Graphentheorie SS13 Daniel Gerighausen, Sarah Berkemer · Praktikumsbericht Graphentheorie SS13...
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PraktikumsberichtGraphentheorie SS13
Daniel Gerighausen, Sarah Berkemer
Einleitung
● Ziel: Vergleich von Transkriptionsfaktoren, deren Korrelation und Expression
● Methoden:
– 3 Spezies: Mensch, Schimpanse, Rhesusaffe
– 12 Individuen pro Spezies
– Validierung vorheriger Ergebnisse durch Leave-One-Out
– Outlier-Erkennung
Daten
● Expressionslevels von– TFs im Gehirn (270)
– Genen (ca 12.000)
● Spezies– Rhesusaffe, Schimpanse, Mensch
Korrelation
● Spearman-Korrelation zwischen– TF und TF
– TF und Gen
– Werte liegen in (-1,1)
Weighted topological overlap
● Berechnung des wTO fuer jedes TF-Paar– 270 x 270 Matrix
– Werte in (-1,1)–
–
–
–
– = Korrelation von TF i und TF j
– = Korrelation von TF i und Gen u
– = Konnecktivitaet von TF i
aij
aiu
k i
Auswertung
● Leave-One-Out mit je 11 Individuen● Distanzfunktion: LP-Norm ● Mittelwert pro Individuum● Vergleich mittels Heatmap
Heatmap – 6 Individuals
Heatmap – 12 Individuen
Outlier● Erkennung ueber 1,5-facher Interquartilabstand
(Whisker)
● Auswertung mittels R
Histogramme
Darstellung als Graph● TF tritt in mind. 4 Individuen als Outlier auf
– Knoten im Graph● Kein TF kommt mehr als 5 mal vor
Outlier-Graph Mensch
Outlier-Graph Schimpanse
Outlier-Graph Rhesusaffe
Ende