erstellt von A. Brösing, Fachbereichsbibliothek Biologie, Uni Mainz 1

Kurzanleitung Public MEDLINE (PubMed) – Inhalt, Zugriff, Recherche Stand: Oktober 2009 Inhalt Datenbankproduzent: seit 1879 wertet die U. S. National Library of Medicine (NLM) [ = weltweit größte medizinische Bibliothek, als Teil der U. S. National Institutes of Health (NIH), Bethesda, Maryland] biomedizinische Zeitschriften aus und erstellt daraus einen Index, den Index Medicus.Diese Bibliographie für (bio-)medizinische Zeitschriftenartikel ist heute als bibliographische Datenbank MEDLINE bekannt. MEDLINE enthält Aufsätze und in den meisten Fällen auch deren Abstracts aus etwa 5.200 biomedizinischen Zeitschriften weltweit. Seit 1996 ist MEDLINE online frei zugänglich via PubMed (= Public MEDLINE). PubMed ist ein webbasiertes Informationssystem, das vom National Center for Biotechnology Information (NCBI) entwickelt wurde. PubMed ist dabei nur ein Teil des enormen Informationssystems Entrez von NCBI, das darüber hinaus molekularbiologische Datenbanken zu Gensequenzen, Proteinen, Nukleotiden, 3-D-Proteinstrukuren und Ähnliches frei zugänglich anbietet. PubMed enthält neben z. Zt. etwa 19 Mio. Aufsatznachweisen und deren Abstracts aus MEDLINE als größtem Datenlieferant auch noch weitere Artikel aus Zeitschriften der Biowissenschaften, die in MEDLINE nicht ausgewertet werden. Erfasst werden Metadaten zu jedem Artikel (= bibliographische Angaben) wie z.B. Autorennamen, Aufsatztitel, Abstract (falls vorhanden), Schlagworte zur inhaltlichen Erschließung aus den Medical Subject Headings (MeSH), Zeitschriftentitel, Autorenadresse bzw. –institution, Sprache und Publikationsart. Primär ist PubMed keine Volltextdatenbank, liefert aber an vielen Stellen die Links zu den Volltexten, da z.B. PubMed Central, das Volltextarchiv der U. S. National Institutes of Health (NIH) in PuMed enthalten ist. Im Oktober 2009 hat PubMed ein Redesign der Suchoberfläche durchgeführt, um die Suche zu vereinfachen, auf diesem neuen Interface basiert diese Kurzanleitung. Berichtszeitraum ab 1950 bis heute Zugriff Frei zugänglich über www.pubmed.govEmpfohlen wird allerdings der Zugang über die Homepage der Unibibliothek Mainz: www.ub.uni-mainz.de unter der Rubrik „Thematische Suche“, mit dem Datenbankinformationssystem (DBIS) (siehe Abb. 1): http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=hebis Nur über diesen Zugang ist der Linkservice zu möglichen Volltextzugängen des Bibliotheksverbundes HeBIS nutzbar. Das heißt nicht, das der Volltext in jedem Fall zugänglich ist, sondern nur, das der Weg dorthin wesentlich erleichtert wird.

erstellt von A. Brösing, Fachbereichsbibliothek Biologie, Uni Mainz 2

Abb. 1: Zugang PubMed über DBIS der UB Mainz Suchwerkzeuge

1. Search 1.1 Thematische SucheEingabe von aussagekräftigen Suchbegriffen in das vorgegebene Suchfeld z.B. swine flu OR swine influenza OR h1n1 (Datenbanksprache ist Englisch, Suchoperatoren sollten in Großbuchstaben eingegeben werden). Anklicken des Search-Buttons oder Enter zum Absenden der Suchanfrage.

• Trunkierung/Maskierung (=Arbeiten mit Platzhaltern) Mit dem Sternchen * als Platzhalter können alle möglichen Wortendungen in die Suche mit einbezogen werden z.B. enzym* findet enzyme, enzymatic … Aber Achtung: bei Verwendung von Platzhaltern wird das Automatic Term Mapping(= ATM, Erklärung siehe Abschnitt 2.1 Advanced Search, S.3) mit den Medical Subject Headings (MeSH) ausgeschaltet!

• Boolsche Operatoren AND, OR, NOT können in PubMed zur Kombination von mehreren Suchwörtern angewendet werden, je nachdem ob die Suche eingegrenzt oder erweitert werden soll. AND ist voreingestellt und wird bei Eingabe mehrerer Suchbegriffe automatisch angewandt, ohne das es extra eingegeben werden muss.

• AND: alle damit kombinierten Suchbegriffe müssen im Aufsatz-Titel und/oder Abstract vorkommen

• OR: mindestens einer der damit kombinierten Suchbegriffe muss in den Angaben zum Artikel vorkommen

• NOT: dieser Suchbegriff darf in den Angaben zum Artikel NICHT vorkommen OR-Mengen müssen durch Klammerung kenntlich gemacht werden. 1.2 Suche nach AutorenEingabe von Nachname und Initialen des oder der Vornamen in das Suchfeld z.B. peachman kk oder watson jd (Eingabe ohne Satzzeichen, Groß- oder Kleinschreibung wird nicht berücksichtigt). Mehrere Autorennamen können

erstellt von A. Brösing, Fachbereichsbibliothek Biologie, Uni Mainz 3

gleichzeitig im Suchfeld in dieser Weise gesucht werden, ohne das die Eingabe von AND benötigt wird. Seit 2002 werden Namen auch mit vollständigen Vornamen in PubMed aufgenommen (unter der Voraussetzung, das auch die auszuwertende Zeitschrift die Vornamen nicht abkürzt), deshalb ist die Suche auch mit vollständigen Namen möglich. Man muss sich aber darüber im Klaren sein, das damit nur die Artikel gefunden werden, die ab 2002 indexiert wurden. Umlaute sollten als Umlaut oder aufgelöst gesucht werden z.B. stöcker w OR stoecker w. Falls nur der Nachname bekannt ist, sollte der Name mit dem zugehörigen Suchfeldoperator [au] gesucht werden z.B. kadereit [au] Komfortabler ist die Suche nach Autorennamen über die Advanced Search (siehe Abschnitt 2.2). 1.3 Suche nach Thema und AutorSuchbegriffe und Autorennamen können in das Suchfeld eingegeben und zusammen gesucht werden, ohne das der Suchoperator AND benötigt wird z.B. coral reef bleaching crabbe mj 2. Advanced Search

2.1 Automatic Term Mapping (ATM)Mit Hilfe der Advanced Search und der Funktion Details kann man nachvollziehen, wie PubMed die Suchanfrage nach Absenden im Hintergrund tatsächlich abbildet.

Dabei werden automatisch mögliche Schlagwörter, die sog. Medical Subject Headings (MeSH) mit den eingegeben Suchwörtern verglichen [= automatic term mapping] und die Suche so, unbemerkt vom Nutzer, um die Schlagwörter aus MeSH erweitert, um das bestmögliche Suchergebnis zu erreichen (siehe Abb. 2).

Abb. 2: Details zur Suchanfrage = Automatic term mapping

erstellt von A. Brösing, Fachbereichsbibliothek Biologie, Uni Mainz 4

2.2 Suche nach Autorennamen mit der Advanced Search

Für die Autorensuche steht in der Advanced Search ein eigenes Suchfeld mit durchsuchbarem Index zur Verfügung (siehe Abb. 3). Hier kann man auch die Search History einsehen und die Suche durch Limits weiter einschränken z.B. nach human or animals, nach Geschlecht female or male, nach Sprachen languages etc.

Abb. 3: Vielfältige Möglichkeiten der Advanced Search 2.3 Search HistoryBis maximal 100 Suchanfragen werden hier während einer Datenbank-Sitzung automatisch abgelegt, davon werden die letzten fünf mit Uhrzeit, wann die Suche erfolgt ist und der dazugehörigen Trefferanzahl angezeigt (siehe Abb. 4). Jede Suchanfrage erhält eine fortlaufende Nummer mit der man auch weitere Suchen ausführen kann z.B. um die Suche weiter einzugrenzen. Jede Suchnummer eröffnet beim Anklicken neue Optionen zum Weitersuchen und Kombinieren mit Boolschen Operatoren oder zum Abspeichern der Suche auf MyNCBI (siehe Abb. ) Die Suchgeschichte wird nach 8 Stunden ohne Aktion gelöscht.

Abb. 4: Search History Personalisieren Um Ergebnisse längerfristig als nur für eine aktuelle Datenbank-Sitzung zu bewahren, ist es von Vorteil, sich einen persönlichen Account bei MyNCBI anzulegen. Man registriert sich dort kostenlos mit Username und Passwort. In den persönlichen MyNCBI-Collections können maximal 5.000 Treffer gespeichert werden. Des weiteren können mit MyNCBI mit der Funktion Save Search ganze Suchanfragen zur weiteren

erstellt von A. Brösing, Fachbereichsbibliothek Biologie, Uni Mainz 5

Verwendung abgelegt werden.. Bei Aktivierung des Email-Alerts erhält man regelmäßig Updates mit neu zum Thema publizierten Artikeln per Email. Trefferliste und Weiterverarbeitung der Recherche-Ergebnisse Die zuletzt in die Datenbank aufgenommenen Artikel erscheinen zuoberst in der Trefferliste (last in – first out) (Abb. 5). Fremdsprachige Artikel erhalten einen englischen Aufsatztitel, werden aber geklammert [ ], um kenntlich zu machen, das die Aufsatzsprache eine andere ist.

Abb. 5: Pubmed results Mit Display settings kann die Trefferliste auch nach anderen Kriterien sortiert werden (Sort by). Auch die Anzahl der Treffer pro Seite, und deren Anzeige mit und ohne Abstract kann variiert werden. Mit Send to gibt es verschiedene Möglichkeiten die Ergebnisse weiterzuverarbeiten. Clipboard bezeichnet dabei den Zwischenspeicher der aktuellen Sitzung, in dem maximal 500 Treffer aus verschiedenen Suchanfragen

abgelegt werden können. Dafür ausgewählte Treffer werden in der Liste grün markiert. Für den Datenexport in Literaturverwaltungs-programme verwendet man die Send to File-Option und wählt das MEDLINE-Format für den Download der bibliographischen Daten.

Vollanzeige = Abstract format In der Vollanzeige jeden Artikels kann man neben dem Abstract (falls vorhanden) auch z.B. die verwendeten MeSH einsehen oder die Funktion Related Articles (Abb. 6) nutzen. Hier werden Aufsätze gelistet, die unter Umständen mit der eigentlichen Suchabfrage nicht gefunden worden wären, sich aber durch Übereinstimmungen im Titel, Abstract und den MeSHs mit dem Ausgangsartikel auszeichnen und dadurch eine „Verwandtschaft“ angenommen wird. Außerdem werden hier die Linkservices

erstellt von A. Brösing, Fachbereichsbibliothek Biologie, Uni Mainz 6

zum Volltext angeboten. Es empfiehlt sich zuerst den Verlagsbutton auszuprobieren und falls dieser nicht zum Erfolg führt, den Linkresolver des Bibliotheksverbundes HeBIS.

Abb. 6: Vollanzeige mit Related articles und Linkservices zum Volltext Weitere Suchtipps PhrasensuchePubMed sucht nach Phrasen, wenn:

• die Phrase mit dem entsprechenden Suchfeldoperator [tw] versehen wird, z.B. hemocyanin structure [tw],

• die Phrase in Anführungszeichen gesetzt wird „hemocyanin structure“, • falls ein Bindestrich vorhanden ist z.B. first-line, oder • wenn der Suchbegriff trunkiert ist, d.h. wenn ein Platzhalter bei der Suche mit

verwendet wird, z.B. sleep disorder* Aber Achtung: bei der Phrasensuche mit Anführungszeichen ist das Automatic term mapping (ATM) nach MeSH ausgeschaltet! Unscharfe Suche bei FalscheingabeBei falsch eingegebenen Suchbegriffen werden alternative Vorschläge gemacht: Did you mean ….? Diese Funktion tritt außer Kraft, wenn Suchfeldoperatoren verwendet werden. MeSH DatabaseDas hierarchische Schlagwortverzeichnis der Medical Subject Headings (MeSH) [=Thesaurus], das für die erweiterte Inhaltserschließung der Zeitschriftenartikel durch die NLM benutzt wird, ist auch separat von PubMed in einer eigenen Datenbank durchsuchbar und für die eigene Suche nutzbar: passende Schlagworte können direkt nach PubMed transportiert und abgefragt werden. Die MeSH Database beinhaltet die Definition eines jeden Schlagwortes, deren Synonyme, verwandte Begriffe und die Position des Begriffs in der MeSH-Hierarchie (Abb. 7).

erstellt von A. Brösing, Fachbereichsbibliothek Biologie, Uni Mainz 7

Abb. 7: MeSH Database Einen ganz bestimmten Artikel findenGezielte Suche über Advanced Search oder mit dem Single Citation Matcher (Abb. 8). Mit diesem ist es auch möglich nach Aufsatztiteln mit dem Suchfeld Title words zu suchen.

Abb. 8: Single Citation Matcher