VisionArray - Zytomed Systems€¦ · VisionArray Analysis Package Gebrauchsanweisung, 09/2016 3...

VisionArray

Analysis Package

E-4060-1 1 Stück

Für die Analyse von Hybridisierungssignalen auf

VisionArray Chips.

In vitro Diagnostikum

Gemäß EU-Richtlinie 98/79/EC

Rev.: 1.1

Stand: 30.09.2016

Vertrieben durch:

ZytoVision GmbH Fischkai 1 27572 Bremerhaven/ Germany Phone: +49 471 4832-300 Fax: +49 471 4832-509 www.zytovision.com Email: [email protected]

Hersteller:

42 life sciences GmbH & Co. KG Fischkai 1 27572 Bremerhaven/ Germany Phone: +49 471 4832-500 Fax: +49 471 4832-308 www.42ls.com Email: [email protected]

Warenzeichen: VisionArray® ist ein eingetragenes Warenzeichen der 42 life sciences

GmbH & Co. KG

http://www.zytovision.com/mailto:[email protected]://www.42ls.com/mailto:[email protected]

Inhaltsverzeichnis

1 Einleitung ............................................................................................................................. 1

2 Bestimmungsgemäßer Gebrauch ........................................................................................ 1

3 Sicherheitshinweise und Entsorgung .................................................................................. 2

4 Das VisionArray System ....................................................................................................... 2

4.1 Textkonventionen und Symbole ................................................................................... 2

4.2 Komponennten und Zubehör ....................................................................................... 3

4.3 Aufbauanleitung............................................................................................................ 3

4.4 Test Material ................................................................................................................. 5

4.5 Wichtige Informationen ................................................................................................ 5

5 Kurzübersicht Scannen ........................................................................................................ 6

6 Start-Bildschirm ................................................................................................................... 7

7 Einstellunegn ....................................................................................................................... 8

8 Scannen eines Arrays ......................................................................................................... 10

9 Dateneingabe und Scan starten ........................................................................................ 12

10 Vorschau eines Scans ..................................................................................................... 13

11 Analyse Bildschirm ......................................................................................................... 14

11.1 Aufbau des Analyse-Bildschirm ............................................................................... 14

11.2 Kontrollmechanismen ............................................................................................. 15

11.3 Signalintensitäten und Analyseprotokoll ................................................................ 16

11.4 Zoom-Stufen ............................................................................................................ 16

11.5 Expertenmodus........................................................................................................ 17

12 Datenexport ................................................................................................................... 19

13 Archiv .............................................................................................................................. 20

14 Datenspeicherung und -sicherheit ................................................................................. 21

15 Hilfe-Funktion ................................................................................................................. 21

16 Erläuterung der Symbole................................................................................................ 22

VisionArray Analysis Package Gebrauchsanweisung, 09/2016 1

1 Einleitung

Das VisionArray Analysis Package steht für eine einfache Visualisierung und eine schnelle

Analyse von VisionArray Chip Daten. Die Analyse eines Chips und die Zusammenfassung der

Ergebnisse in einem übersichtlichen Report erfolgt innerhalb weniger Minuten. Die

Programmführung im Wizard-Format gewährleistet dabei einen leichten und intuitiven

Einstieg für den Nutzer. Die erstellten Scans werden inklusive aller wichtigen Proben- und

Chip-bezogenen Daten in einer integrierten Datenbank gespeichert.

2 Bestimmungsgemäßer Gebrauch

Die Software ist für die Detektion und Analyse von Hybridisierungssignalen auf VisionArray

Chips in Kombination mit dem entsprechenden VisionArray Chip File vorgesehen. Bei

bestimmungsgemäßer Anwendung kann die An- bzw. Abwesenheit der untersuchten

Zielsequenzen im Probenmaterial bestimmt werden. Eine quantitative Aussage ist anhand

der Signalintensitäten nicht möglich, da neben der Ausgangsmenge der Zielsequenzen

weitere Faktoren das System beeinflussen können. Abhängig vom Chip-Typen sind zu jedem

Punkt spezifische Fänger im entsprechenden Chip File hinterlegt, die eine anschließende

qualitative Bewertung der Probe ermöglichen. Die Identifizierung der Dots läuft

vollautomatisch über Algorithmen der Mustererkennung. Für den seltenen Fall von Schäden

oder Verschmutzungen des Glas-Objektträgers wurden Möglichkeiten zur manuellen

Korrektur implementiert. Das Ergebnis der Punkterkennung wird über 3

Kontrollmechanismen überwacht.

Dieses Produkt ist für den in vitro diagnostischen Gebrauch vorgesehen (Gemäß EU Richtlinie

98/79/EC). Die Interpretation der Ergebnisse muss im Kontext der klinischen Anamnese

unter Einbeziehung weiterer klinischer und pathologischer Daten des Patienten durch einen

qualifizierten Pathologen erfolgen.


3 Sicherheitshinweise und Entsorgung

Bedienungsanleitung vor Gebrauch des Produktes lesen!

Verändern Sie keine Komponenten des VisionArray Analysis Package (inklusive

Hardware und Software)! Für Reparaturen kontaktieren Sie Ihren Vertriebspartner vor

Ort!

Benutzen Sie ggf. einen Adapter für den Anschluss an das örtliche Stromnetz!

Versuchen Sie nicht, die Komponenten des VisionArray Analysis Packages auseinander

zu bauen! Es besteht die Gefahr eines elektrischen Shocks! Durch das Öffnen des

Scanners erlischt die Garantie!

Setzen Sie den Scanner keinen exzessiven Vibrationen aus, diese können interne

Komponenten schädigen!

Der Scanner hat sein Arbeitsoptimum zwischen 10°C und 40°C!

Nutzen Sie den Scanner nicht in Räumen mit einer Luftfeuchtigkeit über 70%!

Bedienen Sie das System erst nach einer Einweisung durch qualifiziertes Personal!

Für die Entsorgung senden Sie die Hardware zurück zur 42 life sciences GmbH & Co.

KG!

4 Das VisionArray System

4.1 Textkonventionen und Symbole

Folgende Textkonventionen und Symbole werden in der Bedienungsanleitung verwendet:

kursiv englische Begriffe (z. B. Wizard); Begriffe, die man so auch im

Programm wiederfindet (z. B. Änderungen speichern) bzw.

Markennamen (z. B. VisionArray)

gerahmt, fett Knöpfe/Schaltflächen, die so im Programm vorhanden sind (z. B:

Scannen)

Kritische Punkte oder Aktionen bei denen mit besonderer Sorgfalt zu

handeln ist.


4.2 Komponennten und Zubehör

Das VisionArray Analysis Package besteht aus den folgenden Komponennten und Zubehör

(dargestellt in Abbildung 1):

Abbildung 1: Komponenten und Zubehör des VisionArray Analysis Packages: 1) Scanner 8100 2) Objektträgerhalter 3)

Handscanner 4) PC mit der VisionArray Analyzer Software und einer englischen Windows 7 Version vorinstalliert 5) USB

hub 6) 1 TB externe Festplatte 7) Computer Maus

Der bereitgestellte PC läuft unter einer englischen Windows 7 Version. Die Software ist

vorinstalliert und kann unmittelbar benutzt werden.

4.3 Aufbauanleitung

Das VisionArray Analysis Package muss durch einen Vertriebsmitarbeiter in Betrieb

genommen werden, um einen ordnungsgemäßen Betrieb zu gewährleisten.

1. Verbinden Sie den Laptop mit Hilfe des mitgelieferten Netzkabels mit einer 220-250

Volt Stromversorgung.

2. Verbinden Sie den Scanner 8100 mit einer 100-240 Volt Stromquelle.

3. Schließen SIe den beigefügten USB Hub an einen freien USB 3.0 Steckplatz des

Laptops und verbinden Sie ihn mit einer 220-250 Volt Stromquelle. Beachten Sie das

USB 3.0 Symbol für einen schnelleren Datentransfer.

Beigefügte Adapter für die lokale Stromversorgung können für die Schritte 1,2

und 3 nötig sein


1

4. Stecken Sie das beigefügte USB Kabel mit dem USB Typ B Stecker in den USB Typ B

Steckplatz (#6 in Abbildung 2) an der Hinterseite des Scanners 8100 und verbinden

Sie diesen mit einem freien USB Steckplatz am USB Hub.

5. Verbinden Sie den Handscanner mit einem freien Steckplatz am USB Hub.

6. Verbinden Sie die externe Festplatte über das USB 3.0 mit einen freien Steckplatz am

USB Hub.

Die externe Festplatte ist zwingend erforderlich für die korrekten Durchführung

einer VisionArray Analyse. Benutzen Sie nur das mitgelieferte Produkt.

Installieren Sie keine Hardware oder Software von Drittanbietern mit Ausnahme

von Druckertreibern.

7. Ein Drucker kann über den USB Hub an das System angeschlossen werden. Wenn ein

Treiber installiert werden muss, nutzen Sie die Treiber CD des Herstellers.

Wenn unerwartete Probleme auftauchen, kontaktieren Sie bitte

[email protected] oder Ihren lokalen Vertriebspartner.

(1) Einschub für die Objektträgerhalter (2) Power LED (3) Betriebstaste (4) Ohne Funktion (5) Aufkleber mit der Seriennummer (6) USB Anschluss (7) Stromanschluss

Abbildung 2: Scanner 8100

2

4 3 5

6

1 7

mailto:[email protected]


Schalten Sie durch betätigen der Betriebstaste den Scanner 8100 ein. Schalten Sie

anschließend den Rechner mit der VisionArray Analyzer Software ein. Wird der Scanner erst

nach dem Computerstart eingeschaltet und der Scanvorgang funktioniert nicht, muss der

Computer neu gestartet werden. Die Software öffnet sich automatisch nach dem

Systemstart.

Die VisionArray Analyzer Software läuft auf dem Betriebssystem Windows 7. Zur einfacheren

Handhabung werden die Windows-Komponenten ausgeblendet und nur die VisionArray

Analyzer Software im Vollbild angezeigt. Den Zugriff auf Systemfunktionen erhält man über

die Windows-Taste . Dabei ist zu beachten, dass im Benutzermodus keine

systembeeinflussenden Änderungen am Rechner vorgenommen werden können.

Alle Daten werden auf einer externen Festplatte gespeichert, um die Sicherheit der

personenbezogenen Daten zu gewährleisten.

4.4 Testmaterial

Die VisionArray Analyzer Software wird vorinstalliert auf einem Laptop zusammen mit dem

Scanner 8100 und einem Handscanner geliefert. Eine reibungslose Analyse ist nur in

Kombination mit den entsprechenden Komponenten gesichert.

Das VisionArray Analysis Package ist nur für die Analyse von VisionArray Chips vorgesehen.

Die entsprechende Informationen aus dem VisionArray Chip File müssen für die VisionArray

Software vorliegen, um einen Scan zu starten. Es können neue Chip Files importiert werden.

4.5 Wichtige Informationen

Folgendes muss bedacht werden:

Die VisionArray Chips und der Scanner 8100 müssen jederzeit frei von Staub gehalten

werden! Staubpartikel und andere Fremdobjekte können die Einheit beschädigen.

Die beigefügte externe Festplatte muss zu jeder Zeit an das System angeschlossen sein

um Fehlfunktionen zu vermeiden!

Jeder neue Chip Typ besitzt einen eigenen charakteristischen Chip File, der vor dem Gebrauch installiert werden muss!


5 Kurzübersicht Scannen

1) VisionArray Scanner einschalten.

2) PC einschalten.

3) Einen Benutzer auf dem Startbildschirm auswählen.

4) Scannen drücken, Daten eingeben und Chip informationen importieren.

5) Chip in den VisionArray Scanner einlegen und Scannen drücken.

6) Scan-Vorschau kontrollieren. Ok: weiter mit Analyse

Nicht Ok: Zurück oder Erneut scannen

7) Scan-Analyse kontrollieren. Ok: Weiter zum Report

Nicht Ok: Bearbeiten im Expertenmodus

8) Ansicht schließen (Daten werden automatisch gespeichert) oder Report drucken.

Ku

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ersicht Scan

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6 Start-Bildschirm

Abbildung 3: Start-Bildschirm, kein Benutzer eingeloggt

Der Start-Bildschirm (Abb. 3) der VisionArray Analyzer Software liefert den Zugriff auf alle

wichtigen Bedienelemente der Software. Zur Aktivierung aller Bedienelemente muss ein

Benutzer eingeloggt sein. Das Anlegen eines neuen Benutzers erfolgt unter Einstellungen.

Unabhängig von dem Login-Status können die Schaltflächen Beenden, wodurch das

Programm geschlossen und der Rechner heruntergefahren wird, sowie die Hilfe-Funktion

immer benutzt werden.

Für die erste Inbetriebnahme des Systems muss der vorinstallierte „Default“ Benutzer durch

einen Doppelklick ausgewählt werden.

Abbildung 4: Start-Bildschirm, Benutzer eingeloggt


Sobald ein Benutzer ausgewählt wurde, stehen alle Funktionen des Start-Bildschirms zur

weiteren Verwendung bereit (Abb. 4). Alle anschließend durchgeführten Arbeitsschritte

werden mit dem Namen des angemeldeten Nutzers gespeichert.

Scannen ermöglicht das Einlesen eines VisionArray Chips in die Software.

Bereits in der Datenbank gespeicherte Scans und Analysen können über das Archiv gesucht,

geöffnet und gegebenenfalls bearbeitet werden.

Abmelden meldet den aktuell eingeloggten Nutzer ab, beendet jedoch nicht das Programm.

Unter Einstellungen findet man alle Programm- und Lizenz-Informationen der installierten

Softwareversion. Außerdem können hier neue Chip Files importiert, neue Nutzer angelegt

sowie eine Sicherungskopie der Datenbank angefertigt werden.

Mit Beenden wird das Programm geschlossen und der Computer heruntergefahren.

7 Einstellunegn

Abbildung 5: Einstellungs Bildschirm

Der Einstellungs Bildschirm (Abb. 5) bietet eine Übersicht über die vorhandenen Programm-

informationen wie die Versionsnummer, installierten Chip File und angelegten Nutzer.

Zusätzlich besteht hier die Möglichkeit weitere Chip Files zu importieren, neue Nutzer

anzulegen, den Labornamen zu ändern und die Sprache zu wechseln. Die voreingestellte

Sprache ist Englisch.


Chip Files

Der Import eines neuen VisionArray Chip Files erfolgt über Neuen Chip File importieren. Die

Schaltfläche öffnet ein Fenster in dem der Chip File ausgewählt und von einem externen

Medium importiert werden kann.

Neue Chip Files werden mit der ersten Bestellung eines VisionArray Chips geliefert.

Außerdem kann der Chip File separat auf einem USB Stick geordert werden.

Nach dem Import erscheint der neue Chip File in der Liste und kann unverzüglich genutzt

werden.

Benutzer

Unter dem Absatz mit den eingelesenen Chip Files folgt die Auflistung der angelegten Nutzer

des Programms. In diesem Bereich findet man auch die Funktionen Benutzer erstellen,

Benutzer umbenennen und Benutzer löschen. Der aktuell angemeldete Benutzer kann

dabei nicht verändert werden.

Sicherungskopie

Weiterhin kann man im Einstellungen Bildschirm eine Sicherungskopie aller gespeicherten

Daten Erstellen bzw. die gespeicherten Daten von einem externen Medium

Wiederherstellen. Bei der Wiederherstellung von zuvor gesicherten Daten wird die

Datenbank des Programms komplett mit der Sicherungskopie überschrieben.

Vorsicht, alle zu diesem Zeitpunkt in der Datenbank vorhandenen und noch nicht

gesicherten Daten gehen dabei verloren. Wir empfehlen in kurzen, regelmäßigen

Abständen eine Sicherungskopie auf einem externen Medium anzufertigen, um einen

Datenverlust aufgrund eines Computerproblems zu vermeiden bzw. den Verlust so

gering wie möglich zu halten.

Durchgeführte Änderungen werden durch das Schließen des Einstellungs Bildschirms

gespeichert.


8 Scannen eines Arrays

Der Objektträgerhalter des Scanners 8100 (Abb. 6) verfügt über 2 Haltepositionen, die beide

zum Scannen der Arrays verwendet werden können. Der VisionArray Chip wird durch Plastik-

schienen, die das Einführen vereinfachen und ein erfolgreiches Scannen ermöglichen, fixiert.

Die Oberseite des Objektträgerhalters ist mit der Bezeichnung Top, die Unterseite mit der

Bezeichnung Bottom gekennzeichnet. Der VisionArray Chip muss in den Halter, mit der

Beschriftung an der Oberseite und dem Beschriftungsfeld nach rechts, eingelegt werden.

Um den VisionArray Chip einzulegen muss mit der unteren Kante des Chips die Feder an der

Unterseite des Halters (2) nach unten gedrückt werden und die obere Kannte an der

Oberseite fixiert werden. Der Chip sollte dabei bündig mit den Plastikbegrenzungen im

Objektträgerhalter abschließen (3). Falls der Chip nicht optimal positioniert ist, kann das

Array-Feld nicht vom Scanner eingelesen werden und der Scan muss wiederholt werden.

Abbildung 6: Zwei VisionArray

Chips im Objektträgerhalter des Scanner 8100

Der Objektträgerhalter kann über die zwei Einschübe für den Halter auf beiden Seiten des

Scanners 8100 eingeschoben werden. Der Objektträgerhalter wird soweit in den Scanner

eingeschoben, bis der Chip nicht mehr sichtbar ist und der Objektträgerhalter fühlbar

einrastet (Abb. 7). Diese Position sollte möglichst genau eingehalten werden, da bereits

geringe Abweichungen dazu führen können, dass nicht mehr das komplette Array-Feld

gescannt werden kann und die Auswertung dadurch fehlschlägt.


Abbildung 7: Scanner 8100 mit Objektträgerhalter, Einführen des Objektträgerhalters

Um einen Chip im zweiten Steckplatz des Objektträgerhalters zu scannen, kann der Halter

weiter in den Scanner bis zum einrasten geschoben werden (Abb. 8).

Abbildung 8: Scanner 8100 mit Objektträgerhalter; scannen des zweiten Steckplatzes


9 Dateneingabe und Scan starten

Scannen auf dem Start-Bildschirm öffnet einen Tab zur Dateneingabe (Abb. 9). Hier können

zunächst alle individuellen Daten zu Fall/Patient und Chip eingegeben werden.

Abbildung 9: Scan Tab

Fall (Proben- und/oder Patientendaten)

Im oberen Bereich des Dateneingabe Bildschirms können die dem Fall/Patienten

zugeordneten Daten eingetragen werden. Alle Felder sind nur optional auszufüllen. Die hier

eingetragenen Daten werden im Archiv gespeichert. Eine spätere Änderung oder Ergänzung

der Daten ist nicht mehr möglich. Wir empfehlen eine detaillierte Eingabe aller notwendigen

Daten, um später eine Zuordnung so einfach wie möglich zu gestalten.

Slide (Chip-informationen)

Im unteren Bereich werden alle für den Chip-Typen relevanten Daten eingetragen. Die

Informationen können dabei manuell oder einfach und schnell über einen Handscanner aus

dem QR-Code auf dem Chip-Etikett eingegeben werden. Dazu muss der Nutzer auf Slide-ID

via Handscanner einlesen klicken und anschließend mit dem Handscanner den QR-Code

einscannen. Der Handscanner sollte dabei in einem Abstand von wenigen Zentimetern über

den QR-Code gehalten werden (Abb. 10/11). Durch Drücken des Schalters am Handscanner

wird dieser aktiviert wobei der rote Lichtstrahl den Scanbereich begrenzt. Der grüne

Lesebalken dient der exakten Positionierung. Sobald der Handscanner die Daten erfasst hat,

wird dies durch ein akustisches Signal bestätigt. Die Chip-Informationen sind nun

automatisch erfasst.


Abbildung 10: Handscanner und Chip im Objektträgerhalter Abbildung 11: Beispiel eines Chiplabels mit Unique

Identifier

10 Vorschau eines Scans

Abbildung 12: Vorschau eines Scans

Im Vorschau Bildschirm wird der erstellte Scan in Graustufen angezeigt (Abb. 10). Der Nutzer

hat hier die Möglichkeit zu überprüfen, ob der Chip richtig eingelegt wurde (zu erkennen an

den 3 Guide Dots) und/oder ob eventuell größere Verschmutzungen auf dem Array-Feld zu

sehen sind. Sollten Korrekturen nötig sein, kann die Lage des Chips angepasst oder die

Verschmutzung vorsichtig entfernt werden. Anschließend kann ein neuer Scan über

Erneut scannen erstellt werden.

guide dots


Sollten dem Nutzer in dieser Ansicht Änderungswünsche oder Tippfehler in den

eingetragenen Daten auffallen, kann er über Zurück wieder zum Dateneingabe Bildschirm

gelangen und dort alle gewünschten Änderungen durchführen. Die Änderungen werden

durch Scannen automatisch übernommen und der Chip erneut gescannt.

Abbrechen schließt die Scan-Ansicht und alle zuvor eingegebenen Daten zu

Patient/Probe und Chip gehen verloren.

Sind die Vorschau des Chips und die dazugehörigen Daten in Ordnung, kann der Nutzer die

Auswertung mit Analyse fortführen.

11 Analyse Bildschirm

Figure 13: Analyse Bildschirm

11.1 Aufbau des Analyse-Bildschirms

Die Ansicht des Analyse-Bildschirms ist in 3 Bereiche unterteilt (Abb. 13):

Auf der linken Seite wird das Originalbild des Scans in Graustufen angezeigt (Abb. 13 A).

Über das Setzen eines Häkchens hinter Overlay An/Aus kann ein Koordinatennetz zur

Orientierung ein- und ausgeblendet werden. Zusätzlich kann der Nutzer mit Hilfe von und

die Signale des Chips in gewünschter Größe darstellen (Kapitel 11.4). Anhand der Scan-

Vorschau wird die automatische Auswertung des Arrays durchgeführt. Der Scan inklusive der

Daten ist ab diesem Punkt in der Datenbank gespeichert und kann nicht mehr gelöscht

werden.

A)

C)

B) D)

E)

F)


In der Mitte des Analyse-Bildschirms (Abb. 13 B) werden die von der Software erkannten

Dots in einer schematischen Übersicht dargestellt. Die Signale sind dabei abhängig vom Chip-

Typen mit einem Farbcode versehen (Bsp. HPV: rot = High Risk HPV-Typen, grün = Low Risk

HPV-Typen und blau = Kontrollen).

In der rechten Spalte werden die Kontrollmechanismen, die Signalintensitäten und das

Analyseprotokoll aufgelistet (Abb. 13 D, E, F).

11.2 Kontrollmechanismen

Die VisionArray Analyzer Software unterscheidet insgesamt 3 Kontrollmechanismen

(Abb. 13 D).

Hybridisierungs/Grid-Kontrolle:

Dieser Kontrollmechanismus besteht aus den 3 Guide Dots in den Ecken des Arrayfeldes. Sie

dienen der Software zur Orientierung. Anhand der 3 Dots wird von der Software das

Koordinatennetz (Grid) aufgespannt und die einzelnen Positionen den Signalen zugeordnet.

Zusätzlich wird durch die 3 Guide Dots die erfolgreiche Durchführung von Hybridisierung,

Labeling und Färbereaktion dokumentiert.

Positivkontrolle

Die Positivkontrolle dient zur Bewertung der PCR-Reaktion bzw. der Qualität des

eingesetzten PCR-Templates.

Duplikate

Der dritte Kontrollmechanismus führt eine Duplikatsprüfung durch. Diese Prüfung basiert

darauf, dass alle Fänger-Moleküle in Duplikaten an unterschiedlichen Positionen des Chips

aufgetragen werden. Ein positives Signal wird also immer durch 2 Dots auf dem Chip

dargestellt.

Der korrekte Ablauf der Kontrollmechanismen wird jeweils mit einem grünen Haken

dargestellt. Bei Unregelmäßigkeiten wird der Nutzer mit einem roten Kreuz gewarnt. Auch

wenn die Positivkontrolle oder die Duplikatsprüfung fehlschlagen, wird von der Software

eine Auswertung durchgeführt. Die Aussagekraft dieser Daten muss der Nutzer selbst

bewerten.


11.3 Signalintensitäten und Analyseprotokoll

Unter den Kontrollmechanismen werden die Signale mit ihren Intensitätswerten aufgelistet

(Abb. 13 E). Da alle Dots als Duplikate (Triplikate für die guide dots) auf den Array

aufgetragen werden, wird der Intensitätswert der Signale aus deren Mittelwert berechnet.

Intensität 1 gibt dabei den arithmetischen Mittelwert der Grauwerte der Dots an. Intensität

2 errechnet sich prozentual zu den Guide-Dots, wobei die Guide Dots als 100% Intensität

(optimales Hybridisierungsergebnis) gesetzt werden.

Alle durchgeführten Aktionen werden nach dem Speichern im Analyseprotokoll aufgelistet

(Abb. 13 F).

11.4 Zoom-Stufen

Der Original-Scan und die schematische Ansicht werden zunächst in einer kompletten

Übersicht des Chips dargestellt (Abb. 13 A). Ein Ausschnitt des Chips kann vergrößert warden

indem man das Symbol anklicked, oder in dem man auf die Übersicht klickt und das

Mausrad aufwärts dreht (Abb. 14). Um aus dem Bild heraus zu zoomen kann entweder das

Symbol benutzt werden, oder das Mausrad nach unten gedreht werden, nachdem man in

den Scan geklickt hat.

Abbildung 14: Analyse Bildschirm - hereingezoomed


11.5 Expertenmodus

Sollten manuelle Änderungen während der Chipanalyse notwendig sein, können diese im

Expertenmodus durchgeführt werden (Abb. 13 C). Alle Werkzeuge des Expertenmodus

werden durch das Häkchens unten links im Analyse Bildschirm sichtbar (Abb. 15).

Abbildung 15: Aktiver Experten Modus

11.5.1 Schwellenwert ändern

Der Schwellenwert beschreibt den vernachlässigbaren Hintergrund auf dem Chip (Abb. 16).

Der Schwellenwert ist für jeden Chip-Typen voreingestellt. Als positive Signale werden alle

Dots in der schematischen Darstellung und in der Tabelle dargestellt, deren Intensitätswert

über dem Schwellwert liegt. Die Dots, die mit ihrem Intensitätswert unter dieser Grenze

liegen, werden von der Auswertung ausgeschlossen und nicht als Ergebnis angezeigt.

Abhängig von den Proben und dem Detektionsablauf kann es zu besonders schwachen oder

besonders starken Signalen bzw. Hintergrund kommen. Durch manuelle Änderung des

Wertes kann der Nutzer den automatischen Schwellwert an die individuellen Gegebenheiten

des Chips anpassen. Das Wiederherstellen des voreingestellten Schwellwertes ist über

möglich.

Abbildung 16: Expertenmodus – Schwellenwert

11.5.2 Dots hinzufügen/entfernen

Sollte ein sehr schwacher Dot oder ein Dot mit ungewöhnlicher Morphologie von der

Software nicht korrekt erkannt werden, kann der Nutzer diesen manuell über Dot

hinzufügen (Abb. 17). Der Nutzer kann dabei entweder einen Dot mit der voreingestellten

Größe hinzufügen oder über die Radiusanzeige die Größe des Dots einstellen. Der

hinzugefügte Dot wird anschließend sowohl im Scan als auch in der schematischen Ansicht

dargestellt

Figure 17: Expert Mode – Add/ Delete Dots

Durch Verschmutzungen auf dem Array können von der Software in seltenen Fällen auch

falsch positive Dots erkannt werden. Über Dot im Expertenmodus können diese entfernt

werden (Abb. 17). Nach einem Klick auf kann der betroffene Dot ausgewählt und von der


Auswertung ausgeschlossen werden. Das entsprechende Koordinatenfeld wird dann durch

ein „X” als entfernt markiert. Die Änderungen werden in der schematischen Ansicht, dem

Detektionsstatus und der tabellarischen Auflistung sofort sichtbar. Im Protokoll der Chip-

Analyse erscheint die Korrektur erst nach Änderungen speichern .

Abbildung 18: Analyse Bildschirm - Entfernen eines Dots

Das Hinzufügen und Entfernen der Dots kann dabei beliebig oft durchgeführt werden. Ein

entfernter Dot kann über wieder zur Analyse hinzugefügt werden und umgekehrt.

11.5.3 Zurücksetzen und Speichermöglichkeiten

Alle manuell durchgeführten Änderungen können über Original wiederherstellen auf den

Zustand der automatischen Erkennung zurückgesetzt werden.

Die vorgenommenen Korrekturen werden entweder über Änderungen speichern oder

automatisch durch Schließen des Expertenmodus gespeichert. Nach dem Speichern werden

alle durchgeführten Änderungen im Analyse-Protokoll aufgelistet.

11.5.4 Kommentare

Das Sprechblasensymbol aktiviert ein Kommentarfeld, in dem vom Nutzer Anmerkungen

gemacht werden können. Die Kommentare werden im Analyseprotokoll angezeigt.


Alle zu einer Chip-Analyse gehörenden Informationen können in Form eines PDF-Reports

gespeichert oder ausgedruckt werden (Abb. 19).

Figure 19: PDF-Report: A) Probe/Patient- und Chip-Informationen B) Originalscan und Schema-Ansicht des Scans inklusive

Legende C) Auflistung der Kontrollen, des Schwellwertes und der detektierten Signale D) Auflistung und graphische

Darstellung der Signalintensitäten E) Protokoll mit detaillierter Auflistung aller durchgeführten Aktionen.

12 Datenexport

Zusätzlich zur Ausgabe der Daten in einem PDF-Report besteht die Möglichkeit, den Scan

und die ermittelten Signalintensitäten zu exportieren (Abb. 20). Der Nutzer kann dabei aus

gängigen Bild- und Datenformaten auswählen.

C)

B)

D)

E)


Figure 20: Exportmöglichkeiten der ermittelten Daten

13 Archiv

Zum Archiv Bildschirm gelangt man über den Start-Bildschirm des Programms. Alle Chips und

Daten, die mit der VisionArray Analyzer Software aufgenommen werden, sind automatisch

in der Datenbank auf der externen Festplatte gespeichert und können über das Archiv

wieder aufgerufen werden.

Abbildung 21: Archiv Bildschirm


Die Darstellung der Datenbankeinträge erfolgt in tabellarischer Form (Abb. 21). Die

Informationen der Datenbank entsprechen dabei den im Dateneingabe Bildschirm

hinterlegten Daten. Die Spalten können vom Nutzer individuell angepasst werden. Die

Spalten können über das Einstellungs-Symbol eingefügt oder versteckt werden, oder mit

gedrückt gehaltener Maustaste an die gewünschte Stelle verschoben werden. Nach Auswahl

von Standard wiederherstellen über oder nach Neustart des Programms wird die

Datenbanktabelle wieder in der Standardeinstellung angezeigt.

Innerhalb der Datenbank kann man über die Freifelder der einzelnen Spalten oder über die

Volltextsuche nach Datensätzen suchen. Alle Eingaben in den Suchfeldern können über

gelöscht werden.

Wenn ein einzelner Datensatz ausgewählt wird, wird eine Vorschau des Scans angezeigt. Der

gewünschte Datensatz kann dann entweder über einen Doppelklick, das Öffnen-Icon

oder Weiter geöffnet werden. Der ausgewählte Datensatz öffnet sich dann in der Analyse-

Darstellung und der Nutzer kann diesen entweder direkt zum Report weiterführen oder bei

Bedarf Änderungen vornehmen (Siehe Kapitel 12).

14 Datenspeicherung und -sicherheit

Alle mit der VisionArray Analyzer Software erstellten Scans und Analysen werden

automatisch in einer internen Datenbank gespeichert und können nicht gelöscht werden.

Diese Datenbank befindet sich auf der beigefügten externen Festplatte, um die Sicherheit

personenbezogener Daten zu gewährleisten und dem Verlust von Daten durch technischen

Problemen mit dem Computer, vorzubeugen.

Wir empfehlen regelmäßig Sicherungskopien der Daten auf einem externen Medium

anzufertigen, um einen Datenverlust bei Computer-Problemen zu vermeiden (Kapitel 7).

15 Hilfe-Funktion

Die Hilfe-Funktion kann jederzeit über das Fragezeichen rechts oben aufgerufen werden.

Zu jedem Bildschirm der VisionArray Analyzer Software befindet sich dort die ausführliche

Anleitung.


16 Erläuterung der Symbole

Informationsmaterial beachten

Gebrauchsanweisung beachten

Hersteller

Inhalt ausreichend für n Ansätze

Chargenbezeichnung

Artikelnummer

Verwendbar bis

Zulässige Lagertemperatur

Lichtgeschützt lagern

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