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Mathematische Modelle fur
FRAP-Mikroskopie in
unterschiedlichen Anwendungen
Bachelorarbeitzur Erlangung des akademischen Grades
Bachelor of Science
Westfalische Wilhelms-Universitat Munster
Fachbereich Mathematik und Informatik
Institut fur Numerische und Angewandte Mathematik
Betreuung:
Prof. Dr. Martin Burger
Dr. Christoph Brune
Eingereicht von:
Miriam Riedel
Munster, April 2013
i
Zusammenfassung
In dieser Arbeit werden drei verschiedene Anwendungen des Fluorescence Recovery
after Photobleaching vorgestellt, die die Vielfalt der Einsatzmoglichkeiten dieser Me-
thode aufzeigen sollen.
Zunachst werden eine Einfuhrung in die Funktionsweise des Fluorescence Recovery
after Photobleaching gegeben sowie der fur die Modelle notwendige mathematische
Hintergrund vorgestellt. Es folgen die Herleitung und Auswertung der Modellierung
der drei Anwendungen. Abschließend wird auf die Sensibilitat der Methode und das
daraus resultierende hohe Fehlerpotential eingegangen.
ii
Eidesstattliche Erklarung
Hiermit versichere ich, Miriam Riedel, dass ich die vorliegende Arbeit selbststandig
verfasst und keine anderen als die angegebenen Quellen und Hilfsmittel verwendet
habe. Gedanklich, inhaltlich oder wortlich Ubernommenes habe ich durch Angabe von
Herkunft und Text oder Anmerkung belegt bzw. kenntlich gemacht. Dies gilt in gleicher
Weise fur Bilder, Tabellen, Zeichnungen und Skizzen, die nicht von mir selbst erstellt
wurden.
Munster, 25. April 2013
Miriam Riedel
iii
Inhaltsverzeichnis
1. Einleitung 1
2. Funktionsweise von Fluorescence Recovery after Photobleaching 3
3. Mathematische Grundlagen 7
3.1. Fokker-Planck-Gleichung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
3.2. Fourier-Transformation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
4. Anwendung I: Diffusion und Fluss von Lipiden innerhalb der Zellmembran 10
4.1. Anfangs- und Randbedingungen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
4.2. Vorwartsrechnung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
4.3. Ruckwartsrechnung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
5. Anwendung II: Langenberechnung von Aktinfilamenten 19
5.1. Vorwartsrechnung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
5.2. Ruckwartsrechnung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
6. Anwendung III: Diffusion von Molekulen innerhalb des Zellkerns 26
6.1. Vorwarts- und Ruckwartsrechnung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
6.2. Einfluss der Berucksichtigung der Kernmembran auf die Berechnung des
Diffusionskoeffizienten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
7. Allgemeine Probleme des Fluorescence Recovery after Photobleaching 34
8. Zusammenfassung und Ausblick 37
A. Anhang 38
A.1. Bestimmung von ω im Gaußschen Intensitatsprofil . . . . . . . . . . . . 38
A.2. Rechnung zu Abschnitt 3.2, um Gleichung (3.5) zu erhalten . . . . . . . 39
A.3. Rechnung zum Fehlerpotential des Radius ω . . . . . . . . . . . . . . . 40
Abbildungsverzeichnis 41
Inhaltsverzeichnis iv
Literaturverzeichnis 42
1
1. Einleitung
Fluorescence Recovery after Photobleaching (FRAP) ist eine Methode, die in der Zell-
biologie eine vielfaltige Anwendung findet. So eignet sich FRAP beispielsweise dafur,
die Diffusion von Lipiden oder anderen Molekulen in einem Bereich einer Zelle oder
gar der ganzen Zelle zu untersuchen.
Im Allgemeinen spielen Transport- und Diffusionsprozesse innerhalb einer Zelle ei-
ne wichtige Rolle, wenn man ihren physiologischen Zustand beziehungsweise die Ver-
anderungen des Zustandes beschreiben mochte. (vgl. [AK76], [HN10], [KW10], [RG10])
Mogliche Fragestellungen, die zugrunde liegen, wenn Fluorescence Recovery after Pho-
tobleaching angewendet wird, sind: Wie bewegen sich bestimmte Molekule? Sind sie in
ihrer Bewegung beschrankt? Treten sie in Wechselwirkung mit anderen Bereichen der
Zelle? Lassen sich Strukturveranderungen nachweisen? (vgl. [KW10])
Eine Veranderung der Zelle beziehungsweise der Zellstruktur ist in Krankheitsbildern
keine Seltenheit. Daher wird FRAP auch benutzt, um Strukturveranderungen inner-
halb von Zellen festzustellen. Auf diese Weise kann man Ruckschlusse auf die jeweilige
Krankheit ziehen.
Beispielsweise wird FRAP in der Neurologie verwendet, unter anderem in der Alzheimer-
Forschung. Ist ein Mensch an Alzheimer erkrankt, lasst sich in bestimmten Bereichen
seines Gehirns vermehrt das Eiweiß Beta-Amyloid in den Zellen nachweisen. Daher ver-
muten Forscher, dass diese Anhaufung eine Ursache der Alzheimer-Krankheit ist. Wel-
che Vorgange oder Gegebenheiten die Ablagerung von Beta-Amyloid begunstigen oder
bremsen konnten, wurde von einigen Wissenschaftlern unter Verwendung von FRAP
erforscht. Zum Beispiel wurde von ihnen untersucht, welchen Einfluss der pH-Wert auf
das Eiweiß Beta-Amyloid hat. Weiterfuhrende Informationen zu diesem Thema sind in
[EH10] zu finden. (vgl. [Ap13], [EH10], [RG10])
Die vorliegende Arbeit gliedert sich wie folgt: In Kapitel 2 wird der Aufbau und der Ab-
lauf eines FRAP-Experimentes beschrieben. Außerdem wird skizziert, wie das weitere
Vorgehen aussieht, um die jeweils spezifischen Parameter zu bestimmen.
1 Einleitung 2
Die zur Losung der Differentialgleichung, welche den Transport in der Zelle beschreibt,
benotigten mathematischen Grundlagen werden in Kapitel 3 behandelt. Dazu wird die
Fokker-Planck-Gleichung definiert und diese mittels der Fourier-Transformation gelost.
Eine erste Anwendung der Methode wird in Kapitel 4 prasentiert. Das Ziel in diesem
Kapitel ist die Bestimmung der Diffusions- und Flusskonstanten von Lipiden innerhalb
der Zellmembran.
In Kapitel 5 wird FRAP verwendet, um die Lange der Aktinfilamente in einer Zel-
le zu bestimmen. Dazu wird eine Modellierung hergeleitet und eine Methode zur
Langenberechnung angegeben.
Anschließend wird in Kapitel 6 eine dritte Anwendung vorgestellt. FRAP wird verwen-
det, um die Diffusion von Molekulen innerhalb des Zellkerns genauer zu charakterisie-
ren. Außerdem wird dieses Modell mit dem aus Kapitel 4 hinsichtlich eines wichtigen
Aspekts verglichen.
In den Kapiteln 4, 5 und 6 wird jeweils eine kurze themenspezifische biologische Ein-
fuhrung gegeben.
Allgemeine Probleme in der Anwendung des FRAP werden in Kapitel 7 diskutiert.
Die Arbeit endet mit einer kurzen Zusammenfassung und einem Ausblick auf weitere
Forschungsmoglichkeiten.
3
2. Funktionsweise von Fluorescence
Recovery after Photobleaching
Wir wollen uns in diesem Kapitel mit der folgenden Frage beschaftigen: Wie wird in
einem FRAP-Experiment vorgegangen?
Bei Fluorescence Recovery after Photobleaching werden einer Zelle beziehungsweise
einem Bereich einer Zelle fluoreszierende Proteine injiziert. Ob die ganze Zelle oder
nur ein kleiner Bereich der Zelle betrachtet wird, hangt von der zu untersuchenden
Fragestellung des einzelnen Experimentes ab. Die injizierten Fluorophore koppeln sich
an die Molekule in der Zelle und konnen sich somit gemeinsam mit ihnen bewegen.
Sie sollten zusatzlich die Eigenschaft haben, dass sie die Molekule, an die sie gekoppelt
sind, nicht behindern. Dadurch ist sichergestellt, dass die Vorgange in der Zelle nicht
beeinflusst, sondern lediglich sichtbar gemacht werden.
Das weitere Vorgehen der Methode unterteilen wir nun in drei Phasen. Die erste Phase
ist die Phase vor dem Bleichvorgang, welche Prebleaching genannt wird. Es schließt
sich die zweite Phase an, das Photobleaching. In dieser Phase findet der eigentliche
Bleichvorgang statt. Die dritte Phase umfasst den Zeitraum nach dem Bleichen und
wird daher mit Postbleaching bezeichnet. (vgl. [AK76], [KW10])
Abbildung 2.1.: Fluoreszierende Zelle mit markiertem Bleichbereich Ω [KW10]
2 Funktionsweise von Fluorescence Recovery after Photobleaching 4
Zuerst wollen wir die Phase vor dem Bleichen, das Prebleaching, genauer betrachten.
Nachdem der Zelle Fluorophore injiziert wurden, mochte man diese nun sichtbar ma-
chen. Dazu wird das Gebiet mit einem Laser beleuchtet, der mit geringer Intensitat
strahlt. Auf diese Weise ist sichergestellt, dass vor dem eigentlichen Bleichen kein irre-
versibler Bleichungsprozess durch das emittierte Licht des Lasers einsetzt. Zudem wird
die Anfangsintensitat der Fluoreszenz ermittelt, also in welchem Maße die Zelle nach
der Injektion der Fluorophore leuchtet. (vgl. [KW10])
In Abbildung 2.1 sehen wir eine fluoreszierende Zelle mit dem markierten, zukunftigen
Bleichbereich Ω, hier als weißer Kasten dargestellt.
Abbildung 2.2.: Fluoreszierende Zelle mit gebleichtem Bereich Ω [KW10]
Beim Photobleaching gibt derselbe Laser einen Lichtimpuls mit sehr hoher Intensitat
ab, um die Fluorophore im Bereich Ω irreversibel zu bleichen. Wie wir in Abbildung
2.2 sehen, ist dieser Bereich nun schwarz und leuchtet nicht mehr. (vgl. [KW10])
Abbildung 2.3.: Fluoreszierende Zelle wahrend des Wiederherstellungsprozesses[KW10]
2 Funktionsweise von Fluorescence Recovery after Photobleaching 5
Nach dem Bleichen, in der Postbleaching Phase, wird fur die Beobachtung erneut die
Einstellung des Lasers mit geringer Intensitat verwendet. Es wird nun die Umverteilung
der Fluoreszenz im Bleichbereich Ω analysiert, welche auf Diffusions- oder Transport-
prozesse zuruckzufuhren ist. Hierbei spielt aber auch der Anteil der Molekule, die fest
in der Zelle verankert sind und sich nicht bewegen konnen, eine große Rolle. Dieser
Aspekt wird in Kapitel 7 erneut aufgegriffen und diskutiert. (vgl. [KW10])
Die Abbildung 2.3 zeigt links den Zustand direkt nach dem Bleichen. Im mittleren
Bild ist zu sehen, dass sich die Molekule bewegen und eine Umverteilung stattfindet.
Im dritten Bild ist diese dann vollzogen.
Tragen wir die Intensitat der Fluoreszenz F (t) gegen die Zeit t auf, erhalten wir einen
Kurvenverlauf der Umverteilung. Dieser Kurvenverlauf ergibt sich dadurch, dass im
Wesentlichen uber die Konzentration der ungebleichten Fluorophore im Bleichbereich
Ω integriert wird:
F (t) =
∫Ω
C(r, t) dr
Mit C(r, t) = Konzentration ungebleichter Fluorophore in Ω.
Abbildung 2.4.: Wiederherstellungskurve der Fluoreszenz im Bleichbereich Ω [KW10]
Abbildung 2.4 zeigt die Wiederherstellungskurve der Fluoreszenz im Bleichbereich Ω.
Wir sehen zu Beginn der Kurve die Intensitat der Fluoreszenz vor dem Bleichen Fi. Fi
ist eine etwas dichtere Punktwolke, da die ganze Zelle noch Licht emittiert und sich in
dieser Zeit keine großartige Veranderung der Intensitat feststellen lasst.
2 Funktionsweise von Fluorescence Recovery after Photobleaching 6
Zum Zeitpunkt t0 erfolgt das Bleichen. Die Intensitat der Fluoreszenz sinkt abrupt ab.
Wie man in der Abbildung sieht, wurden jedoch nicht alle Fluorophore ausgebleicht.
Das ist daran erkennbar, dass die Intensitat nicht bei Null liegt. Die Hohe der zu
diesem Zeitpunkt vorhandenen Intensitat hangt unter anderem davon ab, welcher Laser
verwendet wird.
Durch die Umverteilung der Molekule erhoht sich die Intensitat im Bleichbereich Ω
wieder und nahert sich dem Wert F∞ an. F∞ ist die Fluoreszenzintensitat, die sich nach
der Umverteilung einpendelt. Diese ist in der Regel geringer als die Anfangsintensitat.
Grunde dafur sind zum Beispiel die falsche Einstellung des Lasers oder die Anteile der
Molekule, die sich in der Zelle nicht bewegen konnen. (vgl. [KW10], [AK76])
Das erste Ziel ist die Herleitung einer Funktion, die den Wiederherstellungsprozess
modelliert. Anschließend wird die Kurve durch mathematische Verfahren an die ex-
perimentellen Daten angepasst, um abschließend die Parameter zu bestimmen, welche
uns Aufschluss uber die Prozesse und Gegebenheiten in dem beobachteten Bereich Ω
geben.
Es ist offensichtlich, dass Fluorescence Recovery after Photobleaching ein Verfahren
ist, welches nicht pauschal angewendet werden kann, sondern nur in Verbindung mit
einem sorgfaltig gewahlten Modell zu sinnvollen Ergebnissen fuhrt.
7
3. Mathematische Grundlagen
Es werden nun die mathematischen Grundlagen prasentiert, die fur das Verstandnis der
spater folgenden Modellierungen notwendig sind. Zunachst steht die Fokker-Planck-
Gleichung im Mittelpunkt. Im weiteren Verlauf wird die Fourier-Transformation be-
trachtet.
3.1. Fokker-Planck-Gleichung
Fur die Modellierungen ist es sinnvoll die Vereinfachung anzunehmen, dass Diffusion
und Fluss in einem nicht begrenzten Raum stattfinden. Dies bedeutet, dass eine un-
endliche Ebene betrachtet wird, statt eines endlichen Bereichs einer Zelle.
Aufgrund dieser Annahme (r ∈ Rn, statt r ∈ Ω) konnen wir die Fokker-Planck-
Gleichung verwenden, um das System unter Einwirkung von Diffusion und Fluss zu
beschreiben. (vgl. [AK76], [HN10], [Ri84])
Definition 3.1.1 (Fokker-Planck-Gleichung). Die Fokker-Planck-Gleichung ist gege-
ben durch folgende partielle Differentialgleichung:
∂
∂tC(r, t) = ∆ [C(r, t)D(r, t)]−∇ [C(r, t)V (r, t)] (3.1)
Wobei D(r, t) die Diffusion und V (r, t) den Fluss beschreibt und r = (x, y) die Ortsva-
riable in den Richtungen x und y ist.
Um die Fokker-Planck-Gleichung fur unsere spezielle Verwendung in den Modellen wei-
ter umzuformen und zu vereinfachen, nehmen wir Folgendes an:
D(r, t) sei gleichgerichtet, also D(r, t) ≡ D. Zudem nehmen wir an, dass V (r, t) un-
abhangig von Zeit und Ort ist und konstant entlang der x-Richtung verlauft, also setze
V (r, t) = (V0, 0). (vgl. [AK76], [HN10])
3 Mathematische Grundlagen 8
Somit erhalten wir:
Definition 3.1.2 (Vereinfachte Fokker-Planck-Gleichung). Die vereinfachte Fokker-
Planck-Gleichung ist gegeben durch:
∂
∂tC(r, t) = D∆C(r, t)− V0
[∂
∂xC(r, t)
](3.2)
3.2. Fourier-Transformation
Um die partielle Differentialgleichung (3.2) losen zu konnen, fuhren wir in diesem Ab-
schnitt die Fourier-Transformation ein. (vgl. [Ev98])
Definition 3.2.1 (Fourier-Transformation fur Dimension 2). Sei u ∈ L1(R2) eine
integrierbare Funktion und µ ∈ R2. Die Fourier-Transformierte u ist gegeben durch:
u(µ) :=1
2π
∫R2
eir·µu(r) dr (3.3)
Entsprechend gilt fur die Fourier-Rucktransformation:
u(r) :=1
2π
∫R2
e−ir·µu(µ) dµ (3.4)
Durch Anwenden der Fourier-Transformation auf die vereinfachte Fokker-Planck-Glei-
chung (3.2) erhalten wir eine gewohnliche Differentialgleichung folgender Form:
∂
∂tC(µ, t) = −
[µ2D − iµxV0
]C(µ, t) (3.5)
Mit µ2 = µ2x + µ2
y.
Fur weitere Zwischenschritte siehe Anhang A.2. (vgl. [AK76])
Eine Losung der gewohnlichen Differentialgleichung (3.5) sieht wie folgt aus:
C(µ, t) = C(µ, 0)e−(µ2D−iV0µx)t (3.6)
3 Mathematische Grundlagen 9
Wobei
C(µ, 0) =1
2π
∫R2
eir·µC(r, 0) dr (3.7)
die transformierte Anfangsverteilung ist.
Fuhren wir nun die Fourier-Rucktransformation durch und setzen die transformierte
Anfangsverteilung (3.7) ein, erhalten wir eine Losung der Fokker-Planck-Gleichung, die
im Wesentlichen nur noch von der Anfangsintensitat der Fluoreszenz C(r′, 0) abhangt:
C(r, t) =1
2π
∫R2
e−iµr1
2π
∫R2
eiµr′C(r′, 0) dr′e−(Dµ2−V0iµx)t dµ (3.8)
(vgl. [AK76])
Nach der Darstellung der mathematischen Grundlagen kann mit der Prasentation der
verschiedenen Anwendungen fortgefahren werden.
10
4. Anwendung I: Diffusion und Fluss
von Lipiden innerhalb der
Zellmembran
In diesem Kapitel wird eine erste Anwendung von Fluorescence Recovery after Photo-
bleaching prasentiert. Wir wollen mit FRAP Diffusion und Fluss von Lipiden innerhalb
der Zellmembran charakterisieren.
Grundlage fur die in Kapitel 4 dargestellten Aussagen ist die Publikation von D. Axel-
rod, D.E. Koppel, J. Schlessinger, E. Elson und W.W. Webb [AK76].
Abbildung 4.1.: Schematische Darstellung der Zellmembran [Bi13]
Abbildung 4.1 zeigt eine schematische Darstellung der Zellmembran. Bei dem folgenden
ersten Experiment befinden wir uns in der Lipiddoppelschicht einer Zellmembran, hier
in hellem Gelb eingefarbt.
Wie sieht das eigentliche Vorgehen bei dieser Anwendung mit FRAP nun aus?
Wir haben ein mit fluoreszierenden Proteinen markiertes Praparat sowie einen geeig-
neten Laser gegeben.
4 Anwendung I: Diffusion und Fluss von Lipiden innerhalb der Zellmembran 11
Dieser kann sowohl einen Lichtimpuls mit geringer Intensitat abgeben, durch den die
Fluorophore nicht zerstort werden, als auch einen mit sehr hoher Intensitat, welcher
dann irreversibel bleichen soll.
Es folgen die drei Phasen: Prebleaching, Bleaching und Postbleaching. In der letz-
ten Phase wird die Umverteilung der Fluoreszenz beobachtet und erfasst. (vgl. auch
[KW10])
Wir gehen davon aus, dass unser Bleichbereich Ω eine Teilmenge des R2 ist (Ω ⊂R2) und dass wir eine zweidimensionale Diffusion betrachten. Außerdem nehmen wir
an, dass der Fluss, sollte es einen geben, nur in x-Richtung verlauft. Dazu legen wir
die Achsen des Koordinatensystems so, dass der Fluss genau diese Bedingung erfullt.
Zusatzlich sei das verwendete Bleichmuster kreisformig, d.h. ein Kreis mit Radius ω.
Weiter setzen wir fur die folgenden Berechnungen den Mittelpunkt des Bleichmusters
als Nullpunkt.
Das weitere Vorgehen sieht nun wie folgt aus:
Zunachst werden wir die Anfangswerte der Fluoreszenz bestimmen. Anschließend stel-
len wir in einer Vorwartsrechnung die theoretische Fluoreszenzumverteilungskurve auf
und im letzten Schritt, einer Ruckwartsrechnung, wird die theoretische Fluoreszenz-
umverteilungskurve an die experimentell erfassten Daten angepasst, um Diffusion und
Fluss genauer zu charakterisieren.
4.1. Anfangs- und Randbedingungen
In diesem Abschnitt wollen wir das Fluoreszenzkonzentrationsprofil direkt nach dem
Bleichen bestimmen, welches uns als Anfangswert fur die noch ausstehende Rechnung
dienen wird. Außerdem gilt es die Randbedingung anzugeben.
Zuerst beschaftigen wir uns mit der Anfangsbedingung:
Der Zelle beziehungsweise einem Teil einer Zelle werden fluoreszierende Proteine inji-
ziert und die Intensitat der Fluoreszenz vor dem Bleichen C0 wird ermittelt. Dann
erfolgt das irreversible Bleichen durch den Laser und wir gehen davon aus, dass dies
mit konstanter Rate αI(r) geschieht.
Die Anderung der Fluoreszenzintensitat wahrend des Bleichvorgangs kann dann durch
folgende Gleichung beschrieben werden:
∂
∂tC(r, t) = −αI(r)C(r, t) (4.1)
4 Anwendung I: Diffusion und Fluss von Lipiden innerhalb der Zellmembran 12
Dabei beschreibt C(r, t) die Fluoreszenzintensitat, also die Intensitat der noch fluores-
zierenden Proteine an der Position r zum Zeitpunkt t. Die Bleichrate geht mit einem
negativen Vorzeichen in die Formel ein, denn je hoher die Bleichrate ist, desto mehr
Fluorophore werden gebleicht und die Fluoreszenzintensitat verringert sich. I(r) gibt
das Intensitatsprofil des Lasers an. Ein Beispiel fur ein Laserintensitatsprofil wird im
nachsten Abschnitt gegeben. (vgl. auch [So83])
Da wir im Folgenden die Umverteilung der Fluoreszenz betrachten wollen und die
Zeitrechnung des Bleichens nicht mit eingehen soll, fuhren wir eine neue Zeitvariable t
ein und ersetzen t durch t. t = 0 beschreibt den Zeitpunkt direkt nach dem Bleichen.
Eine Losung der Anderung des Fluoreszenzintensitatsprofils direkt nach dem Bleichen
(Gleichung (4.1)) sieht dann wie folgt aus:
C(r, 0) = C0e−αTI(r) (4.2)
Wobei T die Lange des Zeitintervalls des Bleichens angibt.
Hier muss beachtet werden, dass wir in der Bleichphase davon ausgehen, dass es zu kei-
nem nennenswerten Transport kommt. Wir konnen diese Annahme machen, da wir im
Vergleich zur Wiederherstellungsphase nur einen sehr kurzen Zeitraum T betrachten,
in dem gebleicht wird. (vgl. auch [So83])
Fur die weiteren Berechnungen fuhren wir einen Parameter K ein:
K ≡ αTI(0) (4.3)
K liefert die Rate des Bleichens in einem Referenzpunkt. In diesem Fall ist das der
Mittelpunkt des Bleichkreises, also unser gewahlter Nullpunkt.
Wir stellen durch Einsetzen des Referenzpunktes in das Fluoreszenzkonzentrationsprofil
nach dem Bleichen fest, dass der Parameter K nun in der Formel wiederzufinden ist:
C(0, 0) = C0e−αTI(0) (4.4)
Das Fluoreszenzkonzentrationsprofil direkt nach dem Bleichen (4.2) hangt also von K
ab. Diese Abhangigkeit wird durch einen Index verdeutlicht. Wir schreiben CK(r, 0).
(vgl. auch [So83])
Die gesuchte Anfangsbedingung ist somit durch die Gleichung (4.2) angegeben.
4 Anwendung I: Diffusion und Fluss von Lipiden innerhalb der Zellmembran 13
Die Randbedingung ist durch folgende Gleichung gegeben:
lim|r|→∞
C(r, t) = C0 (4.5)
Diese Darstellung ergibt sich dadurch, dass angenommen wird, dass die Umverteilung
der Fluoreszenz auf die Rander keinen Einfluss hat, sondern dass dort immer die In-
tensitat vor dem Bleichen C0 zu finden ist.
Nun haben wir das Fluoreszenzkonzentrationsprofil direkt nach dem Bleichen, also die
benotigten Anfangswerte, sowie die Randbedingung bestimmt und wir konnen zum
nachsten Abschnitt, der Vorwartsrechnung, ubergehen.
4.2. Vorwartsrechnung
In diesem Abschnitt fuhren wir eine Vorwartsrechnung durch, um die Umverteilungs-
kurve der Fluoreszenz zu bestimmen. Wir wollen also eine Modellierung finden, welche
die Transporte in der Lipidschicht beschreibt.
Wie in den mathematischen Grundlagen in Kapitel 3 erlautert wird, kann die Fokker-
Planck-Gleichung verwendet werden, um Diffusion und Fluss in einem System zu be-
schreiben. Wir ubernehmen die dort gemachten Annahmen und konnen somit unser
System durch die vereinfachte Fokker-Planck-Gleichung (Definition 3.1.2) darstellen:
∂
∂tC(r, t) = D∆C(r, t)− V0
[∂
∂xC(r, t)
](4.6)
Wir benotigen an dieser Stelle die im vorherigen Abschnitt 4.1 bestimmten Anfangs-
und Randbedingungen. Setzen wir diese Bedingungen in die Rechnungen ein, welche in
den mathematischen Grundlagen bereits vorgestellt wurden, erhalten wir eine Losung
der Differentialgleichung (4.6):
CK(r, t) =1
2π
∫R2
e−iµr1
2π
∫R2
eiµr′C0e
−αTI(r′) dr′e−(Dµ2−V0iµx)t dµ (4.7)
Die zum Zeitpunkt t ≥ 0 beobachtete Fluoreszenz ist dann durch folgende Formel
gegeben:
FK(t) ≡ c
∫R2
I(r)CK(r, t) dr (4.8)
4 Anwendung I: Diffusion und Fluss von Lipiden innerhalb der Zellmembran 14
Dabei wird, wie in Kapitel 2 schon erlautert wurde, im Wesentlichen uber die Konzen-
tration ungebleichter Fluorophore CK(r, t) integriert. An dieser Stelle geht zusatzlich
das Laserintensitatsprofil I(r) mit ein, welches angibt, wie stark in Abhangigkeit des
Vektors r gebleicht wurde. Die Konstante c gibt den Fehler an, der durch Laser- und
Lichteinflusse verursacht wird.
Setzt man die Losung der Differentialgleichung CK(r, t) in Gleichung (4.8) ein, so erhalt
man durch eine kleine Umformung fur die beobachtete Fluoreszenz folgende Darstel-
lung:
FK(t) =c C0
4π2
∫R2
Φ(µ)e−(µ2D−iV0µx)t dµ (4.9)
mit Φ(µ) ≡∫R2
I(r)e−iµ·r dr
∫R2
eiµ·r′−αI(r′)T dr′ (4.10)
Die Gleichungen (4.9) und (4.10) hangen nur noch vom Intensitatsprofil des Lasers
I(r), D und V0 ab.
Ist vom System jetzt schon bekannt, dass zum Beispiel kein Fluss vorhanden ist, kann
V0 hier schon Null gesetzt werden. Analog fur die Diffusion.
Abbildung 4.2.: Fluoreszenzumverteilung fur unterschiedliche Werte von K, falls keinFluss vorhanden ist [AK76]
4 Anwendung I: Diffusion und Fluss von Lipiden innerhalb der Zellmembran 15
Abbildung 4.2 zeigt die Kurven der beobachteten Fluoreszenz FK(t) fur unterschied-
liche Raten des Bleichens K, falls kein Fluss vorhanden ist. (Andere Falle gehen ana-
log.)
Wird mit einer hohen Rate K gebleicht, wie dies bei K = 100 der Fall ist, so kann man
erkennen, dass fast alle Fluorophore ausgeloscht wurden. Ist das K jedoch klein, zum
Beispiel K = 1, so liegt der y-Achsenabschnitt lediglich bei ungefahr 0,63.
Um die einzelnen FRAP-Kurven und somit in diesem Fall die Diffusion fur unterschied-
liche Werte von K besser vergleichen zu konnen, ist es von Noten eine weitere Funktion
fK(t) einzufuhren:
fK(t) ≡ FK(t)− FK(0)
FK(∞)− FK(0)(4.11)
Durch diese Darstellung der beobachteten Fluoreszenz beginnen alle FRAP-Kurven im
Ursprung und die erwunschte bessere Vergleichbarkeit ist gegeben. Dies sehen wir in
Abbildung 4.3.
Abbildung 4.3.: Verschobene Fluoreszenzumverteilung fur unterschiedliche Werte vonK, falls kein Fluss vorhanden ist [AK76]
Um zu erreichen, dass die allgemeinen Gleichungen der beobachteten Fluoreszenz FK(t)
beziehungsweise fK(t) nur noch von den zu bestimmenden Parametern D und V0
abhangen, muss das jeweilige Laserintensitasprofil eingesetzt werden. Es gibt viele un-
terschiedliche Profile der Laserintensitat. Wir wollen uns nun mit dem Gaußschen La-
serprofil beschaftigen. Fur weiterfuhrende Informationen zu anderen Laserprofilen siehe
[AK76] und [KW10].
4 Anwendung I: Diffusion und Fluss von Lipiden innerhalb der Zellmembran 16
Die Intensitat eines Lasers mit Gaußschem Profil ist in der Mitte des Bleichmusters am
hochsten und nimmt zum Rand hin ab. Das Intensitatsprofil ist somit gegeben durch:
I(r) =2P0
πω2e−2|r|2
ω2 (4.12)
Hierbei gibt P0 ein Maß fur die Laserkraft an und ω beschreibt die halbe Breite des
Profils bei einer Intensitat von 1e2
. Siehe dazu Anhang A.1.
Durch Einsetzen des Laserprofils in die Gleichungen (4.9) und (4.10) fur die beobachtete
Fluoreszenz FK(t) und mithilfe der Reihendarstellung von exp(−αr′T ) erhalten wir eine
Gleichung fur die beobachtete Fluoreszenz mit Gaußschem Intensitatsprofil:
FK(t) = cP0C0
∞∑n=0
(−K)ne−2(t/τF )2n/[1+n(1+2t/τD)]
n![1 + n(1 + 2t/τD)](4.13)
Dabei bezeichnet τD = ω2
4Ddie charakteristische Zeit fur die Diffusion und τF = ω
V0die
charakteristische Zeit fur den Fluss.
Wir haben nun eine Moglichkeit der Modellierung fur die Fluoreszenzumverteilung
gefunden.
4.3. Ruckwartsrechnung
Der Abschnitt Ruckwartsrechnung befasst sich mit der Analyse der experimentell er-
fassten Daten. Es wird die in Abschnitt 4.2 hergeleitete theoretische Kurve an die
experimentell erfassten Daten angepasst, um die erwunschten Parameter in unserem
System bestimmen zu konnen.
Dafur seien FK(t) und fK(t) die experimentell erfassten Daten. Um eine moglichst
gute Anpassung der theoretischen an die experimentellen Daten zu erreichen, sollte
man zunachst feststellen, um welche Art von Transport es sich hauptsachlich handelt.
Es sollte geklart werden, ob ein System vorliegt, in dem die Diffusion oder doch der
Fluss im Vordergrund stehen. Ist uns dies bekannt, konnen wir ein besseres Ergebnis
durch die noch ausstehenden Anpassungsmethoden erzielen.
Es werden nun zwei Moglichkeiten prasentiert, die Ruckwartsrechnung durchzufuhren.
Die eine bezieht sich auf das Dreischritt-Verfahren, die andere auf die Log-Log-Methode.
4 Anwendung I: Diffusion und Fluss von Lipiden innerhalb der Zellmembran 17
Betrachten wir im Folgenden zunachst das Dreischritt-Verfahren. Wie der Name schon
sagt, geht man hier im Wesentlichen in drei Schritten vor.
Im ersten Schritt berechnet man die Halbwertszeit der Wiederherstellung τ1/2 durch
Umstellen von:
fK(τ1/2) =1
2(4.14)
Dann bestimmen wir den Parameter K. Dazu muss das Laserprofil bekannt sein. Wir
verwenden hier wieder das Gaußsche Laserprofil. Wir erhalten K durch Umstellen der
Anfangsfluoreszenz:
FK(0) =cP0C0
K(1− e−K) (4.15)
Mit K bestimmen wir nun γD ≡τ1/2τD
und γF ≡τ1/2τF
durch Ablesen an Grafik 4.4. Diese
Grafik ist nur fur das Gaußsche Laserprofil verwendbar.
Abbildung 4.4.: γ vs. K fur das Gaußsche Laserprofil [AK76]
In diesen drei Schritten haben wir τ1/2, K, γD und γF bestimmt. Durch Umformen
der charakteristischen Zeiten fur Diffusion und Fluss erhalt man dann die gewunschten
Diffusions- und Flusskoeffizienten D und V0:
D =
(ω2
4τ1/2
)γD (4.16)
V0 =
(ω
τ1/2
)γF (4.17)
Das Dreischritt-Verfahren ist nur anwendbar, wenn bekannt ist, dass im Wesentlichen
eine der beiden Transportformen vorliegt. Kann dies nicht explizit bestimmt werden,
ist die Log-Log-Methode eine Alternative.
4 Anwendung I: Diffusion und Fluss von Lipiden innerhalb der Zellmembran 18
Die Log-Log-Methode nutzt aus, dass sich die theoretische und die experimentelle Kur-
ve um zwei multiplikative Faktoren in beide Richtungen des Plots unterscheiden.
Wendet man nun den Logarithmus auf beide Skalen an, so werden die multiplikativen
Faktoren zu einer einfachen Verschiebung, zum einen in horizontaler und zum anderen
in vertikaler Richtung, wie man in Abbildung 4.5 erkennen kann.
Abbildung 4.5.: Log-Log-Methode [AK76]
Setzen wir die horizontalen und vertikalen Verschiebungen in die Gleichung der Fluo-
reszenzumverteilung FK(t) ein und verrechnen diese mit den Parametern τD und τF ,
erhalten wir modifizierte Werte fur γD und γF . Diese setzt man dann in die Gleichungen
fur die Diffusion (4.16) und den Fluss (4.17) ein.
Somit sind die gewunschten Transportparameter bestimmt und wir konnen die Bege-
benheiten in der Zelle genauer charakterisieren.
19
5. Anwendung II: Langenberechnung
von Aktinfilamenten
Wir wollen uns in diesem Kapitel mit einer weiteren Anwendung von FRAP beschaftigen,
namlich der Langenberechnung von Aktinfilamenten.
Kapitel 5 orientiert sich an der Publikation von A.A. Halavatyi, P.V. Nazarov, Z. Al
Tanoury, V.V. Apanasovich, M. Yatskou und E. Friederich [HN10].
Aktinfilamente sind Bestandteile des Cytoskeletts einer Zelle und befinden sich im Cy-
toplasma direkt angrenzend an die Lipiddoppelschicht. In Abbildung 4.1 sind diese
Strange in einem dunklen Gelbton markiert worden.
Aktinfilamente spielen eine wichtige Rolle bei der Formgebung und der Beweglichkeit
einer Zelle. Auch an der Wundheilung und dem Wachstum des Gewebes sind sie maß-
geblich beteiligt. Besonders in Krankheitsfallen, wenn die Zellfunktionen gestort oder
eingeschrankt sind, kann man hier Veranderungen der Struktur erkennen. (vgl. auch
[PB03])
Aktin ist ein asymmetrisches Protein, welches dazu fahig ist, sich mit anderen Akti-
nen zu einem Filament zusammenzufugen. Ein Aktinfilament hat zwei unterschiedliche
Enden, welche ihm somit eine molekulare Polaritat verleihen. Zum einen besitzt es ein
gezacktes Ende, das sogenannte Barbed End (BE). Zum anderen hat es ein spitzes
Ende, auch Pointed End (PE) genannt. In Abbildung 5.1 sehen wir die schematische
Darstellung eines Aktinfilamentes mit den beiden unterschiedlichen Enden. (vgl. auch
[PB03])
Abbildung 5.1.: Schematische Darstellung eines Aktinfilamentes
Wie lasst sich nun FRAP vor dem Hintergrund dieser Informationen realisieren?
Betrachten wir zunachst einmal den Versuchsaufbau.
5 Anwendung II: Langenberechnung von Aktinfilamenten 20
Abbildung 5.2.: Schematischer Aufbau des FRAP-Experimentes (angelehnt an [HN10])
Abbildung 5.2 zeigt, dass das verwendete Bleichmuster kreisformig ist. Außerdem sei
das Intensitatsprofil des Lasers auf dieser Kreisflache konstant.
Die einzelnen Aktinfilamente sind durch ein Netzwerk von Proteinkomplexen mit der
Zellmembran verbunden und konnen sich somit nicht von der Stelle bewegen. Daher
kann der Austausch von gebleichten und noch fluoreszierenden Anteilen nur durch die
Abspaltung beziehungsweise die Anbindung an den Enden jedes einzelnen Filamentes
stattfinden.
Die Lange eines Aktinfilamentes ist ein wichtiger physiologischer Parameter einer Zelle
in Bezug auf die Bewegungen im Cytoskelett. Daher nehmen wir die Anbindungs- und
Trennungsraten, die Filamentlange sowie die Konzentrationen der freien als auch der
gebundenen Aktine als Grundlagen fur die folgenden Berechnungen. Aus diesem Grund
definieren wir:
L := Filamentlange
k+/−b := Anbindungsrate/Trennungsrate am BE
k+/−p := Anbindungsrate/Trennungsrate am PE
cm/f := Konzentration der freien/gebundenen Aktine
Weiter sei vb/p der daraus resultierende Ausdehnungs- beziehungsweise Db/p der Diffu-
sionskoeffizient, jeweils bezuglich des BE und des PE.
Wir werden im Verlauf des Kapitels sehen, dass diese Großen von den Bewegungsraten
an den zwei Enden k+/−b/p abhangen.
M beschreibt die Anzahl der Aktine innerhalb eines Filaments.
5 Anwendung II: Langenberechnung von Aktinfilamenten 21
Abbildung 5.3.: Teilweise gebleichtes Filament (angelehnt an [HN10])
In Abbildung 5.3 ist ein einzelnes Aktinfilament dargestellt. Nachdem der Bleichvor-
gang abgeschlossen wurde, besteht das Filament aus einzelnen gebleichten und unge-
bleichten Aktinen.
Fur die nachfolgende Modellierung nehmen wir an, dass die Fluorophore in einem Ak-
tin entweder allesamt ausgebleicht wurden oder noch vollstandig Licht emittieren.
Weiter gehen wir davon aus, dass einmal abgespaltene Aktine sofort und irreversibel
den gesamten Bereich, welchen wir betrachten, verlassen. Diese Annahme ist gerecht-
fertigt, falls der Radius des gebleichten Bereichs relativ klein ist und der Transport
im Cytoplasma im Vergleich zur Anbindung und Trennung an BE und PE schneller
vonstattengeht.
Im folgenden Abschnitt fuhren wir eine Vorwartsrechnung durch, um die Fluoreszenz-
umverteilungskurve aufzustellen. Darauf folgt eine Ruckwartsrechnung, in der die Fluo-
reszenzumverteilungskurve an die experimentell erfassten Daten angepasst wird, damit
abschließend die Filamentlange L bestimmt werden kann.
5.1. Vorwartsrechnung
Wir wollen nun in diesem Abschnitt eine Funktion angeben, welche die Fluoreszenzum-
verteilung im speziellen Fall von Anwendung II beschreibt.
Dazu werden wir zu Beginn gewisse Annahmen an unser System festlegen:
Es wird im Folgenden nur ein Filament aus dem Komplex betrachtet und der Bleich-
bereich Ω sei eine Teilmenge der reellen Zahlen (Ω ⊂ R). Die Reaktionen an BE und
PE seien unabhangig voneinander. Außerdem sollen einmal abgeloste Aktine fur den
Anbindungsprozess nicht mehr zur Verfugung stehen.
5 Anwendung II: Langenberechnung von Aktinfilamenten 22
Zunachst werden wir nur Reaktionen betrachten, die am PE stattfinden. Diese Re-
aktionen wollen wir mithilfe von Ubergangswahrscheinlichkeiten, also als stochasti-
sches Ereignis, beschreiben. Wir befinden uns an der i-ten Stelle im Filament. (Um die
Zahlweise genauer verstehen zu konnen, siehe Abbildung 5.3.)
Es sei pi(t) die Wahrscheinlichkeitsfunktion, die angibt, ob an Position i ein gebleichtes
Aktin vorhanden ist. Dann genugt pi folgender Differentialgleichung:
d
dtpi(t) =
J∑j=1
(−Wijpi(t) +Wjipj(t)) (5.1)
Hierbei bezeichnet J alle moglichen Zustande und mit Wij sind die Ubergangswahr-
scheinlichkeiten von Zustand i zu Zustand j gemeint.
Es wird weiter angenommen, dass Anbindung und Trennung an den Enden nur einzeln
moglich sind und sich keine ganzen Ketten ablosen oder anbinden konnen. In unserem
Fall kann das i-te Aktin also auf die Position i + 1 oder auf die Position i − 1 durch
Anbindungen und Trennungen am PE verschoben werden. Es gilt fur die jeweiligen
Ubergangswahrscheinlichkeiten:
Wi(i+1) = W(i−1)i = k+p cm
Wi(i−1) = W(i+1)i = k−p
Eingesetzt in Gleichung (5.1) erhalten wir:
d
dtpi(t) = −(k+
p cm + k−p )pi(t) + k+p cmpi−1(t) + k−p pi+1(t) (5.2)
Mit i = 1, 2, ...,M , wobei M die maximale Anzahl der Aktine angibt. p0 setzen wir
hier Null (p0 = 0).
Im nachsten Schritt gehen wir davon aus, dass das Filament lang genug ist (≥ 1µm,
M ≥ 400). Somit konnen wir von den diskreten Wahrscheinlichkeiten pi(t) zu einer
Wahrscheinlichkeitsdichte ρ(x, t) ubergehen. Um dies zu erreichen, wird eine Taylor-
Entwicklung bezuglich der Variable x durchgefuhrt und der Grenzwert M → ∞ wird
betrachtet. Es folgt fur die kontinuierliche Wahrscheinlichkeitsverteilung ρ(x, t):
∂
∂tρ(x, t) ≈
k−p + k+p cm
2δ2 ∂
2
∂x2ρ(x, t)− (k+
p cm − k−p )δ∂
∂xρ(x, t) (5.3)
Wobei ρ(0, t) = 0 gilt und δ den Abstand der Aktine im Filament beschreibt.
5 Anwendung II: Langenberechnung von Aktinfilamenten 23
Wir setzen:
vp := (k+p cm − k−p )δ (5.4)
Dp :=k−p + k+
p cm
2δ2 (5.5)
Einsetzen in Gleichung (5.3):
∂
∂tρ(x, t) = Dp
∂2
∂x2ρ(x, t)− vp
∂
∂xρ(x, t) (5.6)
Gleichung (5.6) hat nun wieder die Form einer Fokker-Planck-Gleichung. Dabei in-
terpretieren wir den hinteren Summanden als die durchschnittliche Verlangerung am
Pointed End. Ein positives vp wird als Verlangerung der Filamentkette gedeutet. Der
vordere Term beschreibt in unserem Kontext eine Schwankung der Filamentlange. Die-
se Schwankung kann als eindimensionale Diffusion aufgefasst werden.
Mit der Annahme, dass einmal abgeloste Aktine irreversibel den gesamten Bereich
augenblicklich verlassen und somit fur einen Wiederanbau nicht mehr zur Verfugung
stehen, erhalten wir eine Losung der Gleichung (5.6) in folgender Form:
ρx0(x, t) =1
2√πDpt
(e− (x−x0−vpt)
2
4Dpt − e−(x+x0−vpt)
2
4Dpt− vpx0
Dp
)(5.7)
ρx0(x, t) beschreibt die Aufenthaltswahrscheinlichkeit eines gebleichten Aktins in x zum
Zeitpunkt t, welches sich zur Zeit t = 0 in x0 befand.
Die Variable x enthalt insbesondere auch die moglichen Positionen, welche außerhalb
des Filaments liegen konnen.
Integration uber den gesamten Raum liefert eine Wahrscheinlichkeit Pp(x0, t), die an-
gibt, ob das gebleichte Aktin aus x0 noch im Filament enthalten ist:
Pp(x0, t) =
∞∫0
ρx0(x, t) dx = Φ
(x0 + vpt√
2Dpt
)− e−
vpx0Dp Φ
(vpt− x0√
2Dpt
)(5.8)
mit Φ(u) =1√2π
u∫−∞
e−t22 dt (5.9)
5 Anwendung II: Langenberechnung von Aktinfilamenten 24
Wir haben bisher nur Reaktionen am Pointed End betrachtet, konnen aber analog die
Gleichung fur Reaktionen am Barbed End aufstellen und erhalten:
Pb(y0, t) =
∞∫0
ρy0(x, t) dx = Φ
(y0 + vbt√
2Dbt
)− e−
vby0Db Φ
(vbt− y0√
2Dbt
)(5.10)
Wir nutzen nun aus, dass y0 = L−x0 gilt und dass die Reaktionen am BE und am PE
unabhangig voneinander stattfinden.
Es ergibt sich eine Wahrscheinlichkeit P (x0, t) bezuglich beider Filamentenden, welche
angibt, ob das gebleichte Aktin aus x0 noch im Filament enthalten ist:
P (x0, t) = Pp(x0, t)Pb(L− x0, t) (5.11)
Integrieren wir uber alle moglichen Startzustande x0, erhalten wir die Gesamtwahr-
scheinlichkeit P (t), welche beschreibt, ob gebleichte Aktine im Filament zu finden sind:
P (t) =
L∫0
P (x0, t)φ(x0) dx0 (5.12)
Wobei φ die Verteilungsfunktion der gebleichten Zustande im Filament darstellt (mitL∫0
φ(ξ) dξ = 1). Dieser Verteilungsfunktion liegt das verwendete spezifische Laserinten-
sitatsprofil zugrunde.
Mit den im Vorfeld eingefuhrten Variablen cf und cm ergibt sich fur die Wiederherstel-
lungskurve der Fluoreszenz:
FRAP (t) = 1− cfcm + cf
P (t) (5.13)
Eine Gleichung fur die Fluoreszenzumverteilung ist angegeben und es kann mit der
Ruckwartsrechnung fortgefahren werden.
5 Anwendung II: Langenberechnung von Aktinfilamenten 25
5.2. Ruckwartsrechnung
Wir wollen in diesem Abschnitt die aufgestellte Kurve fur die Fluoreszenzumverteilung
an die experimentell erfassten Daten anpassen.
Die experimentell erfassten Daten werden im Folgenden mit F (t) bezeichnet. Diese
Daten und auch die Anbindungs- und Trennungsraten k+/−p/q fur BE und PE sind uns
durch die Messungen des Experimentes bekannt.
Es wird angenommen, dass vor dem Bleichen und wahrend des Bleichvorgangs ein
Gleichgewichtszustand zwischen Anbindung und Trennung auf beiden Seiten gegeben
ist (k+b cm + k+
p cm = k−b + k−p ). Daraus folgt durch Umformung:
cm =k−b + k−pk+b + k+
p
Durch Einsetzen von cm in Gleichungen (5.4) und (5.5) erhalten wir (analog fur BE):
vb = −vp =k+b k−p − k+
p k−b
k+b + k+
p
δ
Db =2k+
b k−b + k+
b k−p + k+
p k−b
2(k+b + k+
p )δ2
Dp =2k+
p k−p + k+
b k−p + k+
p k−b
2(k+b + k+
p )δ2
Es sind nun alle Parameter bis auf L und cf bestimmt. L und cf erhalten wir durch
geeignete Optimierungsverfahren.
Zum Beispiel konnen wir die Methode der kleinsten Quadrate anwenden, um eine
bestmogliche Approximation zu erhalten. Dazu berechne:
mincf ,L
∑i
[FRAP (ti, cf , L)− F (ti)]2 (5.14)
(vgl. [DH08])
Somit ist die Lange L des Aktinfilaments angegeben.
26
6. Anwendung III: Diffusion von
Molekulen innerhalb des Zellkerns
In Kapitel 6 wird eine weitere Anwendung von Fluorescence Recovery after Photo-
bleaching beschrieben. Es werden die Bewegungen von Molekulen innerhalb des Zell-
kerns betrachtet, wobei der Diffusionskoeffizient im Mittelpunkt steht.
In diesem Kapitel folgen wir der Darstellung von G. Carrero, D. McDonald, E. Craw-
ford, G. de Vries, M.J. Hendzel [CM03].
Der Zellkern, auch Nucleus genannt, ist das Steuerungselement einer jeden Zelle. In
ihm befindet sich die Erbinformation (DNA). Sie enthalt unter anderem die Informa-
tionen fur den Bau der Proteine.
Ist die DNA beschadigt oder mutiert, so veranlasst sie die Bildung von veranderten
Proteinen. Dieser Prozess ist Ursache fur viele Krankheiten.
Auch die Huntington-Krankheit basiert auf einem Gendefekt.”Auf der DNA, dem
Trager der Erbinformation, sind gewisse Abschnitte als mehrfache Kopie aneinander-
gereiht.“ ([Dz13]) Somit wird das Protein Huntingtin nicht exakt produziert.”Fur den
Organismus ist das Huntingtin lebensnotwendig. Es ist ein Multitalent, das fur viele
Vorgange von Bedeutung ist. Ist das Protein fehlerhaft, so fuhrt das zum Absterben
von Gehirnzellen.“ ([Dz13]) Einige Forscher haben FRAP verwendet, um die markier-
ten fehlerhaften Proteine zu lokalisieren. (vgl. [Dz13])
Die Bewegungen der Proteine innerhalb des Nucleus sind bisher nur in Ansatzen er-
forscht. Die Forscher erhoffen sich unter anderem durch FRAP weitere Aufschlusse
uber die Vorgange im Zellkern zu erhalten.
Im folgenden Abschnitt wird die Funktion der Fluoreszenzumverteilung hergeleitet,
die berucksichtigt, dass der Zellkern durch eine Membran vom Zellplasma abgegrenzt
ist. Anschließend wird deutlich gemacht, in welcher Weise die Berucksichtigung der
Membran die Berechnung des Diffusionskoeffizienten beeinflusst.
6 Anwendung III: Diffusion von Molekulen innerhalb des Zellkerns 27
6.1. Vorwarts- und Ruckwartsrechnung
In diesem Abschnitt wollen wir eine Kurve fur die Fluoreszenzumverteilung im Zellkern
herleiten und angeben, wie der Diffusionskoeffizient bestimmt werden kann.
Im Allgemeinen werden die Bewegungen innerhalb eines Nucleus durch Diffusion cha-
rakterisiert.
Die Modellierung, die in Kapitel 4 hergeleitet wurde, kann beispielsweise auch fur
die Betrachtung der Vorgange im Zellkern verwendet werden. Daher konnen wir die
Konzentration der Fluorophore nach dem Bleichvorgang u(r, t) durch eine partielle
Differentialgleichung beschreiben:
∂
∂tu(r, t) = D∆u(r, t), t > 0,
u(r, 0) = f(r)(6.1)
Wobei r = (x, y) die Ortsvariable in den Richtungen x und y ist, D fur den Diffusi-
onskoeffizienten steht und f(r) die Fluoreszenzkonzentration direkt nach dem Bleichen
angibt.
Wir nehmen an, dass die Intensitat des verwendeten Lasers durch das Gaußsche Profil
beschrieben werden kann. Die Fluoreszenzumverteilungskurve F (t) hat somit folgende
Gestalt (vgl. auch [AK76]):
F (t) = cP0C0
∞∑n=0
(−K)n
n![1 + n(1 + 2t/τD)](6.2)
(Die Bedeutung der einzelnen Variablen ist in Kapitel 4 gegeben.)
Um diese Modellierung zu erhalten, wurde im Vorhinein angenommen, dass die Diffu-
sion in einem unendlichen Raum stattfindet (r ∈ Rn).
Diese Annahme widerspricht jedoch den physiologischen Begebenheiten, denn eine Zel-
le beziehungsweise ein Zellkern ist durch eine Membran begrenzt. Diese Membran ist
fur viele Molekule undurchlassig und dient somit als Barriere. Wollen wir die Bewe-
gungsablaufe im Zellkern genauer verstehen, ist es wichtig, dass dieser Aspekt in unser
Modell mit einbezogen wird. Aus diesem Grund betrachten wir im Folgenden einen
endlichen Bereich Λ, welcher den Zellkern darstellen soll.
Zudem nehmen wir an, dass es keinen Fluss in den Zellkern hinein oder aus ihm heraus
gibt.
6 Anwendung III: Diffusion von Molekulen innerhalb des Zellkerns 28
Indem wir diese Annahmen berucksichtigen, erhalten wir eine erweiterte Darstellung
der Gleichungen (6.1) mit Neumann-Randbedingung:
∂
∂tu(r, t) = D∆u(r, t), r ∈ Λ, t > 0,
∂
∂ηu(r, t) = 0, r ∈ ∂Λ, t > 0,
u(r, 0) = f(r), r ∈ Λ
(6.3)
∂Λ ist der Rand des Gebietes Λ und η bezeichnet die außere Normale an ∂Λ.
Im nachsten Schritt wird die Flache des Zellkerns Λ approximiert. Wir gehen davon
aus, dass der Nucleus die Form eines Rechtecks mit Lange l besitzt.
Das verwendete Laserprofil soll einem schmalen Streifen der Breite 2h gleichen. Die
Mitte des Bleichmusters befindet sich an der Stelle c auf der x-Achse. Dieser Laser-
typ wird haufig fur Experimente verwendet, die die Membran in der Modellierung
berucksichtigen.
Abbildung 6.1.: Approximation des Nucleus (angelehnt an [CM03])
In Abbildung 6.1 ist die Approximation des Zellkerns visualisiert.
6 Anwendung III: Diffusion von Molekulen innerhalb des Zellkerns 29
Durch diese getroffenen Bedingungen kann das System der Gleichungen (6.3) zu einem
eindimensionalen Problem vereinfacht werden:
∂
∂tu(x, t) = D
∂2
∂x2u(x, t), x ∈ (0, l), t > 0,
∂
∂xu(x, t) = 0, x = 0, l, t > 0,
u(x, 0) = f(x), x ∈ (0, l)
(6.4)
Mit der Anfangsbedingung f(x) gegeben durch:
f(x) =
0, |x− c| ≤ h,
u0, |x− c| > h(6.5)
u0 gibt die Intensitat der Fluoreszenz vor dem Bleichen an.
f(x) ist von der angegebenen Form, wenn der Laser mit einer auf der Breite von 2h
gleichbleibenden Intensitat bleicht.
Integrieren wir die Losung der Gleichungen (6.4) uber die Breite des Bleichmusters 2h
und teilen das Ergebnis durch die Gesamtheit der fluoreszierenden Molekule im ge-
bleichten Bereich 2hu0, so erhalten wir folgende Fluoreszenzumverteilungskurve FB(t):
FB(t) =(l − 2h)
l− l
hπ2
∞∑n=1
1
n2e−(nπl )
2Dt ×
[sin
(nπ(c− h)
l
)− sin
(nπ(c+ h)
l
)]2
(6.6)
Die Lange l des Zellkerns kann durch die Fluoreszenzintensitat vor dem Bleichen F0
und direkt nach dem Bleichvorgang Fa ausgedruckt werden:
l = 2hF0
(F0 − Fa)(6.7)
Die Ruckwartsrechnung, um den Diffusionskoeffizienten D zu bestimmen, kann bei-
spielsweise analog zu Abschnitt 5.2 durchgefuhrt werden. Dort wurde zur Approxima-
tion die Methode der kleinsten Quadrate verwendet.
6 Anwendung III: Diffusion von Molekulen innerhalb des Zellkerns 30
6.2. Einfluss der Berucksichtigung der Kernmembran
auf die Berechnung des Diffusionskoeffizienten
In diesem Abschnitt wird beschrieben, inwieweit die Berucksichtigung der Kernmem-
bran die Berechnung des Diffusionskoeffizienten beeinflusst. Dazu wird zuerst disku-
tiert, ob es einen Unterschied macht, an welcher Position sich der gebleichte Bereich im
Zellkern befindet. Anschließend wird die Fluoreszenzumverteilung in einem begrenz-
ten Bereich FB(t) mit der in einem unbegrenzten Bereich FU(t) verglichen und die
Auswirkungen auf die Berechnung des Diffusionskoeffizienten D werden dargelegt.
Nehmen wir an, dass in einem unbegrenzten Gebiet gebleicht wird, so hat die Positi-
on des Bleichbereichs keinen Einfluss auf den Diffusionskoeffizienten. Das liegt daran,
dass die Diffusion in diesem Gebiet durch nichts behindert wird, was eine Abweichung
verursachen konnte.
Betrachten wir im Folgenden ein begrenztes Gebiet. Wird in der Mitte des Nucleus
gebleicht, so kann die Umverteilung zugig vonstattengehen.
Bleichen wir jedoch in der Nahe der Membran, wird die Diffusion durch diese Barriere
beeinflusst. Die noch fluoreszierenden Proteine sind nicht an allen Seiten des gebleichten
Bereichs in gleichem Maße vorhanden. Dadurch wird die Umverteilung verlangsamt.
Abbildung 6.2.: Auswirkung der Bleichposition auf die Fluoreszenzumverteilung in ei-nem begrenzten Bereich
6 Anwendung III: Diffusion von Molekulen innerhalb des Zellkerns 31
In Abbildung 6.2 sehen wir die Umverteilung der Fluoreszenz in einem Zellkern der
Lange l = 20µm mit einem Diffusionskoeffizienten von D = 10µm2
s. Der Bleichbereich
ist 5µm breit. Im Fall F1 befindet sich die Mitte des Bleichbereichs auf der x-Achse
an der Stelle c = l2
und im Fall F2 bei c = l4. Wir sehen deutlich den verursachten
Unterschied in der Umverteilung der Fluoreszenz.
Um die Fluoreszenzumverteilung in einem begrenzten Gebiet FB(t) mit der in einem
unbegrenzten Bereich vergleichen zu konnen, fuhren wir eine neue Funktion FU(t) ein.
FU(t) erhalten wir, indem wir Gleichungen (6.4) ohne die Neumann-Randbedingung
losen:
FU(t) =1
4h
h∫−h
[erfc
(h+ x√
4Dt
)+ erfc
(h− x√
4Dt
)]dx (6.8)
Wobei erfc(x) = 1− 2√π
x∫0
e−ν2
dν die komplementare Fehlerfunktion ist.
Zuerst wollen wir die beiden Kurven FU(t) und FB(t) hinsichtlich ihres asymptotischen
Verhaltens untersuchen. Wir bilden dazu jeweils den Grenzwert:
limt→∞
FB(t) =l − 2h
l< 1
limt→∞
FU(t) = 1(6.9)
Es zeigt sich, dass ein bestimmter Anteil der Fluoreszenz in dem begrenzten Bereich
durch das Bleichen verloren geht und die Intensitat vor dem Bleichvorgang nicht erneut
erreicht werden kann. Betrachten wir ein unbegrenztes Gebiet, so konnen wir davon
ausgehen, dass die Fluoreszenzintensitat vor dem Bleichen nach einer gewissen Zeit der
Umverteilung wieder vorhanden ist.
Mit den oben genannten Werten der Lange des Zellkerns sowie der Breite des Bleich-
bereichs erhalten wir fur den ersten Grenzwert einen Wert von 34. In diesem Fall sehen
wir, dass ein viertel der Fluoreszenzintensitat irreversibel ausgebleicht wurde.
Wir wollen uns abschließend mit den Auswirkungen der beiden Kurven auf die Berech-
nung des Diffusionskoeffizienten D beschaftigen.
Dazu fuhren wir zunachst eine Normierung der experimentellen Daten durch. Seien
F ∗(t) die normierten experimentell erfassten Daten bezuglich der Intensitat vor dem
Bleichen und F (t) normiert bezuglich der Fluoreszenzintensiat nach der Umverteilung.
Wir betrachten einen Nucleus mit geschatzter Lange l = 20µm und einen 5µm breiten
Bleichbereich, welcher in der Zellkernmitte positioniert ist.
6 Anwendung III: Diffusion von Molekulen innerhalb des Zellkerns 32
Zuerst wird die theoretische Kurve FB(t) mittels der Methode der kleinsten Quadrate
an die experimentellen Daten F ∗(t) angepasst. Es ergibt sich ein Diffusionskoeffizient
von D = 10µm2
s. Der Kurvenverlauf ist in Abbildung 6.3 dargestellt. Zudem sehen
wir die Kurve der Fluoreszenzumverteilung in einem nicht begrenzten Bereich FU(t),
ebenfalls mit einem Diffusionskoeffizient von D = 10µm2
s.
Abbildung 6.3.: Vergleich von FU(t) und FB(t) bezuglich der Daten F ∗(t)
Wir stellen fest, dass die Kurve der Funktion FU(t) oberhalb der Kurve der Funktion
FB(t) liegt und somit auch oberhalb der experimentellen Daten F ∗(t) verlauft.
Hatte man die Funktion FU(t) an die Daten F ∗(t) angepasst, so wurde der zugehorige
Graph niedriger verlaufen als der in Abbildung 6.3 dargestellte. Der daraus resultie-
rende Diffusionskoeffizient ware kleiner und wurde somit den wahren Wert D = 10µm2
s
unterschatzen.
Zur besseren Vergleichbarkeit normalisieren wir im nachsten Schritt die Umverteilungs-
kurve der Fluoreszenz in einem begrenzten Bereich FB(t):
FB(t) =l
l − 2hFB(t) (6.10)
Um Abbildung 6.4 zu erhalten, wird die Funktion FB(t) an die experimentellen Daten
F (t) angepasst. Es ergibt sich analog ein Diffusionskoeffizient von D = 10µm2
s. Wir
erkennen, dass die Kurve zu FU(t) unterhalb der Kurve zu FB(t), also auch unterhalb
der experimentellen Daten F (t), verlauft.
6 Anwendung III: Diffusion von Molekulen innerhalb des Zellkerns 33
Abbildung 6.4.: Vergleich von FU(t) und FB(t) bezuglich der Daten F (t)
Daher wurden wir bei Anpassung der theoretischen Kurve FU(t) an die Daten F (t)
den vorliegenden Diffusionskoeffizienten uberschatzen. Es ist demnach fur die korrekte
Bestimmung des Diffusionskoeffizienten von Bedeutung, welches der beiden Modelle
wir verwenden.
In Abbildung 6.3 ist zu sehen, dass zu Beginn der Umverteilung die Kurven beider
Funktionen, FU(t) und FB(t), ubereinstimmen.
Das bedeutet, dass es fur die anfangliche Umverteilung keinen Unterschied macht, ob
von einer Modellierung mit oder ohne Membran ausgegangen wird.
Die oben beschriebene Unterschatzung des Diffusionskoeffizienten konnte demnach ver-
mieden werden, wenn wir nur die ersten experimentell erfassten Daten betrachten
wurden.
34
7. Allgemeine Probleme des
Fluorescence Recovery after
Photobleaching
In diesem Kapitel wird auf das hohe Fehlerpotential des Fluorescence Recovery after
Photobleaching und die damit verbundenen Probleme aufmerksam gemacht.
Vor der eigentlichen Durchfuhrung eines FRAP-Experimentes, sollte das Laserprofil
des eingesetzten Lasers genau bestimmt werden. Das Laserprofil ist, wie schon gezeigt
wurde, fur die Modellierung von großer Bedeutung. (vgl. [KW10])
Abbildung 7.1.: Wirkung des Observational Photobleaching und der Mobile Fractionauf die Fluoreszenzumverteilung (angelehnt an [KW10])
7 Allgemeine Probleme des Fluorescence Recovery after Photobleaching 35
Außerdem darf die Grundbelichtung des Lasers, um die Fluoreszenz sichtbar zu ma-
chen, nicht zu hoch sein, da sonst in den Phasen Prebleaching und Postbleaching Fluo-
rophore ungewollt gebleicht werden. Dieses Phanomen nennt man auch Observational
Photobleaching.
In Abbildung 7.1 sehen wir im Fall M=1 die Auswirkungen von Observational Photo-
bleaching. Die durchgezogene schwarze Linie stellt die Fluoreszenzumverteilung ohne
Observational Photobleaching dar. Bei den beiden gestrichelten Graphen ist die Inten-
sitat des Lasers fur die Beobachtung zu hoch. Wie man sieht, findet nicht nur aus-
schließlich eine Umverteilung der Fluoreszenz statt, denn zu einem spateren Zeitpunkt
sind weniger Fluorophore vorhanden, als zu einem fruheren Zeitpunkt. (vgl. [KW10])
Die sogenannte Mobile Fraction M ist ein weiterer Aspekt, der bei der Modellierung
eines FRAP-Experimentes beachtet werden sollte. Sie beschreibt den Anteil der Mo-
lekule, die sich in der Zelle frei bewegen konnen. Das Gegenteil, die Immobile Fraction
(1-M), gibt den Prozentsatz der unbeweglichen Molekule an. Liegt der Prozentsatz der
Mobile Fraction beispielsweise bei M=0.5, so kann die Anfangsintensitat der Fluores-
zenz durch die Umverteilung nicht mehr erreicht werden, wie ebenfalls in Abbildung
7.1 zu erkennen ist.
Die Werte der Mobile Fraction und der Immobile Fraction sind interessant, wenn man
sich fur den Aufbau einer bestimmten Zelle und fur die Ablaufe im Inneren interessiert.
Sind die vorhandenen Molekule in der zu betrachtenden Zelle auf eine gewisse Weise
angeordnet und beispielsweise durch ein Bindungsprotein mit der Membran verbunden,
konnen sie sich nicht bewegen und es findet kein Austausch in der Zelle statt.
Bei erhohter Immobile Fraction kann die Diffusion in der Zelle außerdem durch eine
Bindung der freien an die unbeweglichen Molekule beeinflusst und gestort werden. (vgl.
[KW10])
Weiter ist es notwendig, dass die Fluorophore, die zur Markierung verwendet werden,
fur diesen Prozess geeignet sind. Dabei ist darauf zu achten, welche Zelltypen man
betrachtet, also welche Molekule in der Zelle vorhanden sind, um zu vermeiden, dass die
Fluoreszenz chemisch rekonstruiert werden kann. Ebenfalls sollten sie sich irreversibel
bleichen lassen. (vgl. [AK76])
Man muss zudem darauf achten, dass Bleichmuster und Radius passend gewahlt sind.
Einerseits muss der Radius groß genug sein, damit man vernunftige Ergebnisse erhalt,
andererseits sollte er im Vergleich zum Gesamtsystem aber klein genug sein, um sicher-
zustellen, dass noch genugend Fluorophore vorhanden sind, die durch die Umverteilung
erfasst werden konnen. (vgl. [KW10])
7 Allgemeine Probleme des Fluorescence Recovery after Photobleaching 36
Ein weiteres Problem ist die Belichtungszeit wahrend des Bleichens. Durch eine zu
lange Bleichphase kann es passieren, dass die Fluorophore in dem gebleichten Gebiet
mit der Umgebung in der Zelle in Wechselwirkung treten.
Dies hat zur Folge, dass bereits bestrahlte Fluorophore aus dem Fokus des Lasers aus-
treten und durch fluoreszierende ersetzt werden, die daraufhin falschlicherweise eben-
falls gebleicht werden. (vgl. [KW10])
Durch die Ungenauigkeiten an den Randern des Bleichgebietes variiert der Radius. Hier
ist zu beachten, dass der Radius in quadrierter Form in die Berechnung der Diffusion
eingeht (siehe dazu Kapitel 4). Daher birgt der Radius ein sehr hohes Fehlerpotenzial.
Zur Verdeutlichung ist eine Rechnung im Anhang A.3 angegeben. (vgl. [RG10])
37
8. Zusammenfassung und Ausblick
In dieser Arbeit haben wir gesehen, auf welche Weise Fluorescence Recovery after
Photobleaching funktioniert und angewendet werden kann. Es wurden nach einer kur-
zen Vorbereitung drei unterschiedliche Anwendungen der Methode explizit angegeben.
Zum Schluss haben wir mogliche Probleme, die bei einem FRAP-Experiment auftreten
konnen, diskutiert.
FRAP entwickelt sich seit den Anfangen in den siebziger Jahren immer weiter. Auch
heute spielt die Methode in der Cytologie noch eine wichtige Rolle. Besonders die klei-
nen Organellen innerhalb einer Zelle, wie zum Beispiel der Zellkern, sind bisher noch
nicht hinreichend erforscht worden.
Da durch diese Methode Transport jeglicher Art in vivo und in vitro untersucht werden
kann, wird sie auch in der Pharmazie haufig verwendet. Die Pharmazeuten benutzen
FRAP unter anderem, um den Weg der Arzneimittel zu den Zellen zu visualisieren.
Ebenso wird dann untersucht wie die Makro- bzw. Mikromolekule der Arzneimittel
durch die Zellmembran in die Zelle eindringen konnen. Dies ist theoretisch nur schwer
zu erfassen, daher werden oftmals Experimente durchgefuhrt. Die Medikamente konnen
aufgrund der gewonnenen Erkenntnisse weiter verbessert werden, sodass eine kontrol-
lierte Zufuhrung der Wirkstoffe sichergestellt werden kann.
Eine weitere Anwendung liegt darin, dass die Bewegung der krebsbekampfenden Mit-
tel und ihre Anbindung am Tumorgewebe mittels FRAP analysiert wird. Gerade die
Krebsforschung benotigt noch weitere Aufklarung, denn eine Heilung ist in den meisten
Fallen noch nicht moglich.
Die Weiterentwicklung der Methode geht einher mit den technischen Fortschritten in
den Bereichen der Mikroskopie und der Bildverarbeitung. Denn je hochauflosender die
Bilder der Mikroskope werden, desto tiefere Einblicke bekommt man in die jeweiligen
biologischen Prozesse. (vgl. [MD99])
Mittels FRAP konnen so in Zukunft viele Fragen, unter anderem aus den Bereichen
der Pharmazie und der Cytologie, beantwortet werden.
38
A. Anhang
A.1. Bestimmung von ω im Gaußschen Intensitatsprofil
Abbildung A.1.: Gaußsches Intensitatsprofil (angelehnt an [Gl13])
Die gestrichelte Linie gibt in dieser Darstellung die doppelte Lange von ω an.
A Anhang 39
A.2. Rechnung zu Abschnitt 3.2, um Gleichung (3.5)
zu erhalten
Gegeben ist die vereinfachte Fokker-Planck-Gleichung aus Definition 3.1.2:
∂
∂tC(r, t) = D∆C(r, t)− V0
[∂
∂xC(r, t)
]Außerdem gilt fur die Fourier-Transformation unabhangig von der Zeit:
ˆ(∂
∂tC(r, t)
)=
∂
∂tC(µ, t), µ ∈ R2
Einsetzen ergibt somit:
∂
∂tC(µ, t) = D
(ˆ(
∂2
∂x2C(r, t)
)+
ˆ(∂2
∂y2C(r, t)
))− V0
ˆ(∂
∂xC(r, t)
)
Mit der Definition der Fourier-Transformation 3.2.1 erhalten wir nun Gleichung (3.5):
∂
∂tC(µ, t) = D
(−µ2
xC(µ, t)− µ2yC(µ, t)
)− V0
(−iµxC(µ, t)
)= −D
(µ2C(µ, t)
)+ V0iµxC(µ, t)
= −(Dµ2 − V0iµx
)C(µ, t)
(vgl. [AK76])
A Anhang 40
A.3. Rechnung zum Fehlerpotential des Radius ω
An dieser Stelle wird eine Rechnung angegeben, um zu verdeutlichen, was eine Mess-
ungenauigkeit beim Radius des Bleichmusters bewirkt.
Angenommen wir verwenden ein Gaußsches Laserprofil und der wesentliche Transport
ist die Diffusion mit:
τ1/2 = 2s
K = 1Gaußprofil======⇒ γD ≈ 1, 1
ω = 5µm
Setzen wir diese Werte in die Formel fur die Diffusion ein, ergibt sich:
Dω=5µm =ω2
4τD=ω2
4
γDτ1/2
=(5µm)2
4
1, 1
2s≈ 3, 44
µm2
s
Verandern wir den Radius jetzt um 1µm, so ergibt sich fur den Diffusionskoeffizienten:
Dω=6µm =ω2
4τD=ω2
4
γDτ1/2
=(6µm)2
4
1, 1
2s≈ 4, 95
µm2
s
Man sieht, kleine Messungenauigkeiten beim Radius bewirken relativ große Fehler bei
der Berechnung des Diffusionskoeffizienten.
41
Abbildungsverzeichnis
2.1. Fluoreszierende Zelle mit markiertem Bleichbereich Ω [KW10] . . . . . 3
2.2. Fluoreszierende Zelle mit gebleichtem Bereich Ω [KW10] . . . . . . . . 4
2.3. Fluoreszierende Zelle wahrend des Wiederherstellungsprozesses [KW10] 4
2.4. Wiederherstellungskurve der Fluoreszenz im Bleichbereich Ω [KW10] . 5
4.1. Schematische Darstellung der Zellmembran [Bi13] . . . . . . . . . . . . 10
4.2. Fluoreszenzumverteilung fur unterschiedliche Werte von K, falls kein
Fluss vorhanden ist [AK76] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
4.3. Verschobene Fluoreszenzumverteilung fur unterschiedliche Werte von K,
falls kein Fluss vorhanden ist [AK76] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
4.4. γ vs. K fur das Gaußsche Laserprofil [AK76] . . . . . . . . . . . . . . . 17
4.5. Log-Log-Methode [AK76] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
5.1. Schematische Darstellung eines Aktinfilamentes . . . . . . . . . . . . . 19
5.2. Schematischer Aufbau des FRAP-Experimentes (angelehnt an [HN10]) 20
5.3. Teilweise gebleichtes Filament (angelehnt an [HN10]) . . . . . . . . . . 21
6.1. Approximation des Nucleus (angelehnt an [CM03]) . . . . . . . . . . . 28
6.2. Auswirkung der Bleichposition auf die Fluoreszenzumverteilung in einem
begrenzten Bereich . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
6.3. Vergleich von FU(t) und FB(t) bezuglich der Daten F ∗(t) . . . . . . . 32
6.4. Vergleich von FU(t) und FB(t) bezuglich der Daten F (t) . . . . . . . . 33
7.1. Wirkung des Observational Photobleaching und der Mobile Fraction auf
die Fluoreszenzumverteilung (angelehnt an [KW10]) . . . . . . . . . . . 34
A.1. Gaußsches Intensitatsprofil (angelehnt an [Gl13]) . . . . . . . . . . . . . 38
42
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