ADVisor Funktionsmanual version 2.2

_________________________________________________________________________________ AUTONIK AB, Ramsta, 640 24 Sköldinge, Sverige, Organisationsnummer: 556 575 – 4297, Säte: Katrineholm

Tel: 0157 50100, Fax: 0157 50505, e-mail: [email protected]

ADVisor funktionsmanual

Version 2.2-3

Indhold

1. Introduktion.......................................................................................................................................... 5

ADVisor – SQL..................................................................................................................................... 5

Princip .............................................................................................................................................. 6

Kort om SQL..................................................................................................................................... 6

ADVisor 2.2 Funktionsmanual

Copyright (c) Autonik AB

Side 2

ADVisor klassebibliotek ....................................................................................................................... 7

2. ADVisor tabeller................................................................................................................................. 11

advCodetable..................................................................................................................................... 11

TabAnalysis.................................................................................................................................... 11

TabAnamnesis ............................................................................................................................... 11

TabAntibiotics................................................................................................................................. 12

TabComment.................................................................................................................................. 12

TabInvestigation ............................................................................................................................. 12

TabLabSection ............................................................................................................................... 12

TabMicroorganism.......................................................................................................................... 12

TabMicroscopyTxt .......................................................................................................................... 12

TabOrgSynonym ............................................................................................................................ 12

TabOrganization............................................................................................................................. 13

TabProcedures............................................................................................................................... 13

TabSpecimen ................................................................................................................................. 13

advIndex............................................................................................................................................. 13

IdxAvd ............................................................................................................................................ 13

IdxFlag............................................................................................................................................ 13

IdxMicro.......................................................................................................................................... 13

IdxComment ................................................................................................................................... 14

IdxIsolate ........................................................................................................................................ 14

IdxNegative .................................................................................................................................... 14

IdxQuantitative ............................................................................................................................... 14

advLabResult ..................................................................................................................................... 14

AbTherapy...................................................................................................................................... 14

ClinAnamBox.................................................................................................................................. 14

ClinAnamnesis ............................................................................................................................... 15

Comments ...................................................................................................................................... 15

Consent .......................................................................................................................................... 15

Freeze ............................................................................................................................................ 15

Header............................................................................................................................................ 16

IsoIdent........................................................................................................................................... 16

Isolate............................................................................................................................................. 17

KidBactalert .................................................................................................................................... 17

KidBactec ....................................................................................................................................... 17

Microscopy ..................................................................................................................................... 17

Negative ......................................................................................................................................... 18

OiVitek ............................................................................................................................................ 18

PrimaryProcedures......................................................................................................................... 18

Procedures ..................................................................................................................................... 18



Side 3

Quantitative .................................................................................................................................... 18

Reason ........................................................................................................................................... 19

Resistens........................................................................................................................................ 19

ResPattern ..................................................................................................................................... 19

MicPattern ...................................................................................................................................... 20

advPj .................................................................................................................................................. 20

Note ................................................................................................................................................ 20

NoteContext ................................................................................................................................... 20

Patient ............................................................................................................................................ 20

SKS ................................................................................................................................................ 20

Scheme .......................................................................................................................................... 21

SchemeData................................................................................................................................... 21

SchemeDialog ................................................................................................................................ 21

{VHS-SKEMA}................................................................................................................................ 21

advSMV.............................................................................................................................................. 21

Definitions....................................................................................................................................... 21

Reports ........................................................................................................................................... 22

advSystem ......................................................................................................................................... 22

UserCart ......................................................................................................................................... 22

UserLog.......................................................................................................................................... 22

AdvUpload ......................................................................................................................................... 22

Patients .......................................................................................................................................... 22

Upload af patientliste via WWBakt ................................................................................................. 23

3. Eksempler.......................................................................................................................................... 24

Forberedelser..................................................................................................................................... 24

Sådan gør du ..................................................................................................................................... 24

Konklusion ......................................................................................................................................... 32

4. ADVisor i WWBakt............................................................................................................................. 33

Kryptering af CPR-numre................................................................................................................... 33

Datoformat ......................................................................................................................................... 33

Identiske isolater ................................................................................................................................ 33

Upload af patientliste ......................................................................................................................... 34

SQL-Queries ...................................................................................................................................... 35

Variable feltdefinitioner ...................................................................................................................... 39

Parametre....................................................................................................................................... 39

Makroer .......................................................................................................................................... 40

Fejlmeldinger.................................................................................................................................. 40

Afvikling af batchjob ........................................................................................................................... 40

SQL-Logning...................................................................................................................................... 41

Query-plan ......................................................................................................................................... 41



Side 4

5. Opsætning ......................................................................................................................................... 44

Vigtigt! ................................................................................................................................................ 44

SQL-manager .................................................................................................................................... 44

ODBC-klient ....................................................................................................................................... 44

Konfigurering af ODBC-klienten ........................................................................................................ 44

ADVisor og Intelliview ........................................................................................................................ 48

Installation ...................................................................................................................................... 48

Opret forbindelse til ADVisor.......................................................................................................... 48

Opret forespørgsel ......................................................................................................................... 52

Anvend forespørgsel i tabel ........................................................................................................... 56

Opsætning i ADBakt (kun for systemansvarlig) ................................................................................. 59

ADVisor batch query .......................................................................................................................... 61



Side 5

1. Introduktion

ADVisor er et tillægsmodul til Autoniks LIS-systemer (ADBakt, WWBakt og wwLab).

ADVisor giver mulighed for dataudtræk i SQL-format.

Blandt styrkerne ved ADBakt er den meget hurtige database (Caché), som gør det muligt at tilføje nye dataelementer og nye brugerflader (som fx WWBakt) uden at ændre på den eksisterende databasestruktur og brugergrænseflade. Med ADVisor åbnes op for endnu en af styrkerne ved Caché, nemlig muligheden for at foretage avancerede SQL-forespørgsler.

ADVisor består af et antal tabeller, som er baseret på en objektmodel af den grundlæggende database. I objektmodellen indgår både klassifikationer, data og autogenererede og beregnede elementer. Blandt disse beregnede elementer er særlige tabeller for at gøre det muligt at udelukke identiske isolater og søge på samtlige resistensmønstre.

ADVisor foretager en logning af alle forespørgsler, og de forespørgsler, der indeholder personnummer logges i en særlig log, som er tilgængelig via WWBakt (system/advisor/opsætning/sql-log).

Denne funktionsmanual beskriver ADVisor version 2.

Kapitel 1. Introduktion er en introduktion til nogle væsentlige begreber i forståelsen af ADVisor og SQL.

Kapitel 2. ADVisor tabeller giver en oversigt over ADVisor klasserne.

Kapitel 3. Eksempler giver et antal eksempler

Kapitel 4. ADVisor i WWBakt giver en kortfattet beskrivelse af ADVisor-funktionaliteten (herunder logning) i WWBakt og nogle vigtige kommentarer vedr valg af strategi ved søgninger!

Kapitel 5. Opsætning beskriver opsætningen af ADVisor og giver en lidt dybere beskrivelse af teknologien.

God fornøjelse!

ADVisor – SQL At skrive SQL-kode er en programmøropgave, som kræver både indsigt og erfaring. Men der findes også andre muligheder.

For at gøre det lettere for ”almindelige” brugere at anvende SQL, har en række firmaer konstrueret rapportgeneratorer eller funktionalitet i standardværktøjer, som understøtter SQL.

Nogle eksempler er

- Microsoft Excel

- Microsoft Access

- StarOffice Base

- Crystal Reports

- IntelliView Designer

- FlySpeed SQL Query

Der er både fordele og ulemper ved hver enkelt af de nævnte værktøjer.

Autonik AB har gode erfaringer med Excel, IntelliView Designer og FlySpeed.

Opsætning er beskrevet i ”kapitel 4. ADVisor i WWBakt” hvortil der henvises.



Side 6

Princip

ADBaktData

(Globaler)

Beskrivelse

AfElementer iADBakt

Udtræk afdata

SQL ManagerSQL Manager

SQL tabeller

Klasser

Objekter

Købing4321VejJens

Strup1234StrædeOle

ByPostnrAdresseNavn

Kort om SQL

SQL (Structured Query Language) er nok det mest udbredte computersprog anvendt til at oprette, korrigere og udtrække data fra relationelle databaser.

SQL består af en række kommandoer, som fx SELECT … FROM, WHERE, GROUP BY, SORT BY, ORDER BY.

Eksempel:

SELECT * FROM books

WHERE price > 100.00

ORDER BY title

I eksemplet ses følgende grundlæggende elementer:

1. SELECT: Udvælg felter i en tabel. I dette tilfælde anvendes ’*’ for at markere at man vil have alle felter, og FROM angiver hvilken tabel. I dette tilfælde tabellen books

2. WHERE: Et kriterium. I dette tilfælde skal price være større end 100.00

3. ORDER BY: Sortering. I dette tilfælde på bogens pris.

I de fleste tilfælde vil man i ADVisor anvende et antal tabeller og kæde dem sammen på forskellige måder. Syntaksen for dette kan være ret indviklet, og derfor er det en god ide, at lade rapportgeneratoren (enten Excel eller IntelliView) foreslå syntaksen. I forskellige afprøvninger af Excel, har det dog vist sig, at Excel ikke altid konstruerer den mest effektive søgning, men som regel kan man arbejde videre med de forslag, som Excel giver og foretage forskellige justeringer.

Intelliview (se side 48) benytter et såkaldt INNER JOIN, som i mange henseender er meget effektivt.



Side 7

Kriteriet (WHERE) kan sammensættes ved hjælp af såkaldte logiske operatorer, dvs AND og OR.

WHERE price > 100.00 AND price < 1000.00

Dette betyder, at prisen skal være mellem 100 og 1000

WHERE price > 100.00 OR price < 1000.00

Dette betyder, at prisen enten skal være større end 100 eller mindre end 1000.

BEMÆRK! ”OR” giver mulighed for at sammensætte kriterier uden mening. I dette eksempel vil alle priser accepteres, idet alle priser enten vil være større end 100 eller mindre end 1000

Fortolkningen af en logisk sætning baseres på anvendelsen af parenteser, fx

WHERE price > 100.00 OR (price <1000.00 AND Author= ANDERSSON)

I dette tilfælde vil vi få alle bøger over 100.00, men også bøger, som koster mindre end 1000 og samtidigt er forfattet af ANDERSSON

På denne måde kan vi sammensætte kriterier med en række forskellige specifikke kriterier

WHERE (price > 100.00 AND Author=ANDERSSON) OR (price > 200.00 AND Author=ULVAEUS)

Vi kan også udelade bestemte værdier

WHERE (price > 100.00 AND Author<>ANDERSSON)

Som betyder, at vi vil have alle bøger over 100, som ikke er skrevet af ANDERSSON.

BEMÆRK! ADVisor er mest effektivt, hvis man benytter = i kriteriet i stedet for < eller >.

Fx

WHERE Lar=2007 OR Lar = 2008

Giver en 10 gange hurtigere søgning end

WHERE Lar > 2006

ADVisor klassebibliotek ADBakts databasestruktur bliver i ADVisor beskrevet ved hjælp et såkaldt ”klassebibliotek”, hvor hver tabel er tilknyttet en pakke.

Der er fem forskellige pakker:

1. Kodetabeller (advCodeTable)

2. Opslagstabeller (advIndex)

3. Datatabeller (advLabResult)

4. Konstruerede tabeller (advView)

5. EPJ tabeller (advPJ)

6. Systemtabeller (advSystem)



Side 8

7. Uploadtabeller (advUpload)

Nedenfor ses en oversigt over klasserne i de enkelte pakker.

Pakke Tabel Indhold

advCodeTable TabAnalysis Analyseklassifikation

advCodeTable TabAnamnesis Anamneser

advCodeTable TabAntibiotics Klassifikation over antibiotika

advCodeTable TabComment UF-kommentarer

advCodeTable TabInvestigation Klassifikation over undersøgelser

advCodeTable TabLabSection Klassifikation af labsektioner (labafdelinger)

advCodeTable TabMicroorganism Klassifikation for mikroorganismer

advCodeTable TabMicroscopyTxt Klassifikation for mikroskopier

advCodeTable TabOrgSynonym Klassifikation for synonymer

advCodeTable TabOrganization Klassifikation for rekvirenter

advCodeTable TabProcedures Klassifikation for prøvetyper

advCodeTable TabSpecimen Klassifikation for prøvetyper

advIndex IdxAvd Index for Labafdelinger/sektioner

avdIndex IdxPatient Index for Personnummer

advIndex IdxFlag Index for flagkoder

advIndex IdxMicro Index for isolerede mikroorganismer

advIndex IdxComment Index for UF-kommentarer

advIndex IdxIsolate Index for Isolater

advIndex IdxNegative Index for negative prøver

advIndex IdxQuantitative Index for negative prøver

advLabResult AbTherapy Registreret antibiotikaterapi

advLabResult ClinAnamBox Registrerede anamnesebokse

advLabResult ClinAnamnesis Registrerede kliniske anamneser

advLabResult Comments Registrerede kommentarer

advLabResult Consent Registrerede biobanks samtykke (BS)

advLabResult Freeze Fryseoplysninger (PSFRYS)

advLabResult Header Grundlæggende information fra registrerede laboratorieundersøgelser

advLabResult IsoIdent Identiske isolater

advLabResult Isolate Registrerede fund i prøve

advLabResult KidBactalert Resultater fra Bact/Alert

advLabResult KidBactec Resultater fra Bactec

advLabResult Microscopy Registreret mikroskopi

advLabResult Negative Registreret negativt svar

advLabResult OiVitek Instrumentopkobling:Resultat af Vitek

advLabResult PrimaryProcedures Primær procedurer

advLabResult Procedures Procedurer

advLabResult Quantitative Registrerede kvantitative analyser på prøve

advLabResult Reason Årsag til rekvisition (REMANL, MAS special)

advLabResult Resistens Registreret resistens pr isolat

advView ResPattern Resistensmønster (konstrueret tabel)

advPJ Note Notater for PJ og WWPJ

advPJ NoteContext Kontekst for notater i PJ og WWPJ

advPJ Patient Kontekst for patient i WWPJ

advPJ SKS SKS Klassifikation



Side 9

Pakke Tabel Indhold

advPJ Scheme Registrerede EPJ Skemaer

advPJ SchemeData Registrerede data i skema

advPJ SchemeDialog Registrerede dialoger (prompts jf medcom) i skema

advPJ {VHS-SKEMA} Konstrueret skema (VHS)

advSMV Definitions Definitioner af Smittvakt

advSMV Reports Rapporterede data via Smittvakt

advSystem UserCart Brugeroplysninger

advSystem UserLog Logningsoplysninger

advUpload Patients Liste over patienter, som er uploaded fra WWBakt til ADVisor

Hver tabel består af et antal kolonner

Eksempel:

advLabResult Quantitative

Registrerede kvantitative analyser på prøve

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Analysis Analyse (angivet som analysenummer-sekvens) Comment Kommentar EvaluationCode Evaluering (0=negativ,1=positiv, 3=grænseværdi) EvaluationText Evalueringstekst Qtnr Analysenummer Quantity Kvantitet RefInterval Referenceinterval SamtestNo Antal prøver, som aktuelle prøve er samtestet med TiterEval Evaluering af titer Unit Enhed

Her kan man finde begreber som qtnr (kode for analysestype) etc. Disse navne relaterer sig til dataelementer i ADBakts database.

Når man skal anvende tabellerne til at hente en statistik eller konstruere et pivotdiagram, så skal man have et vist kendskab til hvordan databasen er sammensat.

Ofte anvendes UML (Unified Modelling Language) til at beskrive klassernes opbygning. Nedenfor vises et UML-diagram for ADVisor. For de fleste ”ikke-programmører” er disse diagrammer nok en anelse uoverskuelige, og vi vil i det følgende beskrive klasserne som tabeller i stedet!



Side 10



Side 11

2. ADVisor tabeller

For at hjælpe på overskueligheden og give mulighed for at søge og sortere i tabeller og kolonnenavne, har Autonik udviklet et Excel-regneark, som indeholder alle klasser, tabeller og beskrivelser, som ses nedenfor.

advCodetable Denne pakke indeholder ADBakts indbyggede klassifikationer. Disse består oftest af en kode, en lang tekst og en såkaldt bokstekst, men også andre felter, som fx AbAcronym

Eksempel:

ID AbAcronym AbBoxText Abnr AbText 11000 PCG G-PENICILLIN 11000 PENICILLIN G (BENSYL-PC) 11001 GP F-KERT 11001 FORKERT 11100 PCV V-PENICILLIN 11100 PENICILLIN V (FENOXI-PC) 12000 AZC AZIDOCILLIN 12000 AZIDOCILLIN 12200 12200 PROPICILLIN 12600 MEC MECILLINAM 12600 MECILLINAM 12620 PIVMECILLIN. 12620 PIVMECILLINAM 13000 AMP AMPICILLIN 13000 AMPICILLIN 13020 13020 PIVAMPICILLIN 13040 13040 BAKAMPICILLIN 13200 13200 AMOXICILLIN 13400 KAR KARBENICIL 13400 KARBENICILLIN 13420 TICARCILLIN 13420 TICARCILLIN 13460 13460 AZLOCILLIN 13480 13480 MEZLOCILLIN 13500 PIP PIPERACILL 13500 PIPERACILLIN 14000 MET METHICILLIN 14000 METHICILLIN 14010 ISO ISOXA-PC 14010 ISOXAZOLYLPENICILLIN 14020 KLX KLOXACILLIN 14020 KLOXACILLIN 14040 OXA OXACILLIN 14040 OXACILLIN

TabAnalysis Analyse klassifikation

Tabel

Qtnr Analysenummer Index QtBoxText Analyse bokstekst Data QtText Lang tekst for analyse Data

TabAnamnesis Anamnese klassifikation

Tabel

Ainr Anamnesenummer Index AiBoxText Anamnese bokstekst Data AiText Lang tekst for anamnese Data



Side 12

TabAntibiotics Antibiotika klassifikation

Tabel

Abnr Antibiotikanummer Index AbAcronym Tre tegns kode Data AbBoxText Antibiotika bokstekst Data AbText Lang tekst for antibiotika Data

TabComment UF-kommentar klassifikation

Tabel

UfNr Kommentarnummer Index UfBoxText Kommentar bokstekst Data UfText Lang tekst for kommentar Data

TabInvestigation Undersøgelses klassifikation

Tabel

Usnr Kode for undersøgelse Index UsBoxText Undersøgelse box tekst Data UsText Lang tekst for undersøgelse Data

TabLabSection Labafdelings klassifikation

Tabel

Avd Kode for labsektion Index AvdText Lang tekst for labsektion Data

TabMicroorganism Mikroorganisme klassifikation

Tabel

Banr Mikroorganisme nummer Index BaBoxText Mikroorganisme boxtekst Data BaText Lang tekst for mikroorganisme Data

TabMicroscopyTxt Mikroskopi klassifikation

Tabel

Minr Mikroskopi nummer Index MiText Lang tekst for mikroskopi Data

TabOrgSynonym Organisations synonym klassifikation

Tabel

MgSyn Synonym for rekvirent Index MgKod Rekvirentkode Data



Side 13

TabOrganization Rekvirent klassifikation

Tabel

MgKod Rekvirentkode Index MgPhone Rekvirentens telefonnummer Data MgText Lang tekst for rekvirent Data

Inactive Flag for inaktivering (1=Inaktiv) Data

TabProcedures Procedure klassifikation

Tabel

Jbnr Procedure nummer Index JbBoxText Procedure bokstekst Data JbText Lang tekst for procedure Data

TabSpecimen Prøvetype klassifikation

Tabel

Stnr Prøvetypenummer Index StBoxText Prøvetype bokstekst Data StText Lang tekst for prøvetype Data

advIndex

IdxAvd Index for Labafdelinger/sektioner

Tabel

Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Avd Kode for labsektion Index Avdnr Prøvens nummer (ved afdelingsnummerering) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Data

IdxFlag Index for flagkoder

Tabel

Code Flagkode Index Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index Text Kommentar til flagkode Data

IdxMicro Index for isolerede mikroorganismer

Tabel

Banr Mikroorganismenummer Index Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index Pbn Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Index



Side 14

IdxComment Index for UF-kommentarer

Tabel

Code Kommentarnummer Index Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

IdxIsolate Index for Isolater

Tabel

Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index Pbn Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Index Isolate Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Data Banr Mikroorganismenummer Data HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference IsolateRef Reference til advLabResult.Isolate Reference

IdxNegative Index for negative prøver

Tabel

Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

IdxQuantitative Index for kvantitative analyser

Tabel

Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Qtnr Analysenummer Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

advLabResult

AbTherapy Registreret antibiotikaterapi

Tabel

Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index Abnr Antibiotikanummer Index AbComment Kommentar Data HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

ClinAnamBox Registrerede anamnesebokse

Tabel

Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index Ainr Anamnesenummer Index



Side 15

AiQualifier Kort kommentar Data HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

ClinAnamnesis Registrerede kliniske anamneser

Tabel

Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index Delimitor Tegn for linieskift i Anamnesetekst Data NoLines Antal linier i anamnesetekst Data AnamnesisText Et antal (NoLines) linier anamnesetekst i fri tekst med

linieskift (Delimitor) Data

HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

Comments Registrerede kommentarer

Tabel

Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index Comments4 4’er kommentar (TF) Data Comments5 5’er kommentar (UK) Data Comments6 6’er kommentar (KL) Data Comments7 7’er kommentar (LK) Data HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

Consent Registrerede biobanks samtykke (BS)

Tabel

Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Index Code kode for samtykke Index ConsentDate Samtykke dato Data ConsentSign Samtykke registreret af Data ConsentText Samtykke tekst Data

Freeze Fryseoplysninger (PSFRYS)

Tabel

Box Boksnummer Index Lar Årstal (skal anvendes sammen med Labnr) Data Labnr Laboratorienummer (skal anvendes sammen med Lar) Data Avd kode for labafdeling Data Isolate Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Data Text Frysekommentar Data FreezeDate Dato for frys (CCÅÅMMDD) Data Init Signatur for frys Data Flag Flagkode *AUTO* for automatisk Data Auto Frosset vhja automatik (=1) Data



Side 16

Banr Mikroorganisme nummer Data

Header Grundlæggende information fra registrerede laboratorieundersøgelser

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Acute Prøven registreret som akut Data AcuteRegBy Registreret som akut af … Data Age Patientens alder på prøvemodtagelsestidspunktet Data Avd Labsektion (labafdeling) Data Avdnr Prøvens nummer ved afdelingsnummerering Data Cprnr Dansk cpr-nummer (kan krypteres) Data Dkod Debiteringskode Data Doc Navn på læge, som er ansvarlig for rekvisitionen Data Dsdate Dato for sygdomsdebut (anvendes ikke) Data Edi Edi-nummer (ved edi-rekvisition) Data ExtId Rekvirentens eventuelle id-nummer (NR) Data Extnr Evt. Eksternt nummer (anvendes sammen med Vnr) Data Hpdate Dato for hospitalisering (anvendes ikke) Data Indate Dato for modtagelse af prove I laboratoriet Data Mgkod Rekvirentkode Data Pname Patientens navn Data Pnr Personnummer (svensk format) Data Prdate Prøvetagningsdato Data Result Beregnet resultat Data RegisteredBy Prøven registreret af Data Sex Patientens køn (1=mand, 2=kvinde) Data Specification Specifikation af prøvetype Data Status Svarstatus (modtaget, preliminær, slutsvar) Data Stnr Prøvetype Data Usnr Undersøgelse Data Utdate Udskriftsdato Data Vnr Versionsnummer (anvendes sammen med extnr) Data HeaderRef Unik reference Reference

IsoIdent Identiske isolater

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Pbn Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Index Ident Antal dage siden sidste identisk isolat.

0 = Ingen identiske isolater forud 1 = Identisk fundet i samme døgn >1 = Der er fundet identiske isolater i perioden (default 21 dage) Identisk beregnes på udfra Avd, UsNr, StNr, Banr

Data




Side 17

Isolate Registrerede fund i prøve

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Pbn Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Index DirectResistens Direkte resistens foretaget Data Isolate Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Data IsolateComment Kommentar til fund Data IsolateRef Unik reference Data MkComment Lang kommentar (MK) til fund Data Pbn Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Data Quantity Kvantitet Data VitekRes Ubearbejdet resultattekst fra Vitek (instrumentopkobling) Data HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

KidBactalert Resultater fra Bact/Alert

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Kid Kolbe identifikationsnummer Index Days Dyrkningstid i dage Data Result Resultat i fri tekst Data HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

KidBactec Resultater fra Bactec

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Kid Kolbe identifikationsnummer Index Days Dyrkningstid i dage Data TTD Time to determination (decimaldage) Data StartDTM Dyrknin starttid Data Result Resultat i fri tekst Data Status Status fra Bactec Data Cell Reference til celle i Bactec Data Media Dyrkningsmedie Data ReportDTM Dato for seneste transmission Data Sign Oprettet af Data Mins Antal minutter fra starttid til rapporttid Data HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

Microscopy Registreret mikroskopi

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Minr Mikroskopitekst nummer Data



Side 18

MiQualifier Fri tekst tilføjelse til mikroskopitekst Data MiText Mikroskopitekst Data HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

Negative Registreret negativt svar

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Comment Kommentar Data Delimitor Tegn for linieskift Data NollText Negativt svar i fritekst (Delimitor som linieskift) Data HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

OiVitek Resultat af Vitek

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index VitekHdrStr Fund i fri tekst Data Pbn Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Data VitekAmc – VitekXxx Mic værdier for antibiotika identificeret ved 3-tegnskode.

Værdien hentes fra VitekRes (se advLabResult.Isolate) Data


PrimaryProcedures Primær procedurer

Tabel

Jbnr Procedurekode Index Result Procedure resultat Index Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference

Procedures Procedurer

Tabel

Jbnr Procedurekode Index Result Procedure resultat Index Banr Mikroorganismenummer Index Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Pbn Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Index HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference IsolatRef Reference til advLabResult.Isolat Reference

Quantitative Registrerede kvantitative analyser på prøve

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index



Side 19

Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Analysis Analyse (angivet som analysenummer-sekvens) Index Comment Kommentar Data EvaluationCode Evaluering (0=negativ,1=positiv, 3=grænseværdi) Data EvaluationText Evalueringstekst Data Qtnr Analysenummer Data Quantity Kvantitet Data RefInterval Referenceinterval Data SamtestNo Antal prøver, som aktuelle prøve er samtestet med Data TiterEval Evaluering af titer Data Unit Enhed Data

Reason Årsag til rekvisition (REMANL, MAS special)

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index ReasonCode Årsagskode (lokal) Data ReasonDate Dato Data ReasonSign Signatur for registrering Data

Resistens Registreret resistens pr isolat

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Pbn Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Index Abnr Antibiotikanummer Index FlagStr Diverse flag (specialanvendelse) Data MicStr Mic-værdi med SIR tolkning Data Mic Mic værdi Data MicSir SIR tolkning af Mic værdi Data ResStr Zonestørrelse og SIR Data SIR SIR Data ZoneSize Zonestørrelse Data HeaderRef Reference til advLabResult.Header Reference IsolatRef Reference til advLabResult.Isolat Reference

ResPattern Resistensmønster (konstrueret tabel)

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Banr Mikroorganismenummer Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Pbn Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Index SirXXXXXX Sir-værdi (XXXXXX=antibiotikanavn) Data ZoneXXXXXX Zonestørrelse (XXXXXX=antibiotikanavn) Data



Side 20

MicPattern Mic mønster (konstrueret tabel)

Tabel

Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Index Banr Mikroorganismenummer Index Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Index Pbn Isolat (angivet som mikroorganismenummer-sekvens) Index MicXXXXXX Mic-værdi (XXXXXX=antibiotikanavn) Data MicSirXXXXXX Sir (tolkning) (XXXXXX=antibiotikanavn) Data

advPj

Note Notater for PJ og WWPJ

Tabel

Pnr Svensk personnummer Index Dtm Dato og tid for oprettelse Index Dt Dato for oprettelse Data Tm Tid for notatoprettelse Data NoteText Notat tekst Data NoLines Antal linier i notat Data

NoteContext Kontekst for notater i PJ og WWPJ

Tabel

Pnr Svensk personnummer Index Dtm Dato og tid for oprettelse Index Dt Dato for oprettelse Data Tm Tid for notatoprettelse Data IsWwPj Kontekst er et WWPJ-notat Data Sign Notatet signeret af… Data

Patient Kontekst for patient i WWPJ

Tabel

Cprnr Patientens cpr-nr (kan være krypteret) Index Name Patientens navn Data Status AKTIV, PROBLEM, SLUT Data wwStatus Statuskode Data

SKS SKS Klassifikation

Tabel

SubTable Undergruppe i SKS (fx ATC, DIA) Index Code SKS-kode Index Text Tekstuel beskrivelse Data



Side 21

Scheme Registrerede EPJ Skemaer

Tabel

Scheme Navn på skema Index Pnr Svensk personnummer Index Dtm Dato og tid for oprettelse Index Cprnr Patientens cpr-nr (kan være krypteret) Data SchemeRef Unik reference til skema Reference

SchemeData Registrerede data i skema

Tabel

SchemeRef Unik reference til advPJ.Scheme Reference Data Dataindhold Data Field Feltnavn Data Ix Index for felt Data Text Kommentar Data

SchemeDialog Registrerede dialoger (prompts jf medcom) i skema

Tabel

SchemeRef Unik reference til advPJ.Scheme Reference Data Dataindhold Data Dialog Dialognummer Data Rubrik Overskrift til dialog Data

{VHS-SKEMA} Konstrueret skema (VHS)

Tabel

Pnr Svensk personnummer Index Dtm Dato og tid for oprettelse Index Cprnr Patientens cpr-nr (kan være krypteret) Data Lar Årstal (anvendes sammen med Labnr) Data Labnr Prøvens nummer (anvendes sammen med Lar) Data Scheme Navn på skema Data SchemeNo Case nummer (i det aktuelle skema) Data dxxxxxxx Dialog xxxxxx=dialognavn (tekst^|data) Data fxxxxxxx Felt xxxxxx=feltnavn (data) Data

advSMV

Definitions Definitioner

Tabel

ID Unikt Id (svarer til RapId) Index RapId B eller Q +Nr (B=mikroorganismer, Q=Analyser) Data Name Rapportens navn Data Silence ”Tyst” rapport 1) Ja, 0) Nej Data RapType Rapport type: 1) SmiNet version1, 2) Rapportliste, 3) Intern

overvågning 4) SmiNet-2 Data



Side 22

Responsible Ansvarlig for oprettelsen Data

Reports Rapporter

Tabel

ID Unikt Id (svarer til RapId) Index RapId B eller Q +Nr Index Lar Prøve årstal Index Labnr Prøve nummer Index

advSystem

UserCart Brugeroplysninger

Tabel

UserId Brugeridentifikation Index UserName Brugernavn Index UserAddr Bruger adresse Data UserOrganisation Rekvirentkode (MGKOD) Data UserAttached Tilhørsforhold (hvilken organisation har ansvaret for

brugeren) Data

UserValidFrom Gyldighed fra dato Data UserValidUntil Gyldighed til dato Data UserType Brugertype (Normal, super, system) Data Category Kategori: Bruger eller Rolle Data UserPeriod Antal måneder for tilgang til svar Data UserRole Navn på evt. rolletilhørsforhold Data

UserLog Logningsoplysninger

Tabel

ID Index LogDtm Dato-tid for logning Index UserId Bruger-id (uden sessionsnummerering) Data LogUserId Bruger-id (Sessionsnummereret) Data LogUserType Brugertype Data LogUserRekv Rekvirent tilhørsforhold Data LogRoutine Rutinenavn Data LogText Tekst Data LogData Spec data, fx Personnummer Data LogLbnr Spec data, Lar-Labnr Data

AdvUpload

Patients Patienter, som er uploaded fra WWBakt til ADVisor

Tabel

List Dataindhold Index Upload Uploaded værdi Index Pnr Svensk personnummer (excl sekel) Data



Side 23

Sekel Århundrede Data Cprnr Patientens cpr-nr (kan være krypteret) Data

Upload af patientliste via WWBakt

Det er muligt at uploade en patientliste til ADVisor via system/advisor/Upload patientliste i WWBakt.

Listen kan være en tekst-fil, som uploades som en ”stream” via et klientprogram i browseren, eller en manuelt indtastet patientliste (kan selvfølgelig også være overført via Cut-and-paste).

Ved manuelt indtastede patientlister, kan der kun overføres ca 32.000 tegn ad gangen, men selve patientlisten har ingen begrænsninger.



Side 24

3. Eksempler

Følgende er et lille eksempel, som er tænkt som inspiration og ”kom hurtigt i gang med ADVisor”. I eksemplet vil vi anvende Excel, da det er nemt at gå til, og fordi styrkerne i ADVisor bliver synlige på en meget overskuelig måde.

Forberedelser For at gennemføre dette eksempel, skal du bruge følgende

- Excel (eller lignende) skal være installeret

- ODBC-klient (installeret og konfigureret, som beskrevet i afsnit 0 og 0)

Sådan gør du

1. Åbn Excel

2. Vælg Data > Importer eksterne data > Ny databaseforespørgsel

3. Vælg ”ADVisor*”

4. Klik på OK

5. Nu vises en ”guide”, som giver mulighed for at vælge hvilke data, der skal med i forespørgslen



Side 25

6. I det venstre panel ses de tabeller, som man har adgang til.

7. Klik fx på [+] AbTherapy. Nu vises de felter (eller rettere kolonner) man har adgang til

8. Klik på ”Abnr” og ”AbComment”



Side 26

Bemærk! Når du vælger en kolonne, så flyttes den fra venstre til højre panel!

9. Vælg nu ”Header”

10. Heri vælges ”Lar” og Labnr”



Side 27

11. Vælg nu ”TabAntibiotics”

12. Klik på ”AbText”

13. Klik nu på ”Næste”



Side 28

14. Nu kan du filtrere data, fx Lar=2006 OBS! Det er vigtigt at lægge et kriterium på Lar for at få den mest effektive søgning.

15. og AbText=AMPICILLIN



Side 29

16. Klik på ”Næste”

17. Nu kan du vælge en sortering (det springer vi over) og trykker på ”Næste”

18. Vælg at ”få vist data eller redigere forespørgslen i Microsoft Query”. Hvis du har meget travlt, så kan du vælge ”Returner data til ”microsoft Office Excel” og klikke på ”Udfør”

19. Hvis du valgte at få vist data i Microsoft Query, så vil du se noget, som ligner det følgende:



Side 30

20. Bemærk, at der sandsynligvis er langt flere data i dit udtræk!

21. Oversigten giver dig et indblik i hvordan data er relateret til hinanden. Man kan trække i tabellerne, så man bedre kan se deres indbyrdes relationer



Side 31

22. Man kan nu se, at Abnr findes i to af tabellerne, og at de dermed bliver ført sammen, mens Lar og Labnr findes i Header og AbTherapy.

23. Du kan se den SQL-kode, som vil blive anvendt, hvis du klikker på

24. Luk Query-vinduet ved at klikke på .



Side 32

25. Klik på ”OK”

26. og nu vises dine data i Excel!

Konklusion Denne metode gør det muligt at lave en hurtig sammentælling her og nu. Bemærk, at selvom det ser enkelt ud, så kan der meget vel være tale om ganske voldsomme datamængder der skal kikkes igennem før vi når til dette udtræk. Tænk dig derfor om inden du trykker på ”OK”, og stil dig ofte spørgsmålet:

Er denne statistik nødvendig?



Side 33

4. ADVisor i WWBakt

Via System/Advisor/Opsætning har man adgang til følgende

På skærmbilledet ses status for ADVisor web-services (herunder seneste login-token).

Kryptering af CPR-numre Til brug for statistik, som skal lagres lokalt på en pc, vil man kunne anvende muligheden for at kryptere cpr-numre. Dette betyder, at cpr-numrene tildeles en krypteret entydig værdi, som gør at patienter ikke kan identificeres. Men den enkelte patient får samme krypterede værdi i alle udtrukne prøver.

Datoformat Datoformat angiver om datoer vises som Streng (ex 20090101) eller Dato (ex 2009-01-01) i nationalt format, således at der kan foretages kalkulationer på datoerne i Excel.

Såvel datoformat, som delimitor kan kun ændres af Autonik.

Identiske isolater I tabellen advLabResult.IsolIdent udregnes en værdi for identisk isolat, hvor

0 betyder, at der ikke findes et identisk isolat, mens

1 betyder, at der findes identisk isolat i samme døgn, og værdier

-1 og nedefter angiver hvor mange dage det er siden at der fandtes et identisk isolat.

ADVisor foretager denne udregning for hvert enkelt isolat i søgningen.

Som udgangspunkt er den nedre grænse valgt til 21 dage. Herefter vil et isolat blive markeret som 0. Autonik kan ændre denne værdi.



Side 34

Som udgangspunkt foretages vurderingen af identiske isolater på såvel personnummer, mikroorganisme, prøvetype og undersøgelsestype. Det er også muligt at vælge at indstille ADVisor til at se bort fra prøvetype og undersøgelsestype. Hvis det ønskes, kan Autonik sætte dette flag.

Upload af patientliste Det er muligt at registrere et antal patienter på en patientliste, og på den måse foretage en hurtigt udvalg af data baseret på denne.

Upload enten fra fil eller ved at indtaste et antal personnumre manuelt!



Side 35

Klik på ”Upload”

Patientlisten er nu tilgængelig i tabellen advUpload.Patients

advUpload.Patients.List kan bruges som kriterium. I dette tilfælle er Listens navn ”test”

SQL-Queries Med denne funktionalitet er det muligt at afvikle SQL-forespørgsler direkte i WWBakt.

Forespørgslerne kan aktiveres på nærmere angivne tidspunkter i forbindelse med afvikling af nat-job kørsler (^PSJOB). Forespørgslerne kan oprette filer i forskellige fil-formater, fx HTML-tabel, XML, komma og semikolon separeret og fastlængde fil.

Filer kan sendes automatisk med ftp.



Side 36

Klik på en forespørgsel, og detaljerne vises



Side 37

Når man åbner en forespørgsel, vil der automatisk blive foretaget et test-opslag. Dette testopslag, vil maximalt hente 1000 poster. Definitionen af et query giver følgende muligheder:

Felt Forklaring Eksempel

Querynavn Vilkårligt (unikt) navn for forespørgslen. Der kan indtastes op til 30 karakterer. Det anbefales at navnet indeholder både en kategori, fx ”klass:” for klassifikation og en kort beskrivelse.

Klass:Rekvirenter Rapport:MRSA på sygehus

Knappen ”Gem”/”Hent”

Gemmer den aktuelle forespørgsel og afvikler en testkørsel med maximalt 1000 rækker. Ny forespørgsel oprettes ved at vælge ”Advisor: Nyt query” på oversigten og gemme forespørgslen under et andet navn. Knappens navn skifter automatisk til ”Hent”, når man vælger ”Advisor: Nyt query” .

Query tekst Her kan der indtastes et SQL query af vilkårlig længde.

’SELECT * FROM advCodeTable.TabOrganization’



Side 38

Det anbefales at benytte en ”Query-builder”, fx IntelliView eller FlySpeed og klippe det genererede skript ind. Hvis skriptet indeholder fejl, kan man have svært ved at fejlsøge. Se i øvrigt nedenfor under ”Variable feltdefinitioner”

’SELECT Mgkod,MgText,Inactive FROM advCodeTable.TabOrganization WHERE Inactive=0’ ’SELECT Mgkod,MgText,Inactive FROM advCodeTable.TabOrganization WHERE Inactive=:P1’ ’SELECT Mgkod,MgText,Inactive FROM advCodeTable.TabOrganization WHERE @Inactive’

Aktiveret Når dette felt er afkrydset er forespørgslen aktiv i forbindelse med batch-kørsel (”Nat-job”). Se nedenfor under ”Afvikling af batchjob”

Kør Kørsel af batchjob enten ”Hver gang” eller ”En gang”. Vælger man ”Hver gang” vil forespørgslen blive afviklet hver gang den aktuelle Batchgruppe bliver kørt

Antal rækker Max antal rækker i kørslen. For at undgå løbske kørsler, er det muligt at angive et endeligt antal rækker som skal vises (max 5 cifre). Hvis alle rækker skal vises kan man angive dette med ”*”. Hvis intet angives, vil der blive vist 1000 rækker (både på skærm og fil-udskrift).

’99999’

’12345’

’*’ � vis alle

Logning Hvis denne er afkrydset, vil der blive foretaget logning i query-loggen (se nedenfor). Når en forespørgsel er aktiv, vil logning automatisk blive sat,

Batchgruppe Valfrit navn for gruppen af batch-kørsler. Det er ikke nødvendigt at angive en batchgruppe, såfremt man har oprettet en generel batchjob definition i ^PSJOB (se nedenfor)

Filnavn Valgfrit filnavn uden ekstension (filtype). Denne angives i feltet filtype. Filen vil blive oprettet i det aktuelle eksport-katalog, fx /export/, som angivet i ADBakt.

En særlig variant af filnavnet gør det muligt at tilknytte datoangivelser til filnavnet. Der findes 4 forskellige datovariable: DATE4: Angiver årstal DATE6: Angiver årstal og måned DATE8: Angiver aktuel dato DTM: Giver fuld dato og tid.

Når tekst kombineres med variable, skal der indsættes ” (anførelsestegn)

’analyser’ ’mikroorganismer’ ”Stat”_DATE4 � Stat2009

”MON”_DATE6 �MON200901 DATE8 � 20090101 DTM_”C” � 20090101120001C



Side 39

omkring teksten og ”_” (underscore) mellem tekst og variabel, fx ”FILNAVN”_DATE4

Bemærk! Filnavnet skal opfylde de krav, som operativsystemet sætter for filnavne. Det betyder, at der normalt ikke må anvendes andet en tal og bogstaver.

Filtype Der kan vælges mellem følgende filtyper:

.Html (tabelformat)

.xml (ADVisor dataformat)

.csv (komma eller semikolonsepareret)

.txt (tabulatorsepareret)

Overfør med FTP Denne mulighed anvender en opsætning, som er defineret under ”systemservices/ftp-support” i WWBakts systemmenu.

Overførslen bliver kun gennemført i forbindelse med batch-kørsel.

FTP-support oprettes af Autonik. OBS! Pas på med at eksperimentere med dette, hvis du ikke er helt klar over hvad det betyder!

Knappen ”Opdatér” Denne knap gemmer de aktuelle indstillinger og foretager et prøveopslag på samme måde som ”Gem”/”hent”-knappen.

Knappen ”Slet” Sletter den aktuelle forespørgsel efter et kontrolspørgsmål.

Variable feltdefinitioner Denne funktionalitet giver mulighed for at definere dynamiske kriterier på to forskellige måder, parametre eller makroer. De to metoder kan kombineres efter behov.

Parametre

Hvis man vil indsætte en dynamisk parameter i et kriterium gøres det på følgende måde:

Programmet benytter ’:P’ til at bestemme hvor parameteren skal indsættes. Derfor kunne man også vælge at navngiver parametrene mere intuitivt, fx ’:Pinaktive’. Parameterens navn afsluttes med mellemrum.



Side 40

Som værdi for parameteren kan der anvendes Cachéscript funktioner, fx

$$^PSDATE og lignende.

Makroer

Feltmakroer giver mulighed for at lægge en del opsætning udenfor selve query-teksten. Det gør det lettere at overskue komplicerede forespørgsler. Kun felter, som er defineret i SELECT kan anvendes til makroer.

Definitionen af makro foregår i to tempi.

1. Først defineres kolonnen med et normalt kriterium eller parameter

2. Gem forespørgslen

3. Ret det ønskede felt til en makro

I makroen kan der vælges mellem forskellige ”operatorer”, fx

ADVisor indsætter den pågældende operator og værdi i forespørgslen, når den afvikles. Resultatet kan ses i ”query-loggen” (se nedenfor).

Fejlmeldinger

Hvis der er fejl selve forespørgslen, vises følgende fejlmedddelelse:

FEJL: Ingen kolonner defineret, eller fejl i parametre.

Hvis der er fejl i kriterier eller forespørgsler vises en lidt mere uddybet fejlmeddelelse, fx:

FEJL: Ingen kolonner defineret, eller fejl i parametre. Syntaxfejl: P1='$E'

I dette tilfælde har man anvendt en funktion, som ikke er angivet korrekt.

Afvikling af batchjob Det anbefales, at vælge enkle navne på batch-grupper, fx ”RUTINE”, ”TEST” etc. Batchgruppen ”KLASLOAD” er reserveret til udtræk af klassifikationer.

En forespørgsel afvikles først i batch, når den aktuelle Batchgruppe skal afvikles (jf definitioner i ^PSJOB). Forespørgslerne afvikles indenfor batchgruppen i alfabetisk rækkefølge.

Hvis der angives en batchgruppe, som ikke eksisterer i ^PSJOB, vil forespørgslen ikke blive afviklet.



Side 41

Hvis der ikke angives en batchgruppe, kan denne kun afvikles, såfremt der er defineret en generel batch, dvs en JOB^ADVBATCH uden parametre.

Opsætningen af ^PSJOB er en opgave, som varetages af AUTONIK.

SQL-Logning

På denne log vises de søgninger, som har indeholdt personnumre (eller cpr-numre).

Der vises hvor stort resultatet har været (antal rækker – hvilket svarer til antal patienter/prøver).

Herudover vises hvor lang tid søgningen har taget på serveren og hvor stor den relative belastning har været!

Bemærk, at antal rækker, servertid og belastning varierer betydeligt!

Dette hænger sammen med forskelle i kriterier – også kaldet query-plan (se nedenfor)!

Forespørgslen identificeres ved et CacheSql-nummer, en dato tid og en bruger.

Query-plan Hvis man klikker på en linie, kan man se det aktuelle søgekriterium (SQL-kode) og en beskrivelse af hvorledes søgningen er udført.



Side 42

Læg mærke til, at denne søgning er baseret på en gennemgang af alle mikroorganismer i klassifikationen, og for hver af disse undersøges om der findes en mikroorganisme, som findes i indexet for det pågældende år.

Hvis vi ikke havde angivet et år ville ADVisor have valgt en helt anderledes (og ineffektiv strategi):



Side 43

I dette tilfælde bladres igennem Header og for hver prøve opbygges undertabel med fund, som efterfølgende gennemløbes. Det betyder, at søgningens relative belastning stiger

Fra 1823066 til 257864652

eller rettere

faktor 141

Som hovedregel vil forespørgsler med Module x, som ovenfor være meget ineffektive. Det kan derfor anbefales at lægge et kriterium på Lar på alle søgninger.

I Intelliview skal et sådant kriterium skrives direkte i SQL-koden, fx

WHERE (Lar=1999 OR Lar=2000 OR Lar=2001)



Side 44

5. Opsætning

Vigtigt! Det er hensigtsmæssigt at brugerorganisationen råder over mindst en systembruger, som har adgang til Cachés SQL-manager via Caché kuben. Denne systembruger skal kende til et masterpassword og have mulighed for at tildele rettigheder for de øvrige brugere af ADVisor. Da ADVisor ved forkert brug kan åbne hele databasen er det vigtigt, at denne systembruger aftaler de nærmere detaljer for en nødprocedure med Autoniks medarbejdere, således at der om nødvendigt kan lukkes for ADVisor uden at man skal lukke hele databasen. Autonik kan ikke stilles til ansvar for evt. misbrug af data som følge af misligholdt sikkerhedsprocedure i ADVisor.

SQL-manager SQL manager installeres som en del af Caché-klienten (kuben). Af sikkerhedsmæssige årsager vil dette ikke blive beskrevet i denne vejledning.

ODBC-klient De almindelige brugere har adgang til ADVisor via en ODBC-klient, som skal installeres på de pc’ere, hvorfra der skal være adgang til ADVisor.

ODBC-klienten leveres som en selvudpakkende EXE-fil (ODBCdiriver.exe). Installationen foregår helt automatisk (ved hjælp af en typisk installationdialog).

Konfigurering af ODBC-klienten

Åbn ODBC-administrator via kontrolpanel.

Vælg ”tilføj”



Side 45

Vælg intersystems ODBC (CACHEODBC.DLL)

Følgende dialog giver mulighed for at angive databasens navn og placering (IP-adresse) mm



Side 46

Udfyld med relevante informationer, fx

Bemærk, at du skal angive den rigtige IP-adresse og port, jf. anvisning fra IT-afdelingen.

Klik på “Test connection”



Side 47

VIGTIGT! Husk at slette User Name og Password inden du gemmer opsætningen, så der ikke åbnes mulighed for uautoriserede

adgangsforsøg!

Hvis alt går planmæssigt, så vises driveren på plads i listen over mulige datakilder



Side 48

ADVisor og Intelliview Intelliview er en SQL-rapport generator, som kan benyttes til at udtrække data fra ADBakt via ADVisor. Intelliview Designer er et tredjeparts produkt, som sælges af AutonikAB.

Dette dokument beskriver nogle simple tips og tricks, så du hurtigt får Intelliview til at fungere, og der er således ikke tale om en egentlig brugervejledning. For uddybende hjælp henvises til on-line hjælpen i Intelliview Designer.

Installation

Intelliview Designer skal installeres ved hjælp af installationsprogrammet, og der skal angives en licensnøgle.

En licens dækker anvendelsen af Intelliview Designer på en maskine. Det er muligt at flytte licensen fra en maskine til en anden, men en licens må kun bruges på en maskine ad gangen,

Til Intelliview Designer pakken følger også en Intelliview Analyzer. Denne viewer kan ikke oprette tabeller, men kan benyttes til at kikke på specielle .ivwr raport filer. Intelliview Analyzer er licensfrit, og kan installeres på lige så mange maskiner man har behov for!

Opret forbindelse til ADVisor

Der findes flere muligheder for at oprette forbindelsen, men vores erfaring er, at det kan betale sig at opsætte en ”User Connection”.

Fordelen er, at når den en gang er oprettet, kan man anvende den i alle de efterfølgende sessioner.



Side 49

Vælg “New DB” � “ADO Connection”

Bemærk! I modsætning til Excel, skal man ikke vælge ODBC, da der i visse tilfælde sker en timeout, som giver uforudsete fejl.



Side 50

Vælg ”Microsoft OLD DB for ODBC Drivers” på listen og klik på “Næste”

Vælg den ODBC-klient du har oprettet til brug for Excel

(Dette er beskrevet i ADVisor undervisningsmaterialet)



Side 51

Skriv din adgangskode og password. Klik på ”Afprøv tilslutningen”

Det kan være en fordel at afkrydse ”Tillad Lagring af adgangskode”, så man slipper for at taste adgangskoden ind hver gang forbindelsen skal anvendes. BEMÆRK!

Der kan dog være tale om et brud på de lokale sikkerhedsforskrifter, hvilket bør undersøges!

Hvis koden er rigtig og driveren er korrekt installeret vises

Klik på ”OK”

Hvis der er fejl vises i stedet en fejlmeddelelse!

Undersøg hvad fejlen er og forsøg at rette den. Hvis du ikke kan finde fejlen, bør du kontrollere, at ODBC-klienten fungerer, og evt kontakte Autonik.

Klik på ”OK”

Og nu er du klar til at oprette den første forespørgsel!

Du kan evt. navngive forbindelsen:

Fx Connection1 � ADVisor



Side 52

Opret forespørgsel

Det er lettest at anvende ”User connection” til at oprette forespørgsler. Fordelen er, at sql-query lagres så det kan genbruges igen og igen.

Klik på ”New Query”

Nu åbnes Query Builder (Værktøj for at skrive sql-forespørgsler)

I venstre panel ses en oversigt over tabeller i ADVisor.

Klik på ADVisor og krydset med de underlige tegn



Side 53

Der er nu adgang til de tabeller, views og Stored procedures, som din brugeradgang giver dig mulighed for at anvende.

Tabellerne er ordnet i pakker, advCodeTable, advIndex etc.

Åbn en pakke, fx advCodeTable.

Tabellerne kan nu trækkes over på relationsområdet med ”træ-og-slip” (se nedenfor)

Man kan også åbne en tabel og se felterne



Side 54

Udvælg felter efter behov. Samtidigt med udvælgelsen dannes de sql-sætninger, som skal bruges i forbindelse med forespørgslen

Klik på fanen ”Results” for at se et eksempel på udtrækket



Side 55

Klik på OK

Nu gemmes forespørgslen, så den kan bruges i andre sammenhæng.



Side 56

Klik på ”Edit” for at redigere forespørgslen eller OK for at forlade opsætningen af ”Permanent Connections”

Anvend forespørgsel i tabel

Når man skal oprette en rapport, enten som en freeform-layout (rapportgenerator) eller grid-layout (regnearksformat, se nedenfor) skal man starte med at oprette en ny rapport

Freeform kræver en del viden om hvordan en rapport opbygges, mens Grid layout er ganske simpel



Side 57

Efter valg af ”grid layout” kan du hente en forespørgsel fra ”User connection”

Vælg fx den forepørgsel vi har oprettet ovenfor, eller opret en ny efter behov

Klik på ”Add”

Forespørgslen lægges nu på Grid layoutet, og man kan nu formatere og lege med data, som man vil.



Side 58

BEMÆRK!

Max records sættes automatisk til 1000. Du kan ændre dette tal, eller tillade at alle poster kommer med ved at afkrydse feltet ”All records”!

PAS PÅ!

Hvis der er tale om en stor database, skal du være forberedt på at det kan tage lang tid at køre forespørgslen!

Grid layout giver mulighed for at oprette pivot-tabeller og grafer



Side 59

Det skal dog bemærkes, at den forespørgsel vi har anvendt i dette eksempel ikke er velegnet til pivot-tabel og grafisk afbildning.

Opsætning i ADBakt (kun for systemansvarlig) ADVisor installeres enkelt og hurtigt ved import af et klassebibliotek via Caché studio.

Datoformatet kan ændres med

S ÂDVISOR(LB,"DATEFORMAT")="S" eller default ”D”

S ÂDVISOR(LB,"DATEDELIM") default ”-”.

Efter importen og efter eventuel ændring i antibiotikatabellen, skal man udføre følgende, som danner den autogenererede tabel ResPattern.

BAC>D CREATEVIEWSÂDVISOR

Check for existing class: advView.ResPattern

Deleting existing class: advView.ResPattern

Create: advView.ResPattern

--- Properties:

Nodes: Lar Banr Labnr Pbn

ResistensPattern: 11000: PENICILLINGBENSYLPC

11110: PENICILLING

12600: MECILLINAM

13000: AMPICILLIN

13020: PIVAMPICILLIN

13200: ZAMOXICILLIN

13300: AMOXICILLINCLAVULANSYRE

13500: PIPERACILLIN

13510: TAZOBACTAMPIPERACILLIN

14000: METHICILLIN

14040: OXACILLIN

14050: OXACILLIN1MCG

14060: DIKLOXACILLIN

14100: NAFCILLIN

15000: CEFALOTIN

15080: CEFALEXIN

15160: CEFAKLOR

15200: CEFUROXIM

15280: CEFOXITINIKKERUTINE

15400: CEFOTAXIM

15410: CEFTAZIDIMCLAVULAN

15520: CEFTAZIDIM

15530: CEFOTAXIMCLAVULAN

15560: CEFTRIAXON

15680: CEFPIROM



Side 60

15740: CEFPODOXIM

15750: CEFEPIME

17300: IMIPENEM

17330: ERTAPENEM

17400: MEROPENEM

17500: AZTREONAM

20200: ERYTHROMYCIN

20240: OLEANDOMYCIN

22200: KLINDAMYCIN

22210: CLARITHROMYCIN

22300: BACITRACIN

22500: KOLISTIN

22600: POLYMYXINB

22800: VANCOMYCIN

22820: TEICOPLANIN

24100: TETRACYKLIN

24120: CHLORTETRACYCLINE

24290: TIGECYKLIN

26100: KLORAMFENIKOL

27010: LINEZOLID

27100: SYNERCID

28120: STREPTOMYCIN

28140: KANAMYCIN

28160: GENTAMICIN

28180: TOBRAMYCIN

28220: AMIKACIN

28260: NETILMICIN

32400: SPEKTINOMYCIN

32500: NOVOBIOCIN

32700: FOSFOMYCIN

33100: FUSIDIN

34100: TRIMETHOPRIM

34200: TRIMETHOPRIMSULFA

35000: SULFONAMID

36100: NITROFURANTOIN

36400: NALIDIXINSYRE

36440: NORFLOXACIN

36460: CIPROFLOXACIN36460

36470: GREPAFLOXACIN

36480: TROVAFLOXACIN

36570: MOXIFLOXACIN

37100: METRONIDAZOL



Side 61

37120: TINIDAZOL

37500: RIFAMPICIN

39400: AMPHOTERICINB

41100: FLUCYTOSIN

43100: GRISEOFULVIN

44120: ECONAZOLE

44170: FLUCONAZOLE

44180: ITRACONAZOLE

44190: VORICONAZOLE

44500: CASPOFUNGIN

71200: CEFOTAXIM71200

71230: CEFTAZIDIM71230

71395: CEFOXITIN

72200: FUCIDIN

74100: CIPROFLOXACIN74100

91300: AMPICILLIN91300

92100: CEFUROXIMEAXETIL

92110: CEFUROXIMESODIUM

93646: CIPROFLOXACIN

94000: SPECTINOMYCIN

94500: AZITHROMYCIN

94600: XXX

94700: MUPIROCIN

Index: BareIdx

--- Storage definition: ResPattern

Subscripts: ^BLABNO {Lar} {Banr} {Labnr} {Pbn}

RowId: Lar^{L2} Banr^{L2} Labnr^{L4} Pbn^{L5}

Compilation started on 01/23/2008 10:34:01

Compiling class advView.ResPattern ..................

Compiling table advView.ResPattern ...

Compiling routine advView.ResPattern.1



Compilation finished successfully.

ADVisor batch query Opret eventuelt et antal standard-udtræk med

BAC>D INIT^ADVBATCH

BAC>

Opsæt evt JOB^ADVBATCH med parameter (fx ”KLASLOAD” og/eller ”RUTINE”) i ^PSJOB

ADVisor Funktionsmanual version 2.2

Documents

Transcript of ADVisor Funktionsmanual version 2.2