Miriam Böhm

Anne Weiland

• BioGRID: Biological General Repository for Interaction Datasets

• beinhaltet Interaktion zwischen Proteinen

Was sind Protein-Protein- Interaktionen?

• Protein-Protein-Interaktionen beziehen sich auf die Assoziation von Proteinmolekülen und das Studium dieser Assoziationen

• die Interaktion zwischen Proteinen ist sehr wichtig für biologische Funktionen

• beispielsweise wird ein Signal außerhalb der Zelle in die Zelle über Protein-Protein-Wechselwirkungen der Signalmoleküle weitergeleitet

• Bsp.: G-Proteine

• The Samuel Lunenfeld Research Institute of Mount Sinai Hospital,Toronto Link zu dieser Seite: http://www.mshri.on.ca/

• erste veröffentlichte Ausgabe im Juli 2002, zu der Zeit unter dem Namen The GRID bekannt

• Protein Interaktionen, welche durch high-troughput- Verfahren (HTP), wie two-hybrid oder massenspektrometrisch in der Hefe Saccharomyces cerevisiae entdeckt wurden

• ursprünglich für den Gebrauch im Labor gedacht um Interaktionsdaten, die durch HTP gewonnen werden, zu verwalten

• heute sind weitere Spezies vertreten: Caenorhabditis elegans

Drosophila melanogasterHomo sapiens

Arabidopsis thaliana Bos taurus

Canis familiaris Danio rerio

Mus musculus Rattus norvegicus Schizosaccharomyces pombeTakifugu rubripes Xenopus laevis

• frei zugängliche Datenbank, Daten frei downloadbar als tab- delimited text-file oder im PSI-MI XML Format

http://thebiogrid.org/

HPRD ID: 05100LocusID: NM_006572 Entrez-Gene ID: 10672SwissProt: Q 14344Uniprot: Q 14344PIR: I57490RefSeq: NM_006572MIM: 604406HGNC: 4381Wormbase: -Flybase ID: - RATMAP: -

NCBI CDNA AccessionNCBI CDNA GINCBI Protein AccessionNCBI Protein GIMGDRGDZFINTremblSGD IDNREF

Identifier, mit denen Proteininteraktionen in BioGRID gesucht werden können:

• PSI: Proteomics Standard Initiative

• MI: molecular interaction

• PSI beabsichtigt, einen gemeinschaftlichen Standard für die Repräsentation von Daten in der Proteomik zu definieren, um das Verständis, den Vergleich und den Austausch der Daten zu erleichtern

PSI-MI XML Format

...

PSI-MI XML Version 2.5 vs. PSI-MI XML Version 1

Änderungen in den Bereichen:

• experiment Description

• interaction

• protein Interactor

• protein Participant

• interactor

• participant

• feature

• feature Range

• Administrative changes

mehr dazu unter dem Link: http://www.psidev.info/index.php?q=node/31

http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index

• MySQL • Osprey Network Visualization System • PHP • Proteomics Standards Initiative • Pubmed • Rat Genome Database • RatMap • Saccharomyces Genome Database • Samuel Lunenfeld Research Institute • Sun Microsystems • Swiss-Prot / TrEMBL • SystemsX • The International Molecular Exchange Consortium (IMEx) • WormBase • Zebrafish Information Network

• Arabidopsis Information Resource • BioPIXIE • Database of Interacting Proteins • Entrez-Gene • Flybase • Gene DB • Gene Ontology • Germ Online • Hugo Gene Nomenclature Committee • Human Protein Reference Database • IntAct Project • MIPS: MPact • Molecular Interactions Database • Mount Sinai Hospital • Mouse Genome Informatics

BioGRID Links

Verwendung

• ermöglicht die Suche nach Interaktionen eines Proteins/Gens mit anderen

• sehr spezielles Einsatzgebiet

• Protein/Gen sollte gut bekannt sein

• Verlinkung mit anderen Datenbanken

Ursprung der Daten

1) HTP-Verfahren– hohe Anzahl von Interaktionen erkannt– fehlerbehaftet– Grundlage zur Weiterarbeit

2) aus der Primärliteratur– oft wenige Interaktionen pro Publikation– hohe Genauigkeit der Daten

Ursprung der Daten

• z.B. Proteindaten von Saccharomyces cerevisiae

Daten-quelle

AnzahlInteraktionen

AnzahlProteine

Anzahl Quellen

HTP-PI 4478 12994 5

LC-PI 3099 19744 3132

Beispiel

• GNA13: codiert eine alpha-Untereinheit eines menschlichen G-Proteins

www.thebiogrid.org

Ausblick

• mehr Modellorganismen

• artübergreifende Vorhersagen

• BLAST-basierte Alignment-Suche

• Vereinfachung der Installation lokaler Versionen

• Regulation des Einlesens von LC Daten

• bessere Visualisierung

- http://www.thebiogrid.org/

- http://psidev.sourceforge.net/mi/xml/doc/user/

- http://www.psidev.info/index.php?q=node/60

- http://www.informatik.uni- rostock.de/~lin/WinterSim2006/Talks/Kerrien.pdf

- http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index

- http://de.wikipedia.org/

- BioGRID: a general repository for interaction datasets, C. Stark et al.; Nucleic Acids Res, 34 (Database issue): D535-9, 2005

- The GRID: the General Repository for Interaction Datasets. Breitkreutz et al.; Genome Biol, 4 (3): R23, 2003

Quellen