Post on 06-Apr-2016
Molekulargenetische Diagnostik Segregationsanalysen (indirekte Diagnostik) monogene Erkrankung (Retinoblastom) genetisch heterogene Erkrankung (multiple kartilaginäre Exostosen)
DNA-Sequenzanalyse (direkte Diagnostik) (Tricho-Rhino-Phalangeales Syndrom)
MLPA (direkte Diagnostik, Retinoblastom)
(D. Lohmann) H.-J. Lüdecke
Retinoblastom
Familienanamnese bei Retinoblastom
Familie L.S.
I
II
1 2
1 2 3
I
II
1 2
1 2 3
Familie J.W.
Familie L.B.
I
II
1 2
1 2
III 1 2 3
3 4
Erbliches Retinoblastom
rbrb rbrbRBRB rbrbrbrb X RBRB
TumorkonstitutionellKeimbahn
rbrb RBRB
Gameten
ersteMutation
zweiteMutation
Retinoblastomgen
1 2 3 6 7 17 18 275´ 3´
Genomische DNA
ExonIntron Intron
Beispiele für Mutationen in kodierenden Bereichen
Segregation
Indirekte Diagnostik: Segregation gekoppelter Marker
locus A
locus B
A1 A2B1 B2
A1B1
A1B1
A2B2
A2B2
A1B1
A2B2
A1B1
A2B2
crossingover
DNA-replication
or
A1B1
A1B1
A1B1
A1B2
A2B1
A2B2
A2B2
A2B2
gametes
VNTR-Polymorphismus
14801 ggtgtacgtc tatacagggc tatgtataac cgactcctgt ttctcctccc 14851 tgcaaccaca gaaccatcac acacacacac acacacacac acacacacac
14901 acacacacac acacggatac acgcacagat acgctccttt ccacaaatgc
14951 acgcaaaccg ggacgcaaac ccacaactcg agggcttaga ccttcactgc
5´ 3´
... CTTT ...
... GAAA ...
Intragene VNTR-Loci
5´ 3´
D13S153(RBi2) RB1.20
... CA ...
... GT ...n n
VNTR-Loci
Genotypisierung
RB1, väterliches Allel RB1, mütterliches Allel
CAGT
20
CTTTGAAA
14
CAGT
18
CTTTGAAA
19
Kopplungsphase
RB1, mutiert
CTTTGAAA
14
CTTTGAAA
19
4bpDeletionExon 4
Kopplungsphase
I
II
1 2
1 2
III 1 2 3
3 4
14-2014-20
14-1814-18
15-1815-18
18-2018-20
14-1614-16
Rb1.20-Rb1.20-GenotypGenotyp
Kopplungsphase
I
II
1 2
1 2
III 1 2 3
3 4
1414-20-20
1414-18-18
15-1815-18
18-2018-20
1414-16-16
Rb1.20-Rb1.20-GenotypGenotyp
CTTTGAAA
1414
4bpDeletionExon 4
Analyse von VNTR-Loci
5´ 3´
PCR
Fragmentlängenanalysedurch elektrophoretischeAuftrennung
oder
Gelektrophorese
›
+
– 1 2 3Ladepositionen
elek
tris
ches
Fel
d
Längen-standard
Polyacrylamidgel
St.
90 bp
180 bp190 bp
300 bp
400 bp500 bp
Agarosegel in Elektrophresekammer
Kathode (+)
Anode (–)
Auftragen der Proben
Elektrophoretische Auftrennung
Dokumentation per Videobild
Dokumentation
Genotypisierung
I
II
1 2
1 2
III 1 2 3
3 4
11-5-5
11-4-4
2-42-4
4-54-5
11-3-3
Rb1.20-Rb1.20-GenotypGenotyp
I-1 I-2 II-2 II-3 III-1
Familie I
I
II
III
1 2
1 2 3 4
1 2
I-1 I-2 II-1 II-3II-2 II-4 III-1 III-2 RB-Probenvon III-2
Familie 1
11 11
1
1
Familie I
I
II
III
1 2
1 2 3 4
1 2
I-1 I-2 II-1 II-3II-2 II-4 III-1 III-2 RB-Probenvon III-2
Familie 1
2222 22 22 22 22
1-2
12 2
2
Familie I
I
II
III
1 2
1 2 3 4
1 2
I-1 I-2 II-1 II-3II-2 II-4 III-1 III-2 RB-Probenvon III-2
Familie 1
33
1-2
12-3 2-3
2-3
33
33 33 33 33
3
3
3
Familie I
I
II
III
1 2
1 2 3 4
1 2
I-1 I-2 II-1 II-3II-2 II-4 III-1 III-2 RB-Probenvon III-2
Familie 1
44
1-2
1-42-3 2-3
2-3
3-4
3
3
44
Familie I
I
II
III
1 2
1 2 3 4
1 2
I-1 I-2 II-1 II-3II-2 II-4 III-1 III-2 RB-Probenvon III-2
Familie 1
1-2
1-42-3 2-3
2-3
3-4
3-5
3-5
55 55
Familie I
I
II
III
1 2
1 2 3 4
1 2
I-1 I-2 II-1 II-3II-2 II-4 III-1 III-2 RB-Probenvon III-2
Familie 1
11-22
11-422-3 22-33
22-3
3-4
33-5
3-5
Familie 2
II-1 II-3II-2 III-1
Familie 2 I
II 1
1 2
2 3
1III22-331-31-3 11-33
22-3
Familie 3Familie 4
II
III
IV
1 2
1 2
1
I 1 2
3 4 5
II-1 II-3II-2 II-4III-1 III-2 IV-1 II-5
44-5 2-4
2-44
1-5 3-44 1-5
44-4
1-4
3
Familie 4
I
II
1 2 3
III
1 2 3 4
1
Familie 6
I-1 I-2 II-1 II-3II-2 II-4 III-1
2-4
2-4
2-33
22-33
22-4 33-4 1-33
4
Prädiktive Diagnostik bei Prädiktive Diagnostik bei LocusheterogenitätLocusheterogenität
SegregationsanalyseSegregationsanalyse bei bei hereditären multiplen cartilaginären hereditären multiplen cartilaginären
Exostosen (HME)Exostosen (HME)
Hermann-Josef LüdeckeHermann-Josef Lüdecke
Lokalisierung der ExostosenLokalisierung der Exostosen
Multiple cartilaginäre ExostosenMultiple cartilaginäre Exostosen
Häufigkeit 1 : 50.000
Penetranz 100 %
autosomal dominant
genetisch heterogen• 8q24.1 EXT1• 11p11-12 EXT2 (19p EXT3)
Spektrum der Mutationen in Spektrum der Mutationen in EXT1EXT1 und und EXT2EXT2
Wuyts & van Hul, 2000
KopplungsanalyseKopplungsanalyse
und Segregationsanalyseund Segregationsanalyse
mitmit
EXT1EXT1- bzw. - bzw. EXT2EXT2- intragenen- intragenen
Mikrosatelliten-MarkernMikrosatelliten-Markern
genomische Organisation des genomische Organisation des EXT1EXT1-Gens-Gens
(A)nUGAAUG
6.5
5.09.0 1.0 4.0
4.0 2.2
6.02.2
6.0
65G5 46F10
25B8
90D8
250 kb
6.0
21 3 4 5 6 7 8 9 10 11
“EXT1“
Kopplungsphase:Risiko:
12345
1234
P
P
PGP
P P
EXT2, Allel 2
MP
kein Risiko
ÜbungsaufgabenÜbungsaufgaben
1234
123P
P
EXT1, Allel 2
P
kein Risiko für III2
123
123
P P
P P
keine Aussage möglich
12345
1234
P
P
EXT2, Allel 2
P
Individuum III2 wird erkranken
I
II
EXT1
EXT2
Familie D
P PPM M
M
M
MP
? P ?
Fehlen paternaler EXT1-Allele
y935A12
y960B10
y960B10
der(8)
der(5)
8
der(5)
5
5
Sonde: "paint 5" Sonde: y960B10
Molekulargenetische Molekulargenetische Diagnostik durch DNA-Diagnostik durch DNA-
SequenzanalyseSequenzanalyse
PunktmutationenPunktmutationen
THE CAT DID EAT THE RED HATTHE CAT DID EAT THE RED HAT
THE RAT DID EAT THE RED HATTHE RAT DID EAT THE RED HAT
THE ATD IDE ATT HER EDH ATTHE ATD IDE ATT HER EDH AT
THE CHA TDI DEA TTH ERE DHA TTHE CHA TDI DEA TTH ERE DHA T
1. Enzymatische Vermehrung des zu untersuchenden Genabschnittes mittels PCR
Cave: Es werden immer das maternale und paternale gemeinsam amplifiziert!
2. Enzymatische Sequenzierung nach Sanger
Template (Matrize)
3'-TTCAGTAACGATGCATTGACTGTACTAGGAGCGCGTAC-5'
Primer (Startmolekül)5'-AAGTCATTGC-3'
3'-TTCAGTAACGATGCATTGACTGTACTAGGAGCGCGTAC-5'5'-AAGTCATTGC-3'
Primer-Annealing (Anlagerung)
DNA-PolymerasedNTPsddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP
Primer-Verlängerung und Kettenabbruch
Enzymatische Sequenzierung nach Sanger
Template (Matrize, einzelsträngig)
3'-TTCAGTAACGATGCATTGACTGTACTAGGAGCGCGTAC-5'
Primer (Startmolekül)5'-AAGTCATTGC-3'
3'-TTCAGTAACGATGCATTGACTGTACTAGGAGCGCGTAC-5'5'-AAGTCATTGC-3'
3'-TTCAGTAACGATGCATTGACTGTACTAGGAGCGCGTAC-5'5'-AAGTCATTGC
3'-TTCAGTAACGATGCATTGACTGTACTAGGAGCGCGTAC-5'5'-AAGTCATTGC
3'-TTCAGTAACGATGCATTGACTGTACTAGGAGCGCGTAC-5'5'-AAGTCATTGC
Primer-Annealing (Anlagerung)
DNA-PolymerasedNTPsddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP
Primer-Verlängerung und Kettenabbruch
TACGTAACT
TACGTAACTG
TACGTAACTGA
3'-TTCAGTAACGATGCATTGACTGTACTAGGAGCGCGTAC-5'5'-AAGTCATTGCTACGTAACTGAC
Enzymatische Sequenzierung nach Sanger
3'-TTCAGTAACGATGCATTGACTGTACTAGGAGCGCGTAC-5'5'-AAGTCATTGC-3'
5'-AAGTCATTGCTACGT
DNA-PolymerasedNTPsddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP
Primer-Verlängerung und Kettenabbruch
5'-AAGTCATTGCTACGTAA5'-AAGTCATTGCTACGTAAC
hier sind einmal alle Produkte der Primer-Verlängerung gezeigt:
5'-AAGTCATTGCT5'-AAGTCATTGCTA5'-AAGTCATTGCTAC5'-AAGTCATTGCTACG
5'-AAGTCATTGCTACGTA
5'-AAGTCATTGCTACGTAACT5'-AAGTCATTGCTACGTAACTG5'-AAGTCATTGCTACGTAACTGAusw.
Gelelektrophorese Kapillarelektrophorese
manuelle Beladung der Gele automatische Beladung der Kapillaren
laser
detectorcomputer
Automateddetection
–
+
T ACT GAGCT ACAGAAAAACAT AGAA
AGCTATAATTGTCAGTTCTGTGACTTCNGATATTCCAAAAGC
AGCTATAATTGTCAGTTCTGTGACTTCCGATATTCCAAAAGC
PatientPatient
NormalpersonNormalperson
CGATGA
Klinische Zeichen:Klinische Zeichen:
• dünnes, spärliches Kopfhaar dünnes, spärliches Kopfhaar • große, "birnenförmige" Nase große, "birnenförmige" Nase • langes, flaches Philtrumlanges, flaches Philtrum• schmales Oberlippenrotschmales Oberlippenrot• ZapfenepiphysenZapfenepiphysen• BrachydaktylieBrachydaktylie• HüftveränderungenHüftveränderungen• KleinwuchsKleinwuchs• multiple cartilaginäre Exostosen multiple cartilaginäre Exostosen (nur TRPS II) (nur TRPS II)
Tricho-Rhino-Phalangeale SyndromeTricho-Rhino-Phalangeale Syndrome8
TRPS1TRPS1EXT1EXT1
Tricho-Rhino-Phalangeales SyndromTricho-Rhino-Phalangeales Syndrom
An dieser Stelle wurde im Praktikum das Foto einer
Patientin gezeigt. Dieses darf jedoch nicht im Internet
veröffentlicht werden. Ich hoffe, Sie haben sich die
Charakteristika des TRPS einprägen können.
33 44 55 6 77N C
Struktur des TRPS1 TranskriptionsfaktorsStruktur des TRPS1 Transkriptionsfaktors
Exon 6Exon 6
Sequenzierung von Exon 6 des Sequenzierung von Exon 6 des TRPS1TRPS1-Gens-Gens
CGA CGA CAA; Arg CAA; Arg Gln; R Gln; R Q Q
ÜbungsaufgabenÜbungsaufgaben
Patient 1Patient 1
NormalpersonNormalperson
CCGGTGTTTTTTGTGCCAATTGCCTGNCCACAAAGACCTCTC
CCGGTGTTTTTTGTGCCAATTGCCTGACCACAAAGACCTCTC
ACCCCC
Patient 1Patient 1
NormalpersonNormalperson
CCGGTGTTTTTTGTGCCAATTGCCTGNCCACAAAGACCTCTC
CCGGTGTTTTTTGTGCCAATTGCCTGACCACAAAGACCTCTC
ACCCCC
= Thr= Pro
R R R G S G V F C
ANCLTTKTSLW
RKNANGGYVC
NA
CG L Y Q K L H S
Zn
PP
NH2 COOH
Struktur des Zinkfingers vom "GATA"-TypStruktur des Zinkfingers vom "GATA"-Typ
aus: Vilain et al. (1999) Am J Med Genet 85:495-497
Patient 2Patient 2
NormalpersonNormalperson
CAGAGGCGTAGAGGCTCCGGTGTTTTTTNGGNCCATTGNCNN
CAGAGGCGTAGAGGCTCCGGTGTTTTTTGTGCCAATTGCCTG
Patient 2Patient 2
NormalpersonNormalperson
CAGAGGCGTAGAGGCTCCGGTGTTTTTTGTGCCAATTGCCTG
TGTGCCAATTGCCTGTGCCAATTGCCTG
CAGAGGCGTAGAGGCTCCGGTGTTTTTTNGGNCCATTGNCNNWildtyp:mutant:
T-Insertion
Patient 3Patient 3
NormalpersonNormalperson
CTCTGGCGAAAGAATGCAAATGGCGGATANGTATGCAACGCGT
CTCTGGCGAAAGAATGCAAATGGCGGATATGTATGCAACGCGT
TATTAA = Stop
Patient 4Patient 4
NormalpersonNormalperson
AAGCTTCACTCGNTAAGAACTTGTTCCACTCTTTCAGGAAAA
AAGCTTCACTCGGTAAGAACTTGTTCCACTCTTTCAGGAAAA
gtaagattaaga
RNA - Spleissen
WildtypWildtyp
Mutation eines Spleiss-SignalsMutation eines Spleiss-Signals
33 44 55 6 77N C
IVS6+1G>T exon6-TRPS1
33 44 55 77N C
1281 aa1281 aa
1240 aa1240 aa
Wildtyp-TRPS1
MMultiplex ultiplex LLigation-dependent igation-dependent PProbe robe AAmplication mplication (MLPA)(MLPA)
SALSA MLPA probes
Hybridisierung1. Der MLPA Sondenmix wird zu denaturierter
genomischer DNA gegeben2. Die zwei Teile jeder Sonde hybridisieren mit
benachbarten Zielsequenzen
Beachte den Unterschied
Ligation3. Die Sonden werden mit Hilfe einer thermostabilen
Ligase verbunden (ligiert)
Amplification4. Mit einem universellen Primerpaar kann man alle
ligierten Sonden amplifizierenDas Amplifikationsprodukt jeder einzelnen Sonde hat eine genau definierte Länge (92 - 481 bp).
Fluoreszenzfarbstoff
bp
NP1
NP2
Patient 1
Patient 2
Patient 3
1 10 20 30 40