PubMed

Eine Einführung in die Recherche mit PubMed

© Steinrisser-Allex Gregor H. Graz, 14.11.2012

Bibliothek der Medizinischen Universität Graz

A-8010 Graz, Stiftingtalstraße 24 Tel. ++43 316 385-73050, Fax -73059

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Homepage: www.medunigraz.at/bmed

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Inhaltsverzeichnis

1. Was ist PubMed ............................................................................................................................... 3

2. MyNCBI ............................................................................................................................................ 4

2.1. Was ist MyNCBI ........................................................................................................................... 4

2.2. Anlegen eines MyNCBI Accounts ................................................................................................ 4

3. Spezifizierung und Verknüpfung von Recherchen .......................................................................... 8

3.1. Suchregeln in PubMed ................................................................................................................ 8

3.2. Boolesche Operatoren................................................................................................................. 9

4. Recherche in PubMed ................................................................................................................... 11

4.1. Einfache Suche in PubMed ........................................................................................................ 11

4.1.1. Automatic Term Mapping ..................................................................................................... 11

4.2. Ansichten und Funktionen ........................................................................................................ 14

4.3. Limitieren eines Suchergebnisses.............................................................................................. 15

4.4. Speichern einer Suche in MyNCBI ............................................................................................. 16

4.5. Teilen eines Suchergebnisses .................................................................................................... 17

4.6. Speichern für ein Literaturverwaltungsprogramm ................................................................... 20

4.7. Volltexte über PubMed lesen .................................................................................................... 20

4.8. Search Tags ................................................................................................................................ 22

5. Advanced Search ........................................................................................................................... 23

5.1. Allgemeines zur Advanced Search ............................................................................................. 23

5.2. Suchen in der Advanced Search ................................................................................................ 23

5.3. Weitere Funktionen der Advanced Search................................................................................ 26

6. MeSH Database ............................................................................................................................. 27

6.1. Allgemeines zu MeSH ................................................................................................................ 27

6.2. Recherche in der MeSH Database ............................................................................................. 30

7. Weitere nützliche PubMed Tools .................................................................................................. 32

7.1. Single Citation Matcher ............................................................................................................. 32

7.2. Clinical Queries .......................................................................................................................... 33

8. Tipps bei zu vielen Treffern ........................................................................................................... 34

9. Tipps bei zu wenigen Treffern ....................................................................................................... 34

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1. Was ist PubMed

PubMed (Public Medline) ist der direkte und kostenfreie Zugang zur NLM Medline-

Datenbank. PubMed enthält Nachweise, die auch noch keinen MeSH haben

(in process citation), OldMedline-Daten (auch ohne MeSH) und außerdem noch

Nachweise von nicht in Medline indexierten Journalen, die außerhalb des

Anwendungsbereiches der Medline Themen liegen. Dies sind vor allem allgemeine

Wissenschaft und allgemeine Chemie. Auch sind Nachweise aus PubMed Central,

BioMedCentral und anderen Open Access Anbietern wie z.B. German Medical

Science (in PubMed Central indexiert) in PubMed indexiert, aber oftmals nicht in

Medline.

Auch kann in PubMed mit Hilfe der MeSH (Medical Subject Headings) recherchiert

werden. Sobald ein Zitat durch die NLM in Medline mittles MeSH indexiert wurde, ist

es auch über den zugewiesenen MeSH auffindbar. In der Regel werden etwa

mehrere MeSH pro Artikel vergeben. Die Zuordnung der MeSH erfolgt nicht

automatisch, sondern durch Fachpersonal. Deswegen gibt es eine zeitliche

Verzögerung zwischen Veröffentlichung eines Artikels und dem vollständigen

Nachweis mit MeSH in Medline. In PubMed werden solche Nachweise als

„In-Process Citation“ gekennzeichnet.

Nicht alle Nachweise in PubMed stammen aus Medline. Einige werden von den

Verlagen selbst erstellt und sind vorerst als „as supplied by publisher“

gekennzeichnet. Diese Nachweise erhalten aber im Laufe der Zeit den Status „in

process citation“ und werden am Ende, nach Überprüfung und Bearbeitung durch

Medline Fachpersonal den Status „indexed in Medline“ erhalten.

Alle anderen Nachweise werden als „Pubmed“ gekennzeichnet und sind vor allem

Nachweise aus Open Access Journalen, die noch nicht in Medline indexiert sind.

as supplied by

publisherin process citation indexed in Medline

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2. MyNCBI

2.1. Was ist MyNCBI

Mit MyNCBI ist es möglich einzelne Nachweise oder eine gesamte Suche über einen

längeren Zeitraum zu speichern. Auch ist es möglich, dass man sich für eine

durchgeführte Recherche Alerts (per E-Mail) anlegt, um über aktuelle Artikel

informiert zu werden.

Auch ist es möglich, dass man eigene Filter für die PubMed Suchoberfläche anlegt

und kann einen Zugriff auf seine Suchergebnisse für KollegInnen ermöglichen.

2.2. Anlegen eines MyNCBI Accounts

Sollte es nicht möglich sein einen MYNCBI Account über den PubMed Link der

Homepage der Bibliothek der MUG anzulegen, gehen Sie bitte über folgenden Link

zu Pubmed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/) und legen dort einen MyNCBI

Account an. Es sei aber darauf hingewiesen, dass der Ovid LinkSolver mit den Links

zu den lizenzierten Volltexten nur dann funktioniert, wenn man PubMed über den

Link auf der Homepage der Bibliothek der MUG ansteuert.

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Für Alerts ist es notwendig seine Email Adresse anzugeben.

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Für individuelle Filter in PubMed

Die gewünschten Filter nacheinander auswählen.

Zurück zum MyNCBI Menu

Zusätzliche Einstellungen wie LinkSolver etc.

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Seine Institution suchen, auswählen und speichern

Zurück zum MyNCBI Menu

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3. Spezifizierung und Verknüpfung von Recherchen

3.1. Suchregeln in PubMed

Während einer Recherche ist es oft notwendig, seine Suchbegriffe miteinander zu

verknüpfen oder weiter zu spezifizieren. Um den Nutzer bei dieser Aufgabe zu

unterstützen, gibt es in Katalogen, Datenbanken und den Suchdiensten im Internet

Suchregeln. Einige Suchregeln sind von Suchoberfläche zu Suchoberfläche

verschieden. Ein Beispiel dafür sind Trunkierungen (Platzhalter) und Wild Cards.

Diese Suchregeln werden dazu verwendet, um Wörter automatisch zu

vervollständigen oder verschiedene Schreibweisen mit nur einer einzelnen Suche

abzudecken. In PubMed ist die Trunkierung * üblich.

Beispiel: die Suche mit nurs * ergibt nurse, nurses, nursing usw.

Zu beachten ist dabei, dass PubMed nur die ersten 600 Variationen hinter dem *

berücksichtigt. Das kann dazu führen, dass eine Recherche mit Trunkierung zu

weniger Treffer führen kann, als eine Recherche ohne *. Als Beispiel sei hier der

Suchbegriff therap* genannt. Bei solch einer durchgeführten Suche, wird wie

beschrieben nach der 600sten Variation die Suche abgebrochen. Das Problem

hierbei ist aber, dass eben auf Grund dessen das Wort therapy nicht in die Suche

mit eingeschlossen wurde. Es kann daraus aber nicht geschlossen werden, dass

dies bei allen Suchbegriffen so geschieht und mit einem Suchbegriff alleine alle

Nachweise erfasst würden. Die größte Anzahl an Nachweisen würde man bei diesem

Beispiel mit der Kombination beider Suchbegriffe therap* OR therapy finden.

Eine weitere Möglichkeit eine Suche zu spezifizieren, ist die Phrasensuche. Setzt

man mehrere oder einen kompletten Satz unter Anführungszeichen („text“ ), dann

wird eine Suche nach der genauen Wortfolge durchgeführt. Deswegen dürfen in

einer Phrasensuche keine Trunkierungen, Wild Cards oder Boolesche Operatoren

verwendet werden. Diese Suchvariante funktioniert in PubMed nur, wenn maximal

zwei Wörter als Phrase definiert sind. Bei mehr als zwei Wörtern wird der

Phrasenindex durchsucht und wenn dort keine Übereinstimmung gefunden wird,

dann wird die Phrase aufgeteilt und PubMed führt eine Suche nach den Regeln des

Automatic Term Mapping durch.

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Umlaute wie ä, ö, ü können von PubMed interpretiert werden und werden

automatisch durch a, o, u ersetzt.

3.2. Boolesche Operatoren

Am bekanntesten sind die Booleschen Operatoren AND, OR, NOT. Mit Hilfe dieser

Operatoren kann man Recherchen eingrenzen oder ausweiten. In PubMed wird der

Operator AND automatisch zwischen zwei Suchbegriffen gesetzt.

AND

Mit der Verknüpfung AND kann eine Querschnittsumme zweier Begriffe

(A, B) erreicht werden. Damit können nur Nachweise gefunden werden, die sowohl

A als auch B beinhalten.

Beispiel: cancer AND breast

OR

Mit der Verknüpfung OR kann ein Suchergebnis vergrößert werden, da sowohl

Nachweise gefunden werden, die die Begriffe A oder B oder beide beinhalten.

Beispiel: cancer OR neoplasm OR tumor

A AND

B A B

A OR B

A B

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NOT

Mit NOT kann man einzelne Begriffe von einer Suche ausschließen.

Es werden damit aber Nachweise nicht angezeigt, die auch den Suchbegriff A

enthalten können („A AND B“ wird nicht angezeigt).

Beispiel: cancer NOT therapy

Kombination

Man kann auch mehrere Operatoren selbst miteinander kombinieren.

Katalogen und Datenbanken haben dafür eigene Verknüpfungsfunktionen, mit

welchen man schnell und einfach eine solche Operation durchführen kann.

Beispiel: (Prophylaxe OR Therapie) AND Dekubitus

Mit dieser Recherche bekomme ich alle Nachweise, in denen mindestens einer der

beiden Begriffe „Prophylaxe“ oder „Therapie“ und in jedem Fall der Begriff

„Dekubitus“ enthalten ist.

A NOT B

A B

Prophylaxe Therapie

Dekubitus

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4. Recherche in PubMed

4.1. Einfache Suche in PubMed

4.1.1. Automatic Term Mapping

PubMed führt in der Freitextsuche eine Analyse des Suchbegriffes im Hintergrund

durch. In dieser Analyse überprüft PubMed auch die existierenden MeSH-Terms

(Schlagwörter) auf ihre Relevanz für die Suche und bezieht diese bei

Übereinstimmung automatisch mit in die Suche ein. Dieses „Automatic Term

Mapping“ verläuft nach vorgegebenen Regeln und muss nicht immer zuverlässig

sein. Deswegen sollten unter dem Menüpunkt „Search Detail“ immer die

Suchbegriffe, die PubMed automatisch verwendet, angesehen werden.

Eingabe der Suchbegriffe in das Suchfeld. PubMed erkennt in der Regel von selbst, ob es sich um einen Autor, Titel, etc. handelt. Ansonsten gelten die Operatoren welche beschrieben wurden.

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Bei der Verwendung von mehreren Suchbegriffen und/oder Suchoperatoren gibt es

beim Automatic Term Mapping folgende Regeln zu beachten.

Sobald zwei oder mehr Suchbegriffe in das Suchfeld eingegeben werden, sucht

PubMed zuerst die gesamte Phrase im Schlagwortindex, Autorenindex, Journalindex

usw. durch. Findet PubMed eine Übereinstimmung zum Beispiel im Schlagwortindex,

wird auf eine weitere Suche in anderen Indices verzichtet. Erst wenn in keinem Index

eine Übereinstimmung gefunden wurde, wird die Phrase zerlegt und der Vorgang

beginnt neuerlich.

Parallel dazu wird immer eine Suche nach den einzelnen eingeben Suchbegriffen

durchgeführt und zwar in allen Feldern (Titel, Autorennamen, Abstract, Institutionen,

Journalname, Schlagörter usw.).

Danach wird die Summe beider Suchen zusammengefasst und als Ergebnis in

PubMed angezeigt.

Bei dieser Suche nach „decubitus“ hat PubMed automatisch den MeSH „pressure ulcer“ in die Suche mit eingeschlossen, als auch „pressure ulcer“ im Titel und im Abstract gesucht.

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Dieses Automatic Term Mapping kann aber nur funktionieren, wenn keine

Operatoren oder Trunkierungen in der Suche verwendet werden. Jeder Boolesche

Operator oder das setzen eines * zerlegt die Phrase und die Suche vollzieht sich

nach anderen Parametern.

Als Beispiel sei hier die einfache Suche nach temporomandibular disorder

dargestellt.

Erste Suche nach: temporomandibular disorder

Ergebnis: +14.000 Treffer

Search Details: "temporomandibular joint disorders"[MeSH Terms] OR

("temporomandibular"[All Fields] AND "joint"[All Fields] AND "disorders"[All Fields])

OR "temporomandibular joint disorders"[All Fields] OR ("temporomandibular"[All

Fields] AND "disorder"[All Fields]) OR "temporomandibular disorder"[All Fields]

Es wird in den Search Details ersichtlich, dass PubMed nicht nur die beiden

Suchbegriffe alleine durchsucht hat, sondern auch temporomandibular joint

disorders"[MeSH Terms=Schlagwort] in die Suche eingeschlossen hat. Zusätzlich

wurden alle Suchbegriffe plus die neuen Begriffe (joint und disorders) einer

Textwortsuche unterzogen.

Zweite Suche nach: temporomandibular AND disorder

Ergebnis: +3200 Treffer

Search Details: temporomandibular[All Fields] AND ("disease"[MeSH Terms] OR

"disease"[All Fields] OR "disorder"[All Fields])

Zum Unterschied zur ersten Suche wird keine Suche mehr nach temporomandibular

joint disorders durchgefüht, weil der Operator AND eingefügt wurde und die Phrase

temporomandibular disorder unterbrochen wurde. Stattdessen wird mit jedem

Suchbegriff einzeln ein Automatic Term Mapping durchgeführt. Aus diesem Grund

wird für disorder das Schlagwort disease gefunden und der Suche hinzugefügt, als

Schlagwort (MeSH) als auch als Texwort (All Fields) und erhalte dadurch ein anderes

Ergebnis.

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Dritte Suche nach: temporomandibular* disorder*

Ergebnis: +11.000 Treffer

Search Details: temporomandibular[All Fields] OR temporomandibular/cervical[All

Fields] OR temporomandibular/facial[All Fields] OR temporomandibulara[All Fields]

OR temporomandibularana[All Fields] OR usw…

Es wird für beide Suchbegriffe jede Wortvariation hinter dem Sternchen durchsucht

und im Ergebnis angezeigt. Es wird aber kein Automatic Term Mapping mehr

durchgeführt, weil mit dem Sternchen diese Funktion für diese Wörter deaktiviert

wurde.

4.2. Ansichten und Funktionen

Das Gesamtergebnis, oder durch anklicken der Kästchen vor dem Zitat, das Suchergebnis speichern oder per Email versenden.

Filterleiste in PubMed

Mit „Display Settings“ Anzeigeformat für die gesamte oder eine ausgewählte Suche ändern, z.B. dass das Ergebnis auch etwaige Abstracts mit anzeigen soll.

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4.3. Limitieren eines Suchergebnisses

In PubMed kann eine Recherchen nach einer Suche über Limits weiter eingrenzt

werden. Dafür müssen im Suchfeld der Suchbegriff oder die Suchbegriffe die man

kombiniert hat stehen, da ansonsten nichts limitiert wird.

Wichtig ist, dass innerhalb eines Filters immer mit OR verknüpft wird und zwischen

zwei Filtern immer mit AND. D.h. zwischen Article Type und Species z.B. wird immer

mit AND verknüpft. Wird eine alternative Verknüpfung gewünscht kann dies nur über

zwei eigenständige Suchen und Verknüpfung beider Suchen geschehen. Auch wäre

eine nachträgliche Änderung über die Funktion der Search Details möglich.

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4.4. Speichern einer Suche in MyNCBI

Im Ergebnis sind die gesetzten Limits ersichtlich. Und solange die Limits nicht gelöscht oder verändert werden, sind bei jeder neuen Suche die vorher gesetzten Limits wieder in Verwendung.

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4.5. Teilen eines Suchergebnisses

Für einen Email Alert muss eine Email Adresse eingeben sein und man kann dann einstellen wie häufig man benachrichtigt werden möchte. Es werden nur die neuesten Nachweise geschickt.

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Diese URL kann per Email an jeden verschickt werden, um damit direkt auf die freigegebene Collection zugreifen zu können.

Neue Collection erstellen oder eine existierende Collection auswählen.

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Diese Collection ist freigegeben

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4.6. Speichern für ein Literaturverwaltungsprogramm

4.7. Volltexte über PubMed lesen

Wenn PubMed über die Homepage der Bibliothek der MUG angesteuert wird, ist es

möglich nach Anmeldung mit seinem Medonline-Account, lizenzierte Volltexte der

MUG zu lesen.

Dafür muss immer das Gesamtergebnis oder der einzelne Treffer in der

Abstract-Ansicht angezeigt werden.

Kann damit alle oder ausgewählte Zitate mit dem Abstract (wenn vorhanden) anzeigen.

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Wenn es für den Artikel einen Volltext gibt:

Wenn es für den Artikel keinen Volltext gibt:

Ovid LinkSolver – Link zum Angebot der Bibliothek. Kann darüber auch den Artikel direkt beim Literaturservice bestellen. Der Volltext sollte über den Ovid LinkSolver abgerufen werden, da man dort sicher zum Volltext kommt, wenn er lizenziert wurde.

Link zum Volltext des Verlages, wenn es dafür eine Lizenz gibt.

Volltext

Library Holdings Kann sehen ob sich die Zeitschrift, in der sich der Artikel befindet, im Bestand der Bibliothek ist, oder ob es dafür über die Elektronische Zeitschriftenbibliothek einen Zugang gibt.

Den Artikel beim Literaturservice kostenpflichtig bestellen, wenn kein Volltext vorhanden ist.

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4.8. Search Tags

In PubMed gibt es Search Tags mit denen es möglich ist, PubMed bereits im

Suchfeld anzuzeigen, auf welche Bereiche sich die Suche (nur Titel, nur Autor usw.)

beschränken soll. Solche Search Tags werden den Suchbegriffen immer in […]

angefügt. Es gibt eine Fülle von Tags, hier seien nur die wichtigsten genannt:

[1AU] – Suche nach dem ersten Autor

[AU] – Suche nach dem Autor

[Journal] – Suche nach Titel des Journals

[LASTAU] – Suche nach dem Letztautor

[NM] – Suche nach einer Substanz die im Artikel diskutiert wird

[TI] – Suche nach Titelwort

[TIAB] – Suche nach dem Suchbegriff nur im Titel und im Abstract

[TT] – Suche nach dem Titelwort im Originaltitel

der Originaltitel eines z.B. deutschsprachigen Artikels ist in PubMed im

Hintergrund hinterlegt, aber im Zitat selbst nicht ersichtlich. Nur über diesen

Tag ist es möglich z.B. mit deutschen Suchbegriffen in PubMed zu

recherchieren. Aber im Ergebnis sind selbstverständlich nur deutschsprachige

Artikel nachgewiesen, aber in PubMed immer mit dem übersetzten Titel und

Abstract in Englisch.

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5. Advanced Search

5.1. Allgemeines zur Advanced Search

Mit der Advanced Search ist es möglich über die Search History seine Suchen

miteinander zu kombinieren und zuvor gesuchte Recherchen später noch in MyNCBI

abzuspeichern. Auch ist es sinnvoll komplizierte Suchstrategien in der Advanced

Search durchzuführen.

5.2. Suchen in der Advanced Search

Für folgende Fragestellung sollen mittels der Advanced Search in PubMed

Nachweise gefunden werden:

How does enbrel compare with remicade in the treatm ent of rheumatoid

arthtritis in children?

Es empfiehlt sich immer komplexe Fragestellungen zu zerlegen. Für jeden

Suchbegriff sollten Synonyme gesucht werden, welche in die Recherche mit

einfließen sollten. Dies hat den Grund, dass für ein und dieselbe Sache oftmals

verschiedene Begriffe verwendet werden und im Titel und im Abstract eines Artikel

auch immer nur einer Verwendung finden wird. Um nun alle verschiedenen Begriffe

mittels einer Recherche zu finden, ist es notwendig, möglichst viele Synonyme für

einen Begriff in seine Recherche einzubauen.

Es gibt viele Möglichkeiten und Systeme Suchbegriffe zu zerlegen. Dies hängt auch

immer von der Fragestellung ab.

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Für dieses Beispiel wird die Fragestellung nach dem PICO System zerlegt.

PICO steht für:

P – PATIENT or POPULATION

beschreibt die wichtigsten Charakteristika des Patienten, der Gruppe

I – INTERVENTION; PROGNOSTIC FACTOR; EXPOSURE

beschreibt die Intervention (Medikamente, Diagnose, Therapie, Test…)

C – COMPARISON

beschreibt die Alternative zu I (Placebo, andere Therapie, anderes

Medikament, Gold Standard…)

O – OUTCOME

beschreibt das Ergebnis, oder was mit dieser Behandlung bezweckt werden

soll (geringere Sterblichkeit usw.)

Es müssen nicht zwangsläufig alle vier Punkte ausgefüllt sein. Es kann auch möglich

sein, dass nur zwei oder drei Kategorien notwendig sind. Dies hängt auch stark von

der Fragestellung ab. Auch kann es sein, dass zwar alle vier Kategorien ausgefüllt

sind, aber auf Grund einer zu geringen Trefferanzahl, eine/zwei Kategorien zu viel

sind.

Für die anfangs genannte Fragestellung kann folgende Unterteilung gemacht werden

(diese Aufteilung hat keinen Anspruch auf Vollständigkeit):

P – juvenile rheumatoid arthritis OR juvenile idiop athic arthritis

OR pediatric rheumatology OR juvenile-Onset Still* Disease

OR Juvenile Chronic Arthritis

I – enbrel OR TNTR-Fc OR etanercept

C – remicade OR infliximab OR MAb cA2

O – treatment* OR therapy OR therap*

Wichtig ist, dass innerhalb einer Kategorie in der Regel der Operator OR verwendet

wird, um die Gesamtheit aller Begriffe zu erhalten. Zwischen den Kategorien wird in

der Regel mit AND verbunden. Dies sind aber keine Gesetzmäßigkeiten und die

richtigen Operatoren sind immer verknüpft mit der Fragestellung an sich.

AND

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Der nächste Schritt ist mit allen Suchbegriffen einer Kategorie eine Recherche

durchführen und dann die einzelnen Recherchen miteinander kombinieren.

Diesen Vorgang nun für jede Kategorie wiederholen. Danach sollten in der Search

History alle vier Suchen enthalten sein.

Jetzt müssen alle vier Suchen mit AND verknüpft werden. Dafür die „Add“-Funktion in

der History verwenden. Damit werden automatisch die Suchen in das Suchfeld

gesendet und der Operator AND ausgewählt.

Mit „Add to history“ bleibt man in der Advanced Search und kommt nicht direkt zum Ergebnis. Dies ist dann zu empfehlen, wenn mehrere Suchen miteinander kombiniert werden sollen.

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5.3. Weitere Funktionen der Advanced Search

Wenn mit der linken Maustaste auf die Nummer der Suche geklickt wird, dann ist es

über das Kontextmenu auch möglich Suchen miteinander zu verknüpfen, indem die

Suche mit dem gewünschten Operator in das Suchfeld geschickt wird. Auch ist es

möglich eine Suche direkt zu löschen oder sich das Suchergebnis anzeigen zu

lassen. Und des Weiteren ist es möglich sich für die Suche die Search Details

anzeigen zu lassen oder die Suche in MyNCBI zu speichern und sich dafür einen

Alert per E-Mail zu setzen.

Um sich das Ergebnis einer Suche anzeigen zu lassen, braucht man nur in der

Spalte „Items Found“ auf die Zahl der Treffer klicken.

Die Suchen in der History bleiben bis zu 8 Stunden auf dem PC gespeichert, auf dem

sie gemacht wurden. Danach werden diese automatisch gelöscht.

Suchen die im MyNCBI Konto gespeichert werden, bleiben für immer erhalten.

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6. MeSH Database

6.1. Allgemeines zu MeSH

Der in Medline integrierte Thesaurus soll die Recherche nach spezifischen

medizinischen Themen erleichtern. Dadurch, dass die Schlagwörter hierarchisch

miteinander verbunden sind und nicht nur alphabetisch, kann eine Recherche

präziser und vollständiger durchgeführt werden. MeSH/Medical Subject Headings

sind Oberbegriffe und haben oft Subheadings, welche wiederum eine Spezifizierung

der Suche erlauben. Subheadings sind Ergänzungen der MeSH, welche das Umfeld

beschreiben, in dem die betreffende Forschungsarbeit stattgefunden hat.

Zurzeit gibt es über 26.000 MeSH und nicht alle sind zur selben Zeit entstanden.

Dadurch können veraltete Begriffe vorkommen. Auch kann es vorkommen, dass für

sehr aktuelle Forschungsfelder noch keine MeSH vergeben worden sind.

In solchen Fällen ist es vorteilhaft, wenn man eine Schlagwortsuche und eine

Freitextsuche miteinander kombiniert. Nur Medline-Datensätze enthalten MeSH .

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Beispiel zu einem MeSH:

Der Begriff „Ernährungswissenschaft“ hat den MeSH „Nutritional Sciences“.

„Nutritional Sciences“ ist der übergeordnete MeSH für weitere MeSH wie „Animal

Nutrition Sciences“, „Child Nutrition Sciences“ und „Dietetics“. Andererseits ist es ein

untergeordneter MeSH des MeSH „Health Occupations“. Und daneben gibt es

Subheadings für „Nutritional Sciences“.

Subheadings

MeSH-Tree mit allen übergeordneten und untergeordneten MeSH.

MeSH

Kann mit „Restrict Search to Major Topics headings only ” die Suche auf “nutritional science” als Hauptthema beschränken.

Mit „Do not include…” kann man mögliche untergeordnete MeSH von der Suche ausschließen.

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Jetzt könnte man alle untergeordneten MeSH in die Suche miteinschließen oder

auch ausschließen, je nachdem wie spezifisch die Recherche sein soll. Zusätzlich

können noch einzelne oder alle Subheadings ausgewählt werden, um so die

Recherche noch genauer zu spezifizieren. Man kann damit die Recherche auf alle

Bereiche der „Nutritional Science“ ausweiten, oder auf einen ganz spezifischen

Bereich wie „Nutritional Sciences und Ethics“ eingrenzen. Weiteres könnte der MeSH

als „Major-Topic-Term“ für die Recherche definiert werden und somit nur noch

Nachweise von Artikeln erhalten, in welchen der MeSH „Nutritional Sciences“ als

Haupt-MeSH vergeben wurde. Diese wenigen „Major-Topic-Terms“ sind im

Suchergebnis mit einem „*“ gekennzeichnet. Mit solch einer Suche können all jene

Artikel aussortiert werden, die zwar „Nutritional Sciences“ als MeSH haben, aber

eben nur als nachgereihten MeSH. Dies führt zu einer Spezifizierung und daher zu

einer Verringerung der Trefferzahl.

MeSH mit * sind Major-Topic für diesen Artikel.

In der Abstract-Ansicht werden vorhandene MeSH-Terms nur angezeigt, wenn der Datensatz in Medline indexiert wurde.

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6.2. Recherche in der MeSH Database

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Jede MeSH-Suche ist auch in der Search History in PubMed nachgewiesen und

kann ebenfalls gespeichert, verknüpft mit anderen MeSH-Suchen werden aber auch

mit einer normalen PubMed-Suche kombiniet werden oder wieder gelöscht werden.

Subheadings auswählen.

In den Search Builder verschieben und Operator auswählen und Search PubMed klicken.

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7. Weitere nützliche PubMed Tools

7.1. Single Citation Matcher

Sollte man über ein unvollständiges Zitat verfügen, dann ist in PubMed der Single

Citation Matcher zu empfehlen. Es werden sogar Resultate damit erzielen, wenn z.B.

nur der Name des Autors und die Seitenanfangszahl des Artikels bekannt sind. Aber

am effizientesten ist es, wenn so viel Information wie möglich verwendet wird.

Als Suchbeispiel dient folgender Artikel:

Storb, Rainer, u.a. Allogenic hematopoietic cell transplantation: from experimental

biology to clinical care. In: Journal of Cancer Research and Clinical Oncology,

131/2005, 1-13.

Eingabe vorhandener Information. Je mehr Information vorhanden, desto eher erhält man den gesuchten Artikel

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7.2. Clinical Queries

Mit Clinical Queries kann man Suchen zu speziellen klinischen Fragestellungen

durchführen. Im Grunde sind es von Fachleuten entwickelte Limits, die man mit

einem Thema kombinieren kann und dann ein sehr spezifisches Ergebnis bekommt.

Es gibt zu den Kategorien: therapy, diagnosis, prognosis, clinical prediction guides, etiology Suchstrategien, die man mit seiner eigenen Fragestellung kombinieren kann. broad, sensitive search : breit angelegte Suche narrow, specific search : sehr enge Suche

Dieser Filter dient dazu, systematische Reviews zu einem Thema zu finden.

Mit diesem Filter ist es möglich, Zitate und Abstracts zu Themen der medizinischen Genetik zu erhalten.

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8. Tipps bei zu vielen Treffern

Um weniger Treffer zu erhalten empfiehlt es sich immer Limitierungen über die Limits

zu setzen. Sind danach immer noch zu viele Treffer vorhanden wäre es möglich

weitere Einschränkungsmöglichkeiten zu nutzen, immer mit dem Risiko einige

relevanten Treffer nicht zu finden, dafür viele irrelevanten Treffer auszuschließen

(hohe Precision)

• Spezifischere MeSH Begriffe verwenden anstatt der breiten Ober-

Unterbegriffe

• Passende Subheadings auswählen

• MeSH Begriffe auf das Hauptthema (Major Topic) beschränken

• Unterbegriffe von der Suche ausschließen („do not include…“)

• Einschränken auf „human“ (über Limits)

• Weitere Limits setzen (Type of Article, Subsets usw.)

9. Tipps bei zu wenigen Treffern

Bei zu wenigen Treffern ist es immer möglich die Suche auszuweiten, aber es ist

immer das Risiko dabei zu beachten, dass es einen höheren Anteil an irrelevanten

Treffern geben kann (hoher Recall)

• MeSH Begriffe nicht als Hauptthema (Major Topic) definieren

• Ähnliche MeSH Begriffe in die Suche einschließen

• Subheadings weglassen

• In der Freitextsuche Synonyme verwenden