Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten: Das BioCASe Protokoll und seine Anwendung in...

Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten: Das BioCASe Protokoll und seine Anwendung in

internationalen Netzwerken Anton Güntsch

Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-DahlemAbt. Biodiversitätsinformatik u. Labors

A. Güntsch: Mobilisierung von primären Biodiversitätsdaten

Primäre Biodiversitätsdaten

Wissenschaftliche NamenTaxaAutorenReferenzenSammlungsdatenMetadaten


Biologische Sammlungen

Naturhistorische Sammlungen (Museen, Universitäten)

Lebendsammlungen (z.B. Botanische und Zoologische Gärten, Bakterienstämme)

DNA BankenMultimedia SammlungenBeobachtungsdatenbanken…


Nutzen von biologischen Sammlungen

Belege ( z.B. für Namensgebung)AusbildungKommerzieller NutzenUmweltmonitoringHistorische und gegenwärtige

Verbreitungen von OrganismenVoraussage von Verbreitungen…


Sammlungs-Objektdaten

WerWannWoWas


Sammlungsdaten im Jahr 2000

ENHSINREMIB

SpeciesAnalyst


Schaffung eines globalen Netzwerks

Global Biodiversity Information Facility (GBIF)

Biological Collection Access Service for Europe (BioCASE)


Spezifikation auf 2 Ebenen

Protokoll-Ebene abstrakte Anfragesprache für heterogene Datenquellen

Datenebene Spezifikation eines Datenschemas


BioCASe Protokoll

Spezifikation der Struktur von Anfragen und Antworten im Netzwerk.

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Client domain Provider domainAgreement


BioCASe - <capabilities><?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <request xmlns="http://www.biocase.org/schemas/protocol/1.3"

xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.biocase.org/schemas/protocol/1.3 http://www.bgbm.org/biodivinf/schema/protocol.xsd"><header>

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BioCASe - <scan><?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><request xmlns="http://www.biocase.org/schemas/protocol/1.3"

xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.biocase.org/schemas/protocol/1.3 http://www.bgbm.org/biodivinf/schema/protocol.xsd">

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</request>


BioCASe - <search><request> <header> [...] <type>search</type> </header> <search> <requestFormat>http://www.tdwg.org/schemas/abcd/1.2</requestFormat> <responseFormat start="0"

limit="50">http://www.tdwg.org/schemas/abcd/1.2</responseFormat> <filter> <and> <like path="/DataSets/DataSet/[...]/TaxonIdentified/NameAuthorYearString">Abies*</like> <or> <like path="/DataSets/[...]/TaxonIdentified/HigherTaxa/HigherTaxon">Pinace*</like> <and> <like path="/DataSets/DataSet/[...]/GatheringSite/Country/CountryName">*Russia*</like> <greaterThan path="/DataSets/DataSet/[...]/ISODateTimeBegin">2002-04</greaterThan> </and> </or> </and> </filter> <count>false</count> </search></request>


Access to Biological Collection Data

Datendefinition für alle biologischen Sammlungen (lebend, konserviert, Beobachtungen).

Behutsamer Umgang mit kontrollierten Vokabularen und regulären Ausdrücken.

Strukturierte Elementbeschreibungen.Variable Atomisierung.


Strukturierte Elementbeschreibung<xs:element name="FullScientificNameString" type="String"> <xs:annotation> <xs:documentation>Concatenated scientific name, preferrably formed in accordance with

a Code of Nomenclature, i. e. a monomial, bionomial, or trinomial plus author(s) or author team(s) and - where relevant - year, or the name of a cultivar or cultivar group, as fully as possible.

</xs:documentation> <xs:appinfo> <sea:FullName>Full scientific name</sea:FullName> <sea:Audience>BioCASE</sea:Audience> <sea:Audience>CODATA TDWG</sea:Audience> <sea:Reviewer/> <sea:ExistingStandard>Darwin Core 2: Scientific Name.</sea:ExistingStandard> <sea:Content/> <sea:Example>Acipenser gueldenstadti Linnaeus 1758</sea:Example>

<sea:Rule/> <sea:EditorialNote/> </xs:appinfo> </xs:annotation></xs:element>


Variable Atomisierung (1) <site>

<country>Afghanistan</country> <place>Tangi Gharuh</place> <lat>34.16</lat> <long>69.48</long>

</site> <date>

<day>21</day> <month>8</month> <year>1952</year>

</date>


Variable Atomisierung (2)

<site>

<text>BRASIL, Rio Grande do Sul: Parque Nacional dos Aparados da Serra, Itaimbezinho (mun. Cambará do Sul). Nas casca de árvore da mata: junto ao canyon. Alt. 1200 m.</text>

</site> <date>

<text>16 Apr. 1993

</text></date>


ABCD - Überblick

DatasetsDataset

Collection Metadata

(description of dataset, contact information, intellectual property rights,... )

Collection Unit Data

(observation or specimen records)

Dataset...


ABCD - MetadatenCollection Metadata

Original source incl. collection identifier (Source ID)

Dataset derivation (data propagation history)

Supplier information (organisation, contact)

Intellectual Property Rights (IPR)

Acknowledgements, Disclaimer, URL etc.


ABCD - Überblick

DatasetsDataset

Collection Metadata

(description of dataset, contact information, intellectual property rights,... )

Collection Unit Data

(observation or specimen records)

Dataset...


ABCD - UnitebeneCollection Unit Data

Unit identifier (ID), IPR, Acknowledgements,...

+ Digital images, Associations, Assemblages, Measurements, Facts,...

Identifications

Gathering event and site characteristics

Unit collection domain (domain-specific subtypes)

Unit state domain (physical state-specific subtypes)Specimen unit

Observation unit


Verfügbare Software

PyWrapperBioCASe Configuration-ToolBioCASe Query-ToolUnitLoader: API für BioCASe-konforme

AnfragenUser-Interface SoftwareSchemaViewer, SchemaProcessor, etc.


Eingesetzt von …

BioCASEGBIF-DGBIF-InternationalSpecies2000 - EuroCATEuro+MedBioCASE Metadata NetworkAlgaTerra


GBIF-D & BioCASE Prototyp

Portal

Registry Thesaurus Index Images


Internet

Unit Data

Provider Domain

GBIF-D & BioCASE Prototyp

Config.files

BioCASE

protocol

SQLUser interface client (Servlet)

Portal Domain

Unit wrapper

UnitLoader

Java API

CORM

JDBC

http

ResponseXML

http

Query XML ?

Client

!


BioCASe-Statistik (Stand: 4/2005)

> 65 Provider Installationen weltweit> 150 Datenbanken abfragbar> 5.000.000 Datensätze zugreifbar


Vielen Dank!

www.biocase.org

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