ZB MED Informationszentrum Lebens- wissenschaften...16. März 2017 Zentrales Servicezentrum für...

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ZB MED – Informationszentrum Lebens-

wissenschaftenPublikation von Forschungsdaten in den Lebens-

wissenschaften –Fachrepositorium Lebenswissenschaften

SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement

ZB MED – Informationszentrum Lebenswissenschaften

16. März 2017

Zentrales Servicezentrum für Fachinformationen und

Forschungsunterstützung in den Lebenswissenschaften

(Deutsche Zentralbibliothek für Medizin, Gesundheit, Umwelt,

Ernährung und Agrar)

seit 1.1.2014 Stiftung des öffentlichen Rechts

weltweit größte Bibliothek der Fächerkombination Medizin,

Gesundheit, Ernährungs-, Umwelt- und Agrarwissenschaften

wichtige Arbeitsgebiete sind der Einsatz für

Open Access und Open Data

angewandte Forschung u.a. zur Verbesserung

der ZB MED-Services

2


Ziele und Strategien des Forschungsdatenmanagement

Aufzeigen bereits vorhandener Infrastrukturen

Identifizierung von Lücken

„Long tail“ der Forschungsdaten

Aufbau eigener Publikationsinfrastrukturen in Kooperation mit

lebenswissenschaftlichen Fachcommunities

Nachweis von lebenswissenschaftlichen Forschungsdaten im

Suchportal LIVIVO

316. März 2017

SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement 16. März 2017 4

ZB MED und Forschungsdaten: eine Einordnung

12. März 201524. Februar 201524. Februar 2015

Beraten Publizieren Vernetzen

• FAQs

• persönliche Beratung

• Workshops mit

unterschiedlichen

Zielgruppen

• Vorträge

• Tutorials

PUBLISSOPUBLIKATIONSPORTAL LEBENSWISSENSCHAFTEN

• DOI-Service

• Lebenswissenschaft-

liche Forschungs-

datenrepositorien

(Recherche)

• Publikationsinfra-

struktur

• DINI/nestor AG

Forschungsdaten

• Vorträge auf

lebenswissenschaft-

lichen und

bibliothekarischen

Tagungen

• AK Forschungsdaten

der Leibniz-

Gemeinschaft

Angewandte Forschung

4


Was sind Forschungsdaten in den

Lebenswissenschaften?

511. März 2017

Inhalt der Daten

Patienten-/personenbezogene Daten, z.B

– Bilddaten aus bildgebenden Verfahren (z.B. MRT),

– Sensordaten aus Biosignal- oder Vitalparametermessung (z.B. EKG, EEG),

– Biomaterialdaten aus Laboruntersuchungen (z.B. Blutproben, Genom-

Daten),

– Befunddaten aus ärztlichen Diagnostik (z.B. Anamnese)

Daten aus Grundlagenforschung, z.B.

– Genom-Sequenzierungsdaten (Mensch, Tier, Pflanze)

– Proteindaten

Messwerte (Boden, Wetter, Emissionen, Blutwerte)


Was sind Forschungsdaten in den

Lebenswissenschaften?

Art der Daten:

Bilder (z.B. MRT, Satellitenaufnahmen),

Videos (z.B. Operationsfilme, Interviews),

statistische Daten,

sog. Big Data (z.B. genomische Sequenzen, Daten von Landmaschinen),

geräteabhängige Daten (z.B. Röntgengerät, Emissionsmessgerät)

Metadaten, z.B. zu klinischen Studien

Klassifikationen und Codes zu Krankheiten oder Materialien (z.B. International

Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems (ICD)),

Ontologien, Thesauri

Datenmodelle, Methodenbeschreibungen, Softwaretools

616. März 2017


Herausforderungen des Forschungsdatenmangements in

der Medizin

Schutz persönlicher Interessen (Personenbezug von Phänotypdaten, *omics-

Daten, Biomaterial) / Pflicht zur Anonymisierung

Gesetzliche Aufbewahrungsfristen (minimal und maximal)

Rechtlicher Rahmen: Geflecht aus MBO-Ä (ärztliche Schweigepflicht), Bundes-/

Landesdatenschutzgesetz, Gesetz zur wirtschaftlichen Sicherung der

Krankenhäuser und zur Regelung der Krankenhauspflegesätze

Urheberrecht

Ethische Aspekte bzgl. Erhebung und Nutzung

Komplexes Regelwerk bzgl. klinischer Studien („Gute klinische Praxis“)

Schutz kommerzieller Interessen (Innovationsschutz)

proprietäre Formate

„Big Data“, z.B. Genomdaten (5V's: volume, variety, velocity, veracity and value)

7

Quelle: Frank Meinecke (2016): Forschungsdatenmanagement und Open Data: http://www.publisso.de/fileadmin/user_upload/PUBLISSO/Praesentationen/Vortrag-FDM-

Meineke_Herausgebertreffen2015.pdf.

16. März 2017

SeiteSeite

Publikationswege für Forschungsdaten

Generisches/institutionelles (Forschungsdaten-) Repositorium

Zusammen mit Volltext/Journalartikel / supplementary material

Data paper in einem data journal

Fachliches (Forschungsdaten-) Repositorium

817. Mai 2017


Generisches/institutionelles Repositorium

917. Mai 2017


Generisches/institutionelles Repositorium

1017. Mai 2017


Publikation von zugrundeliegenden Daten über DRYAD

16. März 2017 11

Forschungsdaten

– zugrundeliegende

Daten zu einem GMS-

Zeitschriftenartikel

über Dryad

– Kostenübernahme

durch ZB MED

SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement 16. März 2017 12

Living Books

4 laufende Buchprojekte

Nächster Schritt: Ausbau der Plattform

für Zeitschriften und Kongresse

DFG gefördert

SeiteSeite

Multimediaeinbindung

Index der Videos, Tabellen etc.

Abspielen von multimedialen Inhalten im TextAbgestufte

Gliederung (4)

Versionierung

CC-Lizenz

16. März 2015Ursula Arning – ZB MED - Infrastrukturmaßnahme: wissenschaftliches Publizieren, DVMD-Fachtagung 13


Data Journal

14

http://openhealthdata.metajnl.com/

17. Mai 2017


Data Journal

1517. Mai 2017

https://www.journals.elsevier.com/genomics-data/


Fachliche (Forschungsdaten-) Repositorien

1617. Mai 2017


Fachliche (Forschungsdaten-) Repositorien

1717. Mai 2017

Fachrepositorium

Lebenswissenschaften von

ZB MED


Fachrepositorium Lebenswissenschaften

in PUBLISSO – Open-Access-Publikationsportal

18

PUBLISSO-Publikationsangebote

ZeitschriftenBücher

ForschungsdatenKongresse

Erstpublikationen Fachrepositorium Lebenswissenschaften

GO

LD

GR

ÜN

- basierend auf DRUPAL (open source)

- Software wird der Community zur Verfügung gestellt

- basierend auf Fedora

(open source)

- in Kooperation mit dem

Hochschulbibliotheks-

zentrum NRW (hbz)

alle lebenswissenschaftliche

Fächer

16. März 2017


Fachrepositorium Lebenswissenschaften

Wohin geht die Entwicklung?

19

Ausgangspunkt

„ElliNet“ (Erfassung im Verbundkatalog)

Neukonzeption

Hochschulschriftenserver

Graue Literatur

Monographien

Softwareumstellung

(Unselbstständige) Publikationsarten

Institutionelle Sicht

Kongressbeiträge

Zeitschriftenartikel

(Buch) Kapitel

Forschungsdaten

Neue Medientypen

(direkt im Repository erfasst)

16. März 2017


Schritte beim Ausbau des Fachrepositoriums

Lebenswissenschaften

1. Entwicklung eines Metadatenschemas

(„Erfassungsmaske“)

2. technische Implementierung der

Erfassungsmaske

3. Erprobung durch Publikation realer

Forschungsdaten

16. März 2017 20

abgeschlossen

weitgehend abgeschlossen

Kontakte zu Kooperationspartnern

SeiteSeiteBirte Lindstädt – ZB MED – Forschungsdatenmanagement 21

Publikation von

Forschungsdaten im

Fachrepositorium

Ziele

Sicherstellung der Nachnutzbarkeit der

Forschungsdaten

Publikation singulärer Forschungsdaten

(„raw research data“) sowie von

Forschungsdaten, die mit einem

Volltext verknüpft sind („enhanced

publication)

Lizenzierung der Daten im Sinne von

Open Data, also der Möglichkeit zur

Nachnutzung

dauerhafte Archivierung von

Forschungsdaten aus den

Lebenswissenschaften (geplant)

16. März 2017


Metadatenschema Fachrepositorium – Pflichtfelder

16. März 2017 22

Metadatum

(übergeordneter Begriff)Feldname Feldname (untergeordnet)

Titel Titel

Urheberschaft Autor*in (Linked Data: Gemeinsame Normdatei

GND)

Nachname

Vorname

ORCID (optional)

Affiliation (optional)

Körperschaft (wenn kein Autor vorhanden)

Dateiupload Hochzuladende Datei

Format (xls, jpeg, etc.)

Medientyp (Bild, Video, Software, etc.)

Größe

Zugriffsrechte (open access, Embargo) Embargofristende

Copyrightjahr

Lizenz Empfehlung: Open Data Commons

Open Database Licence (ODbL)

DOI Neu

Vorhanden

Zuletzt hochgeladen

Erschließung Abstract / Hinweise zur Nutzung Sprache

Fachgruppenzuordnung (Medizin, Umwelt,

Agrar, Ernährung, interdisziplinär)

DDC-Klassifikation (lebenswiss. Fachgruppen)

Sprache (dt.,engl., frz., span., ital.)


Metadatenschema Fachrepositorium – optionale Felder

16. März 2017 23

Metadatum

(übergeordneter Begriff)Feldname Feldname (untergeordnet)

Beteiligte Beteiligte Personen (Linked Data:

Gemeinsame Normdatei GND)

ORCID

Affiliation

Förderer Förder-ID

Erfassung Schlagworte (GND, AGROVOC) Sprache

Datenerhebungsform (z.B. Probe,

Interview, Genomsequenzierung)

Erhebungszeit Zeitpunkt

Zeitraum

Erfassungsort Koordinaten (Point)

Koordinaten (Box)

Externe Referenzen Verwendete Publikationen

Zugehörige Publikationen

Versionen Vorgänger

Nachfolger


„Enhanced Publication“ – Dateihierarchie

24

„Kind-Objekt“

16. März 2017


Viewer für Bilder und Videos

16. März 2017 25

High-resolution zoomable images(Basis: OpenSeadragon)

SeiteSeite

LIVIVO - Struktur

16. März 2017 26

Knowledge Environment / Base

Semantische Suche unter Nutzung

von Fachthesauri (MeSH,

AGROVOC, UMTHES)

Einbindung PUBLISSO und weiterer

Forschungsdatenrepositorien

(DataCite)


Indexierung von Forschungsdaten in LIVIVO

16. März 2017 27

SeiteSeite

Danke! Fragen?

Birte Lindstädt

Open-Access-Publizieren und

-Beraten

Forschungsdatenmanagement

Gleueler Straße 60

50931 Köln

[email protected]

mailto:[email protected]

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