428471_at sorbin and SH3 domain containing 1 Sorbs1 0.231686 ‐1.51751433968_a_at multiple EGF‐like‐domains 9 Megf9 0.0325685 ‐1.51741449268_at glutamine fructose‐6‐phosphate transaminase 1 Gfpt1 0.0413197 ‐1.517281437197_at sorbin and SH3 domain containing 2 Sorbs2 0.086826 ‐1.517161444254_at tensin 4 Tns4 0.266546 ‐1.517131435557_at formin homology 2 domain containing 1 Fhod1 0.00278147 ‐1.516951421378_s_at ATP‐binding cassette, sub‐family C (CFTR/MRP), member 1 Abcc1 0.0892774 ‐1.516941433782_at claudin 12 Cldn12 0.0760204 ‐1.51691456081_a_at acetoacetyl‐CoA synthetase Aacs 0.11698 ‐1.51677

Page 53: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 53 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1417112_at ADP‐ribosylation factor‐like 2 binding protein Arl2bp 0.0147128 ‐1.516731460186_at transmembrane 9 superfamily member 3 Tm9sf3 0.0195005 ‐1.516451422605_at protein phosphatase 1, regulatory (inhibitor) subunit 1A Ppp1r1a 0.101704 ‐1.516371417198_at WW, C2 and coiled‐coil domain containing 2 Wwc2 0.0494309 ‐1.516231427100_at meteorin, glial cell differentiation regulator Metrn 0.187112 ‐1.516211441246_s_at dihydropyrimidinase‐like 5 Dpysl5 0.0101785 ‐1.515861422809_at regulating synaptic membrane exocytosis 2 Rims2 0.0738149 ‐1.515681456131_x_at dystroglycan 1 Dag1 0.00345514 ‐1.515531435645_at monocyte to macrophage differentiation‐associated /// similar to monocyte to mac LOC676546 /// Mmd 0.0545706 ‐1.515411417817_a_at WW domain containing transcription regulator 1 Wwtr1 0.0899362 ‐1.515121417163_at dual specificity phosphatase 10 Dusp10 0.00798541 ‐1.515031447139_at B‐cell CLL/lymphoma 7C Bcl7c 0.0949323 ‐1.514811452313_at RIKEN cDNA 5930416I19 gene 5930416I19Rik 0.00055945 ‐1.514661417092_at parathyroid hormone receptor 1 Pthr1 0.0027281 ‐1.514541460415_a_at CD40 antigen Cd40 0.00592035 ‐1.514381452128_a_at BRCA1/BRCA2‐containing complex, subunit 3 Brcc3 0.0125508 ‐1.514371456391_at tudor domain containing 5 Tdrd5 0.0207423 ‐1.514011416133_at EFR3 homolog A (S. cerevisiae) Efr3a 0.0186384 ‐1.513931425494_s_at bone morphogenetic protein receptor, type 1A Bmpr1a 0.0267487 ‐1.513891427186_a_at similar to Myocyte enhancer factor 2A LOC100047837 0.000349468 ‐1.512981448258_a_at signal peptidase complex subunit 1 homolog (S. cerevisiae) Spcs1 0.00276501 ‐1.512571422507_at cystatin B Cstb 0.135262 ‐1.512521455822_x_at surfeit gene 4 Surf4 0.114577 ‐1.512261423677_at FK506 binding protein 9 Fkbp9 0.0477084 ‐1.512181453122_at RIKEN cDNA 4921533L14 gene 4921533L14Rik 0.000986743 ‐1.512131455898_x_at solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 3 Slc2a3 0.0125807 ‐1.511971429786_a_at ZW10 interactor Zwint 0.101309 ‐1.511931426245_s_at microtubule‐associated protein, RP/EB family, member 2 Mapre2 0.0251588 ‐1.511881451086_s_at RAS‐related C3 botulinum substrate 1 Rac1 0.00256514 ‐1.511761421926_at mitogen‐activated protein kinase 11 Mapk11 0.00105318 ‐1.511751450062_a_at melanoma antigen, family D, 1 Maged1 0.0196864 ‐1.511551450351_a_at CAP‐GLY domain containing linker protein 1 Clip1 0.00559625 ‐1.511541418547_at tissue factor pathway inhibitor 2 Tfpi2 0.423851 ‐1.511491435475_at lectin, mannose‐binding 2‐like Lman2l 0.00311231 ‐1.511481431035_at dishevelled associated activator of morphogenesis 1 Daam1 0.0301281 ‐1.510791456981_at transmembrane channel‐like gene family 7 Tmc7 0.0568922 ‐1.510591418760_at retinol dehydrogenase 11 Rdh11 0.0150807 ‐1.510261452060_a_at LIM motif‐containing protein kinase 2 Limk2 0.0639091 ‐1.509231424544_at nuclear receptor binding protein 2 Nrbp2 0.132752 ‐1.509211416903_at nucleobindin 1 Nucb1 0.00142459 ‐1.509171438115_a_at solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), isoform 3 regulator 1 Slc9a3r1 0.00682593 ‐1.509021415874_at sprouty homolog 1 (Drosophila) /// similar to sprouty 1 LOC100046643 /// Spry1 0.0438238 ‐1.508831449278_at eukaryotic translation initiation factor 2 alpha kinase 3 /// similar to Eukaryo Eif2ak3 /// LOC100047634 0.00139775 ‐1.508791436216_s_at RIKEN cDNA 2610204M08 gene /// similar to INF2 2610204M08Rik /// LOC100047142 0.0186889 ‐1.508221439775_at bromodomain and WD repeat domain containing 3 Brwd3 0.0763375 ‐1.507861416585_at RuvB‐like protein 1 Ruvbl1 0.0916955 ‐1.507611427077_a_at adaptor‐related protein complex 2, beta 1 subunit Ap2b1 0.00795179 ‐1.507551437668_at Chemokine (C‐C motif) receptor‐like 1 Ccrl1 0.0390088 ‐1.50745

Page 54: Appendix B Page · 2013. 11. 7. · Appendix B Page 1 of 54 Probeset ID Gene Title Gene Symbol p‐value (KD vs. control) Fold Change (KD vs. control) 1435906_x_at guanylate nucleotide

Appendix B Page 54 of 54

Probeset ID Gene Title Gene Symbolp‐value           

(KD vs. control)Fold Change                   

(KD vs. control)1442006_at Transcribed locus ‐‐‐ 0.0182406 ‐1.507281424065_at ER degradation enhancer, mannosidase alpha‐like 1 Edem1 0.0480077 ‐1.507231422785_at RAS p21 protein activator 2 Rasa2 0.015293 ‐1.507221438941_x_at adenosine monophosphate deaminase 2 (isoform L) Ampd2 0.126718 ‐1.506571433818_at 1‐acylglycerol‐3‐phosphate O‐acyltransferase 3 Agpat3 0.0430192 ‐1.506491434520_at sterol‐C5‐desaturase (fungal ERG3, delta‐5‐desaturase) homolog (S. cerevisae) Sc5d 0.238118 ‐1.506291426696_at low density lipoprotein receptor‐related protein associated protein 1 Lrpap1 0.02353 ‐1.505621452351_at RIKEN cDNA C030027K23 gene /// poly (ADP‐ribose) polymerase family, member 4 C030027K23Rik /// Parp4 0.0972343 ‐1.505571426670_at agrin Agrn 0.0989113 ‐1.505561427683_at early growth response 2 Egr2 0.0343909 ‐1.505461416590_a_at RAB34, member of RAS oncogene family Rab34 0.0156321 ‐1.505321438659_x_at coiled‐coil‐helix‐coiled‐coil‐helix domain containing 6 Chchd6 0.0332871 ‐1.505061417289_at pleckstrin homology domain‐containing, family A (phosphoinositide binding specif Plekha2 0.0365532 ‐1.50491418621_at RAB2, member RAS oncogene family Rab2 0.00331876 ‐1.504521415922_s_at MARCKS‐like 1 Marcksl1 0.00612844 ‐1.504271426795_at protein tyrosine phosphatase, receptor type, S Ptprs 0.0769532 ‐1.504171434954_at membrane protein, palmitoylated 5 (MAGUK p55 subfamily member 5) Mpp5 0.0675318 ‐1.50411423368_at lysosomal‐associated protein transmembrane 4A Laptm4a 0.0681545 ‐1.504031450113_at membrane protein, palmitoylated 5 (MAGUK p55 subfamily member 5) Mpp5 0.0458551 ‐1.504021439077_at zinc finger, X‐linked, duplicated A /// similar to zinc finger, X‐linked, duplic LOC100044735 /// Zxda 0.00486762 ‐1.504011423418_at farnesyl diphosphate synthetase Fdps 0.0945622 ‐1.503721435259_s_at transmembrane protein 141 Tmem141 0.000864838 ‐1.503651448184_at FK506 binding protein 1a Fkbp1a 0.0159175 ‐1.503471415944_at syndecan 1 Sdc1 0.0603068 ‐1.503391424341_s_at protocadherin alpha 4 /// protocadherin alpha 6 /// protocadherin alpha 7 /// pr Pcdha1 /// Pcdha10 /// Pcdha11 /// Pc 0.0696453 ‐1.503321436913_at CDC14 cell division cycle 14 homolog A (S. cerevisiae) Cdc14a 0.00793449 ‐1.503151451290_at microtubule‐associated protein 1 light chain 3 alpha Map1lc3a 0.0255621 ‐1.502861444619_x_at proteasome (prosome, macropain) subunit, beta type 8 (large multifunctional pept Psmb8 0.00217084 ‐1.502351429520_a_at phytoceramidase, alkaline Phca 0.00773508 ‐1.501241428122_s_at RIKEN cDNA 2610528K11 gene /// similar to RIKEN cDNA 2610528K11 gene 2610528K11Rik /// LOC100047480 0.208222 ‐1.50121437591_a_at WD repeat domain 1 Wdr1 0.240787 ‐1.501151433546_at glucosamine (N‐acetyl)‐6‐sulfatase Gns 0.00374693 ‐1.501141426525_at AT rich interactive domain 2 (Arid‐rfx like) Arid2 0.00543306 ‐1.500911435281_at carnitine palmitoyltransferase 1c Cpt1c 0.0356115 ‐1.500681423308_at trans‐golgi network protein /// trans‐golgi network protein 2 Tgoln1 /// Tgoln2 0.00496674 ‐1.500571456573_x_at nicotinamide nucleotide transhydrogenase Nnt 0.0157885 ‐1.500551460036_at adaptor‐related protein complex 1, sigma 2 subunit Ap1s2 0.0851984 ‐1.500421437741_at RAB21, member RAS oncogene family Rab21 0.00521345 ‐1.500281424269_a_at myosin, light polypeptide 6, alkali, smooth muscle and non‐muscle /// predicted  EG433297 /// EG667952 /// LOC10004 0.00144243 ‐1.500181456754_at zinc finger, FYVE domain containing 20 Zfyve20 0.00286082 ‐1.50016