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PubMed

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Kursablauf

1. Allgemeines zu PubMed 2. Allgemeines zur Recherche

PubMed effizient und effektiv nutzen

3. Suchfunktionen 4. Resultate eingrenzen 5. Suche mit MeSH Terms 6. Persönliches Profil anlegen (My NCBI)

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Allgemeines zu PubMed

PubMed – public access to MEDLINE database

produziert von der US National Library of Medicine (NLM)

programmiert von der NLM-Abteilung NCBI (National Center for Biotechnology Information)

frei zugängliche bibliographische Datenbank

ca. 5‘600 biomedizinische Zeitschriften

ab 1947 (OLDMEDLINE Data 1947 – 1965)

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Allgemeines zu PubMed

Fortsetzung…

Referenzen total: über 24 Mio

Zuwachs pro Jahr: > 0,5 Mio

Aktualisierung täglich (2‘000 bis 4‘000) direkt durch Verlage und NLM

beschlagwortet mit MeSH* PubMed - as supplied by publisher 415’365 Refs (23.01.2015) PubMed - in process 599’336 Refs (23.01.2015) PubMed - indexed for MEDLINE* 21’822’140 Refs (23.01.2015) PubMed – OLDMEDLINE 265’021 Refs (23.01.2015)

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Kennzeichnung der Treffer ohne MeSH

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NZZ online

…Ob Paracetamol für das ungeborene Kind jedoch tatsächlich so harmlos ist, darüber wird seit einigen Jahren gestritten. Nun wird auch in der Schweiz eine Verschärfung der Warnhinweise in der Packungsbeilage gefordert…..

Die Bedenken gegenüber Paracetamol basieren auf neueren Untersuchungen, welche die Wirksubstanz mit dem Auftreten von Störungen wie dem «Zappelphilipp»-Syndrom (ADHS) in Zusammenhang bringen. So hat eine im April veröffentlichte Studie mit über 64 000 dänischen Müttern und ihren Kindern ergeben, dass sich bei Kindern, die im Mutterleib Paracetamol ausgesetzt waren, das ADHS-Risiko um 37 Prozent erhöhte. Ein Jahr zuvor war eine Studie in Norwegen mit über 48 000 Kindern zu ähnlichen Ergebnissen gelangt………

Suchen Sie den erwähnten Artikel in PubMed

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Allgemeines zur Recherche

Allgemeines Vorgehen bei thematischen Suchen:

– Für die Fragestellung essentielle Themenbereiche identifizieren

– Relevante Suchbegriffe für diese Themenbereiche festlegen (MeSH-Term , Synonyme, evtl. Wortstamm)

– Suche durchführen und Teilergebnisse verknüpfen

– Suchstrategie überprüfen und allenfalls anpassen

– Eingrenzen mit Filter

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Themenbereiche identifizieren

Hilfsmittel: PICO Problem / Patient / Population Intervention / Drug Comparison (if any) Outcome (if any)

Typ 1 Diabetiker Behandlung mit Insulinanaloga Behandlung mit Humaninsulin Nutzen (Morbidität, Mortalität, Lebensqualität, Komplikationen)

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Recherchetechniken: Boolesche Operatoren

Verknüpfung der Suchbegriffe mit den Boolesche Operatoren

– gross schreiben: AND, OR und NOT

cancer brain

cancer AND brain

cancer tumor

cancer OR tumor

type 2 diabetes

type 1 diabetes

diabetes type 2 NOT type 1

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Der Boolesche Operator AND ist „stärker“ als der Boolesche Operator OR!

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Damit die Suchmaschine das macht was Sie wollen, ist es manchmal notwendig Klammern zu setzten, z.B. wie in diesem Fall:

(relatives OR father OR mother OR son) AND dementia

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1.9.2015

Trunkierung *

Suchbegriffe können mit Trunkierungszeichen erweitert werden z.B. verschiedene Wortvarianten oder verschiedene grammatikalische Schreibweisen, Eingabe von child* findet child, children, childhood etc.

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1.9.2015

Phrasensuche

Setzt man Suchbegriffe unter Anführungszeichen, so werden diese genau in der vorgegebenen Reihenfolge gesucht. Die Phrasensuche ist sehr einschränkend, kann aber manchmal Sinn machen, z.B. bei der Suche in Google Scholar. z.B. „myocardial infarction“

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Aufbau einer Datenbank

Ahlbom A, Feychting M.

Mobile telephones and brain tumours.

British Medical Journal

2011

Datensatz

Datenfelder

343 6605

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Feldbezeichnungen Die wichtigsten Felder in PubMed: [AU] Author(s): Nachname und Initialen [TI] Title: Titel des Artikels [TT] Transliterated Title: Originaltitel [TIAB] Abstract: Titel und Zusammenfassung [TA] Journal: Zeitschriftentitel oder ISSN [MH] MeSH Terms: Medical Subject Headings [PT] Publication Type: Review, RCT etc. [NM] Substances: generischer Substanzname

Die Felder können für eine gezielte Recherche verwenden werden

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Advanced search: Felder und Index

Feldauswahl für Suche in einem bestimmten Feld

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Zugriff über www.hbz.uzh.ch

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Teilergebnisse verknüpfen

Suchanfragen in kleine Schritte aufteilen, damit Sie Ihre Suche besser nachvollziehen und steuern können

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Einzelne Suchschritte können im Nachhinein im Suchverlauf (Search History) bearbeitet werden: verknüpfen, löschen etc.

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PubMed: Automatic Term Mapping (ATM)

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Wenn Sie einen Suchbegriff in den Suchschlitz von Pubmed eingeben wird die intelligente Suchtechnologie (Automatic Term Mapping) aktiviert

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PubMed: Automatic Term Mapping (ATM)

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Die Suchbegriffe werden einzeln oder falls als sinnvoll erachtet auch als Phrase gesucht,

Pubmed überprüft ob es eine passendes Schlagwort (MeSH term) zu den eingegebenen Suchbegriffen gibt, falls ja werden die Schlagworte in die Suche einbezogen,

Es wird überprüft ob der Suchbegriff einer „Substanz“ oder einer Abkürzung entspricht, falls ja, werden diese in die Suche miteinbezogen

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Automatic Term Mapping

Search term [Details]

MeSH translation Table MeSH Term OR search term[text word] OR search [text word] OR term [text word]

Journals translation Table

search term[Journal] Full Author translation table and Author Index search term[Author]

search AND term

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PubMed: Automatic Term Mapping (ATM)

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Das Automatic Term Mapping wird durch folgende Aktionen unterdrückt: Feldsuche (z.B. otitis media [tiab]) Phrasensuche Trunkierung von Suchbegriffen

Natürlichsprachliche Suchbegriffe werden von ATM nicht berücksichtigt. Beispiel: die Eingabe von Inflammation of the middle ear berücksichtigt nicht den MeSH term OTITIS MEDIA.

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Es ist wichtig, dass Sie immer einen Kontrollblick auf die „Search Details“ werfen und überprüfen, wie Pubmed Ihre Suche umsetzt.

Automatic Term Mapping in Search Details

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.

Platzhalter und Phrasensuche inaktivieren in PubMed das Automatic Term Mapping!

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Neu: Sortierung nach Relevanz

Weitere Anzeigemöglichkeiten (Display Settings) – Format (Summary, Abstract, PMID-List etc.) – Anzahl Referenzen pro Seite – Sortierkriterien (by recently added, relevance, title, journal, author)

Displaysettings können im persönlichen NCBI-Konto individuell ausgewählt werden

The relevance sort order for search results is based on an algorithm that analyzes each PubMed citation that includes the search terms. For each search query, "weight" is calculated for citations depending on how many search terms are found and in which fields they are found. In addition, recently-published articles are given a somewhat higher weight for sorting.

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Automatic Term Mapping am Beispiel «middle ear inflammation»

Translated to: Refs Datenpaket "otitis media"[MeSH Terms] OR 21566 Medline only!

"otitis media"[All Fields] OR 25365 Pre/Med/OM*

("otitis "[All Fields] AND "media "[All Fields]) OR 25422 Pre/Med/OM*

("middle"[All Fields] AND "ear"[All Fields]

AND "inflammation"[All Fields]) OR 1467 Pre/Med/OM*

"middle ear inflammation"[All Fields] 176 Pre/Med/OM*

* Premedline/Medline/OldMedline

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("middle"[All Fields] AND "ear"[All Fields] AND "inflammation"[All Fields]) > Achtung, z.T. sehr unspezifische Treffer!

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"otitis media"[MeSH Terms] > hochspezifisch!

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PubMed: Filter

Sprache (z.B. English, German) Publikationstyp (z.B. letter, meta-analysis) Altersgruppen Tier / Mensch Geschlecht diverse Subsets

Achtung: Die Filter bleiben gesetzt bis sie wieder aktiv wieder entfernt werden

Achtung: einzelne Filter (z.B. für Altersgruppen) funktionieren über MeSH-Suchen, deshalb gehen so aktuelle Treffer verloren!

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Pubmed: Autorensuche

Familienname und Initialen der Vornamen z.B. Rolf Zinkernagel zinkernagel r (findet auch alle Arbeiten von Zinkernagel RM)

Feldbeschränkung gene [au]

bei Umlauten Pünktchen weglassen (manchmal auch auflösen: ä ae)

Vornamen auch ausgeschrieben ab 2002

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1.9.2015 Seite 31

Aufgabe 2

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1.9.2015 Seite 32

Aufgabe 3

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Medizinischer Thesaurus: MeSH

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Der MeSH-Thesaurus wird von der Medical Subject Headings Section der „National Library of Medicine“ aufgebaut, kontinuierlich ergänzt und aktualisiert.

Der MeSH-Thesaurus ist als eigene Datenbank integriert (MeSH-Database).

Der MeSH-Thesaurus reduziert das umfangreiche medizinische Vokabular auf normierte Begriffe (MeSH-Terms)

Die MeSH Database besteht derzeit aus 27,149 Schlagwörtern. Sie enthält:

• die Medical Subject Headings (Schlagwörter) • die Subheadings (Unterschlagwörter) • Substance Names

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Medical Subject Heading MeSH

/epidemiology = Subheading

Adult = «normal» MeSH

Cellular Phone* = MeSH Major Heading

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MeSH

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Thesaurus- / MeSH-Suche Vorteile: • Relevanz • keine aufwändige Suche mit

Synonymen Bsp: Cystic Fibrosis findet auch Mucoviscidosis

Nachteile: Aktuellste Literatur wird nicht gefunden, da noch nicht indexiert PubMed - as supplied by publisher PubMed - in process

MeSH-Suche mit Freitextsuche (limitiert auf Custom Filter in Process) kombinieren oder eine E-Mail-Benachrichtig über die neuesten relevanten Ergebnisse einer MeSH-Suche einrichten (Alert).

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Aufgabe 4

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Personalisiertes PubMed: My NCBI

– gruppieren der Suchergebnisse in „Untergruppen“ gemäss vorgegebener oder massgeschneiderten Filter (max. 15)

– Suchstrategie speichern (saved searches): Wiederholung bei Bedarf Regelmässige Benachrichtigung per E-Mail (Alerts) über neue Artikel mit oder ohne applizierten Filtern

– Referenzen sammeln und teilen (Collections)

– Dokumente bestellen über LoansomeDoc

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MyNCBI: Filters

Clinical Queries Filter für klinisch Tätige

(Therapie, Diagnostik, Ätiologie, Prognose)

Age Groups Adolescent, Child, Aged, Adult, etc.

Publication Types Clinical Trial, Meta-Analysis, Review, etc.

Subsets Themenbereiche, z.B. Systematic Reviews

und weitere

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1.9.2015 Seite 40

Aufgabe 5 und Zusatzaufgabe

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Herzlichen Dank für Ihre Aufmerksamkeit!

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