Package ‘limma’ · PDF file Package ‘limma’ April 5, 2014 Version...

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  • Package ‘limma’ April 5, 2014

    Version 3.18.13

    Date 2014/02/18

    Title Linear Models for Microarray Data

    Author Gordon Smyth [cre,aut], Matthew Ritchie [ctb], Jeremy Silver [ctb], James Wettenhall [ctb], Na- talie Thorne [ctb], Mette Langaas [ctb], Egil Ferkingstad [ctb], Marcus Davy [ctb], Fran- cois Pepin [ctb], Dongseok Choi [ctb], Davis McCarthy [ctb], Di Wu [ctb], Alicia Osh- lack [ctb], Carolyn de Graaf [ctb], Yifang Hu [ctb], Wei Shi [ctb], Belinda Phipson [ctb]

    Maintainer Gordon Smyth

    Depends R (>= 2.3.0), methods

    Suggests statmod (>= 1.2.2), splines, locfit, MASS, ellipse, affy,vsn, AnnotationDbi, org.Hs.eg.db

    LazyLoad yes

    Description Data analysis, linear models and differential expression for microarray data.

    License GPL (>=2)

    URL http://bioinf.wehi.edu.au/limma

    biocViews Microarray, OneChannel, TwoChannel, DataImport,QualityControl, Preprocessing, Bioin- formatics,DifferentialExpression, MultipleComparisons, TimeCourse

    R topics documented: 01.Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 02.Classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 03.ReadingData . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 04.Background . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 05.Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 06.LinearModels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 07.SingleChannel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 08.Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

    1

    http://bioinf.wehi.edu.au/limma

  • 2 R topics documented:

    09.Diagnostics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 10.Other . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 alias2Symbol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14 anova.MAList-method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 arrayWeights . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 arrayWeightsQuick . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 as.data.frame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19 as.MAList . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 as.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 asMatrixWeights . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 auROC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 avearrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 avedups . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25 avereps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26 backgroundCorrect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 barcodeplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 beadCountWeights . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31 blockDiag . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 bwss . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34 bwss.matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35 camera . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 cbind . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38 changeLog . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39 classifyTests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 contrastAsCoef . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42 contrasts.fit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 controlStatus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45 decideTests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 designI2M . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 dim . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48 dimnames . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 dupcor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50 ebayes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 EList-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 exprs.MA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56 fitFDist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 fitGammaIntercept . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 fitted.MArrayLM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59 genas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60 geneSetTest . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 getEAWP . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65 getLayout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66 getSpacing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 gls.series . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68 gridr . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70 heatdiagram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71 helpMethods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72 imageplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73

  • R topics documented: 3

    imageplot3by2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75 intraspotCorrelation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76 is.fullrank . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77 isNumeric . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78 kooperberg . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79 LargeDataObject-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80 limmaUsersGuide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81 lm.series . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82 lmFit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 lmscFit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86 loessFit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 ma3x3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89 makeContrasts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90 makeUnique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 MAList-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92 MArrayLM-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 mdplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94 merge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95 mergeScans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96 modelMatrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98 modifyWeights . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100 mrlm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101 nec . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 normalizeBetweenArrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 normalizeCyclicLoess . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 normalizeForPrintorder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108 normalizeMedianAbsValues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 normalizeQuantiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 normalizeRobustSpline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112 normalizeVSN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114 normalizeWithinArrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 normexp.fit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117 normexp.fit.control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119 normexp.fit.detection.p . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120 normexp.signal . . . . . . . . . . . . . .