Master Biotechnologie Sommersemester 2015 - tu-berlin.de fileEinschreibung 1.-15.8.2015 auf ISIS 2;...

Master Biotechnologie

Sommersemester 2015

Verschiebung von Leistungspunkten • Formular auf der Homepage

Prüfungsausschuss

• PA-Vorsitzender: Jens Kurreck

– Alle emails künftig an:

[email protected]

Vorlesung

Regulation der Genexpression (30264)

Block 31.08.-11.09.2015, HS TIB 21c, 12-16h Dozent: Dr. Henry Fechner

Informationen auf ISIS2

INHALTE

• Genexpression und Regulation der Transkription

• Prinzipien der Genregulation / Transkriptionsfaktoren

• Chromatinstruktur und Transkriptionsregulation

• Posttranskriptionale Regulation der Genexpression – RNA Interferenz

• Transmembranrezeptoren

• Transmembranrezeptoren mit Tyrosinspezifischer Proteinkinase-Aktivität

• G-Protein gekoppelte Rezeptoren

• Nukleäre Rezeptoren

• Second Messenger

• Regulation des Zellzyklus

• Regulierbare Genexpressionssysteme

1. RNA Interferenz als molekulares Werkzeug (30258) Block 21.09.-25.09.2015, 9-18h Praktikumsraum 423, 494 2. Gentherapie und Genexpression (30261) Block 28.09.-01.10.2015, 9-18h Praktikumsraum 423, 494

Praktikumsinhalt:

- Zellkultur

- Transfektion von Zellen mit Plasmiden

- Anwenden von shRNA und amiRs

gegen Phospholamban

- Anwendung des Tet-On

Genexpressionssystems

- Luciferase-Indikatorgenexpressionssysteme

- Herstellung und Testung von Adeno-

Assoziierten Virus (AAV)- Vektoren

Praktikum Betreuer: Dr. Henry Fechner

Ziel: Entwicklung einer Gentherapie für die Behandlung der Herzinsuffizienz

Einschreibung 1.-15.8.2015 auf ISIS 2; 16 Teilnehmer je Praktikum.

Functional Genomics in Environmental Biotechnology

Bakterien und Archaeen relevant für die Umwelt- und Geomikrobiologie Genomik, Physiologie, Biochemie und Metabolismus Themen

• Umweltbiotechnologie (Bodensanierung, Chemikalienabschätzung, Methanbildung, …)

• Geomikrobiologie (Biomining, Aquifere, Böden, Meeressedimente)

• Evolution

Methoden

• Bioinformatische Tools & Datenbanken • Sequenzierung und Annotation mikrobieller Genome • Proteomik • Verwendung stabiler Isotope (13C, 15N, 2H) • Single-Cell Methoden

Functional Genomics in Environmental Biotechnology

Vorlesung mit Seminar

Fachlicher Ergänzungsbereich - 0335 L 146 (freie Wahl)

Dozent: PD Dr. Lorenz Adrian

Kontakt: [email protected]

Termine: ab 20.04.2015

Montags 8:15 – 9:45 Uhr* (n.V.)

Raum: Gustav-Meyer-Allee, TIB21-004

Abschluss: Portfolioprüfung; Vortrag eines eigenen Projektes

LPs: 3

Info: ISIS2 (ohne Passwort einschreiben)

Prof. Dr.-Ing. Vera Meyer

IBioT, Department Applied and Molecular Microbiology

Applied and Molecular Microbiology

Courses for Master Students

SoSe 2015

1) Systems biology in applied microbiology

-> an omics view on microbial fermentation (bacteria, yeast, fil. fungi)

-> genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics

-> complexity of biological networks

-> databases and data evaluation

Topics of the lecture course AMM 06.7.-10.7.15, 10:00 – 15:00

3,000,000 components

Weight : 560 t

Speed : 900 km/h

Passengers : 850

Genes : 3002

Proteins : ~ 3000

Metabolites: ~ 800 - 1000

7,000 components

2) Synthetic biology in applied microbiology

-> minimal genomes, synthetic life, ethical considerations

-> standardization, modularisation, designing biological systems

Topics of the lecture course AMM 06.7.-10.7.15, 10:00 – 15:00

AND OR NOT

Standardized parts

Logic Gates

Computers

Integrated Circuits

Cells


-> microbial genome databases

-> evaluation of transcriptomic data, gene co-expression networks

-> R, Bioconductor, Cytoscape, FetGOAT, TFBSF, …

-> focus: Aspergillus niger

Topics of the seminar AMM 13.7.-17.7.15, 10:00 – 15:00


-> functional genomics, focus: Aspergillus niger

-> targeted genetic modification (Gibson cloning, trafo, PCR, Southern)

-> reporter genes luciferase and GFP (chemiluminescence, CLSM)

Topics of the practical course AMM 20.7.-24.7.15, 10:00 – 17:00

„Omics“ analysis identified

a gene of interest (GOI)

Functional studies

Deletion of

GOI Overexpression

of GOI

GFP reporter to study

localisation of GOI

1) Peer-to-peer teaching Prof. Vera Meyer

2) Genetik in der Biotechnologie Prof. Christine Lang (Organobalance)

3) Synthetic Biology, IGEM Prof. Ned Budisa (Fakultät II)

4) Astrobiologie Prof. Schulze-Makuch (Fakultät II)

5) Technology for Biobased Products Massive Open Online Course TU Delft

Other recommended courses

DTG Life-Science-Network

DTG: Deutsche Technion Gesellschaft

Technion: Israel Institute of Technology Haifa

• Life Science Network of the DTG offers the possibility for Master or PhD

students to join one of the participating Institutes for a 4 – 6 weeks research stay.

• Each of the German universities accepts up to five Technion students per year,

while each German university can send up to five students to the Technion.

• Each student is supported by a grant of 1000 € by the DTG

German Life—Science Network:

TUB, TU Hamburg-Harburg, TU München, TU Dresden, Uni Hanover

Contact TUB:

Prof. Vera Meyer

Dipl.-Ing. Franziska Wanka

DTG

Marianne Krüger-Jungnickel

TU Hochhaus TEL1515

Ernst-Reuter-Platz 7

D-10587 Berlin

[email protected]

FG Bioanalytik - Modules Offered

Summer semester

• Advanced Bioanalytics (max. 18 LP) • Lecture + Seminar: 6 LP

• Practical Course (MS): 6 LP

• „Practical Course (NMR)“ = Field Trip: 6 LP

Winter semester

• Modern Mass Spectrometry (6 LP)

• Funktionelle Genomik (2 LP)

TU Berlin - Fachgebiet Bioanalytik (Juri Rappsilber)

WS

SS


Advanced Bioanalytics

Week 1 & 2

18 - 29 May 2015

08.00

-10.00 Lecture (basics)

10.00

-12.00 Seminar

13.00

-15.00 Lecture (applications)

SS


Week 1 & 2

18 - 29 May 2015

08.00


10.00

-12.00 Seminar

13.00


• MS

• NMR

• Functional Analytics

• Nucleic Acid Analytics

• X-ray Analysis

• Fluorescence Microscopy

• Special Analytics


SS


Week 1 & 2

18 - 29 May 2015

08.00


10.00

-12.00 Seminar

13.00


• MS

• NMR

• Functional Analytics

• Nucleic Acid Analytics

• X-ray Analysis

• Fluorescence Microscopy

• Special Analytics

Registration (ISIS):

14 April, 10.00 am until 30 April 2015


SS


Week 1 & 2

18 - 29 May 2015

08.00


10.00

-12.00 Seminar

13.00


15.00

-17.00 Practical course (mass spectrometry)


SS


Week 1 & 2

18 - 29 May 2015

08.00


10.00

-12.00 Seminar

13.00


15.00



SS

20 participants only!


14 April, 10.00 am

until 30 April 2015


Week 1 & 2

18 - 29 May 2015

08.00


„Practical course

(NMR)“

10.00

-12.00 Seminar

13.00


15.00



SS


Week 1 & 2

18 – 29 May 2015

Week 3

1 – 5 June 2015

08.00


Field trip

(lecture + seminar

required)

10.00

-12.00 Seminar

13.00


15.00



SS


Week 1 & 2

18 – 29 May 2015

Week 3

1 – 5 June 2015

08.00


Field trip

(lecture + seminar

required)

10.00

-12.00 Seminar

13.00


15.00


20 participants only!


14 April, 10.00 am until 30 April 2015


SS

Modern Mass Spectrometry

• MMS will take place in WiSe

• Advanced Bioanalytics required

• Two blocks:

• soft skills

• mass spectrometry

Our goal:

• Give you practical skills that will prepare you for your thesis and beyond

• Make you a (budding) expert in mass spectrometry


WS


Soft skills:

Presentations:

• How to read a paper?

• How to write a paper (thesis)?

• How to give a talk?

• Each student needs to give a talk about a recently

published paper from the mass spectrometry field

• prepare a written summary (extended abstract) of the paper


WS


Topics for the mass spectrometry part:

• Peptide and protein identification

• Quantitative proteomics - disease vs. healthy proteomes

• Advanced acquisition techniques:

• Selected reaction monitoring

• Data independent acquisition

• 3D proteomics - gain information about 3D structure of proteins

• …. Ma y more!


WS

Functional Genomics

Sequence Molecular Network

Cellular Phenotype

• Genome Sequencing • Large-scale-sequencing projects

• Genetic variations

• Disease genes

• Data interpretation

• Functional Genomics • Transcriptome analysis

• Proteom analysis

• Interctome analysis

• Data quality

• Networks / System biology • Analysis of molecular interactions

• Signal transduction

• Characteristics of networks

• Data integration

• „Network edici “ • Outlook: medical applications

• One week in

winter term

• 2 LP


WS

Chair of Bioprocess Engineering

PAT

Scale up/ Scale down

ModellingAutomated

ProcessDevelopment

Biocatalysis

Joint Lab Bio-

electronis

Lapin et al, 2006

Characterisation

of large‐scalebioreactors

Scale down simulators

Consistent Bioprocess Development

Robust ProcessControl

Modelling & Control

Wahlpflichtliste A – BVT Veranstaltungen

VL/SE Betriebswirtschaftliche Projektplanung biotechnischer Prozesse (6LP)Blockveranstaltung vom 17.08.15 bis 28.08.15 jeweils von 9‐12 Uhr, Schriftliche Prüfung (nach Vereinbarung), Anmeldung bis 01.05.2013 per e‐mail an stefan.junne@tu‐berlin.de UND

auf ISIS2 und Quispos

PR Projektierung biotechnologischer Prozesse (9LP)Voraussetzung ist gleichzeitige Teilnahme am Modul „Betriebswirtschaftliche Projektplanung biotechnischer Prozesse“Blockveranstaltung vom 17.08.15 bis 28.08.15 jeweils von 12‐18 Uhr, Abschlußpräsentation (nach Vereinbarung), Anmeldung bis 01.05.2013 per e‐mail an stefan.junne@tu‐berlin.de UND

auf ISIS2 und Quispos

Wahlpflichtliste A – BVT Veranstaltungen

Unifying Concepts of Biomolecular Synthesis (6LP)Zeit: 10.6. bis 3.7.15 jeweils Mittwochs und Freitags von 9.00 bis 13.00 UhrOrt: Ackerstr. 76, ACK Z20Anmeldung: Quispos und auf ISIS2

Single use Systeme in der BiotechnologieZeit: 9.6. bis 2.7.15 jeweils Dienstags und Donnerstags von 9.00 bis 13.00 UhrOrt: Ackerstr. 76, ACK Z20Anmeldung: Quispos und auf ISIS2

Wahlpflichtliste A – BVT VeranstaltungenSystembiotechnologie

Zeit: Mittwochs, 17 ct – 19 Uhr, Start 22.4.2015 Ort: Ackerstr. 76, Seminarraum ACK268Anmeldung und weitere Information: Prof. Dr. Peter Götz (goetz@beuth‐hochschule.de)

Einführung in die Bioelektronik Zeit: Donnerstags, 17 ct – 19 Uhr, Start 16.4.2015 Ort: Ackerstr. 76, Seminarraum ACK268Anmeldung: auf ISIS2Weitere Information: PD Dr. Mario Birkholz (birkholz@ihp‐microelectronics.com)

Industrielle anaerobe Bioprozesse – Bioenergie, Biogas, Biosolvents (6LP)Zeit: 3.8. bis 7.8.15 jeweils 9.00 bis 13.00 UhrOrt: Ackerstr. 76, ACK Z20Anmeldung: Quispos (bis 30.4.2015) und auf ISIS2Mindestteilnehmerzahl 10Weitere Information: Dr. Ing. Stefan Junne(stefan.junne@tu‐berlin.de)

Master Biotechnologie Sommersemester 2015 - tu-berlin.de fileEinschreibung 1.-15.8.2015 auf ISIS 2;...

Documents

Transcript of Master Biotechnologie Sommersemester 2015 - tu-berlin.de fileEinschreibung 1.-15.8.2015 auf ISIS 2;...