Histologische und molekulareDiagnostik der Tumoren, personalisierte Therapie

Semmelweis Universitat,II. Institut für Pathologie

LABORATORIUM für MOLEKULARE PATHOLOGIE

Prof. Dr. András Kiss

Med. habil. Ph.D., D.Sc.

27. September 2018

Makroskopische Pathologie

Rokitansky- WIEN1840Pathologische Anatomie

Lobarpneumonie

Morgagni,1761 Virchow,1858 Watson Creek, 1953

GI betegségek „Zellularpathologie” DNS szerkezete

Histopathologie

1590- Lichtmikroskop (Loewenhook)

1810 Laennec: Leberzirrhose, TBC

1858: Virchow Zellularpathologie

XX. Jahrhundert

Makroskopie

Zytologie

Histologie

Zytochemie

Immunozytochemie

Elektronmikroskopie

Molekulare Biologie Molekulargenetik XXI. Jh.

Query: 266 tgcaactcatcacgcagctcatgcccttcggctgcctcctggactatgtccgggaacaca 325|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct: 2603 tgcagctcatcacgcagctcatgcccttcggctgcctcctggactatgtccgggaacaca 2662

Query: 326 aagacaatattggctcccagtacctgctcaactggtgtgtgcagatcgcaaagggcatga 385

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Sbjct: 2663 aagacaatattggctcccagtacctgctcaactggtgtgtgcagatcgcaaagggcatga 2722

Exon 18-21

NM_005228.3 2312-2793

481bp

FISH

N-MYC

2. Dimensionelle Molekularpathologie . . .

Molekulare Klassifikation der hematologischen Malignitaten

mutation Target therapy

AML FLT3, NPM1, CEPBPA

(ATRA)

CML BCR-ABL Imatinib, dasatinib, nilotinib

CLL CD20 Rituximab etc

B-NHL CD20 „

Myeloma multiplex FGFR3, MMSET, CCND3, MAFKRAS/NRAS/BRAF

„Next Generation Sequencing”„Precision medicine”

Myseq: 1000-USD genome

Judah Folkman: Angiogenese

Der ersteForscher der

hat die Bedeutung der Angiogenese in

malignenTumoren in

1971 beschrieben !

Bevacizumab

(Avastin)

Presta et al. Cancer Res. 1997;57:4593.

Nexavar (Sorafenib)

Multi-kinase inhibitor

Bürckstümmer et al,

FEBS Letter, 580:575-580, 2006

Raf-1 kinase associates with hepatitis C

virus NS5A and regulates viral replication

Raf-1

VEGFR-2

VEGFR-3

PDGFR-B

Gezielte Therapie

Anti EGFR (ERBB1) Antikörper: Cetuximab (ERBITUX), Panitumumab (VECTIBIX)

Anti ERBB2 (HER2) (EGFR-2) Antikörper: trastuzumab (HERCEPTIN)

EGFR kinase Inhibitor : gefitinib (IRESSA) erlotinib (TARCEVA)

Anti VEGF Antikörper : bevazicumab (AVASTIN)VEGF

EGFR

Adhesion - EMT

NIH3T3

stark, stabil:

E-cadherin

basiert

Locker,

vorübergehend

N-cadherin

basiert

MDCK

Tcf/Lef

PE-Cadherin

b-catenin p120

P

Wnt

Dsh

Frz II

Extracellular

Space

actin

filaments

a-catenin

Ca 2+

Gsk3b

APC

Axin

• Adhesive Funktion : „ molekulares Klebstoff „

Cadherine: grundsatzliche Regulatoren der Morphologie

Cadherine

Actin Cytoskeleton

a-catenin

Rho-GTPases

Arp2/3

Proliferation

CDKI: p27/p21

WntMotilitás

Rho-GTP-ase

Passive Hemmung

Aktiver Promoter

Adhesion

AJ’s

Typ der Cadherin

Stabiliziert die Junktion

Rezeptor

Signaling

EGF

FGF

PDGF

Transkriptionale/

nukleare Rolle

b-catenin/Wnt

P120/kaiso

in der Nukleus

Hohes Malignitatsrisiko Gene

Brustkrebs

• BRCA1/BRCA2 (HBOC)

GI Trakt

• CDH1 (Hereditar Diffuses

Magenkarzinom)

• PTEN (Cowden Sy. )

• STK11 (Peutz-Jeghers Sy.)

• TP53 (Li-Fraumeni Sy.)

Kolonkarzinom

• APC (Familiares

Adenomatöses Polyposis)

• BMPR1A/SMAD4

(Juveniles Polyposis)

• MLH1/MSH2/MSH6/PMS2/

EPCAM (Lynch Syndrom)

• MYH (MYH-Assoziiertes

Polyposis)

16 asymptomatische Patiente: 13 einverstanden in totale Gastrektomie

Preoperative Diagnostik: PET scan 13/13 negativ2 Patiente multiplex Magenbioptaten: in 1 Fokus diffuses / Siegelringzelliges Krz.

Gastrektomie: pathologische Aufarbeitung: 12/13 invasci diffuses Sigelringkarzinom1 Patient war tumorfrei.

EGFTGF-a

Amphiregulinb-cellulinHB-EGF

Epiregulin Heregulins

HB-EGFHeregulinsb-cellulin

Tyrosine Kinase

Domain

ErbB-1

HER1

EGFR

ErbB-2

HER2 neu

ErbB-3

HER3

ErbB-4

HER4

Extracellular

Intracellular

No KnownLigands

ErbB Family and Ligands

HER Gen Familie

HER1 / EGFR(1): Ligande sind bekannt (TGFa, EGF ) + Kinase Aktivitat

HER2 / EGFR2: kein Ligand, Kinase Aktivitat

HER3 / EGFR3: Ligande: TGFa, EGF etc., keine Kinase Aktivitat

HER4 / EGFR4: Ligande sind bekannt + Kinase Aktivitat

Merkmale: viele Kooperatione

EGFR(1)

AKT

HER2 Tumorgenetik

HER2 mutation amplification

Brust cc. :DIC EC-delp95 +

Magencc. +

Ovarium cc. +

Endometrium cc. +

Brustkrebs

Histologische Klassifikationdes Brustkarzinoms

Invasiv duktales Karzinom IDC (75%)

Invasiv D/L Karzinom (7%)

Invasiv lobulares Karzinom (8%)

Kolloid Karzinom (2.4%)

Medullares Karzinom (1.2%)

Inflammatorisches Karzinom (1.5%)

Tubulares Karzinom (1.5%)

Papillares Karzinom (1%)

HER2 in Brustkrebs

3+ CB11…Immunhistochemie

Amp HER2/CEP17: FISH

MOLEKULARE PATHOLOGIE

HER-2 – Brustkrebs

normal

HER2 Amplifiziert

Disease-Free SurvivalRomond H et al. Trastuzumab plus Adjuvant Chemotherapy for Operable

HER2-Positive Breast Cancer NEJM 2005; 353:1673-1684

87%85%

67%

75%

NEvents

ACT 1679 261ACTH 1672 134

%

HR=0.48,

2P=3x10-12

ACTH

ACT

Years From RandomizationB31/N9831

Zieltherapie in Brustkrebs

ER HER2 Therapie

Luminal-A - - Chemoth

Luminal-B + - Anti-oestrogen

Her2 +/- +++ Anti-HER2

Basal-like - - ?

EGFR2/HER2 Signaltransduktion

Anti-HER2 AK

Magenkrebs

Carl-McGrath et al: Gastric adenocarcinoma: epidemiology, pathology and pathogenesis (Cancer Therapy Vol 5, 877-894, 2007 )

Intestinaler Typ (Darml) TypMagen Adenokarzinom

Diffus Typ (Siegelringzellkarzinom)

PAS

SP3: 3+

H.T.: 3+4B5: 3+

FISH: Ampl.

SP3: 3+SP3: 3+

H.T.: 2+ !4B5: 3+ H.T.: 2+ !4B5: 3+

FISH: Ampl.

Lungenkrebs

LUNGenkrebs

Histologische Klassifikation des Lungenkrebs

1. táblázat. A tüdőrákok WHO felosztása

1. Elszarusodó laphámrák

Variánsok

Papilláris

Világos sejtes

Kissejtes

Bazaloid

2. Kissejtes rák

Egyszerű

Kevert

3. Adenocarcinoma

Acináris forma

Papilláris forma

Bronchioalveolaris forma

Nem-mucinózus (Clara/II típusú pneumocita) altípus

Mucinózus altípus

Kevert mucinózus és nem-mucinózus variáns

Szolid adenocarcinoma mucinnal

4. Kevert adenocarcinoma

Jól differenciált fetalis adenocarcinoma

„Kolloid” adenocarcinoma

Mucinózus cystadenocarcinoma

Pecsétgyűrű-sejtes adenocarcinoma

Világos sejtes adenocarcinoma

5. Nagysejtes carcinoma

Variánsok

Neuroendocrin carcinoma

Kevert neuroendocrin carcinoma

Bazaloid carcinoma

Lymphoepithelioma-szerű carcinoma

Világossejtes carcinoma

Rhabdoid típus

6. Adenosquamozus carcinoma

Pleomorph carcinoma

Orsósejtes carcinoma

Oriássejtes carcinoma

Carcinosarcoma

Tüdő blastoma

Egyéb

6. Carcinoid tumor

Típusos carcinoid

Atípusos carcinoid

7. Nyálmirigy típusú

Mucoepidermoid carcinoma

Adenoid cysticus carcinoma

Egyéb

8. Nem osztályozható rák

Kleinzelliges Karzinom

Nicht Kleinzelliges Krz.

Vor 2000

From 2004

LungenkrebsBronchoskopie: - Bürstenzytologie

- Gewebsbiopsie

3 Probe von einem Tumor ist empfohlen !!!

Chirurgische Resektion: - op. Resekate

Kleinzelliger(SCLC)

Nicht-Kleinzelliger(NSCLC)

PATHOLOGISCHER BEFUND:

Es sollte spezifisch sein, die NOS Kategorie sollte nur in begründeten Fallen

verwendet sein !

?

TUMOR HETEROGENITAT !

BIOPTATEn, UNSICHERHEIT DER ZYTOLOGIE, KLEINE GRŐSSE !

SCHLECHT DIFF. TUMOREN in HŐHEREN % in der fortgeschrittenen FALLEN !

Differenzialdiagnose des Lungenkrebs

Primary lungcancer

Neurogenicmarker+ (TTF1+)

Neurogenicmarker-

Neurogenicmarker-

SCLC/LCNEC NSCLC, NOS

adenocarcinomaPoorly

differenciatedNSCLC

squamous

TTF1+, p63-,CK7+, HMWCK-

P63+, TTF1-,HMWCK+

Rossi et al. Int J Surg Pathol 3:206,2009

Pemetrexed no noAvastin no no

PATHOLOGISCHE DIAGNOSTIK

?

Subtyping of undifferentiated non-small cell carcinomas in bronchial biopsy specimens.

Loo PS, Thomas SC, Nicolson MC, Fyfe MN, Kerr KM.

J Thorac Oncol. 2010 Apr;5(4):442-7.

A reevaluation of the clinical significance of histological subtyping of non--small-cell

lung carcinoma: diagnostic algorithms in the era of personalized treatments.

Rossi G, Pelosi G, Graziano P, Barbareschi M, Papotti M.

Int J Surg Pathol. 2009 Jun;17(3):206-18. Review.

Kleinzelliger(SCLC)

Nicht-Kleinzelliger(NSCLC)

PATHOLOGISCHE DIAGNOSTIK

A reevaluation of clinical significance of histological subtyping ofnon-small cell lung carcinoma: diagnostic algorithms in the era of personalized treatments.

Rossi G, Pelosi G, Graziano P, Barbareschi M, Papotti M.Int J Surg Pathol. 2009 Jun;17(3):206-18. Review

PRIMER Lungenkrebs

Neuro-endokr. Markers -NE Markers +TTF-1 +p63 –HMWCKs (CK 5/6) –CD56 +

SCLC / LCCNEC

NSCLC, n.o.s.

schlecht diff. Karzinom

vorübergehendes Phenotyp

TTF-1 -

P63 -

andere

ADC

TTF-1 +p63 –CK7 +HMWKCKs -

SQC

TTF-1 -p63 +CK7 -/+CK 5/6 +HMWKCKs +S100A7 +

FGFR1

PI3KCA

EGFRvIII

AKT1

ismeretlen

DDR2

SOX2

20

FGFR1: AmplifikationPI3KCA: Amplifikation(Mutation 3%)EGFRvIII: ECD delAKT1: MutationDDR2:MutationSOX2: Amplifikation Gold et al. Clin Canc Res 18:3002,2012

3355

20

4

Plattenepithelkarzinom

Plattenepithel Krz. AdenokarzinomBAC

Sequist L V et al. Ann Oncol 2011;22:2616-2624

© The Author 2011. Published by Oxford University Press on behalf of the European Society for

Medical Oncology. All rights reserved. For permissions, please email:

journals.permissions@oup.com

Adenokarzinom

ALK-mutations in LungeAdenokarzinom

Defekt Folge

ALK Mutation/amp/LOH

Y1604+ALK

ALK EML4-ALK inv(2)(p21p23)

ALK+IHCKonst akt

ALK EML4-ALK CRC,BRC

ALK TGF-ALK 2/3tr ALK+, konst akt

ALK KIF5B-ALK 2/10tr ALK+, konst akt

ALK-Translokation Diagnostik

wtALK Split signal ALK

Zieltherpie in Lunge-Adenokarzinom

Target therapy

K-RAS mutation TKI resistance

EGFR mutation EGFR TK inhibitor (Gefitinib, Tarceva,Afatinib)

ALK translocation ALK inhibitor (Crizotinib)

MYC

CREB

SLIT2

EPHA7

FGFR1

ismeretlen

MLL

MYCL1: Ampl, N-MYC: Amp.FGFR1: Ampl.SLIT2: , MutationEPHA7: MutationCREB: MutationMLL: Mutation

Peifer et al. Nature Genetics 2012 doi10.1038

16

18

1010

6

10

Kleinzelliges Karzinom

Kolorektales Karzinom

Adenoma carcinoma

Dickdarmkarzinom (CRC)

(Avastin)

Sporadisch75%

SelteneSyndrome

<1%

FAP 1%

HNPCC 5%

Familiar19%

Kolorektales Karzinom

Genetische Pathmechanismen inKolorektalem Karzinom

Mikrosatelliten Instabilitat (MSI-H) Deffizienz in DNA mismatch repair (MMR)

HNPCC (MSH2, MLH1, MSH6, PMS2) 15% sporadisch (Hypermethylation des MLH1 Promoters)

Kromosomale Instabilitat (CIN) APC, TP53, KRAS, Loss of Heterozygosity,

aneuploides DNA Inhalt

CpG Island Methylator Phenotyp (CIMP) Methylation der CpG Inseln in Promoter Regionnen

der Tumor-suppressor Gene Sporadische Kolorekt. Karz. mit MSI sind eine

Subpoplation

Vergleich der sporadischen MSI-H Tumoren mit der HNPCC Tumoren

Beide sind ehere MSI-H und an rechtseiting(aufsteigendes/proximales) Kolon lokaliziert

Aber die sporadische MSI-H Tumoren haben: Haufiger in aufsteigendem (links) Kolon

Höhere Mutationsrate des BRAF

Niedrigere Mutationsrate des KRAS

Lieber altersabhangig

Haufiger in Frauen

Stammt von serrated Polypen HNPCC Tumoren stammen from Adenomen

Microsatelliten Instabilität

Normal

Tumour

Normal

Tumour

Tumor MSI Testing

NR21 BAT25 Mono27

Normal Tissue

Tumor Tissue

MSI-H: > 2/5 (30%) consensus MSI sequences

Loss of MLH1 expression is associated with methylation of the MLH1 gene promoter

Single base mismatches and insertion-deletion loops (IDLs) are recognized and repaired through Mammalian Mismatch Repair (MMR)

Insertion-deletion loops tend to occur at repetitive sequences of DNA called microsatellites.Single base mismatches tend to occur at non-repetitive sequences of DNA

Peltomaki P. Deficient DNA mismatch repair: a common etiologic factor for colon cancer. Hum. Mol. Genet., 10: 735-740, 2001.

MLH1 MSH2

Immunohistochemie

EGFR

BRAF

Serine-threonine specific kinase

40% sporadic MSI-H tumours

Not present in HNPCC

Common mutation (90%) is V600E

KRAS

GTPase

90% mutations in codons 12 and 13

30-40% sporadic MSS CRC

40% HNPCC

Regulates growth, differentiation and apoptosis

Kolorektales Karzinom

Microsatellite Instabile (15%) Stabile (85%)

mutation Mlh1/Msh2/MSH6/PMS2 ----------------------

hypermutant „Non-hyper”

Driver mutation TGFBR2

B-RAF

APC, p53, SMAD4

RAS

EGFR Signaltransduktionsweg

K-RASB-RAFPIK3CA

NRAS

34

88

10

Molekulare Klassifikation des Kolonkarzinoms

„wt”

KRASBRAFPI3KCAPTEN

RAS Mutations in kololrektalem Karzinoms inpatienten an Semmelweis Universitat

RAS exon Kodon eset % KRAS/NRAS melanoma

KRASex2 kodon12 128 23.3

kodon13 19 3.5

other 0 0.0

exon2 147 26.8

KRASex3 kodon59 1 0.2 34.6 0

kodon61 14 2.6

other 7 1.3

exon3 22 4.1

KRASex4 kodon117 2 0.4

kodon146 12 2.2

other 6 1.1

exon4 20 3.7

NRASex2 kodon12 10 1.8

kodon13 1 0.2

other 10 1.8

exon2 21 3.8

NRASex3 kodon59 2 0.4 9.6

kodon61 15 2.7

other 2 0.4

exon3 19 3.5

NRASex4 kodon117 2 0.4

kodon146 2 0.4

other 8 1.5

exon4 12 2.3

cases (n) 549 241 43.9

Anti- EGFR Resistenz: k-RAS Mutation -Klonselektion

Misale et al. Nature486:532,2012

Zieltherapie in Kolonkarzinom

Target therapy

RAS , B-RAF wild type Anti-EGFR ab

RAS mutant Target th resistant

B-RAF mutant „

MSI-H 5-FU resistance

Melanoma

Larynxkarzinom

EGFR Expression in Larynx

Plattenepithelkarzinom

(CONFIRM)

EGFR: 3+, 100% EGFR: 3+, 30%

Positive KontrolleCetuximab (Erbitux)

HPV und Larynxkarzinom in Ungarn

Lokalizáció HPV előfordulási

gyakoriság (%)

Méhnyak

Penis

Szájüreg

Gége

Nyelőcső

Cardia

Tüdő

64.5

52.4

48.5

35.7

33.3

37.0

16.0

Szentirmay et al. Canc Met Rev 2005

HNSC prediktive Pathologie

• CPD+5FU indukció======ChRT

• HPV16:titer= ffi / nemdohányzó / fiatal

• HPV16 titer: IC resp /CTR resp / 4 year OS

• Worden et al. JCO 26:3138,2008

• IC /ChRT szervmegtartás és túlélés

• Alacsony EGFR, HPV+/magas p16: RRjó, OS

magas

• Magas EGFR, alacsonyp53/magas BCLxL, nő,

dohányzó: kedvezőtlen terápiás válasz, alacsony

túlélés…..

• Kumar et al. JCO26.3128,2008

Molekulare Klassifikation des Melanoms

Histological

classification

SSM NM LMM AM dpm nem bnm cgnm MuM UM

RGP VGP

Molecular

classification

BRAF (>50%)

NRAS (<20%)

N-RAS (>30%)

BRAF (<50%)

KIT(20%) MITF (20%)

KIT

GRIN2A

(30%)

PTEN (30%)

PI3K

AKT

CDKN2A

(50%)

CDK4

p53 (20%) KIT GNAQ

GNA11

Pathway(s) Growth factor

receptor

Growth factor receptor Growth

factor

receptor

Growth factor

receptor

Ca++ Growth factor

receptor

cyclins apoptosis

DNA repair

Growth

factor

receptor

MC1R

Genomische Landkarte des primeres Melanoms (Haut)

mutations amp LOH rearrangements

BRAF

NRAS (HRAS, KRAS)

KIT

NF1

PREX2

CDKN2A

CDK4

TP53

PTEN

MITF

BRAF

NRAS

KIT

TERT

CCND1

CDK4

MET

PTEN FHIT

PTEN

ETV1

MACROD1

CSMD1

MAGI2

A2BP1

PREX2

TERT

selected rare events (<10%)

ALK

ARID2

STK19

IDH1

RAC1

MAPK2K1

RB1

GRIN2A/NMDAR2

EGFR4

VEGFC

NOTCH2NL

ADAMTS18

WT1

CTNNB1

RB1

PPP6

ALK

Zieltherapie in Melanom

defect therapy

B-RAF mutation mBRAF inhibitors

N-RAS mutation MEK inhibitor

KIT mutation Gleevec

MC1R

GRIN2A KITEGFR MET

MITF

N-RAS

B-RAF

MAPK

PI3KPTEN

AKT

mTOR

GNAQ GNA11

ADC

PKA

Ca++PSD95 nNOS

PLA2-AA

PKC

NR4ADNArepair

SAPKNFkB

MITF

Geanderte, wichtige molekulare Signaltransduktionswege in Melanom

Histologische Klassifikationdes Schilddrüsekarzinoms

Papillares Follikular

Anaplastisches Medullares

*

**

*Pax8/tf

GDNF= glial derived neurotrophic factorNRTN= neurturinPSPN= persephinARTN= artemin

Molekulare Klassifikation der Schilddürsetumoren

pathway Gene defect histology %

Membranereceptor

RET-TK mutation

medullary 50

RET-TK-fusion gene

papillary 15

MAPK signaling

NRAS mutationc61

follicular 40

NRAS mutation-c61

papillary 15

B-RAF mutation

papillary 45

PAX8/PPARgfusion

follicular 30

mitochondrium OXPHOS Hürthle cell 80

Zieltherapie der Schilddrüsetumoren

Vandetanib (RET inhibitor) Medullares Krz.

RET-TK Mutation, RET-PTC Fusion (PapillaresKrz. )

Vemurafenib (mB-RAF Inhibitor) PapillaresKarzinoms

Gastrointestinal Stromales Tumor (GIST)

CD117/KIT

Gleevec

C-KIT mutations in GIST

Exon 11 (juxtamembranous): EC domaindeletion

EC

TK-Domain Zytoplasmisch KIT-IHC

•Exon 9, 13,17 Mutation ist selten (9-EC, 13,17 TK)•Ex 17-mut: GLEEVEC RES

•Klassische Morphologie:::::::::::::::::::::::::::::::::

Cod557,558: schlechte Prognose !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

KEINE GEN-AMPLIFIKATION (kein FISH)

Tabone et al BBA 1741:165,2005

PDGF Rezeptor Mutations inGIST Exon 12 (deletion or missense) EC domain del

Exon 18 (del or missense) GLEEVEC-RES

Exon 14 point mutation EC domain

Kein parallel c-kit Mutation

Morphologie : pleiomorphe, riesenzellig

Lokalisation: Magen (ex14/cod2125) epitheloid

PDGFR: zytoplasmatisch (dot)

Lasota et al. Lab Invest 86:94,2006 Martin et al. JCO 23:6190,2005

Zeiltherapie in GIST

KIT mutant: KIT-TKI Inhibitors: Imatinib

PDGFR Mutation: PDGFR-TKI Inhibitors: Sutent

Liver specimen. Immersed in Formalin. 24 h.

Die Wirkung der

Fixierzeit an die

histologischen

Strukture1 nap

3 nap 10 nap

Die Bedeutung der Fixierung–Helico FISH

überfixiert richtig fixiert

Die Bedeutung der Vorbehandlung –

Mikrowelle Behandlung (HER2 FISH)

„ Gjedrum és mtsai: J. Mol. Diagnostics,

6:42-51, 2004

„ Real-time quantitative PCR of

Microdissected Paraffin-Embedded

Breast Carcinoma „

überverdautunterverdaut

Die Bedeutung der Vorbehandlung –

enzimatische Behandlung (HER2 FISH)

1 Tag

3 Tage 10 Tage

Die Wirkung der

Fixierzeit an die

Qualitat des

isolierten DNS

1 Tag

3 Tage 10 Tage

Die Wirkung der

Fixierzeit an die

Qualitat des

isolierten RNS

MILESTONE TissueSAFE High Vacuum Biospecimens Transfer System ™

Niere bei Ankommen (0. Tag) Niere 3. Tag

Niere 6. Tag Niere 10. Tag

VACUUM FOLIE,

PARAFFIN Einbettung Niere

Niere, 0. Tag,

HE, 400x

Niere, 10. Tag,

HE, 400x

Niere, 6. Tag,

HE, 400x

Niere, 3. Tag,

HE, 400x

VACUUM FOLIE,

PARAFFIN Einbettung Niere

Niere, 0. Tag,

HE, 400x

Niere, 10. Tag,

HE, 400x

Niere, 6. Tag,

HE, 400x

Niere, 3. Tag,

HE, 400x

VACUUM FOLIE,

PARAFFIN Einbettung Niere

Niere, 0. Tag,

HE, 400x

Niere, 10. Tag,

HE, 400x

Niere, 6. Tag,

HE, 400x

Niere, 3. Tag,

HE, 400x

1. Lung cancer target therapy sensitvity EGFR exon 19-21 mutation analysis K-RAS exon 2, codon 12/13 mutation anaalysis EML4-ALK fusion gene analysis EGFR, MET copy number analysis (FISH)

2.Colon cancer target therapy sensitivity K-RAS and B-RAF mutation analysis EGFR exon-2-7 mutation anaylsis EGFR copy number analysis (FISH)MSI status determination: MLH1 and MSH2 inactivity (IHC)EGFR, MET copy number (FISH)

3. Breast target therapy sensitivityHER-2 copy number (FISH)HER-2 ec-domain deletion test p95

4. Malignant melanoma target therapy sensitivity B-RAF mutation anaylsis N-RAS mutation anaylsis (codon 61)C-KIT mutation anaylsis (exons)EGFR, MET copy number (FISH)

TOPICS in MOLECULAR PATHOLOGY

5. Neuroblastoma - n-myc copy number

6. Genetic backgroung of kidney developmental disorders - Wilms tumor dg.

WT1 mutation anaylsis

8. Infectious diseases: detection and analysis

HP antibiotics resistency analysis FISH

HPV detectionn – typing (PCR)

. CMV, EBV, TBC detection

9. Hematopathology diagnostics:

e.g. Philadelphia chr. 9-22 transloc. BCL-ABL fusion gene

Polycythemia vera: JAK2 point mutatios

Primary myelofibrosis: JAK2 or MPL mutations

anaplastic large B cell lymphoma: ALK rearrangement

mantle cell lmyphoma: Cyclin D1-IgH fusion gene

10. Soft tissue tumor diagnostics:

Ewing sarcoma: FL1-EWS fsion gene

Liposarcoma: CHOP/TLS fusion gene

Clear cell src: EWS-ATF1 fusion gene

TOPICS in MOLECULAR PATHOLOGY